Thése finale - Université Mentouri de Constantine

Les marqueurs épidémiologiques
La survenue de cas groupés d’infections dues à des bactéries de la même espèce peut
être la conséquence de la diffusion épidémique de la même souche ou peut être l’addition de
groupes indépendants d’infections dues à des souches différentes.
C’est pour distinguer ces deux situations que l’étude des marqueurs épidémiologiques
est généralement mise en œuvre (Armengaud, 2003).
En pratique usuelle, un laboratoire de bactériologie identifie les souches pathogènes au
niveau de l’espèce : K.pneumoniae, Staphylococcus aureus, etc….Au sein de chacune de ces
espèces, la diversité génétique des souches permet de reconnaître différents clones. Les
typages par détermination des marqueurs épidémiologiques, en raison de leur coût, ne sont
réalisés que chez les souches de même espèce suspectées d’avoir une origine commune et
donc une diffusion épidémique (Bourlioux, 1990; Avril, 1998)
Classification des marqueurs
Ils sont classés en deux grands groupes :
Les plus classiques sont les marqueurs phénotypiques qui prennent en compte les
caractères exprimés par les microorganismes et les marqueurs génotypiques qui analysent le
génome, qu’il soit chromosomique ou non chromosomique.
1. Les marqueurs phénotypiques
Ils sont faciles à mettre en œuvre, en revanche ils sont très fortement influencés par les
conditions (facteurs environnementaux) qui exercent sur eux une pression sélective. Exp : les
antigènes influencés par les anticorps produits lors des réponses immunitaires, ou la
résistance aux antibiotiques chez les bacilles à Gram négatif influencée par la présence des
antibiotiques dans le milieu où vit le germe.
C’est à cause de la pression sélective qu’il est nécessaire de trouver des marqueurs
neutres vis à vis de la sélection naturelle.
1.1. Le biotype :
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