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De la dynamique des populations aux dynamiques adaptatives

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<strong>De</strong> <strong>la</strong> <strong>dynamique</strong> <strong>des</strong> popu<strong>la</strong>tions <strong>aux</strong> <strong>dynamique</strong>s<br />

<strong>adaptatives</strong><br />

Samuel Alizon (alizon@biologie.ens.fr)<br />

TD du module LV314


Table <strong>des</strong> matières<br />

1 Introduction 3<br />

1.1 Définitions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3<br />

1.1.1 La <strong>dynamique</strong> <strong>des</strong> popu<strong>la</strong>tions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3<br />

1.1.2 La popu<strong>la</strong>tion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3<br />

1.1.3 L’espèce . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3<br />

1.1.4 L’individu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4<br />

1.2 Exemples de <strong>dynamique</strong> <strong>des</strong> popu<strong>la</strong>tions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4<br />

1.3 La sélection naturelle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5<br />

2 Eléments de <strong>dynamique</strong>s <strong>des</strong> popu<strong>la</strong>tions 6<br />

2.1 Modèle démographique de base : Malthus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6<br />

2.1.1 Modèle en temps discret . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6<br />

2.1.2 Modèle en temps continu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7<br />

2.1.3 Croissance maltusienne <strong>des</strong> ressources . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8<br />

2.1.4 Liens du modèle malthusien avec <strong>la</strong> théorie de l’évolution . . . . . . . . . . . . . . . . 8<br />

2.1.5 Les limites du modèle malthusien . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8<br />

2.2 Modèle de croissance logistique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9<br />

3 Interaction entre espèces et invasions 11<br />

3.1 Interaction entre popu<strong>la</strong>tions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11<br />

3.1.1 Modèle de Lotka-Volterra . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11<br />

3.1.2 C<strong>la</strong>ssement <strong>des</strong> types d’interaction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11<br />

3.1.3 Equilibre <strong>des</strong> équations de Lotka Volterra . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12<br />

3.1.4 Applications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13<br />

3.2 Invasions biologiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13<br />

4 <strong>De</strong> l’écologie à l’évolution 15<br />

4.1 La théorie de l’optimisation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16<br />

4.1.1 Un phénotype associé à une valeur de fitness . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16<br />

4.1.2 Les limites du modèle d’optimisation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17<br />

4.2 Les <strong>dynamique</strong>s <strong>adaptatives</strong> . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17<br />

4.3 Le calcul de <strong>la</strong> valeur sélective . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19<br />

4.3.1 Les étapes du calcul . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19<br />

4.3.2 Exemple : évolution de <strong>la</strong> taille corporelle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19<br />

4.4 Approche géométrique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21<br />

4.4.1 A partir du paysage adaptatif (figure 4.4) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21<br />

4.4.2 Diagrammes Binaires d’Invasion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21<br />

4.4.3 Attractivité <strong>des</strong> équilibres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22<br />

4.4.4 Stabilité évolutive <strong>des</strong> équilibres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22<br />

4.4.5 Quelques configurations célébres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22<br />

4.5 Quelques application <strong>des</strong> <strong>dynamique</strong>s <strong>adaptatives</strong> . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22<br />

1


4.5.1 Comprendre les phénomènes évolutifs passés . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22<br />

4.5.2 Gestion <strong>des</strong> ressources naturelles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23<br />

4.5.3 Evolution <strong>des</strong> parasites . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23<br />

4.5.4 Approches plus théoriques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24<br />

5 Malthusianisme et néo-malthusianisme 25<br />

6 Les <strong>la</strong>pins de Fibonacci 26<br />

2


Chapitre 1<br />

Introduction<br />

On ne peut comprendre <strong>la</strong> biologie juste avec <strong>la</strong> biochimie, <strong>la</strong> génétique <strong>des</strong> individus, <strong>la</strong> diversité <strong>des</strong> espèces et les<br />

systèmes physiologiques qui permettent <strong>la</strong> survie au jour le jour. Il faut aussi prendre en compte les facteurs qui<br />

façonnent l’évolution dans le temps <strong>des</strong> lignées d’organismes : leurs popu<strong>la</strong>tions, leur écologie – c’est-à-dire leurs<br />

re<strong>la</strong>tions <strong>aux</strong> mon<strong>des</strong> physiques et biologiques qui les entourent – et finalement leur comportement.<br />

Biology, Wessels & Hopson, p. 1008<br />

L’écologie est une science quantitative. Le but de l’écologie <strong>des</strong> popu<strong>la</strong>tions est de mesurer et expliquer les<br />

variations de <strong>la</strong> taille et de <strong>la</strong> composition <strong>des</strong> popu<strong>la</strong>tions.<br />

La modélisation a un rôle important pour décrire, comprendre et prévoir les <strong>dynamique</strong>s.<br />

1.1.1 La <strong>dynamique</strong> <strong>des</strong> popu<strong>la</strong>tions<br />

1.1 DÉFINITIONS<br />

C’est l’étude <strong>des</strong> tailles de popu<strong>la</strong>tion au cours du temps.<br />

1.1.2 La popu<strong>la</strong>tion<br />

Les individus d’une espèce donnée survivent rarement seuls. La plupart du temps ils vivent en popu<strong>la</strong>tions,<br />

ce qui leur confère <strong>des</strong> avantages sélectifs.<br />

popu<strong>la</strong>tion : groupe d’individus d’une même espèce considérés dans un espace donné à un moment donné. <strong>De</strong>s<br />

individus d’une popu<strong>la</strong>tion ont en moyenne plus d’interaction proches entre eux qu’avec <strong>des</strong> individus d’autres<br />

groupes.<br />

Il existe plusieurs sortes de <strong>des</strong>cripteurs associés <strong>aux</strong> popu<strong>la</strong>tions : abondance temporelle, abondance<br />

spatiale...<br />

1.1.3 L’espèce<br />

Notion compliquée... le critère c<strong>la</strong>ssique introduit par Ernst MAYR est l’interfécondité <strong>des</strong> individus d’une<br />

même espèce et de leurs <strong>des</strong>cendants. Mais que dire <strong>des</strong> individus stériles ? Ou <strong>des</strong> cas de dimorphisme entre<br />

variétés... Et les bactéries...<br />

3


1.1.4 L’individu<br />

[...] est considérée comme individu en biologie une entité qui possède une unité (ou indivisibilité) génétique et<br />

organique, et dont <strong>la</strong> singu<strong>la</strong>rité provient en particulier de son inscription au sein d’une histoire.<br />

Gouyon & al., Les avatars du gène (1997), Belin, p. 180<br />

Indivisibilité et unicité sont les deux propriétés fondamentales de l’individu. Si <strong>la</strong> première ne pose pas<br />

trop de problème, <strong>la</strong> seconde remet en cause toute connaissance à un niveau inférieur à l’individu (car si tous<br />

différent comment dégager <strong>des</strong> principes génér<strong>aux</strong>).<br />

Le problème vient <strong>des</strong> espèces qui alternent les sta<strong>des</strong> unicellu<strong>la</strong>ires et pluricellu<strong>la</strong>ires. C’est le cas pour<br />

certaines amibes (Dictyostelium discoideum) ou bactéries (Myxococcus xanthus, figure 1.1).<br />

A) B)<br />

FIG. 1.1 – Cycle de vie de Myxococcus xanthus<br />

La figure A) schématise le cycle de vie et <strong>la</strong> figure B) l’illustre avec <strong>des</strong> photos trouvées sur http ://cmgm.stanford.edu/devbio/kaiser<strong>la</strong>b/<br />

On s’en sort en distinguant les organismes unitaires, dont <strong>la</strong> structure individuelle est prévisible dans le<br />

temps et pour lesquels les changements sont dus à l’âge, et les organismes modu<strong>la</strong>ires, où chaque individu est<br />

constitué d’unités dont le nombre va pouvoir varier selon l’âge, l’environnement, etc.<br />

Remarque : ce problème de définition de l’individu est à lié à <strong>la</strong> transition évolutive entre l’état unicellu<strong>la</strong>ire<br />

et pluricellu<strong>la</strong>ire. John MAYNARD SMITH et Eörs SZATHMÀRY définissent 8 transitions majeures en<br />

évolution :<br />

1. de molécules répliquantes libres à une popu<strong>la</strong>tion de molécules établie dans un compartiment<br />

2. <strong>des</strong> réplicateurs indépendants <strong>aux</strong> chromosomes<br />

3. de l’ARN (comme gène/enzyme) à <strong>la</strong> séparation de l’ADN et <strong>des</strong> protéines (Code génétique).<br />

4. <strong>des</strong> procaryotes <strong>aux</strong> eucaryotes (spécialisation cellu<strong>la</strong>ire, symbioses).<br />

5. <strong>des</strong> clones asexués <strong>aux</strong> popu<strong>la</strong>tions sexuées<br />

6. <strong>des</strong> protistes <strong>aux</strong> anim<strong>aux</strong>, <strong>aux</strong> p<strong>la</strong>ntes, <strong>aux</strong> champignons (différenciation cellu<strong>la</strong>ire).<br />

7. d’individus solitaires <strong>aux</strong> colonies (castes non reproductrices).<br />

8. <strong>des</strong> sociétés de primates <strong>aux</strong> sociétés humaines (<strong>la</strong>ngages).<br />

1.2 EXEMPLES DE DYNAMIQUE DES POPULATIONS<br />

Un <strong>des</strong> premiers efforts de modélisation d’une <strong>dynamique</strong> de popu<strong>la</strong>tion remonte au XIII e siècle et au<br />

problème de FIBONACCI. A partir d’une suite de récurrence, il modélise une popu<strong>la</strong>tions de <strong>la</strong>pins (voir les<br />

annexes pour plus de détails).<br />

Un exemple célèbre d’étude de <strong>dynamique</strong> de popu<strong>la</strong>tion est celui <strong>des</strong> popu<strong>la</strong>tions de lynx et de lièvres au<br />

Canada. Pendant <strong>des</strong> années les trappeurs nord-américains ont vendu <strong>des</strong> pe<strong>aux</strong> de lièvres <strong>aux</strong> pattes b<strong>la</strong>nches<br />

et <strong>des</strong> pe<strong>aux</strong> de lynx <strong>aux</strong> comptoirs de <strong>la</strong> Compagnie de <strong>la</strong> Baie d’Hudson du Canada. La compagnie a conservé<br />

les chiffres <strong>des</strong> pe<strong>aux</strong> achetées depuis 1800 ce qui a permis de retracer les fluctuations de densité de popu<strong>la</strong>tion<br />

(figure 1.2).<br />

4


FIG. 1.2 – Dynamiques de popu<strong>la</strong>tions de lièvres et de lynx au Canda<br />

Quand les densités <strong>des</strong> proies augmentent, celles <strong>des</strong> prédateurs aussi mais avec un petit dé<strong>la</strong>i. Ceci créé une <strong>dynamique</strong> faite de pics et de vallées.<br />

1.3 LA SÉLECTION NATURELLE<br />

La sélection naturelle telle que <strong>la</strong> définit Charles DARWIN en 1859, se fait sur un trait phénotypique donné<br />

à condition que :<br />

– il existe une variation inter-individuelle du trait<br />

– les variations soient héritables<br />

– il y ait une survie ou une reproduction différentielle selon <strong>la</strong> valeur du trait<br />

C<strong>la</strong>ssiquement, le phénotype est déterminé par une composante génétique (et épigénétique) et par une<br />

composante environnementale. Chaque individu a un phénotype différent.<br />

Remarquez qu’on parle d’héritabilité et non d’hérédité (qui implique un support génétique). Ici, on ne<br />

s’intéresse pas au support de l’héritabilité du trait (génétique, épigénétique, culture, . . . ), <strong>la</strong> seule chose qui<br />

compte c’est que <strong>la</strong> variation du trait soit héritable.<br />

Ici, on étudie <strong>des</strong> traits phénotypiques quantitatifs que l’on peut mesurer et <strong>aux</strong>quels on peut attribuer<br />

une valeur. <strong>De</strong>s individus d’une même popu<strong>la</strong>tion qui ont <strong>la</strong> même valeur de trait phénotypique forment une<br />

sous-popu<strong>la</strong>tion.<br />

La sélection naturelle peut jouer sur plusieurs traits à <strong>la</strong> fois. Le modéliser permet de prendre en compte<br />

les interactions entre traits, mais ce<strong>la</strong> complique beaucoup l’analyse. Ici, on considérera toujours un seul trait.<br />

<strong>De</strong>ux sous-popu<strong>la</strong>tions différent donc simplement par leur valeur de trait phénotypique.<br />

5


Chapitre 2<br />

Eléments de <strong>dynamique</strong>s <strong>des</strong> popu<strong>la</strong>tions<br />

2.1 MODÈLE DÉMOGRAPHIQUE DE BASE : MALTHUS<br />

Le nom de ce modèle vient d’un pasteur anglican qui s’est intéressé <strong>aux</strong> popu<strong>la</strong>tions humaines dans son<br />

Essay on the Principle of Popu<strong>la</strong>tion (1798).<br />

2.1.1 Modèle en temps discret<br />

Le but est d’étudier les effectifs d’une popu<strong>la</strong>tion à <strong>des</strong> instants d’observation t, avec t ∈ {0, 1, 2, . . .}.<br />

L’intervalle entre deux instants t peut être une année par exemple. On peut faire un parallèle avec un<br />

expérimentateur qui ne peut faire que <strong>des</strong> relevés annuels sur <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion qu’il étudie.<br />

On note Nt l’effectif de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion à l’instant t.<br />

Entre deux instants d’observations t et t+1 (avec notre exemple ce<strong>la</strong> correspond à une année), les variations<br />

qu’a pu subir <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion sont dues <strong>aux</strong> naissances (Bt), <strong>aux</strong> morts (Dt), à l’immigration (It) et à l’émigration<br />

(Et). Autrement dit :<br />

Nt+1 − Nt = Bt − Dt + It − Et (2.1)<br />

Pour simplifier, on suppose que l’on considère une popu<strong>la</strong>tion fermée <strong>aux</strong> mouvements migratoires (donc<br />

que It = Et = 0).<br />

Si on note f <strong>la</strong> fécondité moyenne de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion entre deux instants et m le t<strong>aux</strong> de mortalité entre deux<br />

instants, on peut écrire :<br />

L’équation 2.1, devient alors :<br />

Bt = f × Nt<br />

Dt = m × Nt<br />

Nt+1 = f Nt − m Nt + Nt<br />

En définissant <strong>la</strong> probabilité de survie par 1 − m, on a :<br />

Nt+1 = (f + s) Nt (2.2)<br />

La suite (Nt) est une suite géométrique de raison λ = f + s, où λ est appelé le t<strong>aux</strong> d’accroissement.<br />

On peut facilement exprimer Nt en fonction de N0 (<strong>la</strong> condition initiale), λ et t :<br />

N1 = λ N0<br />

N2 = λ N1<br />

N3 = λ N2<br />

. . .<br />

Nt+1 = λ Nt<br />

6


En remp<strong>la</strong>çant N1 dans l’expression de N2, puis celle de N2 dans N3 et ainsi de suite, on trouve :<br />

Nt+1 = λ t N0 (2.3)<br />

Si t est grand (mettons t → ∞), alors l’état de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion à t dépend du t<strong>aux</strong> d’accroissement.<br />

– si λ = 1 : ∀t ∈ N ∗ Nt = N0, ce qui signifie que l’effectif de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion reste constant au cours du<br />

temps<br />

– si λ < 1 : l’effectif de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion tend vers 0 car alors limt→∞λ t = 0<br />

– si λ > 1 : on a une croissance infinie de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion car alors limt→∞λ t = +∞ (cf. figure 2.1)<br />

FIG. 2.1 – Croissance exponentielle de faisans, d’après LACK (1954)<br />

En 1937, 8 faisans (2 mâles et 6 femelles) furent introduits dans un île près de Washington. Durant les 5 années suivantes, <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion fut<br />

en croissance exponentielle. En 1943 <strong>des</strong> militaires s’installèrent sur l’île et tuèrent les faisans.<br />

Il est en temps discret, ce qui signifie qu’on ne sait pas ce qui se passe entre deux instants t et t + 1. Ce<br />

type de modèle est souvent utilisé en biologie à cause <strong>des</strong> rythmes saisonniers <strong>des</strong> popu<strong>la</strong>tions. Il est pratique<br />

pour les popu<strong>la</strong>tions dont les générations ne se chevauchent pas (certains Insectes, <strong>des</strong> p<strong>la</strong>ntes annuelles).<br />

2.1.2 Modèle en temps continu<br />

Le contraire du modèle discret est le modèle en temps continu, qui revoit à <strong>des</strong> popu<strong>la</strong>tions qui ont une<br />

croissance continue dans un environnement non saisonnier (par exemple <strong>des</strong> bactéries en culture) ou pour <strong>des</strong><br />

popu<strong>la</strong>tions qui ont <strong>des</strong> générations chevauchantes. On passe du modèle discret précédent à un modèle en<br />

temps continu (ce qui permet de connaître à tout moment l’effectif de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion) en supposant que l’on<br />

regarde <strong>la</strong> variation de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion entre deux instants très porches (t et t + dt). Cette variation est notée dN.<br />

Comme précédemment,<br />

dN = proba. de naissance pendant dt × N(t) − proba. de mort pendant dt × N(t)<br />

Si <strong>la</strong> probabilité de naissance pendant dt est b × dt et si celle de mourir pendant dt est d × dt, on a :<br />

dN = b × dt × N(t) − d × dt × N(t)<br />

dN = (b − d) × N(t) × dt<br />

On définit le t<strong>aux</strong> d’accroissement intrinsèque de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion r, tel que r = b − d. Alors :<br />

En intégrant, on trouve :<br />

dN<br />

dt<br />

= r × N<br />

N(t) = N(0) × exp(r t) (2.4)<br />

On retrouve les mêmes résultats qu’avec le modèle continu (avec r = ln(λ)) :<br />

– si r = 0 : l’effectif de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion reste constant au cours du temps<br />

– si r < 0 : l’effectif de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion tend vers 0<br />

– si r > 0 : on a une croissance infinie<br />

Dans les deux types de modèle malthusiens (discret ou continu), on trouve que soit les popu<strong>la</strong>tions ont une<br />

croissance exponentielle, soit elles disparaissent.<br />

7


N(t)<br />

2<br />

1.5<br />

1<br />

0.5<br />

A) 1 2 3 4<br />

t<br />

N(t)<br />

50<br />

40<br />

30<br />

20<br />

10<br />

B) 1 2 3 4<br />

t<br />

N(t)<br />

C) 1 2 3 4<br />

FIG. 2.2 – Influence du t<strong>aux</strong> d’accroissement r dans un modèle malthusien<br />

A) Cas où r = 0, B) Cas où r = 1, C) Cas où r = −1. Dans les trois cas, N(0) = 1.<br />

2.1.3 Croissance maltusienne <strong>des</strong> ressources<br />

MALTHUS considère que, au maximum, les ressources ne peuvent augmenter que de leur valeur initiale<br />

tous les 25 ans.<br />

On note Rt les ressources à l’instant t (t ∈ {0, 25, 50, . . .}) et R0 <strong>la</strong> production initiale. On a donc une<br />

suite arithmétique dont <strong>la</strong> raison est le premier terme.<br />

donc<br />

Rt+25 = Rt + R0<br />

Rt = (t + 25) R0<br />

2.1.4 Liens du modèle malthusien avec <strong>la</strong> théorie de l’évolution<br />

Dans <strong>la</strong> théorie de MALTHUS, les être vivants ont une croissance géométrique et croissent plus vite que<br />

les ressources qui n’ont une croissance arithmétique. Ce<strong>la</strong> le conduit à prôner <strong>des</strong> principes de restriction<br />

<strong>des</strong> naissances, dans un but bien peu phi<strong>la</strong>nthropique (cf. l’Annexe C pour plus de détails sur cette dérives<br />

d’application de théories de l’écologie et de l’évolution à l’Homme).<br />

DARWIN est influencé par les idées de MALTHUS qu’il applique <strong>aux</strong> anim<strong>aux</strong> et <strong>aux</strong> p<strong>la</strong>ntes pour formuler<br />

sa théorie de sélection naturelle en 1859 dans L’origine <strong>des</strong> espèces. C’est parce que les popu<strong>la</strong>tions ont une<br />

croissance exponentielle et parce que les ressources deviennent limitantes qu’il existe une compétition pour<br />

avoir <strong>des</strong> <strong>des</strong>cendants.<br />

2.1.5 Les limites du modèle malthusien<br />

Il semble évident que le modèle de Malthus ne s’applique pas car sinon toutes les popu<strong>la</strong>tions devraient<br />

exploser ou s’éteindre ou avoir <strong>des</strong> tailles constantes (cf. les cycles entre les lynx et les lièvres sur <strong>la</strong> figure 1.2).<br />

Dans son modèle, MALTHUS néglige plusieurs points :<br />

– il existe une hétérogénéité <strong>des</strong> paramètres entre différentes c<strong>la</strong>sses d’individus : les juvéniles ne se<br />

reproduisent pas, les individus âgés ont un t<strong>aux</strong> de mortalité plus élevé, etc.On peut prendre en compte <strong>la</strong><br />

spécificité <strong>des</strong> cycles de vie <strong>des</strong> espèces avec les modèles structurés en c<strong>la</strong>sse d’âge<br />

– il existe même une hétérogénéité entre les individus d’une même c<strong>la</strong>sse. On <strong>la</strong> prend en compte en<br />

introduisant de <strong>la</strong> stochasticité dans les processus démographiques.<br />

– on peut avoir <strong>des</strong> effets environnement<strong>aux</strong> externes liés à une hétérogénéité spatiale ou temporelle de<br />

l’environnement<br />

– enfin, on peut avoir <strong>des</strong> effets environnement<strong>aux</strong> internes liés <strong>aux</strong> interactions individuelles intraspécifiques<br />

(compétition, coopération) ou interspécifiques (prédation, mutualisme)<br />

8<br />

1<br />

0.8<br />

0.6<br />

0.4<br />

0.2<br />

t


2.2 MODÈLE DE CROISSANCE LOGISTIQUE<br />

Pour rendre le modèle malthusien un peu plus réaliste, on peut y incorporer de <strong>la</strong> compétition entre<br />

individus de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion en limitant les ressources. Autrement dit : plus il y a d’individus, moins il est facile de<br />

survivre. Cette compétition se manifeste par <strong>des</strong> processus de densité dépendance.<br />

Pour le t<strong>aux</strong> de natalité b pas de changements, il est toujours constant b(N) = b.<br />

La compétition intra-spécifique se manifeste au niveau du t<strong>aux</strong> de mortalité. On suppose que ce t<strong>aux</strong> dépend<br />

de l’effectif de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion n. Si on note d(N) le t<strong>aux</strong> de mortalité densité-dépendant et d le t<strong>aux</strong> de mortalité<br />

intrinsèque, on a :<br />

d(N) = d + α N d<br />

Si <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion est petite (N tend vers 0), d(N) ≈ d. En revanche, si <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion est grande, <strong>la</strong> mortalité<br />

augmente beaucoup du fait de <strong>la</strong> compétition.<br />

Avec cette définition du t<strong>aux</strong> de mortalité, le t<strong>aux</strong> d’accroissement est :<br />

r(N) = r − α N (2.5)<br />

avec r = b − d<br />

où r est le t<strong>aux</strong> d’accroissement intrinsèque de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion.<br />

Soit :<br />

C<strong>la</strong>ssiquement, on écrit<br />

r(N) = r<br />

<br />

1 − N<br />

<br />

K<br />

avec K = r<br />

d α<br />

La <strong>dynamique</strong> de <strong>la</strong> densité de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion (N) est donnée par l’équation<br />

d N<br />

d t<br />

d N<br />

d t<br />

= r<br />

= N × r(N) = G(N)<br />

(2.6)<br />

<br />

1 − N<br />

<br />

N = G(N) (2.7)<br />

K<br />

Dès 1954, GAUSE avec ses trav<strong>aux</strong> sur les micro-organismes a montré qu’une popu<strong>la</strong>tion de paramécies en<br />

culture avait une croissance logistique (figure 2.3).<br />

Trouver l’équilibre<br />

A l’équilibre les effectifs de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion ne varient plus. autrement dit :<br />

d N<br />

d t<br />

= G(N) = 0 (2.8)<br />

Ce<strong>la</strong> peut se résoudre graphiquement si on trace <strong>la</strong> fonction G en fonction de N. Les points d’équilibre sont<br />

les points où G(N) coupe l’axe <strong>des</strong> abscisses, c’est-à-dire où G(N) s’annule (figure 2.4).<br />

D’après l’équation 2.7, on a deux équilibres : soit N eq = 0, soit si N > 0 et K > 0 on a N eq = K. C’est<br />

pourquoi K est souvent définie comme "l’effectif à l’équilibre".<br />

9


FIG. 2.3 – Dynamique d’une popu<strong>la</strong>tion de Paramecium caudatum, GAUSE (1934)<br />

On part de deux individu sur un mileu riche en bactéries (proies) et pendant 25 jours on renouvelle l’apport en bactéries. GAUSE conclut que<br />

<strong>la</strong> croissance de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion est limitée et que <strong>la</strong> taille maximale K dépend de <strong>la</strong> quantité de bactéries injectées dans le milieu.<br />

G(N)<br />

4<br />

2<br />

-2<br />

-4<br />

<br />

2 4 6 8 10 12 14<br />

FIG. 2.4 – Equilibre pour une croissance logisitque<br />

Les équilibres sont accentués par <strong>des</strong> points. Les valeurs de paramètres sont r = 1 et K = 10.<br />

Stabilité d’un équilibre<br />

<br />

K<br />

Instable Stable Bistable<br />

FIG. 2.5 – Représentation <strong>des</strong> conditions de stabilité, instabilité, bistabilité<br />

Attention : équilibre n’implique pas stabilité (figure 2.5).<br />

Connaissant une valeur d’équilibre N eq , on peut voir s’il est localement stable ou instable. Il suffit de<br />

connaître le signe de <strong>la</strong> fonction G(N) quand N est proche de N eq . On voit ainsi si on converge ou non vers<br />

l’équilibre.<br />

Plus rapidement, on peut aussi regarder le signe de <strong>la</strong> dérivée seconde de N(t) (donc celui de <strong>la</strong> dérivée de<br />

G(N)) pour <strong>des</strong> valeurs de N proche de N eq . Si :<br />

– si G ′ (N eq ) > 0 : l’équilibre est localement instable<br />

– si G ′ (N eq ) < 0 : l’équilibre est localement stable<br />

10<br />

N


Chapitre 3<br />

Interaction entre espèces et invasions<br />

Jusqu’à présent on a considéré une seule popu<strong>la</strong>tion, c’est-à-dire que tous les individus avaient le même<br />

phénotype (et on a supposé que le trait phénotypique étudié était héritable). Pourtant, non seulement les<br />

popu<strong>la</strong>tions sont en interaction mais en plus au sein mêmes <strong>des</strong> popu<strong>la</strong>tions <strong>des</strong> sous popu<strong>la</strong>tions coexistent.<br />

3.1 INTERACTION ENTRE POPULATIONS<br />

On peut étudier ce qui se passe quand deux "popu<strong>la</strong>tions" coexistent. Vu que "coexistence" implique que<br />

les limites d’espace et de temps d’observation sont différentes, on suppose nécessairement que les popu<strong>la</strong>tions<br />

sont différentiées par les phénotypes de individus. On suppose aussi qu’il n’y a pas d’interfécondité. En fait,<br />

c’est comme si on étudiait <strong>la</strong> coexistence de deux espèces.<br />

<strong>De</strong>s popu<strong>la</strong>tions présentes au même endroit au même moment ne sont pas indépendantes : elles interagissent<br />

et cette interaction modifie leurs <strong>dynamique</strong>.<br />

Cette influence <strong>des</strong> re<strong>la</strong>tions inter-spécifiques sur <strong>la</strong> <strong>dynamique</strong> <strong>des</strong> espèces a été introduite indépendamment<br />

par LOTKA (1925) et VOLTERRA (1931). On va se limiter à <strong>des</strong> interactions entre deux espèce.<br />

3.1.1 Modèle de Lotka-Volterra<br />

On suppose que les espèces ont une croissance logistique, donc on part de l’équation 2.7.<br />

La <strong>dynamique</strong> <strong>des</strong> deux espèces en interaction est donnée par les deux équations de Lotka-Volterra :<br />

dN1<br />

dt = r1<br />

<br />

N1 1 − N1<br />

<br />

N2<br />

+ α12<br />

dN2<br />

dt = r2 N2<br />

K1<br />

<br />

1 − N2<br />

K1<br />

N1<br />

+ α21<br />

K2 K2<br />

Dans les deux cas on a un terme de croissance (ri Ni) plus un terme d’interaction intra-spécifique (−N 2 i ), plus<br />

un terme d’interaction inter-spécifique (αij Nj Ni avec i = j).<br />

Important : les termes en α peuvent être positifs, négatifs ou nuls. On peut c<strong>la</strong>sser les interactions en<br />

fonction du signe du coefficient α<br />

3.1.2 C<strong>la</strong>ssement <strong>des</strong> types d’interaction<br />

Les interactions inter-spécifiques sont c<strong>la</strong>ssées en fonction <strong>des</strong> coût et bénéfices qu’elles engendrent pour<br />

les acteurs (on considère le plus souvent <strong>des</strong> interactions binaires). Les cinq possibilités sont <strong>la</strong> compétition<br />

(tout le monde y perd), le mutualisme (tout le monde y gagne), l’exploitation (ou <strong>la</strong> prédation), l’amensalisme<br />

(l’un y perd et l’autre ne sent rien) et le commensalisme (l’un y gagne et l’autre ne sent rien).<br />

11<br />

<br />

(3.1)


Remarque : on peut considérer que les interactions ne sont pas "b<strong>la</strong>nc" ou "noir". On peut avoir en même<br />

temps de <strong>la</strong> coopération et de l’exploitation. Pour certaines interaction, le signe de α peut varier. On parle de<br />

liaisons dangereuses pour les interactions positives qui peuvent devenir négatives facilement.<br />

TAB. 3.1 – Calssification <strong>des</strong> interactions inter-spécifiques en fonction <strong>des</strong> signes <strong>des</strong> coefficients d’interaction<br />

(point de vue de l’espèce 1).<br />

α12<br />

+ 0 −<br />

− exploitation (+−) amensalisme (−0) compétition (−−)<br />

α21 0 commensalisme (0+) 00<br />

+ mutualisme (++)<br />

GAUSE eut l’idée en 1954 de construire <strong>des</strong> modèles expériment<strong>aux</strong> afin de mettre en évidence <strong>la</strong> compétition<br />

inter-spécifique. Il compare <strong>des</strong> popu<strong>la</strong>tion de différentes espèces de paramécies cultivées seules (figure 2.3 et<br />

3.1A) ou simultanément (figure 3.1B). Il constate qu’en cas de culture mixte, l’un <strong>des</strong> deux popu<strong>la</strong>tion l’emporte<br />

sur l’autre.<br />

A)<br />

B)<br />

FIG. 3.1 – Influence de <strong>la</strong> compétition inter-spécifique, d’après GAUSE (1954)<br />

A) Dynamique d’une popu<strong>la</strong>tion de Paramecium aurelia seule.<br />

A) Dynamique de deux popu<strong>la</strong>tions coexistant (Paramecium aurelia et Paramecium caudatum).<br />

3.1.3 Equilibre <strong>des</strong> équations de Lotka Volterra<br />

Précisons le terme de compétition intra-spécifique de l’équation 3.1 en reprenant l’expression G(N)<br />

introduite dans l’équation 2.7. On Obtient :<br />

dN1<br />

dt = r1<br />

<br />

N1 1 − N1<br />

<br />

+ α12 N1 N2<br />

K1<br />

dN2<br />

dt = r2<br />

<br />

N2 1 − N2<br />

<br />

+ α21 N2 N1<br />

K2<br />

12<br />

(3.2)


On a deux solutions évidentes pour les cas où l’espèce 1 ou l’espèce 2 disparaissent :<br />

(N eq<br />

1 ; N eq<br />

2 ) = (0 ; K2)<br />

(N eq<br />

1 ; N eq<br />

2 ) = (K1 ; 0)<br />

Si N eq<br />

1 = 0 et N eq<br />

2 = 0, alors on a une troisième solution avec coexistence :<br />

(N eq<br />

1 ; N eq<br />

2 ) =<br />

K2<br />

K1<br />

r2<br />

α12<br />

1<br />

r2 r1 − K2 K1 α21 α12<br />

; K1<br />

K2<br />

r1<br />

α21<br />

1<br />

r1 r2 − K1 K2 α12 α21<br />

On étudie <strong>la</strong> stabilité de ces équilibre en utilisant une méthode graphique : il suffit de tracer un graphe avec<br />

N1en abscisses et N2 en ordonnées et de tracer les isoclines, c’est-à-dire les valeurs de N1 et N2 pour lesquelles<br />

on a dN1/dt = 0 et dN2/dt = 0. En rajoutant les signes de dN1/dt et dN2/dt sur le graphe, on a une idée de<br />

<strong>la</strong> stabilité <strong>des</strong> équilibre.<br />

On peut arriver à avoir <strong>des</strong> cycles...<br />

3.1.4 Applications<br />

L’étude de <strong>la</strong> coexistence <strong>des</strong> espèces est à <strong>la</strong> base de <strong>la</strong> biologie de <strong>la</strong> conservation et <strong>des</strong> étu<strong>des</strong> sur <strong>la</strong><br />

biodiversité.<br />

Pour <strong>la</strong> biologie de <strong>la</strong> conservation <strong>des</strong> facteurs génétiques se rajoutent car on a souvent affaire à <strong>des</strong><br />

popu<strong>la</strong>tions de petites tailles ce qui implique une forte consanguinité.<br />

3.2 INVASIONS BIOLOGIQUES<br />

Une popu<strong>la</strong>tion n’est pas isolée : elle est continuellement confrontée a de nouvelles popu<strong>la</strong>tions du fait de<br />

deux processus (migration et mutation).<br />

Les deux cas se ressemblent :<br />

– on part d’une popu<strong>la</strong>tion résidente caractérisée par un trait phénotypique x<br />

– un nouvel (ou quelques nouve<strong>aux</strong>) individus apparaissent qui portent un trait phénotypique x ′ différent<br />

de x : ces individus constituent une nouvelle sous-popu<strong>la</strong>tion<br />

– les deux popu<strong>la</strong>tions interagissent et trois scénarios sont possibles : coexistence, disparition du nouveau<br />

phénotype, disparition du phénotype résident<br />

Lors d’une invasion, le phénotype mutant est rare, qu’il provienne d’une mutation ou d’une migration. C’est<br />

pourquoi on parlera ici de mutant pour désigner le nouvel individu, même s’il ne provient pas d’une mutation<br />

stricto sensu. Pour désigner un individu de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion déjà présente, on parle de résident.<br />

On est de nouveau au niveau de l’individu : c’est un individu qui porte un phénotype différent. Si on<br />

ne rajoute pas de stochasticité démographique, on peut connaître le résultat de l’interaction entre résident et<br />

mutant en utilisant l’équation de Lotka-Volterra et en y injectant les bons paramètres.<br />

Plus le ‘‘mutant’’ est avantagé par rapport au ‘‘résident’’ et plus il envahit vite. La vitesse à <strong>la</strong>quelle un<br />

mutant pour un trait envahit une popu<strong>la</strong>tion résidente est appelée valeur sélective (fitness en ang<strong>la</strong>is). Une<br />

autre manière de définir <strong>la</strong> valeur sélective est de dire que c’est <strong>la</strong> capacité pour un individu (c’est à dire un<br />

phénotype) de produire <strong>des</strong> <strong>des</strong>cendants matures (viables et reproducteurs) re<strong>la</strong>tivement <strong>aux</strong> autres individus<br />

de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion au même moment.<br />

13


Taille de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion<br />

100<br />

80<br />

60<br />

40<br />

20<br />

A) 20 40 60 80 100<br />

temps<br />

Taille de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion<br />

B) 20 40 60 80 100<br />

FIG. 3.2 – Invasion d’une popu<strong>la</strong>tion résidente par un mutant (tirets)<br />

Dans les deux cas <strong>la</strong> valeur sélective du mutant est positive (car il envahit <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion résidente) mais sur A) le mutant a une forte valeur<br />

sélective et sur B) il en a une plus faible.<br />

14<br />

100<br />

80<br />

60<br />

40<br />

20<br />

temps


Chapitre 4<br />

<strong>De</strong> l’écologie à l’évolution<br />

Jusqu’à présent on s’est intéressé <strong>aux</strong> variations <strong>des</strong> effectifs <strong>des</strong> popu<strong>la</strong>tions dans le temps.<br />

On a vu qu’une popu<strong>la</strong>tion pouvait être envahie par une sous-popu<strong>la</strong>tion d’un phénoype différent à <strong>la</strong> suite<br />

d’une mutation ou d’une migration.<br />

Si on suit une popu<strong>la</strong>tion pendant peu de temps, on peut supposer qu’elle atteint son équilibre et qu’elle y<br />

reste. En revanche si on choisit d’observer <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion sur une plus grande d’échelle de temps, il faut prendre<br />

en compte les phénomènes de mutation et d’invasion.<br />

FIG. 4.1 – Dynamiques évolutives de traits phénotypiques<br />

A) Evolution de <strong>la</strong> masse moyenne <strong>des</strong> Mammifères<br />

B) Evolution de <strong>la</strong> conicité <strong>des</strong> coquilles de Foraminifères (microp<strong>la</strong>ncton).<br />

L’hypothèse de base quand on étudie l’évolution <strong>des</strong> popu<strong>la</strong>tion est que les échelles de temps écologiques<br />

et évolutives sont distinctes. Autrement dit, quand on étudie l’évolution d’une popu<strong>la</strong>tion, on suppose toujours<br />

qu’elle est à l’équilibre écologique. Ceci a une grosse implication : comme les popu<strong>la</strong>tions sont toujours à<br />

l’équilibre, on a juste besoin du phénotype dominant pour les décrire (on se moque de toute <strong>la</strong> <strong>dynamique</strong> qui a<br />

lieu avant l’équilibre).<br />

En cas d’apparition d’un mutant avantagé, on suppose que le remp<strong>la</strong>cement du résident se fait presque<br />

instantanément sur une échelle de temps évolutive. On peut donc raisonner quasi-uniquement avec <strong>des</strong> individus<br />

et leurs phénotype.<br />

Au final, au lieu de suivre <strong>la</strong> taille de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion dans le temps, on suit le trait phénotypique dans le<br />

temps. Sur les figures 4.1A et B, chaque point correspondrait à une <strong>dynamique</strong> de popu<strong>la</strong>tion qui a atteint son<br />

équilibre.<br />

15


4.1 LA THÉORIE DE L’OPTIMISATION<br />

4.1.1 Un phénotype associé à une valeur de fitness<br />

L’approche traditionnelle (développée par WRIGHT-FISHER) pour étudier l’adaptation d’une popu<strong>la</strong>tion<br />

est de considérer qu’un phénotype est associé à une valeur sélective. Autrement dit :<br />

un phénotype ⇒ une valeur sélective<br />

Ensuite, les individus qui ont <strong>la</strong> plus forte valeur sélective envahissent <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion.<br />

Si on suppose que les individus d’une même espèce ne varient que par un trait phénotypique quantitatif, on<br />

peut tracer un paysage adaptatif, c’est-à-dire un graphe où chaque valeur du trait phénotypique est associée à<br />

sa valeur de fitness (figure 4.2).<br />

FIG. 4.2 – Paysage adaptatif pour un trait xi<br />

Chaque valeur du trait phénotypique (x) est associée à une valeur de fitness W (x). La sélection naturelle (les flèches) correspond à une marche<br />

vers le pic adaptatif (x ∗ ).<br />

Géométriquement, <strong>la</strong> sélection du phénotype optimal correspond à une ‘‘ascension’’ du pic adaptatif.<br />

Si on part d’une popu<strong>la</strong>tion résidente avec un trait quelconque (x), le dép<strong>la</strong>cement sur <strong>la</strong> courbe (c’est-à-dire<br />

l’évolution du trait) se fait par <strong>des</strong> sauts qui correspondent à <strong>des</strong> processus de mutation-sélection.<br />

Pour prédire <strong>la</strong> <strong>dynamique</strong> du trait dans le temps il faut connaître <strong>la</strong> fréquence <strong>des</strong> ‘‘sauts’’ (c’est-à-dire le<br />

t<strong>aux</strong> de mutation) et <strong>la</strong> taille et <strong>la</strong> direction <strong>des</strong> ‘‘sauts’’ (c’est à dire le facteur de sélection) :<br />

d x<br />

= vitesse de mutation × facteur de sélection (4.1)<br />

d t<br />

Le facteur de sélection dépend de <strong>la</strong> valeur du trait choisie : plus on se p<strong>la</strong>ce loin de l’optimum, plus il est<br />

important. Si on se p<strong>la</strong>ce l’optimum (x∗ ), ce facteur est nul.<br />

Autrement dit,<br />

d x<br />

d t<br />

= k(x) × d W<br />

d x<br />

où k(x) est le t<strong>aux</strong> évolutif (<strong>la</strong> vitesse <strong>des</strong> mutations), W est <strong>la</strong> fonction de fitness (valeur sélective) et dW/dx<br />

est le gradient de sélection (vitesse selon l’intensité de sélection).<br />

Dans ce modèle (utilisé en génétique <strong>des</strong> popu<strong>la</strong>tions ou en génétique quantitative), l’évolution maximise <strong>la</strong><br />

fitness. En fait, d’un point de vue écologique, les cas où <strong>la</strong> fitness est maximisée sont <strong>des</strong> cas pathologiques (<strong>la</strong><br />

sélection ne maximise rien du tout).<br />

Remarques :<br />

- plus on se rapproche d’un maximum (local) et plus <strong>la</strong> vitesse d’évolution va ralentir (<strong>la</strong> pente diminue) :<br />

atteindra-t-on jamais le maximum ?<br />

- si <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion est piégée dans un f<strong>aux</strong> maximum local, elle en sort dans un modèle de Wrigh fisher au<br />

bout d’un certain temps par dérive<br />

16<br />

(4.2)


4.1.2 Les limites du modèle d’optimisation<br />

Le problème avec ce modèle d’optimisation est que <strong>la</strong> fonction de fitness est constante. Ce modèle suppose<br />

que les individus ont une valeur sélective absolue. Or cette valeur sélective varie avec l’environnement. Quand<br />

le résident change, <strong>des</strong> stratégies qui étaient négatives peuvent devenir positives.<br />

Dans une popu<strong>la</strong>tion où presque aucun individus ne, <strong>la</strong> fitness <strong>des</strong> individus qui choisissent une<br />

stratégie de dispersion augmente. Mais si <strong>la</strong> majorité <strong>des</strong> individus dispersent, <strong>la</strong> stratégie ‘‘ne pas<br />

disperser’’ est de nouveau favorisée.<br />

En Angleterre, les personnes qui ne parlent que français fitness négative par rapport à celles qui ne<br />

parlent qu’ang<strong>la</strong>is. En France c’est l’inverse. La fitness dépend du comportement de <strong>la</strong> majorité de<br />

<strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion.<br />

En règle générale, <strong>la</strong> fitness d’un individu est re<strong>la</strong>tive, elle dépend de l’environnement et <strong>des</strong> autres individus.<br />

Lin Chao & al.illustrent cette re<strong>la</strong>tivité à partir d’une petite histoire :<br />

<strong>De</strong>ux personnes vont se promener et tombent sur un ours qui les poursuit sur le chemin. Le premier promeneur se<br />

tourne vers le second et lui dit : ‘‘mais pourquoi est-ce qu’on court ? L’ours court plus vite que nous.’’ Et le second<br />

lui répond : ‘‘On n’a pas besoin de courir plus vite que l’ours. J’ai juste besoin de courir plus vite que toi.’’<br />

Lin Chao & al., Kin selection and parasite evolution : higher and lower virulence with hard and<br />

soft selection (2000)<br />

The quartely review of biology 75(3) :261–273<br />

Quand les individus évoluent, ils modifient leur environnement : c’est <strong>la</strong> boucle de rétroaction écoévolutive.<br />

Autrement dit, le paysage adaptatif dépend du phénotype résident dans <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion.<br />

4.2 LES DYNAMIQUES ADAPTATIVES<br />

Les <strong>dynamique</strong>s <strong>adaptatives</strong> sont un outil très puissant pour inclure les aspects écologiques dans <strong>des</strong> modèles<br />

évolutifs. Au lieu de supposer a priori une ‘‘fonction de fitness’’ (comme on le fait couramment en génétique<br />

<strong>des</strong> popu<strong>la</strong>tions ou en théorie <strong>des</strong> jeux) on cherche à dériver cette fonction a partir d’un système <strong>dynamique</strong>.<br />

On se p<strong>la</strong>ce dans une popu<strong>la</strong>tion à l’équilibre (tous les individus ont <strong>la</strong> même valeur pour le trait étudié)<br />

et on étudie le devenir d’un mutant rare. Soit il envahit <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion, soit il disparaît. S’il envahit, il devient le<br />

nouveau résident et <strong>la</strong> valeur du trait phénotypique de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion change, ce qui revient à changer <strong>la</strong> fonction<br />

de fitness.<br />

FIG. 4.3 – Processus d’invasion d’une popu<strong>la</strong>tion résidente par <strong>des</strong> un mutant<br />

Le premier individu mutant (bleu) parvient à envahir <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion résidente (rouge). Il devient donc le nouveau résident. En revanche, le second<br />

mutant (jaune) ne parvient pas à envahir <strong>la</strong> nouvelle popu<strong>la</strong>tion résidente (bleue)<br />

Les principales hypothèses <strong>des</strong> <strong>dynamique</strong>s <strong>adaptatives</strong> sont que :<br />

– on considère <strong>des</strong> popu<strong>la</strong>tions monospécifiques fermées<br />

– les phénotypes sont les traits quantitatifs individuels héritables<br />

– les naissances et les morts sont déterminées par le phénotype et par l’environnement<br />

17


– l’environnement d’un individu est constitué par le reste de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion et les facteurs externes<br />

– les individus sont haploï<strong>des</strong> (reproduction clonale)<br />

– il existe une probabilité non nulle de mutation à <strong>la</strong> naissance<br />

L’objet d’étude est <strong>la</strong> distribution <strong>des</strong> phénotypes présents dans <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion au cours du temps (et dans<br />

l’espace).<br />

<strong>De</strong>ux principes de base <strong>des</strong> <strong>dynamique</strong>s <strong>adaptatives</strong> que l’on admet sont :<br />

1. l’exclusion mutuelle : deux phénotypes x et x ′ peu différents ne peuvent coexister indéfiniment dans <strong>la</strong><br />

popu<strong>la</strong>tion<br />

2. <strong>la</strong> séparation <strong>des</strong> échelles de temps : <strong>la</strong> sélection opère sur une échelle de temps beaucoup plus rapide<br />

que <strong>la</strong> mutation (on ne peut avoir deux mutants en même temps)<br />

Les <strong>dynamique</strong>s <strong>adaptatives</strong> sont les séquences de substitution du (ou <strong>des</strong>) trait(s).<br />

L’équation canonique <strong>des</strong> <strong>dynamique</strong>s <strong>adaptatives</strong> est :<br />

d x<br />

d t<br />

= k(x) N(x)<br />

avec k(x) = µ(x) σ2 (x)<br />

2<br />

<br />

∂s<br />

où k(x) est le produit du t<strong>aux</strong> de mutation et de l’effet <strong>des</strong> mutation, N(x) est <strong>la</strong> taille de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion ayant<br />

pour trait phénotypique x et ∂s<br />

∂x ′<br />

<br />

x ′ étant le gradient de sélection (qui indique dans quel sens et avec quelle<br />

=x<br />

amplitude le trait x varie suite à <strong>des</strong> mutations de petite amplitude).<br />

Quand on utilise <strong>des</strong> <strong>dynamique</strong>s <strong>adaptatives</strong>, <strong>la</strong> <strong>dynamique</strong> du trait phénotypique x est donnée par :<br />

d x<br />

d t<br />

∂x ′<br />

x ′ =x<br />

= vitesse <strong>des</strong> mutations × effet <strong>des</strong> mutations × taille de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion<br />

×facteur de sélection d’un mutant x ′ proche du résident x<br />

Les différences par rapport au modèle d’optimisation ‘‘c<strong>la</strong>ssique’’ sont que :<br />

– le t<strong>aux</strong> évolutif est exprimé en fonction <strong>des</strong> paramètres de <strong>la</strong> mutagénèse (t<strong>aux</strong> et effet <strong>des</strong> mutations)<br />

– <strong>la</strong> vitesse d’évolution est proportionnelle à <strong>la</strong> taille de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion<br />

– <strong>la</strong> définition de <strong>la</strong> fitness est re<strong>la</strong>tive : on parle de ‘‘fitness d’un mutant par rapport à un résident’’<br />

– le gradient de sélection est calculé localement : au fur et à mesure que x ′ se dép<strong>la</strong>ce sur le paysage<br />

adaptatif, les valeurs de x vont changer et donc le paysage aussi. Autrement dit, ‘‘ce qui apparaît à distance<br />

comme un pic du paysage adaptatif peut, une fois sur p<strong>la</strong>ce, prendre <strong>des</strong> allures de vallée !’’<br />

Remarque : Les <strong>dynamique</strong>s <strong>adaptatives</strong> reprennent <strong>des</strong> notions introduites par d’autres disciplines :<br />

- <strong>la</strong> génétique <strong>des</strong> popu<strong>la</strong>tions pour <strong>la</strong> notion de mutant rare dans <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion<br />

- <strong>la</strong> théorie <strong>des</strong> jeux pour <strong>la</strong> notion de rétroaction<br />

- <strong>la</strong> théorie <strong>des</strong> traits d’histoire de vie pour l’étude de optimum de l’individu<br />

- <strong>la</strong> <strong>dynamique</strong> <strong>des</strong> écosystèmes pour l’invasion d’espèces rares<br />

18<br />

(4.3)


4.3.1 Les étapes du calcul<br />

4.3 LE CALCUL DE LA VALEUR SÉLECTIVE<br />

1. Ecrire l’équation de <strong>la</strong> <strong>dynamique</strong> de <strong>la</strong> sous-popu<strong>la</strong>tion résidente (N) et celle de <strong>la</strong> sous-popu<strong>la</strong>tion<br />

mutante (N ′ )<br />

2. Ecrire <strong>la</strong> condition d’équilibre (ou de stationnarité) de <strong>la</strong> sous-popu<strong>la</strong>tion résidente<br />

stationnaire signifie que <strong>la</strong> sous-popu<strong>la</strong>tion est régulée ce qui n’implique pas qu’elle soit à l’équilibre : on peut avoir<br />

<strong>des</strong> fluctuations entre certains intervalles<br />

3. Exprimer le t<strong>aux</strong> d’accroissement de <strong>la</strong> sous-popu<strong>la</strong>tion mutante s(x, x ′ ) en négligeant son propre<br />

effectif ; l’expression dépend du phénotype mutant et de l’équilibre (ou état stationnaire) du type résident<br />

(c’est-à-dire écrire s(x, x ′ ) en fonction de x, x ′ et de n)<br />

4. Utiliser <strong>la</strong> condition d’équilibre calculée en 1 pour substituer dans cette expression une combinaison <strong>des</strong><br />

paramètres résidents à l’équilibre ou état stationnaire (c’est-à-dire écrire s(x, x ′ ) en fonction de x ′ et de<br />

x)<br />

Remarque : <strong>la</strong> condition d’équilibre de <strong>la</strong> sous-popu<strong>la</strong>tion est équivalente à s(x, x) = 0<br />

5. Calculer le gradient de sélection, c’est-à-dire <strong>la</strong> dérivée de <strong>la</strong> fonction de fitness (pour <strong>des</strong> cas où le mutant<br />

est peu différent du résident x ′ ≈ x)<br />

4.3.2 Exemple : évolution de <strong>la</strong> taille corporelle<br />

Cet exemple s’appliquer bien <strong>aux</strong> cellules. Ce modèle est proche d’un modèle logistique mais on fait une<br />

hypothèse en plus :<br />

– il existe une taille optimale pour l’acquisition de ressources et cette taille maximise <strong>la</strong> capacité de charge<br />

Si <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion est monomorphique, alors sa <strong>dynamique</strong> est donnée par :<br />

d N<br />

d t<br />

= r N (1 − K(x) N) (4.4)<br />

où K(x) = x − x 2<br />

avec N <strong>la</strong> taille de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion, r son t<strong>aux</strong> d’accroissement intrinsèque et K(x) sa capacité de charge.<br />

Etape 1 : écrire les équations de <strong>la</strong> <strong>dynamique</strong> de <strong>la</strong> sous-popu<strong>la</strong>tion résidente (N) et de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion<br />

mutante (N ′ )<br />

Le mutant et le résident diffèrent par leur taille (x pour le résident et x ′ pour le mutant) ce qui se répercute<br />

sur <strong>la</strong> capacité de charge K(x) et sur <strong>la</strong> concurrence c(x − x ′ ).<br />

d N<br />

d t<br />

= r N − N + N ′<br />

K(x)<br />

d N ′<br />

d t = r N ′ ′ N + N<br />

−<br />

K(x ′ )<br />

N (4.5)<br />

Ce terme de compétition varie selon que <strong>la</strong> compétition est symétrique ou asymétrique.<br />

19<br />

N ′<br />

(4.6)


Etape 2 : trouver <strong>la</strong> condition d’équilibre de <strong>la</strong> sous-popu<strong>la</strong>tion résidente<br />

Le mutant est très rare par rapport au résident (c’est à dire que N ′ ≪ N), on peut donc supposer que<br />

N + N ′ ≈ N. Ce<strong>la</strong> permet de simplifier l’équation 4.5 en :<br />

<br />

d N<br />

= r 1 −<br />

d t N<br />

<br />

N<br />

K(x)<br />

A l’équilibre,<br />

Si Neq > 0, alors,<br />

d N<br />

d t = 0, donc si Neq est <strong>la</strong> taille de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion résident à l’équilibre,<br />

r<br />

<br />

1 − Neq<br />

<br />

K(x)<br />

Neq = 0<br />

Etape 3 : calculer le t<strong>aux</strong> d’accroissement d’un mutant rare<br />

Neq = K(x) (4.7)<br />

On rappelle que le t<strong>aux</strong> d’accroissement d’une popu<strong>la</strong>tion de taille N est donné par <strong>la</strong> formule 1<br />

N<br />

Le t<strong>aux</strong> d’accroissement de <strong>la</strong> sous-popu<strong>la</strong>tion mutante est donc :<br />

1<br />

N ′<br />

d N ′<br />

d t<br />

=<br />

<br />

r 1 − N ′ + N<br />

K(x ′ <br />

)<br />

Comme le mutant est très rare par rapport au résident, on peut simplifier l’équation précédente en :<br />

1<br />

N ′<br />

d N ′<br />

d t<br />

=<br />

<br />

r 1 − N<br />

K(x ′ <br />

)<br />

Le t<strong>aux</strong> d’accroissement d’un mutant rare est identique à <strong>la</strong> valeur sélective. On peut donc écrire :<br />

s(x, x ′ ) =<br />

<br />

r 1 − N<br />

K(x ′ <br />

)<br />

Etape 4 : injecter <strong>la</strong> condition d’équilibre du résident trouvée à l’étape 1<br />

La sous-popu<strong>la</strong>tion résidente n’est pas affectée par l’apparition du mutant et elle reste à l’équilibre, donc<br />

N = Neq. En remp<strong>la</strong>çant N par Neq dans l’équation 4.8 on obtient :<br />

s(x, x ′ <br />

) = r 1 − K(x)<br />

K(x ′ <br />

(4.9)<br />

)<br />

Ceci est l’expression du t<strong>aux</strong> d’accroissement d’un mutant rare. C’est aussi l’expression de <strong>la</strong> valeur sélective du<br />

mutant.<br />

20<br />

d N<br />

d t .<br />

(4.8)


Etape 5 : calculer le gradient de sélection<br />

On se p<strong>la</strong>ce dans le cas où le résident ne varie pas (on suppose que x est constant) et où le mutant est<br />

proche du résident (x ′ ≈ x).<br />

Quand on dérive s(x, x ′ ) par rapport à x ′ il vient :<br />

Le gradient de sélection s’écrit donc :<br />

∂ s(x, x ′ )<br />

∂ x ′ = 0 + r K(x) K′ (x ′ )<br />

K(x ′ ) 2<br />

∂s<br />

∂x ′<br />

<br />

<br />

<br />

x=x ′<br />

= −r K′ (x)<br />

K(x)<br />

On remarque que si <strong>la</strong> valeur du phénotype résident x ∗ maximise <strong>la</strong> capacité de charge K, alors K ′ (x ∗ ) = 0<br />

et le gradient de sélection est nul : le trait n’évolue plus.<br />

On parle d’équilibre évolutif pour les valeurs de x qui annulent le gradient de sélection (x = x ∗ ).<br />

4.4 APPROCHE GÉOMÉTRIQUE<br />

4.4.1 A partir du paysage adaptatif (figure 4.4)<br />

FIG. 4.4 – Évolution du paysage adaptatif<br />

En fonction de <strong>la</strong> valeur du résident, le paysage adaptatif n’est plus le même.<br />

4.4.2 Diagrammes Binaires d’Invasion<br />

Connaissant <strong>la</strong> fonction de fitness, on peut facilement résoudre graphiquement les problèmes de <strong>dynamique</strong>s<br />

<strong>adaptatives</strong>.<br />

Il suffit de tracer <strong>des</strong> diagrammes binaires d’invasions (Pairwise Invasibility Plot ou PIP en ang<strong>la</strong>is). Un PIP<br />

permet de représenter le signe de <strong>la</strong> fitness s(x,x’) sur tout le domaine (x, x ′ ) biologiquement pertinent.<br />

Connaissant <strong>la</strong> fonction de fitness, on peut résoudre graphiquement les problèmes de <strong>dynamique</strong>s <strong>adaptatives</strong><br />

en traçant <strong>des</strong> diagrammes binaires d’invasions (Pairwise Invasibility Plot ou PIP en ang<strong>la</strong>is).<br />

Sur ces diagrammes, on représente en abscisses <strong>la</strong> valeur du trait phénotypique du résident (x), en ordonnées<br />

celle du mutant (x ′ ) et sur le graphe on indique le signe de <strong>la</strong> fitness du mutant x ′ dans une popu<strong>la</strong>tion résidente<br />

x (soit s(x, x ′ )).<br />

Pour chaque couple résident-mutant ((x, x ′ )) on sait si le mutant envahit ou disparaît. On indique sur le<br />

PIP le devenir du mutant en mettant un + s’il envahit et un − s’il disparaît (figure 4.5).<br />

La diagonale du diagramme est telle que x = x ′ . Or, si le mutant est identique au résident, il n’est ni favorisé<br />

ni désavantagé : sa fitness est nulle (s(x, x) = 0). Les séparatrices entre les régions + et − sont telles que<br />

s(x, x) = 0. On parle d’isoclines.<br />

On admet que les équilibres évolutifs (où le gradient de sélection est nul) se situent à l’intersection <strong>des</strong><br />

isoclines. A cette intersection, <strong>la</strong> fitness est maximisée et nulle (car le mutant est identique au résident).<br />

Autrement dit, un phénotype est parvenu à trouver une stratégie que personne ne peut envahit. On parle de<br />

stratégie évolutivement stable, ou ESS.<br />

21


FIG. 4.5 – Diagramme binaire d’invasion<br />

Sur les isoclines (les courbes en gras verte et bleue) le mutant a une fitness de 0 (il n’a aucun avantage par rapport au résident). En dehors <strong>des</strong><br />

isoclines, le mutant est soit défavorisé (sa fitness est alors négative et notée par un "–") soit favorisée (dans les régions avec un "+").<br />

4.4.3 Attractivité <strong>des</strong> équilibres<br />

On part d’un résident quelconque x0 et on regarde si un mutant plus petit x ′ < x ′ 0 ou plus grand x ′ > x ′ 0<br />

que le résident peut envahir (c’est à dire si le couple (x0 ; x ′ 0) est dans une région marquée d’un +). Si le mutant<br />

envahit, il remp<strong>la</strong>ce le résident et on recommence <strong>la</strong> même procédure avec une valeur x1 comme résident.<br />

On voit si l’on converge on pas vers l’équilibre.<br />

On peut faire le même processus en choisissant un x0 plus grand que x ∗ .<br />

FIG. 4.6 – Diagramme binaire d’invasion<br />

On converge vers l’équilibre... quelle que soit <strong>la</strong> valeur du phénotype résident de départ.<br />

Quand on converge vers l’équilibre, on dit que l’équilibre est attractif. Sinon, on dit qu’il est répulsif.<br />

4.4.4 Stabilité évolutive <strong>des</strong> équilibres<br />

Une fois que l’on est à l’équilibre, il y a plusieurs configurations possibles. Soit n’importe quel mutant<br />

peut envahir, on parle de branchement évolutif, soit aucun autre mutant ne peut envahir, on parle d’équilibre<br />

évolutivement stable (ESS).<br />

4.4.5 Quelques configurations célébres<br />

4.5 QUELQUES APPLICATION DES DYNAMIQUES ADAPTATIVES<br />

4.5.1 Comprendre les phénomènes évolutifs passés<br />

A partir <strong>des</strong> données fossiles, il est possible d’étudier l’évolution en direct.<br />

22


A)<br />

B)<br />

FIG. 4.7 – Diagramme binaire d’invasion et tracé de <strong>la</strong> <strong>dynamique</strong> du trait phénotypique dans le temps (x(t))<br />

A) un équilibre stable<br />

B) un équilibre instable<br />

A) B)<br />

FIG. 4.8 – A) ‘‘Jardin d’Eden’’ et B) Branchement évolutif<br />

Les <strong>dynamique</strong>s <strong>adaptatives</strong> permettent de comprendre simplement l’évolution de certains traits en prenant<br />

en compte l’écologie <strong>des</strong> espèces.<br />

4.5.2 Gestion <strong>des</strong> ressources naturelles<br />

Les <strong>dynamique</strong>s <strong>adaptatives</strong> sont parfois utilisées pour modéliser l’évolution de popu<strong>la</strong>tions de poissons car<br />

du fait de l’énorme pression de pêche ces popu<strong>la</strong>tion évoluent assez vite.<br />

4.5.3 Evolution <strong>des</strong> parasites<br />

Les parasites évoluent très vite du fait de <strong>la</strong> pression de sélection qui s’exerce sur eux et souvent de leur<br />

cycles de vie rapi<strong>des</strong>.<br />

Idée : comprendre comment les facteurs environnement<strong>aux</strong> ‘‘naturels’’ (climat, ...) et humains (politiques<br />

sanitaires) affectent cette évolution afin de faire évoluer les parasites vers <strong>des</strong> formes moins nocives. C’est <strong>la</strong><br />

gestion de <strong>la</strong> virulence.<br />

23


4.5.4 Approches plus théoriques<br />

Les <strong>dynamique</strong>s <strong>adaptatives</strong> sont aussi un moyen d’aborder les gran<strong>des</strong> question de l’évolution, notamment<br />

l’émergence et le maintient <strong>des</strong> phénomènes de coopération.<br />

24


Chapitre 5<br />

Malthusianisme et néo-malthusianisme<br />

TR MALTHUS (1766-1834) pasteur anglican et théoricien <strong>des</strong> sciences et économiques publie en<br />

1798 un Essai sur le principe de popu<strong>la</strong>tion. Il y énonce <strong>la</strong> loi <strong>des</strong> tendances. Tandis que <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion<br />

tend à croître selon une progression géométrique : 2, 4, 8, 16. . . les moyens de subsistance<br />

augmentent eux, selon une progression arithmétique : 2, 3, 4, 5. . . beaucoup moins rapide. Les<br />

"obstacles répressifs" à <strong>la</strong> croissance excessive de <strong>la</strong> popu<strong>la</strong>tion que sont les guerres, les famines, les<br />

épidémies régu<strong>la</strong>trices de <strong>la</strong> fécondité à cette époque ne suffisent pas à éviter <strong>la</strong> surpopu<strong>la</strong>tion. Pour<br />

faire disparaître <strong>la</strong> misère qui en est selon lui <strong>la</strong> conséquence, il propose <strong>des</strong> "obstacles préventifs"<br />

en limitant <strong>la</strong> <strong>des</strong>cendance par <strong>la</strong> contrainte morale. Il désigne ainsi le mariage tardif, l’abstinence<br />

sexuelle au sein <strong>des</strong> couples, l’abstention <strong>des</strong> rapports sexuels hors mariage. Sa condamnation de<br />

<strong>la</strong> contraception est sans équivoque. Son objectif est de faire disparaître <strong>la</strong> misère non dans un<br />

but phi<strong>la</strong>nthropique mais pour diminuer les charges d’assistance <strong>aux</strong> plus démunis que supportent<br />

<strong>la</strong> société et pour s’opposer <strong>aux</strong> utopies socialistes qui apparaissent à cette époque. Celles-ci<br />

vont mettre en avant <strong>la</strong> variable économique comme cause de <strong>la</strong> misère et vont préconiser un<br />

changement de l’organisation sociale comme solution.<br />

C’est en Grande Bretagne que naît le mouvement néomalthusien. En 1822, FRANCIS PLACE<br />

publie Illustration et preuve du principe de popu<strong>la</strong>tion qui expose pour <strong>la</strong> première fois les<br />

idées néomalthusiennes. Il accepte <strong>la</strong> loi de MALTHUS mais s’oppose <strong>aux</strong> moyens préconisés par<br />

celui-ci. Le mouvement néomalthusien va définir <strong>des</strong> objectifs et <strong>des</strong> moyens pour lutter contre <strong>la</strong><br />

surpopu<strong>la</strong>tion, radicalement différents de ceux proposés par MALTHUS.<br />

Les objectifs <strong>des</strong> néomalthusiens seront de permettre <strong>aux</strong> pauvres de s’affranchir de l’oppression,<br />

<strong>aux</strong> femmes d’acquérir une possible liberté, <strong>aux</strong> couples de ne pas donner de fils condamnés à<br />

périr au champ d’honneur. Les moyens proposés seront, non l’abstinence mais <strong>la</strong> libre satisfaction<br />

<strong>des</strong> désirs sexuels et l’utilisation de <strong>la</strong> contraception et de l’avortement dans de bonnes conditions<br />

sanitaires. En 1825, Richard CARLYLE publie What is love qui décrit tous les moyens contraceptifs<br />

connus à l’époque. La première organisation néomalthusienne, <strong>la</strong> Malthusian League se crée à<br />

Londres en 1877.<br />

La restriction <strong>des</strong> naissances devient pour les néomalthusiens une arme politique révolutionnaire<br />

bien éloignée du principe de MALTHUS.<br />

L’interruption de grossesse depuis <strong>la</strong> loi Veil . Bi<strong>la</strong>n et perspectives par le Dr. Danièle HASSOUN - Mai 1997<br />

http://www.ancic.asso.fr/textes/ressources/historique_ivg-veil.html<br />

25


Chapitre 6<br />

Les <strong>la</strong>pins de Fibonacci<br />

Un <strong>des</strong> premiers efforts de modélisation d’une <strong>dynamique</strong> de popu<strong>la</strong>tion remonte au XIII e siècle et au<br />

problème de FIBONACCI. A partir d’une suite de récurrence, il modélise une popu<strong>la</strong>tions de <strong>la</strong>pins :<br />

Nt+2 = Nt+1 + Nt (.1)<br />

Il définit une popu<strong>la</strong>tion de <strong>la</strong>pins telle que : tous les mois les <strong>la</strong>pins adultes se reproduisent de telle sorte qu’un<br />

couple donne naissance à deux <strong>la</strong>pins. Pendant un mois, les nouve<strong>aux</strong> <strong>la</strong>pins ne peuvent pas se reproduire (ils<br />

ne sont pas encore adultes). Les adultes ne meurent pas.<br />

A) B)<br />

FIG. .1 – Le problème de Fibonacci (dates)<br />

Il a posé ce problème pour illustrer <strong>la</strong> suite de récurrence Nt+2 = Nt+1 + Nt (qui a pour solution le nombre d’or).<br />

Si on part d’un couple de jeunes <strong>la</strong>pins à t0, à t1 on a deux <strong>la</strong>pins adultes qui peuvent se reproduire, à t2 on<br />

a donc deux <strong>la</strong>pins adultes et deux <strong>la</strong>pins jeunes, à t3 on a quatre <strong>la</strong>pins adultes (les jeunes ont vieilli) et deux<br />

<strong>la</strong>pins jeunes (les adultes se sont reproduit), etc.<br />

26

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