Studijní katalog - Fakulta informatiky - Masarykova univerzita

PA054 – Formální modely v systémové biologii 2/0, zk, 2+2 kr., jaro
RNDr. David Sˇafránek, Ph.D.
Doporučení:Prˇedmět prˇedpokládáelementárníznalostiformálníchtechnikzískanéběhembakalárˇského
studia. Jedná se o doplňující mezioborovy´ kurz. Kurz je explicitně doporučen pro studenty oboru
Bioinformatika a je vhodny´m doplněním studia pro studenty vsˇech aplikovany´ch i teoreticky´ch oboru˚,
zejména Paralelní a distribuované systémy a Teoretická informatika.
Definice problému modelování a analy´zy v systémové biologii a motivace pro uplatnění formálních
metod. Prˇehled formálních metod uplatňovany´ch prˇi analy´ze biologicky´ch hypotéz, specifikace modelu,
problém velikosti modelu a stavové exploze. Modelování biologicky´ch procesu˚: deterministicky´
vs. nedeterministicky´ model, spojity´ vs. diskrétní model, modely s neurčitostí, aproximace a abstrakce,
simulace a analy´za modelu. Kvalitativní modely: Boolovské sítě, Petriho sítě. Kvantitativní modely:
časované Boolovské sítě, Markovovy procesy, stochastické Petriho sítě, souvislost se spojity´mi a
hybridními modely. Formální specifikace modelu˚: rule-based specifikace, Kappa-Calculus, stochasticky´
Pi-Calculus a související formalismy. Metoda ověrˇování modelu˚ (model checking): vyuzˇití prˇi
validaci, vlastnosti in silico modelu vs. experimenty in vivo/in vitro, nástroje pro ověrˇování biologicky´ch
modelu˚. Modely s neurčitostí: zjisˇt’ování parametru˚, analy´za robustnosti.
PA055 – Vizualizace komplexních dat 1/1, zk, 2+2 kr., podzim
Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Doporučení: Základní znalosti programování a zájem o R a Processing (skriptovací a programovací
jazyky)
1.Úvod do vizualizace dat 2.Vy´počtové prostrˇedí R a jeho vizualizační nástroje 3.Vy´počtové
prostrˇedí Processing a jeho vizualizační nástroje 4.Potrˇeba vizualizace a druhy dat v bioinformatice
a systémové biologii 5.Prˇedzpracování dat (odhad a redukce dimenzí, PCA, shlukování, metriky pro
vy´počet podobnosti, vícerozměrné sˇkálování) 6.Prˇehled vizualizačních technik (sourˇadnicové grafy,
histogramy, stromy a jiné grafy, mapy, hybridní vizualizace) 7.Prˇíklady vizualizace v bioinformatice,
systémové biologii (genomy a proteomy, měrˇení exprese, ontologie, signální a metabolické dráhy) a
jiny´ch disciplínách
Titulní strana
Obsah
◭◭ ◮◮
◭ ◮
Strana 378 z 509
Zpět
Vprˇed
Zavrˇít
Konec