F1- Praktikum Mikrobiologie Block N: Molekulare mikrobielle Ökologie

Verbrauchsmaterial:
- Bleistift
- 2 Objektträger mit jeweils 8 Feldern
- Übernachtkulturen (Legionella sp. und ein unbekanntes Schwamm-Bakterium)
- 4% PFA (Paraformaldehyd in 1x PBS)
- PBS (Phosphate buffered Saline)
- 100 % Ethanol
- 4 x 50 ml Falcon-Röhrchen
- Citifluor und Deckgläschen
- 16S rRNA-Sondensatz
- Fluoreszenz-Mikroskop reservieren
Name Sequenz 5’ → 3’ T m
(FA –
conc.)
Spezifität Markierung mit Position in
E.coli
EUB-Mix
EUB 338 I 1)
EUB 338 II
EUB 338 III
GCTGCCTCCCGTAGGAGT
GCAGCCACCCGTAGGTGT
GCTGCCACCCGTAGGTGT
55°C
55°C
55°C
(0-50%)
hgc 1) TATAGTTACCACCGCCGT 53,7°C
(25%)
ALPHA 1) CGTTCG(CT)TCTGAGCCAG 56,4°C
(20%)
GAM 42a 1) GCCTTCCCACATCGTTT 54,3°C
(35%)
1) Amann et al., 1995
Eubakterien
Planctomycetales
Verrucomicrobiales
Gram-positive
Bakterien mit hohem
GC-Gehalt
Proteobakterien der
α-Gruppe
Proteobakterien der γ-
Gruppe
cy3 und FITC
cy3 und FITC
cy3 und FITC
cy3
cy3
cy3
16S rRNA,
Pos. 338-
355
23S rRNA,
Pos. 1901-
1918
16S rRNA,
Pos. 19-35
23S rRNA,
Pos. 1027-
1043
Literatur:
(1) Amann R, Ludwig W and Schleifer KH (1995) Phylogenetic identification and
in situ detection of individual microbial cells without cultivation. Microbiol Rev 59 (1):
143-169
(2) Friedrich, AB, Merkert H, Fendert T, Hacker J, Proksch P and Hentschel U
(1999) Microbial diversity in the marine sponge Aplysina cavernicola (formerly
Verongia cavernicola) analyzed by fluorescence in situ hybridisation (FISH), Mar.
Biol. 134: 461-470
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