Thése finale - Université Mentouri de Constantine

La ribotypie est une technique utilisée pour documenter des épidémies dues à de
nombreuses espèces de bactéries responsables d’infections nosocomiales
La ribotypie décrite par P.A.D. Grimont, utilise des sondes reconnaissant les loci
d’ADN codant pour l’ARN ribosomal (r RNA) 16 S et 23 S (Mena et al., 2006; Perichon et
al., 2007). Elle a deux avantages : d’une part, les gènes codant pour le r RNA sont identiques
dans le monde des eubactéries, ce qui permet l’utilisation d’une sonde universelle, d’autre
part, la majorité des espèces bactériennes possèdent plusieurs copies de l’opéron ribosomal
(rrn).
2.4.2. Hybridation avec d’autres sondes
La découverte de séquences d’insertion (i s) ou éléments transposables répétitifs a
permis, la réalisation de sondes spécifiques de ces i s. La standardisation de cette technique en
utilisant la séquence d’insertion i s 6110 permet la comparaison des résultats obtenus dans
différents laboratoires, et c’est aussi un outil pour établir le caractère nosocomial de certaines
tuberculoses (Avril et Donnio, 1998).
2.5. Electrophorèse en champ pulsé ou Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE)
La PEFG est considérée comme l'étalon-or des méthodes de typage moléculaire,
comparé à d'autres méthodes, elle offre souvent un pouvoir de discrimination supérieur
(Singleton, 2005).
En pratique, l’ADN chromosomique des souches étudiées doit être préparé sans subir de
coupures. Les bactéries sont incluses dans des blocs d’agarose. Elles y sont traitées par des
enzymes et des détergents de façon à ce que seul l’ADN intact reste inclus dans les blocs,
l’ADN est alors soumis à des enzymes de restriction choisies en fonction de l’espèce
bactérienne de façon à obtenir un nombre de fragments d’ADN, inférieur à 20. La séparation
des fragments est alors réalisée par migration dans un gel d’agarose soumis au champ pulsé.
L’ensemble des fragments obtenus est caractéristique de chaque souche analysée dont il
constitue le > (D'Agata et al., 2001; Pimkin et al., 2002).
Au cours d’une situation épidémique, ou supposée telle, la procédure recommandée est
la suivante :
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