Hele bladet i pdf-format - Gamma - Niels Bohr Institutet

More documents

Recommendations

Info

En model for rygradens dannelse <strong>Gamma</strong> 150 binde DNA og føre til aktivering eller inhibering af ekspression af forskellige gener, hvilke komplekser der kan dannes imellem proteiner og konsekvenserne af deres dannelse, hvordan degraderes og modificeres proteiner i cellen, hvilke receptorer binder hvilke signalstoffer (ligander) og hvordan virker de. Enkeltvis kan disse interaktioner normalt beskrives med ret simple led, baseret p˚a mere eller mindre simple statistiske og kinetiske overvejelser. Man kan s˚aledes opskrive en differentialligning for hver af de relevante aktører, indeholdende alle interaktionsleddene. Modellering vil i sagens natur, næsten altid involvere en reduktion af systemets kompleksitet. Man søger den kerne af interaktioner, der er primært ansvarlig for systemets dynamik. Jo færre variable, og dermed ligninger, der kan kopiere systemets opførsel, desto bedre. Det betyder, at man f.eks. ignorerer svage og langsomme links imellem aktører, samt ensrettede reaktioner imellem variable der ikke udøver et feedback p˚a resten af systemet. Hertil kommer forskellige antagelser om hurtige reaktioner og indstilling af ligevægt, som ofte tillader reduktioner af de opskrevne ligninger. Wnt signalering Figur 3.A illustrerer det jeg efter granskning af molekylærbiologisk forskning har vurderet til at være nøgleaktørerne i den kanoniske Wnt signalering i PSM-væv i mus. Essensen af kanonisk Wnt signalering er reguleringen af β-catenin koncentrationen i cellen. β-catenin er en aktiverende transkriptionsfaktor og regulerer dermed ekspressionen af gener i kernen. I fravær af aktiv Wnt signalering degraderes β-catenin af det s˚akaldte destruction complex best˚aende af GSK3β og Axin2, og der sker derfor ingen genekspression. Wnt signaleringen aktiveres, n˚ar receptoren (Frizzled og LRP5/6) i cellemembranen binder en wnt ligand. Det har flere konsekvenser, men bla. menes det at rekruttere Axin2 protein til cellemembranen, hvor den binder LRP co-receptoren. Dermed konkurreres Axin2 væk fra destruction complex dannelse, hvilket mindsker β-catenin degradering og dermed fører til en akkumulering af β-catenin i cellen og i kernen, hvilket endeligt fører til genekspression. Med forøgelsen af genekspression dannes mere Axin2, hvilket igen øger 34
<strong>Gamma</strong> 150 Peter Bjødstrup Jensen Wnt Wnt (a) Frizzled Frizzled Axin2 LRP5/6 GSK3 Axin2 mAxin2 Axin2 Dsh GSK3 GSK3 Axin2 catenin catenin p Axin2 catenin p (b) Axin2 LRP5/6 mAxin2 GSK3 Axin2 GSK3 GSK3 Axin2 catenin catenin Figur 3: Essensen af Wnt signalering i PSM væv i mus. A: systemet med 10 variable. B: Det reducerede system med 6 variable. destruction complex koncentrationen og degraderingen af β-catenin, hvormed det negative feedback loop er etableret. Der er 10 variable og dermed 10 koblede differentialligninger. Fjernelse af de to variable, der alligevel bare degraderedes, samt antagelse om hurtig dynamik i bindingen og degraderingen af Axin2 ved LRP5/6, reducerer systemet til 6 variable, som det ses p˚a figur 3 og repræsenteres af følgende 6 differentialligninger. dC dt = cfCB[GA] d[GA] − cbCC − αC (1) dt = c f[GA]GA − c b[GA][GA] − cfCB[GA] + cbCC + αC (2) dB dt = S − cfCB[GA] + cbCC (3) dG dt = −c f[GA]GA + c b[GA][GA] (4) dA dt = −c f[GA]GA + c b[GA][GA] + ctlAAm − cA dAm dt = ctsAB h − Am τAm A kA + A (5) (6) 35
Page 1 and 2: Gamma Γ Tidsskrift for fysik • S
Page 3 and 4: Fortale Kære læser Sommeren har s
Page 5 and 6: Gamma 150 Nyheder og meddelelser Ud
Page 7 and 8: Gamma 150 Nyheder og meddelelser de
Page 9 and 10: Gamma 150 Stephan Schwarz Figur 1:
Page 11 and 12: Gamma 150 Stephan Schwarz from the
Page 13 and 14: Gamma 150 Stephan Schwarz ment, alt
Page 15 and 16: Gamma 150 NOTES helpful comments on
Page 17 and 18: Gamma 150 NOTES [5] George de Heves
Page 19 and 20: Gamma 150 Rebecca B. Ettlinger og P
Page 31 and 32: Gamma 150 Peter Bjødstrup Jensen F
Page 33: Gamma 150 Peter Bjødstrup Jensen d
Page 37 and 38: Gamma 150 Peter Bjødstrup Jensen A
Page 39 and 40: Gamma 150 Peter Bjødstrup Jensen A
Page 41 and 42: Gamma 150 Peter Bjødstrup Jensen (
Page 43 and 44: —Paradokser og Opgaver Katrine Ru
Page 45 and 46: Gamma 150 Paradokser og opgaver n +
Page 48: Afsender: Returneres ved varig adre

Hele bladet i pdf-format - Gamma - Niels Bohr Institutet

You also want an ePaper? Increase the reach of your titles

Delete template?

Save as template?