Thése finale - Université Mentouri de Constantine

(Enterobacterial Repetitive intergenic consensus). Ces séquences aux fonctions
inconnues, peuvent être utilisées comme sites de liaison aux amorces dans la
réaction PCR (REP-PCR ou ERIC-PCR) pour produire des profils différents
(Noah et al., 2001).
2.6.1.2. PCR-ribotypage
Cette technique utilise des amorces codant pour les ARN 16 S et 23 S.
Elle permet de détecter le polymorphisme dans les régions intergéniques 16 S
et 23 S.
2.6.2. Amplification au hasard ou arbitrarily primed PCR (AP-PCR) ou
Random Amplification of polymorphic DNA (RAPD) :
Elle consiste à amplifier par PCR des fragments du génome en utilisant comme
amorce des séquences choisies au hasard. Les amorces choisies, d’une dizaine de bases et
d’un % G+C > 40, se répartissent sur le génome bactérien. Lorsque les deux amorces ont
trouvé des homologies le fragment d’ADN qui les sépare est amplifié par PCR. Les
produits d’amplification sont alors directement analysés par électrophorèse (Brise et
Verhoef, 2001; D'Agata et al., 2001) .
Cette technique a de nombreux avantages :
- Elle ne nécessite pas d’informations sur la séquence cible.
- Elle est discriminante et a de nombreuses applications.
- Elle ne nécessite pas d’enzyme de restriction et de ce fait un coût moindre que
beaucoup d’autres techniques.
Le typage des souches renseigne sur l’ampleur de la dissémination d’une souche
clonale, le nombre de souches clonales, l’origine des contaminations et les vecteurs de
transmission, ainsi que les facteurs de risque d’infection et de transmission des souches
nosocomiales.
Conclusion :
Au total, les techniques bactériologiques actuelles permettent avec un grand pouvoir
discriminant de comparer entre elles les souches appartenant à la même espèce et de
confirmer ou d’écarter l’hypothèse de la diffusion épidémique d’une même souche. Mais ce
n’est qu’une étape descriptive en soi, elle est sans efficacité, si elle n’est pas suivie par
l’établissement et l’observance de mesures préventives de la diffusion des infections
nosocomiales.
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