Studijní katalog - Fakulta informatiky - Masarykova univerzita

studentu˚m soustrˇedit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentu˚ nebiologickych
oboru˚ se vyzˇaduje paralelní navsˇtěvování nebo prˇedcházející absolvování prˇedmetu IV107 –
Bioinformatika I nebo souhlas učitele.
Studenti samostatně nastudují a prezentují svy´m kolegu˚m konkrétní metodu pro prˇedpovídání
elementu˚ genomovy´ch sekvencí dle vlastního vy´běru (z navrzˇeny´ch článku˚ nebo po konzultaci). Prˇíklady
témat: Identifikace genu˚ v sekvenci DNA Metody hodnocení podobnosti sekvencí Vyhledávaní
vzoru˚ v sekvencích DNA Modelování sekundární struktury DNA a RNA
IV107 – Bioinformatika I 2/1, zk, 2+2 kr., jaro
Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Doporučení: Kurz je vstupním kurzem do oblasti bioinformatiky pro studenty nebiologicky´ch oboru˚ a
nemá zvlásˇtní prˇedpoklady.
Historie a zaměrˇení bioinformatiky Základy molekulární biologie Organizace zˇivé hmoty
Struktura a funkce DNA Struktura a funkce proteinu˚ Evoluce na úrovni genu˚ a proteinu˚
Data v bioinformatice Generování dat Bězˇné formáty dat Verˇejná sekvenční data a prˇístup
k nim Analy´za sekvence DNA Analy´za sekvencí proteinu˚ Hodnocení a vyhledávání podobnosti
Strukturní a funkční data Jiná data a analy´zy Práce s expresními daty Sˇtěpení proteinu˚ a
hmotnostní spektra Analy´za dat v literaturˇe Počítačová cvičení (4x): Zdroje dat, podobnostní
vyhledávání, zobrazování molekul
IV108 – Bioinformatika II 1/1, zk, 2+2 kr., podzim
Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Doporučení: U studentu˚ nebiologicky´ch oboru˚ je nutné prˇedem absolvovat IV107 Bioinformatika I nebo
získat souhlas učitele. Prˇedpokládají se elementární znalosti programování.
1. Algoritmy pro manipulaci s biologicky´mi sekvencemi - Zarovnáni dvou sekvencí - Zarovnáni
mnoha sekvencí - Hledání vy´razu˚ a prˇíbuzny´ch sekvencí - Fylogenetická prˇíbuznost - Predikce genu˚
- Analy´za genomu - Sekundární struktura RNA - Sekundární struktura proteinu˚ 2. Algoritmy pro
prˇedpovídání a analy´zu strukturních dat - Hledání sekundárních struktur - Hledáni kontaktu˚ - Pravidla
skládání proteinu˚ - Popis topologie proteinu˚ - Identifikace domén - Prˇedpovídání terciární struktury
proteinu˚ - Kvantitativní srovnávání struktur 3. Biologicky´ jazyk - segmentace sekvencí - statistická
Titulní strana
Obsah
◭◭ ◮◮
◭ ◮
Strana 358 z 509
Zpět
Vprˇed
Zavrˇít
Konec