Sequence Comparison.pdf

172 8 Scoring Matrices
A 7
R -3 9
N -3 -1 9
D -3 -3 2 10
C -1 -6 -5 -7 13
Q -2 1 0 -1 -5 9
E -2 -1 -1 2 -7 3 8
G 0 -4 -1 -3 -6 -4 -4 9
H -3 0 1 -2 -7 1 0 -4 12
I -3 -5 -6 -7 -2 -5 -6 -7 -6 7
L -3 -4 -6 -7 -3 -4 -6 -7 -5 2 6
K -1 3 0 -2 -6 2 1 -3 -1 -5 -4 8
M -2 -3 -4 -6 -3 -1 -4 -5 -4 2 3 -3 9
F -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -2 -1 0 -5 0 10
P -1 -3 -4 -3 -6 -3 -2 -5 -4 -5 -5 -2 -4 -6 12
S 2 -2 1 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 7
T 0 -2 0 -2 -2 -1 -2 -3 -3 -2 -3 -1 -1 -4 -3 2 8
W -5 -5 -7 -8 -5 -4 -6 -6 -4 -5 -4 -6 -3 0 -7 -6 -5 16
Y -4 -4 -4 -6 -5 -3 -5 -6 3 -3 -2 -4 -3 4 -6 -3 -3 3 11
V -1 -4 -5 -6 -2 -4 -4 -6 -5 4 1 -4 1 -2 -4 -3 0 -5 -3 7
A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V
Fig. 8.9 The BLOSUM80 matrix.