rapport d'auto-Žvaluation - Ecologie & Evolution - Université Pierre ...

Vague D : Campagne d’évaluation 2012 - 2013
Unité de recherche
1.1. Résultats et auto-évaluation de l’unité
UMR 7625 UPMC/ENS/CNRS
Ecologie & Evolution
Bilan 2007-2012
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Sommaire
1. Rapport scientifique : auto-évaluation 3
a. Evolution structurelle de l’Unité 3
b. Résultats et rayonnement de l’Unité 4
c. Animation scientifique et enseignement 6
d. Analyse des moyens de l’Unité 7
e. Conclusions 13
2. Rapport scientifique : Bilan des Equipes 15
a. « Changements Globaux et Processus Adaptatifs » 17
b. « Eco-Evolution Mathématique » 35
c. « Ecologie des Populations et des Communautés » 73
d. « Ecophysiologie Evolutive » 89
e. « Evolution des Sociétés Animales » 107
3. Fiche résumée des Equipes 123
a. « Changements Globaux et Processus Adaptatifs » 125
b. « Eco-Evolution Mathématique » 129
c. « Ecologie des Populations et des Communautés » 135
d. « Ecophysiologie Evolutive » 139
e. « Evolution des Sociétés Animales » 143
4. Organigramme fonctionnel et règlement intérieur 147
a. Organigramme 2012 147
b. Règlement Intérieur 149
5. Liste des publications 155
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1. Rapport scientifique : auto-évaluation
Depuis sa création, l’UMR 7625 tente de poursuivre son projet d’intégrer, au sein d’une même unité
de recherche, l’étude des systèmes écologiques à tous leurs niveaux d’organisation – du gène à
l’écosystème. Ses performances scientifiques (mesurées par le nombre de publications dans les
meilleures revues internationales), son succès dans l’obtention de contrats de recherche dans un
monde où la concurrence ne cesse de s’accroître ainsi que sa participation à des projets
d’investissement national comme l’Equipex PLANAQUA témoignent pour l’UMR 7625 d'une riche
activité scientifique au plus haut niveau d'excellence, et ce, malgré l’absence d’un soutien marqué
et remarquable de la part de ses tutelles principales.
a. Evolution structurelle de l’Unité
Lors du dernier plan quadriennal l’UMR 7625 et l’UMR 7103 (Parasitologie Evolutive) ont fusionné pour
donner naissance à une nouvelle UMR 7625 d’une taille acceptable plus en relation avec ses objectifs.
Ce rapprochement a grandement été facilité par le fait que les 2 UMR avaient eu un passé commun et
avaient mis en commun plusieurs aspects de leur fonctionnement. Lors de cette recréation l’équipe
« Ecologie des Populations et des Communautés » de l'AgroParisTech dirigée par le Professeur Roger
Arditi a rejoint l’UMR 7625 « réunifiée ».
Le spectre des champs d’étude de UMR 7625 « réunifiée » s’est ainsi vu fortement renforcé par ces
regroupements. La capacité de recherche de l’UMR dans l’étude de la dynamique des réseaux
trophiques et en écologie des interactions multi-spécifiques a été augmentée par l’accueil de
l’équipe « Ecologie des Populations et des Communautés ». L’apport de l’UMR 7103 a permis de
reconsidérer la place de la parasitologie évolutive. S’appuyant des orientations thématiques
communes, les équipes des UMR 7625 et 7103 ont apporté à l’Unité fusionnée une capacité certaine
d’intégration théorie/expériences dans l’analyse écologique et génétique des processus de
coévolution avec le développement de thématiques comme : (i) l’évolution de la virulence et de la
résistance dans un contexte écologique explicite ; (ii) les dynamiques de populations pathogènes dans
le contexte des changements climatiques ; (iii) l’influence du parasitisme sur l’évolution des
comportements sociaux ; ou encore (iv) l’évolution des interactions symbiotiques et des stratégies
parasites ou mutualistes.
L’UMR 7625 « Ecologie et Evolution » est une Unité Mixte de Recherche de l’Université Pierre et Marie
Curie, du CNRS et de l’Ecole Normale Supérieure. Au 1er juillet 2012, l’UMR 7625 compte 38
personnes statutaires (11 ITA/BIATOS, 10 chercheurs CNRS, 17 enseignants-chercheurs relevant de nos
deux tutelles mais également d’autres établissements d’enseignement supérieur) et gère, avec les
étudiants en thèse, ingénieurs contractuels, post-doctorants et visiteurs, plus de 60 personnes au
total. L'UMR est bilocalisée, une partie se situant sur le campus Jussieu de l’Université Pierre et Marie
Curie, quai Saint-Bernard, l’autre partie, au Département de Biologie de l’École Normale Supérieure,
rue d'Ulm. Après avoir été dirigée du 1 er janvier 2008 jusqu’au 30 juin 2011 par Jacominus van Baalen
(CR CNRS), elle est actuellement dirigée par Bernard Cazelles (PR UPMC).
Au début de la période quadriennale de référence, avec la fusion entre l’UMR 7625, l’UMR 7103 et le
groupe d’AgroParisTech, le fonctionnement de l'UMR 7625 s’est organisé autour de cinq équipes :
• L’équipe « Changements Globaux et Processus Adaptatifs » dirigée par Manuel Massot (CR CNRS)
• L’équipe « Eco-Evolution Mathématique » dirigée par Régis Ferrière (PR ENS)
• L’équipe « Ecologie des Populations et des Communautés » dirigée par Roger Arditi (PR
AgroParisTech)
• L’équipe « Evolution des Sociétés Animales » dirigée par Thibaud Monin (CR CNRS)
• L’équipe « Equipe Interactions Hôtes-Parasites » dirigée par Oliver Kaltz (CR CNRS).
3

La structuration en équipes de l’UMR a évolué au cours de ces quatre dernières années. En 2009, à la
suite du départ de 2 chercheurs CNRS, Claire Tirard (MC UPMC) a repris la direction de l’équipe
« Interaction Hôtes-Parasites ». Puis du fait de l’impossibilité de renforcer cette thématique par le
recrutement d’un PR UPMC en Parasitologie, cette équipe s’est restructurée durant l’année 2010 et a
été à l’origine d’une nouvelle équipe intitulée « Ecophysiologie Evolutive » dirigée par Sandrine
Meylan (MC IUFM Univ. Paris 4). Cette structuration entre les chercheurs et enseignants-chercheurs
des équipes « Changements Globaux et Processus Adaptatifs » et « Interactions Hôtes-Parasites » a
permis d’afficher clairement la thématique d’écophysiologie qui était présente dans ces deux
équipes. Néanmoins, faute de soutien de nos tutelles, cette restructuration a fait disparaître
l’affichage de la thématique « Parasitologie » alors que d’un point de vue sociétal, avec la résurgence
des problèmes d’Ecologie de la Santé, elle avait toutes les raisons scientifiques et stratégiques de
connaître un développement important. La structure de l’UMR s’est donc stabilisée, ces deux
dernières années, autour de cinq équipes (cf. l’organigramme 2012 en 4.a.) :
• L’équipe « Changements Globaux et Processus Adaptatifs » dirigée par Manuel Massot (CR CNRS)
et constituée de 1 AI, 1 IE, 2 CR et 2 MC comme personnel permanent
• L’équipe « Eco-Evolution Mathématique » dirigée par Régis Ferrière (PR ENS) et constituée de 1
IE, 1 IR, 6 CR, 1 MC et 2 PR comme personnel permanent
• L’équipe « Ecologie des Populations et des Communautés » dirigée par Roger Arditi (PR
AgroParisTech) et constituée de 3 MC et 1 PR comme personnel permanent
• L’équipe « Ecophysiologie Evolutive » dirigée par Sandrine Meylan (MC IUFR Univ. Paris 4) et
constituée de 2 AI et 6 MC comme personnel permanent
• L’équipe « Evolution des Sociétés Animales » dirigée par Claudie Doums (MC EPHE) et constituée
de 1 TCN, 1 AI, 1 CR, 2 MC et 1 DR comme personnel permanent.
L’orientation scientifique de ces cinq équipes est décrite dans la partie « 2. Rapport scientifique :
Bilan par équipes »
A ces cinq équipes se rajoute des services généraux, les services de gestions et d’administration et les
laboratoires qui seront présentés ci-dessous dans la partie I.d. Cependant, on peut déjà souligner que
du fait de 3 départs à la retraite non remplacés en 2011-2012, les personnels du service de gestions
et d’administration sont passés de 3.5 en juillet 2011 à 1 en mars 2012, laissant l’UMR sans
secrétariat !
b. Résultats et rayonnement de l’Unité
La production scientifique de l’UMR 7625 au cours des cinq dernières années, les recrutements effectués
depuis 2007 et plus de 25 programmes de recherche financés par l’ANR, le CNRS, la Région et des
structures internationales soulignent la qualité et vitalité scientifique de l’UMR. Ces contrats et soutiens
témoignent de la vitalité des projets de l’ensemble de l’Unité. Ils soulignent cinq domaines d’excellence
de l’UMR :
- une approche intégrative des réponses biologiques des systèmes écologiques aux changements
climatiques,
- l’étude des mécanismes de régulation des comportements sociaux et des flux d’information dans les
populations,
- l’analyse et la prévision des dynamiques épidémiques et des invasions biologiques,
- la modélisation des processus moléculaires et écologiques de l’évolution adaptative,
- l’évolution expérimentale, au laboratoire et en conditions naturelles.
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Figure 1 : Evolution du nombre de publications et du nombre de citations dans le Web of Sciences,
pour les publications contenant dans l’adresse le terme « UMR 7625 ». Ceci n’est qu’une partie de
nos publications car toute notre production n’est pas toujours signée avec ce terme. Si l’on se réfère
aux « articles dans des revues à comité de lecture », nous comptons 89 articles en 2007 ; 86 en 2008 ;
63 en 2009 ; 61 en 2010 ; 50 en 2011 et 46 pour les 6 premiers mois de 2012 (cf. 5. Publications).
La Figure 1 montre le nombre d’articles publiés chaque année et le nombre de citations avec le
terme « UMR 7625 » dans l’adresse des articles référencés dans le Web of Science au 1/08/2012. Ils
est à noter que toute notre production n’est pas toujours signée avec ce terme donc ce graphique ne
représente qu’une partie, importante certes, de notre production scientifique. Si l’on se réfère aux
« articles dans des revues à comité de lecture », nous comptons 89 articles en 2007 ; 87 en 2008 ; 63
en 2009 ; 61 en 2010 ; 50 en 2011 et 46 pour les 6 premiers mois de 2012 (cf. 5. Liste des
Publications). La chute de notre production en 2011 semble due à notre fort investissement dans les
projets d’Avenir qui n’auront pas conduit qu’à l’excellence ! Mais les chiffres enregistrés au 30 juin
2012 semble indiquer que nous sommes en passe de retrouver notre niveau de 2009-2010. Au delà du
nombre de nos publications, leur qualité est un élément au moins aussi important. Depuis 2007, nous
avons publié 4 articles dans Nature, 1 dans Science, 11 dans PNAS, 19 dans PRSB et 18 dans les
journaux de PLoS ainsi que 10 dans Ecology Letters, 1 dans TREE et 29 dans The American Naturalist.
Sur la base de ce bilan, l’UMR 7625 a été reconnue par l’Institut National d’Ecologie et
d’Environnement (INEE) (cf. réunion des DU des unités CNRS INEE, octobre 2011) comme étant dans le
top 5 des unités de l’Institut pour ce qui concerne la qualité des journaux dans lesquels nous publions
(Nature, Science, PNAS, PRSB, PLoS, Ecology Letters, etc…).
Le rayonnement de l’UMR se traduit aussi par les interactions avec des chercheurs reconnus au niveau
international. Durand la période 2007-2012, l’Unité a accueilli en séjour longue durée Sylvie Méléard
(Professeur Ecole Polytechnique en année sabbatique) et Frédéric Guichard (Professeur Université
McGill en année sabbatique). Elle a également accueilli pour des séjours de courtes durée : Mick
Follows, chercheur au MIT ; Mercedes Pascual, Professeur à Michigan University ; Hans Metz,
Professeur à Leiden University ; Vincent Jansen, Professeur à l’University College London ; Maurice
Sabelis, Professeur à l’University of Amsterdam. Chaque équipe a également de très nombreuses
collaborations internationales avec des institutions prestigieuses comme par exemple le MIT (Boston),
l’University of Michigan, McGill University et l’University of Arizona. Les équipes de l’UMR collaborent
aussi avec des chercheurs de premier plan, par exemple L.R. Ginzburg, M. Leibold, R.E. Michod, B.
Sinervo, M. Pascual, X. Lambin, L. Stone, N. Chr. Stenseth, cette liste n’étant pas exhaustive.
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Les membres de l’Unité se sont investis dans l’organisation d’ateliers et colloques internationaux :
- 2008, Congrès International de Zoologie, Paris (R. Arditi).
- 2008, 2010, 2012, « Chaos and Dynamics in Biological Networks », International Worshop-School
CNRS, Cargèse (B. Cazelles)
- 2009, « Ecotron-Based Experimental Research on Complex Ecological Systems », Montpellier (R.
Ferrière).
- 2009, « From Genes To Ecosystems: How Do Ecological And evolutionary Processes Interact In
Nature? » Biosphere 2, Oracle (USA) (R. Ferrière).
- 2010, « MINT : Microbes in interaction », Paris (S. De Monte)
- 2010, « Biology and Game Theory » International Workshop, Paris (J.-B. André).
Certains membres de l’Unité sont très impliqués dans des fonctions éditoriales ; Roger Arditi est Chief
Editor de Acta Oecologica. D’autres membres du laboratoire sont Associate-Editors pour : Ecology
Letters ; Evolution ; Evolutionary Ecology ; Proceedings of the Royal Society London B ; Journal of
Evolutionary Biology ; Journal of Animal Biology ; Oecologia ; Infectious Diseases: Research and
Treatment ; Chaos, Solitons & Fractals.
Les membres de l’Unité participent à l’évaluation de la Recherche en France et à l’étranger : comités
de visite de l’AERES, expertises pour les programmes ANR, de la fondation canadienne pour
l’innovation FCI, de l’agence inter-établissements de recherche pour le développement (AIRD) et de
l’Alliance AVIESAN. Les membres de l’Unité reçoivent de très nombreuses sollicitations pour évaluer
des manuscrits dans les « top » journaux (Nature, PNAS, Proceedings of the Royal Society B,
Proceedings of the Royal Society A, PLoS Medecine, …) ainsi que dans les meilleures revues d’écologie
(Ecology Letters, Ecology, Evolution, The American Naturalist, …).
Enfin, l’Unité est représentée à l’Institut Universitaire de France (Régis Ferrière, sélectionné en 2007).
c. Animation scientifique et enseignement
L’Unité a joué un rôle communautaire majeur en pilotant, depuis 2006, le projet d’Ecotron à la
station biologique de l’ENS à Foljuif et en obtenant, en 2008, la création de l’Unité Mixte de Service
« Centre de Recherche en Ecologie Expérimentale et Prédictive (CEREEP) – ECOTRON Ile-de-France »
(UMS 3194). L’UMS 3194 fut fondée et dirigée par Régis Ferrière de 2008 à 2010 ; depuis 2010 sa
direction est assurée par Jean-François Le Galliard. Après la conception, construction, et mise en
service de l’Ecolab – chambre environnementale hautement confinée et instrumentée pour
l’expérimentation sur des systèmes écologiques complexes – l’UMS obtenait en 2009 l’inscription de
l’ECOTRON Ile-de-France sur la feuille de route nationale des Très Grandes Infrastructures de
Recherche (TGIR). En 2010, Bruno Verdier, IR chef de projet et membre de l’UMR 7625 jusqu’en 2008,
(muté ensuite à l’UMS) recevait le Cristal du CNRS, pour l’ensemble de sa contribution technique à ce
projet d’envergure internationale. En 2012, après le succès du projet d’Equipex PLANAQUA, l’équipe
du CEREEP-ECOTRON dirigée par Jean-François Le Galliard, en tant que partenaire du projet ANAEE-
Service (Analyse et Expérimentation sur les Ecosystèmes) s’est vue sélectionnée sur l'appel d'offre des
Infrastructures nationales en biologie-santé. Le projet ANAEE-Service dotera la France d'un réseau
intégré de plateformes expérimentales, analytiques et numériques dédiées à l'étude des écosystèmes
continentaux, terrestres et aquatiques. Doté de 14 M€ d'investissement et de fonctionnement
jusqu'en 2020, ce projet permettra de construire l'infrastructure en France et contribuera à la
dynamique du consortium européen ANAEE qui est actuellement en phase préparatoire du forum
ESFRI. Par l’implication de Régis Ferrière et de Jean-François Le Galliard, notre UMR joue un rôle
scientifique et managérial majeur dans le développement et l’animation de ces projets et leurs
retombées sur l’ensemble de notre communauté scientifique.
Les « Séminaires en Ecologie & Evolution » contribuent à la visibilité de l’Unité en lui donnant
l’opportunité d’accueillir chaque semaine une personnalité scientifique de haut rang national ou
international. Les séminaires « SEE » sont actuellement sous la responsabilité de Jean-Baptiste André
(CR) et Vincent Médoc (MC). Le programme propose des séminaires hebdomadaires de portée
générale, sur des thématiques généralement intégratives et interdisciplinaires, intéressant
l’ensemble des équipes de l’UMR. Les séminaires sont ouverts au public extérieur à l’UMR, informé
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par des annonces largement diffusées par voie électronique. Le laboratoire réserve un budget pour la
prise en charge des frais des intervenants, budget qui suit l’évolution de notre dotation CNRS...
Depuis 2008, une fois par mois, les « Séminaires en Ecologie & Evolution » sont remplacés par des
séminaires inter-équipes qui ont lieu, en alternance sur le site de Jussieu et sur le site de l’ENS. Lors
d’une demi-journée, 2 à 3 intervenants d’équipes différentes présentent leurs travaux. L’objectif
étant de s’informer mutuellement des dernières avancées et des nouvelles directions des travaux des
différentes équipes, ainsi que de renforcer le lien et les échanges.
L'UMR 7625 est fortement impliquée dans les enseignements de Licence, de Master et de Doctorat, à
l'UPMC, à l'ENS et à l'AgroParisTech. Ces trois établissements, en partenariat avec l'Université de
Paris-Sud, et le MNHN sont co-responsables de la Spécialité « Ecologie - Biodiversité – Evolution »
(EBE), qui relève de la Mention Sciences de l'Univers - Environnement – Ecologie (SDUEE) du Master
Sciences de l'UPMC.
A l’UPMC, avec le recrutement de cinq nouveaux MC de nombreux enseignements d’Ecologie ont pu
être ré-ouverts en Licence et en Master, les enseignants-chercheurs de l’Unité assumant la
responsabilité de nombreuses UE. De nombreux enseignants-chercheurs de l’Unité participent à la
rédaction des maquettes d’enseignement et assurent, depuis plusieurs années, diverses
responsabilités pédagogiques et administratives en Licence et Master. Les enseignants-chercheurs de
l’Unité participent non seulement aux filières de l’Ecologie et de l’Environnement (Master EBE) mais
aussi aux filières destinant à l’enseignement (Master Enseignement préparant au CAPES de SVT).
A l’ENS, l’UMR assure la responsabilité et la coordination des enseignements d’Ecologie en Licence et
en première année de Master. L’équipe « Eco-Evolution Mathématique » assure l’enseignement de
deux unités transdisciplinaires : le cours de mathématiques de Licence de Biologie, et le cours de
Modélisation des Systèmes Complexes, inscrit au Diplôme de l’ENS.
Il est important de noter qu’avec la mise en place des structures LMD, les flux d’étudiants dans nos
filières ont très fortement augmentés. Avec le déficit criant de cadres de l’enseignement
(professeurs) et d’accompagnement administratif, ces éléments font peser sur les enseignantschercheurs
de l’UMR un poids considérable en termes de responsabilités d’organisation et de gestion
des formations.
L’UMR 7625 est toujours présente, avec plusieurs activités récurrentes, à la Fête de la Science, un
événement annuel qui permet à nos laboratoires d’interagir avec le grand public.
d. Analyse des moyens de l’Unité
Les moyens de l’Unité sont résumés ci-après en trois catégories: moyens financiers, moyens humains
et moyens techniques. Les locaux sont ensuite évoqués.
Moyens financiers
• Evolution de la dotation
L'UMR 7625 reçoit principalement des dotations de deux de ses tutelles, le CNRS et l'Université Pierre
et Marie Curie. La dotation de l’ENS est beaucoup plus faible et ne couvre qu’en partie les charges
locales.
Depuis le 1er janvier 2008, la dotation de l'UPMC, qui est fixée dans son plan quadriennal, n'a pas
varié et est de 84k€. On peut remarquer que cette dotation est bien moindre que les dotations qui
étaient reçues par les UMR 7625 et 7103 avant leur fusion de la part de l’UPMC. L’UMR 7625 recevait
101k€ et l’UMR 7103 36k€, la fusion s’est donc traduite par une chute de près de 40% de la dotation
fournie par l’UPMC. Néanmoins, l’avantage de cette dotation fut sa constance, malgré le recrutement
de 5 MC depuis 2008 ; la gestion des politiques scientifiques de l’UMR s’en trouva facilitée...
7

La dotation du CNRS, révisée annuellement, s'est modifiée du fait de la cohérente politique
implacable de notre Institut de rattachement. Cette dotation est passée de 130k€ en 2008, ce qui
correspondait au budget CNRS des 2 UMR fusionnées à 148k€ en 2010 mais a chuté drastiquement par
la suite pour atteindre 80k€ en 2012 soit une baisse de plus de 45%, alors que le nombre de
chercheurs CNRS est resté constant durant la période 2008-2012.
Nous avons également obtenu de la part du CNRS une subvention de 55k€ sur la période 2010-2011
pour le remplacement du séquenceur de l’UMR. Nous avons acheté un séquenceur (Séquenceur
Applied Biosystems 3500 Genetic Analyzers) d’un coût de 105k€ financé par cette subvention
complétée par 30k€ puisés dans notre dotation et un prêt de 30k€ de l’UPMC que nous rembourserons
sur la période 2012-2013.
Les dotations récurrentes permettent de financer les dépenses communes de l’Unité (fluides,
maintenance, abonnements, petites fournitures, etc…). Dans la mesure du possible, une part
substantielle de ces dotations est attribuée aux équipes. L’unité de base que reçoit l’équipe est la
« part-chercheur ». La somme reçue par une équipe est calculée en fonction du nombre de
chercheurs et enseignants-chercheurs de cette équipe. Par exemple, cette « part-chercheur » était
de 3000€ en 2012, mais elle incluait toutes les dépenses d’un chercheur, du consommables aux
missions en passant par les vacations des stagiaires. Il est à noter qu’avec la baisse de nos ressources
propres, le nombre de stagiaires de Master 2 à fortement chuté car l’Unité n’a plus de budget
spécifique « vacations ». Les ressources propres obtenues sur contrat sont utilisées par les porteurs
du projet en accord avec le cahier des charges du projet. Depuis 2011, une quote-part de 5% devrait
être prélevée sur chacun de ces contrats. Comme la structure administrative des subventions
s’oppose généralement à la pratique de tels prélèvements, nous demandons au porteur du projet de
financer un matériel commun ou de participer à une dépense commune.
• Ressources propres obtenues sur contrats
Pour pallier la faiblesse de nos ressources financières récurrentes ainsi que leur imprévisible
évolution, et grâce à la qualité de ses chercheurs et enseignants-chercheurs, l’UMR a bénéficié de
ressources sur contrats remportés dans le cadre de plusieurs programmes de recherche régionaux,
nationaux ou internationaux.
De 2005 à 2007, dix contrats ANR avaient été obtenus par les membres de l’UMR. Les activités
scientifiques et l’utilisation des financements se sont donc poursuivis et terminés sur la période 2008-
2010. Ces projets ARN sont listés ci-dessous, tandis que seuls ceux de 2007 apparaissent dans le bilan
financier demandé :
- Le réseau BIOSCOPE (L’Observatoire du Vivant en Méditerranée, ANR Santé 2005)
- Le Projet GMBIOIMPACT (Flux de Transgènes et Impact sur la Biodiversité, ANR Biodiv 2005)
- Le projet INFORMATION (ANR 2005)
- Le projet REMIGE (ANR Biodiv 2005)
- Le projet TRANSBIODIV (Biodiversité Transpécifique Neutre et Fonctionnelle, ANR Biodiv 2005)
- Le projet MAEV (Modèles Aléatoires pour l’Evolution du Vivant, ANR Blanc 2006)
- Le projet FISSION, (Reproduction par fission des colonies chez les insectes sociaux : évolution,
mécanismes et impact écologique, ANR Biodiv 2007)
- Le projet EXTINCTION (ANR Jeunes Chercheurs 2007)
- Le projet « Impact du changement climatique sur les ectothermes terrestres » (ANR Jeunes
Chercheurs 2007)
- Le projet « Vers un nouveau fonctionnement des méta-populations » (programme ANR
Blanc 2007)
Sur la période 2008-2012, la qualité scientifique et le dynamisme des chercheurs et enseignantschercheurs
de l’Unité ont permis un taux de réussite conséquent dans les appels d’offres nationaux et
internationaux que ses membres ont soumis. L’Unité est ou fut ainsi partie prenante de 27 projets de
recherche qui s’ajoutent aux 10 précédents. Un des plus remarquables est sans doute est l’Equipex
PLANAQUA dont Jean-François Le Galliard (CR) est un des co-responsables.
Au niveau international, l’Unité participe à 8 projets d’envergure :
- 5 européens : EU FP6-NFR-2007. 2007-2010 « Extinction Mechanisms » (J.-F. Le Galliard)
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EU FP6-CAPACITIES-2008. 2008-2010 « ANAEE Design Study : Structuring Infrastructures
for the Analysis and Experimentation on Ecosystems » (R. Ferrière)
EU FP7-HEALTH-2011. 2012-2016 « DenFREE » (B. Cazelles)
EU FP7-OCEAN-2011. 2012-2015 « MicroB3 : Marine Microbial Biodiversity,
Bioinformatics and Biotechnology » (S. De Monte)
EU FP7-PEOPLE-2011. 2012-2014 « BIOMES » (D. Classens)
- 1 japonais : Aid for Scientific Research, B, overseas collaboration 2012-2015 (C. Peeters)
- 1 norvegien : Research grant from NFR (Norges forskningsråd) 2008-2012 « Extinction mechanisms in
small population » (H.P. Andreassen)
- 1 NSF : Programme Frontiers In Integrative Biological Research, 2007-2012 « From genes to
ecosystems: How do ecological and evolutionary processes interact in nature» (R. Ferrière)
Au niveau national, on compte 9 contrats ANR :
- ANR Blanc 2008-2010 Projet SOFTPOP (C. Bessa Gomes)
- ANR Jeunes Chercheurs 2008-2010 « Mécanismes d'extinction dans les petites populations » (J.-F.
Le Galliard)
- ANR Blanc 2009-2012 « EVO-ECO : Théorie de l’évolution biologique et théorie économique:
modalités, fondements et perspectives d’une relation à double sens » (R. Ferrière)
- ANR Blanc 2010-2014. « Extinctions chez les Hyménoptères : gènes, comportements, et dynamique
des populations goulotées » (T. Spataro)
- ANR Blanc 2010-2014 « PHYTBACK » (D. Claessens)
- ANR Programme « 6ème Extinction » 2010-2014 « EVORANGE » (R. Ferrière)
- ANR Programme « 6ème Extinction ». ) 2010-2014 « LOSERS » (S. Legendre)
- ANR Equipex 2011-2020 « PLAteforme expérimentale Nationale d'écologie AQUAtique »
(PLANAQUA) (J.-F. Le Galliard)
- ANR Jeune Chercheur 2012-2015 (M. Mollet), reporté en 2013
On compte également 6 PEPS ou autre contrat CNRS:
- PEPS CNRS INEE. 2009-2010 « StabEco: Ecologie et Philosophie »
- 1 Programme interdisciplinaire du CNRS 2009-2010 « Longévité et Vieillissement »
- PEPS CNRS INEE. 2010 « Modélisation et Inférence des Dynamiques Epidémiques Multi-souches »
- PEPII CNRS INEE-INSMI 2011 « Modélisation stochastique et Inférence Baysienne pour
l’Epidémiologie
des Maladies transmissibles »
- 2 autres PEPS ont été obtenus en 2012.
Au niveau régional, l’Unité a reçu 4 subventions de la part de la région Ile-de-France pour les projets
suivants :
- R2DS 2008-2011 « Ecologie et évolution des interactions hôte-parasite en zone urbaine et
épidémiologie des parasites du pigeon urbain » (J. Gasparini)
- R2DS 2008-2011 « Vulnérabilité des petites populations naturelles : approches expérimentales et
prédictives des mécanismes d’extinction », (J.-F. LE Galliard)
- MALINF 2010-2012 « Modélisation et Inférence des Dynamiques Epidémiques Multi-souches» (B.
Cazelles)
- ASTREA 2012-2013 « Projet Compromis entre lutte contre les ravageurs et maintien du service de
pollinisation » (N. Loeuille)
Le Tableau I représente l’évolution de nos moyens financiers depuis 2007. On y constate la chute
drastique de la dotation CNRS à partir de 2011, une chute de plus de 45% !!! Mais on constate aussi
que même si le nombre contrats sur projet est conséquent, l’irrégularité de leur masse financière et
de leur distribution entre équipes rend particulièrement difficile la planification d’une politique
scientifique au niveau de l’UMR et des équipes. Quant à l’évolution de l’activité de recherche de
« l’individu chercheur », un laboratoire devrait être en mesure de lui procurer un minimum de
stabilité. Pour faire face à la part d’aléas à laquelle la « chasse aux contrats » ne peut échapper,
l’attribution de crédits récurrents substantiels semble la seule possibilité.
Pour conclure sur cet aspect « ressources obtenues sur contrats », il est important de souligner que
« décrocher » des contrats ne suffit pas – encore faut-il avoir les moyens administratifs d’utiliser les
subventions ! Cela s’est avéré acrobatique, et à la longue, décourageant pour une UMR dont le service
de gestion financière se réduit à une seule personne. Ainsi, en cette fin de période quadriennale, les
contraintes qui pèsent sur l’activité et la productivité d’un grand nombre de chercheurs et enseignants-
9

chercheurs de notre Unité, émanent davantage du temps disponible de la gestionnaire pour gérer leur
contrat (commandes, missions mais aussi contrats de travail des vacataires, IE ou chercheurs en CDD)
que du volume des budgets eux-mêmes. Tandis que nos tutelles prélèvent un pourcentage significatif sur
chaque contrat qu’elles gèrent, il est difficile voire impossible pour l’Unité de créer en interne les
ressources nécessaires à la gestion de ses contrats. On peut espérer que nos tutelles et les instances
supérieures dont elles dépendent prennent conscience du degré de gravité que ce problème peut revêtir
pour la « vie » (en l’occurrence, la survie) d’une UMR.
Année Dotation
UPMC en €
Dotation
CNRS en €
10
Nombre de
Contrats (*)
Montant des
Contrats en €
(*)
2007 137000 156000 3 398600
2008 82000 130000 1 155100
2009 84000 140000 4 54000
2010 84000 148000 6 613700
2011 84000 100000 2 40000
2012 84000 80000 5 373400
(*) Géré par l’Unité
Tableau I : Evolution des moyens financiers de l’UMR 7625 entre 2007 et 2012.
Moyens humains
Depuis son renouvellement en 2008, l'effectif des chercheurs et enseignants-chercheurs de l'UMR est
resté stable, les départs ayant été compensés par des recrutements, bien qu’il n’y ait eu aucun lien
direct entre départs et recrutements. En effet les recrutements au CNRS ne dépendent que de la
qualité des candidats ; quant aux recrutements de MC dans l’UMR, ils concernent des postes de
l’UPMC alors que les départs affectaient des personnels d’autres établissements.
Deux chercheurs CNRS ont quitté l’UMR en 2010, 1 CR et 1 DR, mais l’UMR a eu la chance de pouvoir
recruter durant la même période deux CR CNRS de très grande valeur : Tom van Dooren et Andres
Lopez-Sepulcre.
Durant la période 2007-2010, cinq MC ont été recrutés à l’UPMC : Adrien Frantz en septembre 2007,
Julien Gasparini en février 2008, Mathieu Mollet en septembre 2008, Clothilde Biard en septembre
2009 et Vincent Médoc en septembre 2010. Ces recrutements ont permis de se réapproprier et de
développer des enseignements d’Ecologie et de Biodiversité en Licence. Ils ont également permis de
renforcer la participation de l’UMR à la spécialité « Ecologie - Biodiversité – Evolution » (EBE), qui
relève de la Mention Sciences de l'Univers - Environnement – Ecologie (SDUEE) du Master Sciences de
l'UPMC.
L’examen des personnels chercheurs montre un fort déficit en chercheur de rang A (DR et PR), ce qui
avait été souligné par l’AERES lors de notre dernière évaluation, le rapport de l’AERES recommandant
de renforcer l’Unité sur ce plan. En janvier 2008, l’UMR comptait 2 DR CNRS, 1 PR AgroParisTech, 1
PR ENS et 1 PR UPMC. En juin 2012, il ne reste plus que 1 DR CNRS, 1 PR ENS et 1 PR UPMC ; Roger
Arditi, PR AgroParisTech, partant à la retraite le 30 octobre 2012. Le déficit de recrutement au
niveau des professeurs de l’UPMC reste toujours inquiétant et complique considérablement les
rapports de l’Unité avec sa tutelle principale. Actuellement, il n’y a qu’un seul professeur pour
représenter l’écologie évolutive au niveau de l’UPMC. On peut aussi regretter l’absence de soutien de
la part de l’UPMC pour le recrutement d’un PR en Parasitologie, ce qui a eu pour conséquence la
réorganisation des recherches dans l’UMR faisant disparaître l’affichage de cette thématique, avec
dans son sillage la disparition des enseignements de Parasitologie en Licence et en Master !

Année Chercheurs
Enseignants-
Chercheurs
Chercheurs
CNRS
11
HDR ITA –
BIATOS
(*)
Doctorants
et Post-
Doctorants
2007 21 9 7 14 18
2008 26 10 9 13 8
2009 27 10 10 14 12
2010 27 10 9 16 16
2011 27 10 11 14 22
2012 27 10 13 11 23
(*) Bilan effectué en juin de l’année considérée.
Tableau II : Evolution des moyens humains de l’UMR 7625 entre 2007 et 2012.
En ce qui concerne le personnel d’accompagnement à la recherche, ITA et BIATOS, notre situation est
restée stable jusqu’en juin 2011, les départs étant plus ou moins compensés par des recrutements.
Mais sur la période juin 2011-mars 2012, l’UMR a connu 5 départs non compensés dont 3 départs à la
retraite. Parmi ces trois départs à la retraite, 2 pleins-temps et un mi-temps concernaient
directement l’équipe de direction de l’UMR, notamment la secrétaire et la responsable de la gestion.
Ainsi en mars 2012, l’UMR n’avait plus de secrétariat, compliquant infiniment des taches aussi
fondamentales et vitales que l’accueil de stagiaires (convention, installation...) et ne disposait plus
que d’une personne administrative pour assurer toute la gestion de l’Unité. Mais surtout cette
absence de secrétariat a induit une coupure des liens de l’Unité vis-à-vis de ses tutelles. Même si nos
tutelles ont préféré payer un professeur de 1 ère classe pour assumer le rôle de secrétaire, il s’est
avéré qu’il n’était ni intéressé, ni compétent ! La vie rendue ainsi cauchemardesque dans l’Unité
aura des conséquences certaines à court et moyen termes sur l’évolution de l’Unité et sur sa
contribution au futur « Institut d’Ecologie et des Sciences Environnementales de Paris ».
Le Tableau II montre l’évolution des personnels de l’UMR, il souligne la stabilité du nombre de
chercheurs et enseignants-chercheurs et la chute des personnels « supports » en 2011-2012. Au 1 er
juillet 2012, l’Unité comprenait 1 IR CNRS, 2 IE CNRS, 3 AI CNRS, 2 TCN CNRS, 1 ½ ATRF UPMC. Parmi
ces personnels, seule Nathalie Guillory, TCN CNRS en charge de la gestion, fait partie de l’équipe de
« direction » de l’UMR.
Il est également important et agréable de souligner la promotion de 3 MC de notre UMR qui sont
devenus PR. En 2010, Amaury Lambert a été recruté sur un profil de PR en probabilité à l’UPMC. Il a
été amené à rejoindre le laboratoire de Probabilité de l’UPMC, mais il continue à collaborer avec
l’équipe « Eco Evolution Mathématique ». En septembre 2012, Sandrine Meylan est devenue PR à
l’IUFM (Univ. Paris 4) et Nicolas Loeuille à l’UPMC sur un profil fléché pour l’UMR 7618 « BIOEMCO ».
Il restera néanmoins dans notre UMR jusqu’en décembre 2014.
Une autre recommandation importante avait été faite par l’AERES lors de notre dernière évaluation,
elle concernait le nombre de HDR, qui était considéré comme insuffisant. Nous avons répondu à cette
critique et durant de la période quadriennale de référence sept HDR ont été soutenues, ce qui porte
le nombre d’HDR de l’UMR à 13 soit près de la moitié des personnels chercheurs (cf. Tableau II).
Moyens techniques: évolution des laboratoires et de l'informatique
• Secrétariat central : gestion administrative et financière
L’histoire se répète, nous amenant à nous interroger sur les motivations qui poussent notre Institut de
rattachement au CNRS à ne pas considérer efficacement les difficultés qui affectent les besoins vitaux
de notre Unité.
L’Unité a dû faire face pendant plus de deux ans (2005-2006) à une situation extrêmement précaire
de son secrétariat central avant que Chantal Cuisinier ne soit recrutée en 2007 pour prendre en
charge les charges administratives, les ressources humaines ainsi que de la gestion du quotidien de

l’UMR. Elle assura ces fonctions entre 2007 et février 2012. Son départ à la retraite replongea l’Unité
dans une situation critique. L’absence de secrétariat est une situation invivable au jour le jour, mais
à ce problème s’ajoute la non-continuité de la gestion administrative et des ressources humaines qui
va remettre en question tout le travail effectué entre 2007 et 2011. Les données et les dossiers des
personnels ont été mis à jour et sont sûrement dans le secrétariat mais où ? Un recrutement sous
forme de CDD est prévu à l’automne 2012, cependant cela semble être une nouvelle fois une solution
provisoire…
De la même façon, l’UMR avait connue en ce qui concerne sa gestion financière, une période de
grand « flottement » à la suite du départ d’un agent, laissant une seule gestionnaire pour l’ensemble
du laboratoire. En 2008, nous avions obtenu deux agents pour gérer financièrement l’UMR, Nathalie
Guillory et Sophie Gargan (2008-2009) puis Nathalie Guillory et Elisabeth Nguyen Van (2010-2011). En
janvier 2012, nous nous sommes retrouvés une nouvelle fois avec un seul agent pour gérer l’Unité lors
du départ à la retraite d’Elisabeth Nguyen Van. Malgré les qualités de Nathalie Guillory ainsi que son
investissement important, l’expérience apporte la démonstration que la gestion de notre Unité,
impliquant des ressources provenant de trois établissements et donc trois systèmes de gestion
différents (!) et un nombre conséquent de contrats, est une charge trop lourde pour une seule
personne, ce qui a pour résultat l’accumulation de retards importants dans la gestion de l’Unité. Dans
le contexte de cette charge de travail, il est aujourd’hui impossible pour le directeur et les chefs
d’équipe d’obtenir une vue synthétique sur l’état financier de l’UMR et son évolution à court terme.
L’activité de gestion administrative et financière de l’Unité demeure donc un problème aigu surtout
face à l’accroissement exponentiel des tâches administratives et financières induites par nos
administrations kafkaïenne dans la course à « l’excellence » (excellence ni administrative ou ni
financière, on suppose !!!).
• Informatique
Le service informatique est géré par Jean-Marc Rossi (AI). L’activité de recherche théorique de
l’Unité se traduit par des besoins informatiques importants, qui se voient enfin satisfaits
partiellement localement par le développement d’un équipements appropriés : serveurs et grille de
calcul dédiés à la modélisation numérique et au stockage de données, logiciels adaptés…
Serveurs, site Jussieu :
- Serveur dédié au logiciel de gestion XLAB
- Serveur du site Web du labo + miroir de celui-ci
- Serveur de sauvegarde
- Serveur de calcul sous Linux.
Serveurs, site ENS :
Depuis 2011, l’équipe « Eco Evolution Mathématique » a mis en commun ces budgets obtenus sur
contrat pour acquérir une grille de calcul upgradable. Cette grille de calcul est actuellement gérée
en partie par le centre de calcul du Département de Biologie de l’ENS et en partie par les bonnes
volontés des doctorants qui l’utilisent. Une situation aussi précaire est intenable, étant donnée la
place que tiennent la modélisation et l’écologie théorique et computationnelle dans l’activité et la
production scientifique de l’Unité. Nous demandons le recrutement rapide d’un IE spécialisé en calcul
scientifique afin de nous donner les moyens de gérer les outils de calcul que nos programmes de
recherche nécessitent : gestion de notre grille de calcul, gestion des accès à d’autres plateformes
numériques et super-ordinateurs, suivi et implémentation des développements des techniques
computationnelles. Notre compétitivité internationale est à ce prix.
• Service d’Ecologie Moléculaire
Le service d'écologie moléculaire permet de développer et d’utiliser des marqueurs moléculaires dans
le contexte des grandes problématiques d'écologie évolutive : dynamique des populations, génétique
des populations, écologie comportementale, évolution des systèmes de reproduction... Ce service est
donc utilisé dans une large proportion des projets de recherche de l’Unité. Le service est assuré par
Pierre Fédérici (AI) et Murielle Richard (IE), qui gèrent notamment le séquenceur récemment
remplacé (Applied Biosystems 3500 Genetic Analyzers). Il est à noter que depuis 2002, en moyenne, 7
12

publications par an utilisent des résultats provenant de l’utilisation du séquenceur. Cela a renforcé
l’Unité dans sa volonté de le remplacer malgré la conjecture peu favorable.
• Service d’Immunologie
Mis en place et assuré par Claudy Haussy (AI) et Julie Legoupi (AI), le Service répond aux demandes
de toutes les équipes en matière d’analyses immunologiques, endocrinologiques et hématologiques.
Le Service participe à l’élaboration des projets et à la mise au point des protocoles. Il met au point
les techniques d’analyse spécifiques aux projets, détermine les limites de détection des méthodes, et
assure la transmission des compétences. Les techniques utilisées ou développées incluent par
exemple les dosages ELISA d’immunoglobulines totales ou spécifiques pour étudier la réponse
immunitaire induite ou naturelle chez différentes espèces, les dosages de testostérone, progestérone,
corticostérone... La création de l’équipe « Ecophysiologie Evolutive » s’est fortement appuyée sur
l’existence et la qualité de ce service.
• Service de Microbiologie
Le Service de Microbiologie repose sur deux laboratoires de niveau de sécurité P1 et P2 qui sont
placés sous la responsabilité de Sandrine Adiba (IE). Le nouveau laboratoire de microbiologie P2 s’est
ouvert en juillet 2007 grâce au soutien de l’IFR 101 Ecologie, Evolution, Biodiversité et du CNRS.
Plusieurs projets initiés en 2007 se sont appuyés sur le Service de Microbiologie : (i) Co-évolution
expérimentale de l’amibe social Dictyostelium discoideum et des bactéries pathogènes de type
Legionella ; (ii) Etude expérimentale de la dérive génétique sur un modèle bactérien (E. coli) ; (iii)
Sélection naturelle et dérive génétique : son effet sur le polymorphisme génétique. Compte tenu de
la fin de ces projets une réflexion est en cours quant au devenir du laboratoire P2, notamment à
cause du coût de sa maintenance et du coût de son futur déménagement le « grille » du campus de
Jussieu.
Locaux
L’UMR est installée sur deux sites. La localisation principale est située sur le campus de Jussieu sur
une surface de plus de 1400 m 2 . L’état de dégradation des locaux était tellement avancé, l’électricité
répondait à des normes tellement anciennes que des travaux ont enfin été entrepris, sous la pression,
il est vrai, de la Préfecture de Police qui menaçait de fermer ces locaux ! Les travaux se sont
déroulés au printemps 2012 avec des conséquences non négligeables pour les personnels, les modèles
animaux et les matériels scientifiques qui ont cohabité avec les ouvriers, les bruits et la poussière
pendant plusieurs mois…
Sur le site de l'Ecole Normale Supérieure, l’UMR occupe un espace de 90 m 2 distribué sur deux étages
du Département de Biologie, où elle cohabite avec deux autres UMR. Cet espace exigu est insuffisant
pour le fonctionnement optimal de l’équipe « Eco Evolution Mathématique ».
e. Conclusions
En 2007, l'Unité réunifiée avait l'ambition de se positionner sur l’étude des systèmes écologiques à tous
leurs niveaux d’organisation – du gène à l’écosystème. Cette ambition a permis de développer une riche
activité scientifique au plus haut niveau d'excellence ainsi qu’en attestent les performances scientifiques
de l’Unité (mesurées par le nombre de publications dans les meilleures revues internationales), son
succès dans l’obtention de contrats de recherche ainsi que sa participation à des projets d’excellence
comme l’Equipex PLANAQUA. Il convient aussi d’insister sur l’émergence de thèmes transversaux, à fort
potentiel structurant au sein de l’UMR et dans ses relations avec son environnement scientifique local,
national et international:
§ écologie et évolution des stratégies biodémographiques et des comportements sociaux,
§ structure et dynamique des réseaux écologiques,
§ modélisation et écologie prédictive, en particulier dans le contexte des changements globaux.
§ l’écophysiologie évolutive et fonctionnelle
§ l’écologie urbaine
13

Cette réussite scientifique, fruit de la dynamique interne de l’Unité, contraste fortement avec les
conditions de fonctionnement dans lesquelles évoluent les membres de l’UMR 7625. Le fait que l'UMR
fonctionne encore est largement dû aux compétences scientifiques reconnues de ses chercheurs et
enseignants-chercheurs et à leur enthousiasme. Mais nos tutelles auraient tort de miser sur
l’inoxydabilité de cet enthousiasme ; en 2012, à l'heure du bilan, un gout amer est présent.
L’attitude de nos tutelles et leur absence de soutien ne sont pas étrangères au malaise ressenti par
beaucoup.
L’horizon de l’écologie fondamentale et de l’écologie évolutive à l’UPMC s’assombrit fortement car
ses thématiques ne sont pas clairement soutenues par la présidence de l’UPMC. Aucune possibilité ne
nous a été donnée pour renforcer la thématique « Parasitologie et/ou Ecologie de la Santé », alors
que le recrutement d’un PR, demandé de longue date, aurait pu la stabiliser et la développer. A
l’heure de la discussion de la nouvelle maquette d’enseignement, à laquelle de nombreux EC ont
participé, force a été de constater que l’écologie et la biologie de l’évolution ne représenteraient
qu’une portion minimaliste des enseignements de Licence. Au niveau du Master la vice-présidence
Enseignement a essayé de faire fusionner la spécialité EBE alors que la master EBE est, en Ecologie au
niveau national, une des formations phare... Plus préoccupant encore, l’ED « Diversité du Vivant »
n’a pas été reconduite. Ce non-renouvellement est déploré par l’UMR, car la place de l’Ecologie et de
l’Evolution n’est pas évidente dans la structure protéiforme qui devrait lui succéder. Tout cela
contribuera à réduire de façon significative l’attractivité de l’UPMC pour des chercheurs
internationalement reconnus dans le domaine de l’Ecologie. Alors que les questions sociétales
demandent toujours plus d’applications de prétendues « sciences de l’environnement » (voir par
exemple les conclusions de la conférence environnementale du 14 et 15 septembre 2012 présidée par
François Hollande quant à l’importance de la préservation de la biodiversité et du lien entre la santé,
biodiversité et environnement), on semble vouloir faire l’économie du socle scientifique même de ces
applications. C’est une erreur scientifique et stratégique flagrante, dont on aura malheureusement
tôt fait de mesurer les conséquences à l’aune de la compétition scientifique internationale.
Du côté du CNRS notre avenir ne semble pas beaucoup moins sombre, avec la disparation de 4 ITA non
remplacés depuis 2011, une chute de plus de 45% des crédits récurrents depuis 2010, une UMR sans
secrétariat pendant plus de 6 mois en 2012. Une UMR une nouvelle fois sans secrétariat et avec une
seule gestionnaire comme à la fin du précédent quadriennal ! La direction de l’INEE pourrait-elle
dire clairement si, oui ou non, elle souhaite encore soutenir une UMR d’Ecologie à Paris ?
En conclusion, l’évolution de l’Unité, résumée dans ce rapport, a clairement démontré la capacité de
celle-ci : (i) à réorganiser ses axes de recherche en fonction de ses points forts et des faiblesses
conjoncturelles auxquelles elle dut faire face ; (ii) à développer en son sein une politique forte de
recherches interdisciplinaires – c’est une caractéristique essentielle de l’UMR 7625 ; (iii) à s’impliquer
dans les formations universitaires, dans les réseaux scientifiques nationaux, et dans le développement
de très grands équipements au service de toute la communauté scientifique, tel que l’Ecotron Ile-de-
France à la station biologique de Foljuif ; (iv) à tisser un réseau de collaborations actives, contribuant
au rayonnement international des équipes. Par sa vocation transdisciplinaire essentielle, la science
écologique de la biodiversité et de l’évolution est en position idéale pour contribuer à la fédération
d’efforts intégratifs de la recherche biologique, du gène à l’écosystème. Il est hautement souhaitable
que nos tutelles ne se contentent pas de nos résultats scientifiques mais nous donnent aussi des
moyens à la hauteur de ceux-ci dans le futur Institut d’Ecologie et des Sciences Environnementales de
Paris, en en faisant une priorité pour le bien commun de son rayonnement national et international.
14

2. Rapport scientifique : Bilan des Equipes
a. « Changements Globaux et Processus Adaptatifs » 17
b. « Eco-Evolution Mathématique » 35
c. « Ecologie des Populations et des Communautés » 73
d. « Ecophysiologie Evolutive » 89
e. « Evolution des Sociétés Animales » 107
15

Rapport d’activité 2007 - 2012
LABORATOIRE Ecologie et Evolution (Eco-Evo)
EQUIPE Changements Globaux et Processus Adaptatifs (CGPA)
Responsable équipe et auteur de la fiche Manuel MASSOT
Chef d’équipe depuis Janvier 2006
Lieu d’implantation à Jussieu
17

LISTE DE TOUT LE PERSONNEL DE L’EQUIPE PAR ORDRE ALPHABETIQUE
Responsable équipe : Manuel MASSOT
Chercheurs et enseignants chercheurs
BIARD Clotilde MC UPMC Arrivée en septembre 2009 et départ en novembre 2010 dans une nouvelle
équipe
ELARD Loïc MC UPMC Paris Départ en novembre 2010 dans une nouvelle équipe
LALOI David MC UPMC
LE GALLIARD Jean-François CR1 CNRS
MASSOT Manuel CR1 CNRS HDR
MEYLAN Sandrine MC IUFM Paris Départ en novembre 2010 dans une nouvelle équipe
TULLY Thomas MC IUFM Paris
VERNET Roland MC Paris VII Départ en retraite en 2010
ITA et IATOS
AVNAIM Monique TCE CNRS Départ en retraite en octobre 2011
MILLOT Laurence AJT UPMC Départ dans un autre laboratoire en mai 2010
RICHARD Murielle IE2 CNRS
ROSSI Jean-Marc AI CNRS
Post-doctorants et chercheurs invités/associés
ARTACHO Paulina Jessica Post-doctorante CONICYT Chili De avril 2010 à avril 2012
GONZALEZ Manuela Post-doctorante R2DS Espagne De janvier 2009 à janvier 2010
Doctorants
BLEU Josefa Directeurs de thèse : Manuel MASSOT et Sandrine MEYLAN Soutenance : novembre 2011
BROM Thomas Directeurs de thèse : David LALOI et Manuel MASSOT
LE BOURLOT Vincent Directeurs de thèse : Thomas TULLY et David CLAESSEN
LEPETZ Virginie Directeurs de thèse : Jean CLOBERT et Manuel MASSOT Soutenance : septembre 2009
LIST Olivier Directeur de thèse : Loïc ELARD Soutenance : octobre 2008
MALLARD François Directeurs de thèse : Thomas TULLY et Manuel MASSOT
MARTIN Mélissa Directeurs de thèse : Sandrine MEYLAN et Jean-François LE GALLIARD
MUGABO Marianne Directeurs de thèse : Jean-François LE GALLIARD et Régis FERRIERE Soutenance :
avril 2011
REMY Alice Directeurs de thèse : Harry ANDREASSEN et Jean-François LE GALLIARD Soutenance :
novembre 2011
18

CONTRATS DE FINANCEMENT, THESES SOUTENUES ET COLLABORATIONS
SCIENTIFIQUES
Contrats de financements 2007 – 2012
1. ANR Programme blanc du 9 novembre 2007 au 18 novembre 2010 (coordinateur : J. CLOBERT) ANR
DIAME ‘Vers un nouveau fonctionnement des méta-populations’ Montant alloué à M MASSOT : 90 k€
2. Programme interdisciplinaire du CNRS ‘Longévité et Vieillissement’ de 2009 à 2010 (coordinateur :
T. TULLY) ‘Vieillissement de la stabilité et de la plasticité phénotypique : une approche éco-évolutive
expérimentale et comparative du vieillissement dans un contexte intégrant plusieurs traits, plusieurs
génotypes et plusieurs environnements chez le collembole Folsomia candida’ Montant alloué à T
TULLY : 18 k€
3. ANR Programme la 6 ème extinction du 1 er avril 2010 au 31 mars 2014 (coordinateur : O. RONCE) ANR
EVORANGE Montant alloué à T TULLY
4. R2DS de la Région Ile-de-France de 2008 à 2011 (coordinateur : J-F LE GALLIARD) ‘Vulnérabilité des
petites populations naturelles : approches expérimentales et prédictives des mécanismes
d’extinction’ Montant alloué : 180 k€
5. ANR Programme Jeunes chercheurs de 2008 à 2011 (coordinateur : J.-F. LE GALLIARD) ‘Mécanismes
d'extinction dans les petites populations’ Montant alloué à J-F LE GALLIARD : 400 k€
6. Research grant from NFR (Norges forskningsråd) de 2008 à 2012 (coordinateur : H.P. ANDREASSEN).
‘Extinction mechanisms in small populations: linking theory, experiments and observational studies in
a comparative setting’. Montant alloué : 2 M€
7. ANR Infrastructure Nationale en Biologie-Santé de 2012 à 2020. ANR ‘Analysis and experimentation
on ecosystems – Services’ (ANAEE-S). Montant alloué à J-F LE GALLIARD et 11 partenaires (Projet du
CNRS, INRA et l’Université Joseph Fourier en soutien à un réseau d’infrastructures de recherche): 1,9
M€
8. R2DS de la Région Ile-de-France de 2011 à 2015 (coordinateur : J-F LE GALLIARD) de 2011 à 2015.
Financement DIM pour le projet Ecotron IleDeFrance. Montant alloué aux laboratoires Eco-Evo,
BIOEMCO, ESE et à l’Institut d'Environnement de l’ENS : 1,7 M€
9. ANR Equipex de 2011à 2020 (coordinateurs : J-F LE GALLIARD, G LACROIX, F HULOT, C BOWLER et
V MEDOC). ANR ‘PLAteforme expérimentale Nationale d'écologie AQUAtique’ (PLANAQUA). Projet
ENS, CNRS INEE, UPMC et Université Paris Sud. Montant alloué : 3,2 M€
Thèses soutenues 2007 – 2012
BLEU Josefa, Thèse de l’UPMC, ‘Etude expérimentale et intégrative des contraintes et adaptations de
l’ovoviviparité’. Directeurs de thèse : Manuel MASSOT et Sandrine MEYLAN Soutenance : novembre
2011
LEPETZ Virginie, Thèse de l’UPMC, ‘Influence du réchauffement climatique sur les évolutions de
morphotypes chez le lézard vivipare’. Directeurs de thèse : Jean CLOBERT et Manuel MASSOT
Soutenance : septembre 2009
LIST Olivier, Thèse de l’UPMC, ‘Genetic study of the relations between the activity of a
transcriptional regulator and longevity in Drosophila’. Directeur de thèse : Loïc ELARD Soutenance :
octobre 2008
MUGABO Marianne, Thèse de l’Ecole Normale Supérieure (Ecole doctorale FDV), ‘Structure de
population et histoire de vie chez le lézard vivipare’. Directeurs de thèse : Jean-François LE
GALLIARD et Régis FERRIERE Soutenance : avril 2011
REMY Alice, Thèse de l’Université d’Oslo, ‘Linking behaviour with individual trait and environmental
conditions, and the consequences for small rodent populations’. Directeurs de thèse : Harry
ANDREASSEN et Jean-François LE GALLIARD Soutenance : novembre 2011
Collaborations scientifiques 2007 – 2012
1. Department of Ecology and Evolutionary Biology, Université de Californie, Santa Cruz, USA. B.
SINERVO
19

2. Institute of Plant Physiology and Ecology, Chinese Academy of Sciences, Shangai, China. Bu YUN
3. Department of Ecological Sciences, VU University Amsterdam, Pays-Bas. J. ELLERS
4. Department of Zoology and Ecology, Moscow Pedagogical State University, Moscow, Russia. M.
POTAPOV
5. Hedmark University College, Evenstad, Norvège. H.P. ANDREASSEN
6. Department of Biology, Université d’Anvers, Belgique. B. VANHOOYDONCK
7. Département d’Ecologie et évolution, Université de Lausanne, Suisse. P.S. FITZE
8. Department of Biology, Centre for Ecological and Evolutionary Synthesis, Université d’Oslo,
Norvège. G GUNDERSEN, T ERGON
9. Institut de Biologie Marine et Arctique, Université de Tromsø, Norway. R.A. IMS
10. School of Biological Sciences, Université d’Aberdeen, UK. X. LAMBIN
11. Department of Biology, Université du Massachusetts, USA. D.J. IRSCHICK
12. Department of Environmental and Health Studies, Faculty of Arts and Sciences, Telemark
University College, Norvège. F RUSSEL
13. Instituto de Ecologia y Evolucion, Universidad Austral de Chile in Valvidia, Chili. P. ARTACHO
14. Station d'Ecologie Expérimentale du CNRS de Moulis, CNRS USR 2936, Saint−Girons, France. J.
CLOBERT
15. Laboratoire de Microbiologie, Faculté de Pharmacie de Paris 5, France. M.−J. BUTEL
16. Institut des Sciences de la Terre, CNRS UMR 7193, Paris, France. J. CUBO
17. Station Biologique de Paimpont, CNRS UMR 6553, Paimpont, France. B. HEULIN
18. Laboratoire Physiopathologie et Diagnostic des Infections Microbiennes, EPIM, Hôpital Raymond
Poincaré, Paris, France. G. SAPRIEL
19. Origine, Structure et Evolution de la Biodiversité, UMR 7205 MNHN/CNRS, Paris, France. L.
DEHARVENG, C. D'HAESE et C. ROLLARD
20. Laboratoire Ecologie Systématique et Evolution, CNRS UMR 8079, Orsay, France. C. BESSA-GOMES
21. Centre d'Etudes Biologiques de Chizé, CNRS UPR 1934, Chizé, France. O. LOURDAIS
22. Biogéochimie et écologie des milieux continentaux, UPMC, Paris, France. L. ABBADIE, M. SEBILO
20

TABLEAU BIBLIOMETRIQUE
Cette synthèse bibliométrique, ainsi que la liste des publications qui s’y rapporte, ne comporte
pas les publications des 3 chercheurs qui ont quitté notre équipe pour fonder la nouvelle équipe
d’Ecophysiologie évolutive. En incluant ses 5 chapitres de Livre et 4 articles de vulgarisation,
l’équipe CGPA actuelle a ainsi produit 65 publications de 2007 à juin 2012.
Revue
Nombre
d’articles
Facteur
d’Impact
2010 sur 5
années
21
Champ
disciplinaire
Classement de
la revue dans
le champ
disciplinaire
Science 1 31.777 -------- --------
Ecology Letters 3 14.261 Ecology 3/130
Global Change Biology 2 7.814 Ecology 6 /130
Molecular Ecology 2 6.633 Ecology 9 /130
The New phytologist 1 6.598 -------- --------
Ecology 2 6.218 Ecology 11 /130
Evolution 3 6.041 Ecology 12 /130
Proceedings of the Royal
Society B 3 5.443
Ecology 16 /130
The American Naturalist 2 5.385 Ecology 19 /130
Journal of Animal Ecology 3 4.782 Ecology 22 /130
Functional Ecology 2 4.742 Ecology 23 /130
PLos One 3 4.610 -------- --------
Oecologia 4 4.116 Ecology 29 /130
Journal of Evolutionary Biology 5 4.080 Ecology 30 /130
Biology Letters 1 3.821 Ecology 35 /130
Animal Behaviour 1 3.402 -------- --------
Behavioral Ecology 4 3.382 Ecology 41 /130
Behavioral Ecology and
Sociobiology 1 2.866
Ecology 49 /130
Apidologie 1 2.451 -------- --------
Pedobiologia 1 2.337 Ecology 58 /130
Biodiversity and Conservation 1 2.336 Ecology 59 /130
Oryx 1 1.997 Ecology 67 /130
Evolutionary Ecology Research 3 1.754 Ecology 77 /130
Population Ecology 1 1.919 Ecology 69 /130
Behavioural Processes 1 1.805 -------- --------
Journal of Tropical Ecology 1 1.793 Ecology 76 /130
Molecular Ecology Resources 2 1.646 Ecology 82 /130
Journal of Experimental
1 1.565 -------- --------

Zoology Part A
La figure ci-dessous, qui situe nos publications dans les quartiles au sein de la discipline
‘ECOLOGY’ d’ISI Web) illustre bien la qualité scientifique de l’équipe CGPA : l’ensemble des
publications concerne en effet que les 3 premiers quartiles, et le premier quartile est le plus
représenté.
22

1 - Rappel des objectifs
RESULTATS & EVOLUTIONS SCIENTIFIQUES
L’équipe Changements Globaux et Processus Adaptatifs (CGPA) s’intéresse d’une part à
l’étude de l’impact des changements globaux sur les individus et les populations, et d’autre part à
celle des processus évolutifs. L’étude des changements globaux (changements climatiques;
fragmentation, altération et destruction des habitats) est un enjeu critique de la recherche en
écologie. Nos travaux sur les processus évolutifs (mécanismes d’adaptation, processus sélectifs,
systèmes d’appariement et plasticité phénotypique) sont un atout pour appréhender pleinement
l’impact des changements globaux. Nos études des modifications majeures de l’environnement
induites par les activités humaines (pressions sélectives unidirectionnelles récentes auxquelles les
populations ne sont pas adaptées) nous offrent des possibilités intéressantes d’appréhender les
processus évolutifs. Les deux thématiques de l’équipe sont donc très complémentaires et
s’enrichissent mutuellement. Dans ce contexte général, nos principaux thèmes de recherche sont les
suivants : (i) Impacts du réchauffement climatique sur les individus et les populations ; (ii)
Mécanismes d’extinction dans les petites populations ; (iii) Etude du vieillissement ; (iv) Etude du
système de reproduction ; (v) Réponses phénotypiques et adaptatives aux variations
environnementales. Nous mettons le plus souvent en œuvre des approches intégratives pouvant
combiner morphométrie, comportement, physiologie, génétique, démographie et modélisation. Nos
études sont menées dans des populations naturelles (suivis long-terme et expérimentations), dans des
conditions semi-naturelles et en laboratoire. Nos modèles biologiques principaux sont le lézard
vivipare Lacerta (Zootoca) vivipara et le collembole Folsomia candida.
De 2007 à la fin 2010, l’équipe CGPA a compris 7 chercheurs (2 CNRS, 5 MC), 1 ingénieur
(CNRS), 3 techniciens (2 CNRS, 1 UPMC), et il y a eu simultanément jusque 2 post-doctorants et 3
thésards. Le fait marquant dans l’évolution de l’équipe a été le départ de 3 de ses chercheurs à la fin
2010 pour participer à la création de la nouvelle équipe Ecophysiologie évolutive. A ceci, se sont
ajoutés 2 départs en retraite (1 MC, 1 technicien) et 1 départ du laboratoire (1 technicien). L’équipe
est ainsi actuellement composée de 5 publiants, 4 chercheurs (2 CNRS, 2 MC) et 1 ingénieur, ainsi que
de 1 assistant ingénieur et 2 thésards. La scission de l’équipe qui a contribué à la création de l’équipe
d’Ecophysiologie évolutive a eu plusieurs raisons. D’un point de vue scientifique, il s’agissait en
premier lieu de former une forte équipe d’écophysiologie permise par plusieurs recrutements en
parallèle avec un affaiblissement du potentiel du laboratoire en parasitologie (l’ancienne équipe
‘hôtes-parasites’ a été l’autre composante de l’UMR à l’origine de la fondation de l’équipe
d’écophysiologie). En ce qui concerne CGPA elle-même, ceci a permis d’apporter une réponse aux
inquiétudes émises au précédent examen AERES et qui étaient que notre équipe initiale présentait
trop de thèmes d’étude et trop de modèles biologiques. D’un point de vue plus pratique, notre
scission a aussi été une réponse à un fonctionnement peu rationnel de notre école doctorale
‘Diversité du vivant’ qui considère que le nombre d’attributions de thèses est à équilibrer entre les
équipes, mais ce quelque soit la taille des équipes. Nos succès dans l’obtention de thèses suite à
notre scission en 2 équipes ont clairement validé notre décision. De plus, cette scission ne s’est pas
faite au détriment de la visibilité de l’équipe CGPA qui a conservé une taille comparable à plusieurs
équipe du laboratoire et qui affiche une production scientifique importante (65 publications) et de
qualité (2/3 des articles au sein du premier quartile de la discipline ‘ECOLOGY’ d’ISI Web).
2 - Principaux résultats scientifiques
Impacts du réchauffement climatique sur les individus et les populations
Le réchauffement climatique actuel et son origine anthropique ne font plus de doutes. Les
travaux sur le lézard vivipare ont illustré un grand nombre d’effets du réchauffement climatique,
réchauffement observé dans la zone d’étude (Cévennes) ces 30 dernières années. Les effets
individuels du réchauffement ont été un avancement des dates de pontes, un accroissement de la
taille corporelle, ainsi qu’un accroissement des tailles de ponte (Chamaillé-Jammes et al. Global
Change Biology 2006, ACL37). Une relation entre la température au printemps et la survie des adultes
a suggéré un autre impact possible sur le long terme. La composition des populations a également été
affectée avec un changement marqué de la fréquence de morphotypes liés à la coloration dorsale
23

(ACL30). Ce changement a été dû à une diminution des échanges entre populations via la dispersion
adulte. La dispersion du lézard vivipare a d’une manière générale fortement répondu au
réchauffement car il a aussi été observé une réduction de la dispersion des jeunes (ACL41). Cette
réduction a été d’une ampleur surprenante pour une série temporelle de seulement 16 années
(Figure 1). Le taux de dispersion initialement compris entre 50 et 60% est maintenant proche de
seulement 20%. La réduction de la dispersion a été liée à l’augmentation des températures en Juin
(ACL41). Cette inhibition de la dispersion juvénile et la diminution de la dispersion adulte témoignent
d’une réduction généralisée des mouvements dispersifs chez le lézard vivipare. Ceci contraste avec
l’augmentation de la tendance dispersive par le réchauffement chez les trois seules autres espèces où
cela a été testé. Cela remet aussi en cause une prédiction générale un peu rapide comme quoi le
réchauffement climatique devrait conduire à une dispersion accrue des ectothermes (Walters et al.
Proc. Royal Soc. B 2006).
Figure 1. Inhibition de la dispersion des jeunes chez le lézard vivipare (A) en réponse au
réchauffement climatique observé dans la zone d’étude (B). Source = ACL41.
Une approche biogéographique des effets du réchauffement climatique sur le lézard vivipare
a été menée dans le cadre d’une collaboration avec B SINERVO. Un premier article a été publié dans
Science (ACL52). Sur la base d’un suivi de 104 sites à travers l’Europe, il a été montré l’extinction de
16 populations sur la dernière décennie, ainsi que le déclin des densités dans nombre de populations
persistantes. Les populations éteintes et les plus en déclin sont localisées au sud de l’aire de
répartition de l’espèce, et tout particulièrement dans les populations de faible altitude, c’est-à-dire
à la marge chaude de l’aire géographique. De tels exemples d’extinction liée au réchauffement
climatique ont pour l’instant très rarement été mis en évidence bien qu’ils soient prédits en grand
nombre dans les décennies à venir. Dans l’article publié dans Science (ACL52), les données
biogéographiques sur le lézard vivipare ont été incluses dans un jeu de données de nombreuses
espèces de lézards sur l’ensemble de la planète, et couplé avec un modèle physiologique prédictif.
Au delà de l’étude sur le lézard vivipare, nous avons aussi produit une revue (OS-4) sur les
implications de la dispersion dans les dynamiques biogéographiques liées aux effets du réchauffement
climatique sur les espèces. Cette revue a eu pour but de résumer les connaissances actuelles, de
souligner les inconnues importantes et de dégager des voies de recherche à développer. Il y est
notamment discuté et conclu que la capacité que l’on aura de prédire les effets du changement
climatique global sur les espèces dépendra de la réponse à trois questions cruciales : (i) Doit-on
prendre en compte la variabilité de la dispersion au sein des espèces ? (ii) Y a-t-il des effets
interactifs importants entre le changement climatique, la fragmentation des habitats et les
interactions entre espèces ? (iii) Les effets conjugués du changement climatique et de la dispersion
sont-ils les mêmes aux marges en expansion, en contraction et dans le cœur de l’aire géographique ?
Étude du vieillissement
L’étude des changements de performances selon l’âge (maturation, investissement
terminal, sénescence) touche aux travaux de T TULLY pour notre modèle de laboratoire, le
collembole, et à ceux de M MASSOT pour notre espèce suivie in natura, le lézard vivipare. Les travaux
de T TULLY sur les traits d'histoire de vie et le vieillissement chez le collembole Folsomia candida ont
été multiples. Il a étudié la plasticité des traits d’histoire de vie montrant l'existence d'un compromis
24

évolutif entre plasticité et longévité (ACL54). Il a également proposé une nouvelle théorie
permettant d’expliquer comment la survie après la fin de la reproduction a pu être sélectionnée au
cours de l’évolution (ACL55). L’observation de vie post-reproductive parfois importante a été
longtemps considérée comme un paradoxe évolutif. Comment celle-ci, qui produit des compétiteurs
«inutiles» car ne se reproduisant plus, n'a-t-elle pas disparu au cours de l’évolution ? Plusieurs
théories ont été avancées, basées sur l’idée que les grand-mères peuvent contribuer à la propagation
de leurs gènes indirectement en favorisant par exemple la survie et la reproduction de leurs enfants
et de leurs petits-enfants via des soins maternels ou grand-maternels. Mais chez des espèces sans soin
parental ni vie sociale organisée, l’existence d’une vie post-reproductive reste difficile à expliquer. Il
a donc été proposé une nouvelle théorie permettant de résoudre ce paradoxe évolutif.
L'imprévisibilité de la durée de vie peut générer une pression de sélection favorisant les individus
programmés génétiquement pour survivre après la fin de leur période de reproduction dans la mesure
où cela donne une marge garantissant un potentiel maximum de reproduction avant de mourir. Nous
nous sommes appuyés sur notre étude du collembole pour tester notre prédiction. En comparant la
durée de vie post-reproductive de 11 lignées clonales d’un collembole, nous avons montré que les
lignées chez lesquelles la durée de vie est la plus imprévisible sont les lignées chez lesquelles la
durée de vie post-reproductive moyenne est la plus longue, et ce en accord avec notre modèle
théorique (Figure 2).
Figure 2. Les résultats de simulations d'un modèle théorique (A) et les mesures expérimentales
effectuées sur 11 lignées de collemboles aboutissent aux mêmes conclusions : la durée de vie postreproductive
évolue conjointement avec l'imprévisibilité de la durée de vie. Source = ACL55.
Les résultats sur le lézard vivipare (ACL42) ont illustré l’apport d’approches intégratives
dans l’étude du processus complexe de vieillissement. Le jeu de données analysé a consisté en 14
années d’études de données de capture-recapture (18 684 captures, 892 évènements de
reproduction) enrichies de mesures physiologiques (hormone de stress, réponses immunitaire, taux
métabolique). Cette étude a permis de montrer des variations en fonction de l’âge pour des aspects
multiples chez les femelles adultes. Ces variations avec l’âge ont été tout autant des processus de
maturation tôt dans la vie (pour l’accès à la reproduction et la taille de ponte), que des processus de
sénescence à des âges plus avancés (décroissance de la survie et du succès des pontes). En parallèle
avec la sénescence, il a aussi été montré l’existence d’une stratégie d’investissement terminal chez
les femelles les plus âgées, avec une plus grande qualité des jeunes produits (taille et corpulences
des jeunes). L’observation d’accroissements tant du taux métabolique au repos que de la réponse
immunitaire cellulaire avec l’âge des femelles adultes pourrait être liée aux variations d’âge des
composantes de la valeur sélective. Par ailleurs, des patrons de vieillissement sont fonction des
conditions environnementales, de la taille corporelle des femelles, et la sénescence en survie des
femelles est spécifique des femelles qui ont un fort effort de reproduction à la première
reproduction. Ce dernier résultat d’un coût de reproduction à l’origine de la sénescence a rarement
été montré, bien qu’il soit prédit par les principales théories évolutives sur la sénescence.
Étude du système de reproduction et de la sélection sexuelle
Chez le lézard vivipare, la mise en évidence d’un polymorphisme des stratégies de
reproduction (polygynie, polyandrie avec coexistence de femelles monandres et polyandres) a été à
l’origine de nombreux travaux. L’ensemble des publiants de CGPA travaillant sur le lézard vivipare se
25

sont ainsi intéressés à cet aspect. Les travaux de M RICHARD touchent aux choix complexes des
partenaires en relation avec la condition des individus, les phénomènes de sénescence, mais
également en relation avec les phénomènes de consanguinité et d’adaptations locales. Il est a noté
qu’en tant qu’ingénieur elle publie régulièrement sur ces thématiques, avec 12 articles depuis 2007
dont 3 en premier auteur. Les travaux de D LALOI, souvent en association avec M MASSOT et M
RICHARD, concernent les systèmes d’appariement et les choix de partenaires. Il a notamment été
questionné la relation entre la dispersion et le système de reproduction (ACL29). Le couplage évolutif
de ces deux aspects a fait l’objet d’une très vaste littérature et de beaucoup de débats sur la base de
comparaisons entre espèces ou groupes taxonomiques larges (e.g., oiseaux versus mammifères).
Toutefois, cet aspect n’avait été examiné qu’une seule fois au travers d’une variabilité
interindividuelle au sein d’une population où coexiste des individus mono- et polygames (Chapple &
Keogh Molecular Ecology 2005), et cette étude restait assez peu explicative. Au sein d’une population
naturelle de lézards vivipares, nous avons pu montrer une relation entre dispersion et stratégie de
reproduction. Ainsi, et à l’inverse de ce que prédit l’hypothèse classique d’un déterminisme
génétique du comportement de dispersion, nous avons trouvé une ressemblance de comportement de
dispersion entre les jeunes de même portée quand ils étaient issus de pères différents, ressemblance
non constatée chez les jeunes de femelles qui s’étaient accouplées avec un seul mâle (ACL29). Une
interaction entre système de reproduction et succès de la reproduction sur la dispersion des jeunes a
éclairé au moins pour partie l’origine non génétique de la ressemblance entre les jeunes des mères
polyandres.
Un travail marquant de J-F LE GALLIARD (ACL17) a porté sur les mesures de l’intensité de la
sélection sexuelle, mesures cruciales dans les études de dimorphisme sexuel, de dynamique de
population et de spéciation. Différentes mesures sont utilisées dans la littérature et leurs intérêts et
limitations sont fortement débattues. A l’aide d’une expérience en conditions semi-naturelles (enclos
au CEREEP) sur des populations indépendantes de lézards vivipares, le sexe ratio adulte a été
manipulé. Le sexe ratio adulte est un déterminant potentiellement important de l’intensité de la
sélection sexuelle. Nous avons mesuré les différences d’intensité de la sélection sexuelle à partir de
trois mesures classiquement utilisées – le gradient de sélection standardisé (beta’), l’opportunité de
sélection (I), et le gradient de Bateman (beta(ss)). Ces mesures ont été calculées pour différents
groupes d’individus et composantes de la valeur sélective. Il a été montré que les résultats basés sur I
étaient opposés à ceux des deux autres mesures, alors que les résultats de beta’ étaient en accord
avec nos connaissances sur le système de reproduction du lézard vivipare. Par ailleurs, nos
estimateurs de la force et de la direction de la sélection sexuelle ont variés selon les groupes
d’individus considérés et les composantes de la valeur sélective. Ces observations démontrent les
divergences entre les différentes mesures de la sélection sexuelle et soulignent la grande prudence
nécessaire dans les comparaisons entre études et espèces.
3 – Interactions avec l’environnement social, économique et culturel
L’implication des chercheurs en tant que conseillers scientifiques est forte. T TULLY est
membre du conseil d'éducation de la réserve de biosphère du Gâtinais Français depuis 2008, membre
du conseil scientifique du projet PICRI "Biodiversité dans l'assiette - Plateforme pour des restaurations
collectives responsables". D LALOI est membre du Conseil Scientifique Régional du Patrimoine Naturel
(CSRPN) d’Ile-de-France. J-F LE GALLIARD a été membre du comité scientifique de la Réserve de
Biosphère de Fontainebleau de 2007 à 2010, et est conseiller scientifique de la collection Sciences
durables des éditions de la Rue d'Ulm depuis 2010, membre du conseil scientifique du DIM R2DS du
Conseil régional depuis 2011, éditeur associé de la revue Oecologia et membre du conseil scientifique
de la station des Nouragues du CNRS depuis 2012.
Les 4 chercheurs de CGPA ont participé à des manifestations auprès du public. J-F Le
GALLIARD en tant qu’organisateur et D LALOI en tant que participant ont contribué au 48h de la
Biodiversité au CEREEP en 2010, ainsi qu’à l’opération Porte ouverte Bioblitz Foljuif en 2011. D LALOI
a aussi participé aux Rencontres de Natureparif sur les ‘Espèces envahissantes en Ile-de-France’ en
2011. J-F Le GALLIARD a par ailleurs organisé les Portes ouvertes Fête de la Science CEREEP−Ecotron
IleDeFrance en 2009, 2010 et 2012, et mis en place un projet technique avec un lycée. M MASSOT et T
TULLY ont fait des animations pour la fête de la science. Du côté des publications, nous avons produit
4 articles de vulgarisation (2 articles pour le Bulletin de la Société Herpétologique de France, 1
article pour la Société Française d'Orchidophilie et 1 article pour la revue de l'Association des
Professeurs de Biologie et Géologie).
26

4 – Implication dans la formation
Nos activités d’enseignements sont importantes et doivent bien sûr beaucoup aux 2 Maîtres
de Conférences de l’équipe, D LALOI et T TULLY. Les enseignements couverts touchent
essentiellement la Licence ‘Sciences de la Vie’ de l’UPMC, le Master ‘Ecologie Biodiversité Evolution’
de l’UPMC, le Master ‘Education et formation’ de l’UPMC, le Master EFSVT de Paris 7, le Master
‘Formation des maîtres’ de l’IUFM de Paris, mais aussi des enseignements à l’Ecole Normale
Supérieure de Paris (Licence et Master) ainsi qu’à l’étranger. D LALOI est responsable de 5 UE, T
TULLY est responsable de 2 UE et d’un semestre de parcours d’initiation à la recherche. J-F LE
GALLIARD est responsable d’une UE de Licence. En termes de responsabilités dans l’organisation des
enseignements, D LALOI est représentant de l’écologie au sein du conseil de la Licence Sciences de la
Vie, représentant de l’écologie au sein du comité de pilotage d’un projet de réforme de la Licence,
membre (élu depuis 2008) du Conseil de l’UFR 918 ‘Terre, Environnement, Biodiversité’ et membre
de la commission des enseignements de cette UFR. T TULLY a été membre du conseil départemental
de formation pour le premier degré de 2008 à 2011, il a été membre du jury académique de
formation pour le premier degré de 2005 à 2007 et il est membre élu du CNU (section 67) depuis
2011. Il a aussi été membre du jury de l'agrégation externe de SVT de 2007 à 2010 et est
actuellement membre du jury de l'agrégation interne de SVT depuis 2011. En ce concerne notre
activité de formation par la recherche depuis 2007, nous avons encadré 25 étudiants de L3, 12
étudiants de M1, 13 étudiants de M2 et 5 thésards.
5 – Vie de l’équipe
Le fait marquant dans la vie de l’équipe a bien sûr été le départ de 3 de ses chercheurs à la
fin 2010 pour participer à la création de la nouvelle équipe Ecophysiologie évolutive. A ceci, se sont
ajoutés 2 départ en retraite (1 MC, 1 technicien) et 1 départ du laboratoire (1 technicien). L’équipe
est ainsi actuellement composée de 4 chercheurs (2CNRS, 2 MC), 1 ingénieur, 1 assistant ingénieur et
2 thésards. Comme présenté dans la section introductive, cette forte réduction de la taille de
l’équipe CGPA s’est faite ni au détriment de son dynamisme avec une production scientifique
importante et de qualité, ni de sa visibilité puisque l’équipe CGPA a alors été d’une taille comparable
à plusieurs autres équipe du laboratoire.
Du point de vue de l’implication des membres de l’équipe au fonctionnement global du
laboratoire, il est à souligner que notre ingénieur M RICHARD a été l’ACMO de l’unité depuis 2007 et
que notre assistant ingénieur J-M ROSSI a assuré la charge de l’informatique du laboratoire. Pour les
chercheurs, nous avons des collaborations avec 9 chercheurs des autres équipes. Un élément majeur
est aussi l’importante responsabilité de J-F LE GALLIARD en tant que directeur du CEREEP-Ecotron
IleDeFrance depuis 2010. Cette unité de service du CNRS et de l’Ecole Normale Supérieure comprend
12 techniciens et ingénieurs. De par cette direction, J-F LE GALLIARD coordonne la Très Grande
Infrastructure de Recherche de l’Ecotron IleDeFrance (www.foljuif.ens.fr). Le CEREEP-Ecotron
IleDeFrance fait partie du réseau de l’Infrastructure nationale en biologie-santé ANAEE-Service dont
J-F LE GALLIARD assure aussi une partie de la coordination et de la gestion.
Un bémol dans le fonctionnement de l’ équipe a sans doute été dû à un éparpillement
géographique, avec 2 chercheurs et les personnels techniques basés à Jussieu, 1 chercheur à l’ENS (T
TULLY) et J-F LE GALLIARD dont l’activité a été assez centrée sur le CEREEP. Pour l’avenir, et si nos
tutelles le permettent, il serait souhaitable qu’il y ait une unité géographique des futures équipes.
Pour que cette partie sur la vie de l’équipe soit complète et reflète réellement nos contraintes de
fonctionnement, il doit être aussi fait mention des problèmes qui se posent à notre équipe, comme à
toutes les équipes du laboratoire et à de nombreuses équipes françaises. En tout premier lieu, le
remplacement d’une grande part de notre financement récurrent par des offres contractuelles nous
conduit de fait à dépendre de sources de financement instables. Ceci enlève toute vision à moyen et
long terme permettant de développer des projets pérennes au delà des 2-3 ans habituels des
contrats. L’instabilité des financements est aussi particulièrement dommageable lorsque des
recherches reposent sur des installations expérimentales ou des équipements onéreux qu’on ne peut
faire vraiment fonctionner que lorsque des contrats sont décrochés. Par exemple, le nouveau
séquenceur que notre UMR a eu tant de mal à financer est maintenant peu utilisé faute de moyens.
Un autre disfonctionnement tient au sous-encadrement administratif de l’unité qui se traduit par des
relations difficiles à gérer avec le personnel administratif présent, et bien sûr par des pertes de
temps considérables.
27

Les publications 2007 – 2012 intra équipe
ACL
LISTES DES PUBLICATIONS DANS l’EQUIPE
ACL1 Baron J.-P., Le Galliard J.-F., Tully T., and Ferrière R. (2010) Cohort variation in offspring
growth and survival: prenatal and postnatal factors in a late-maturing viviparous snake.
Journal of Animal Ecology, 79, 640-649. IF = 4.782
ACL2 Baron J.-P., Tully T., and Le Galliard J.-F. (2010) Sex-specific fitness returns are too weak to
select for non-random patterns of sex allocation in a viviparous snake. Oecologia, 164, 369-
378. IF = 4.116.
ACL3 Bleu J., Bessa-Gomes C., and Laloi D. (2012) Evolution of female choosiness and mating
frequency: effects of mating cost, density and sex ratio. Animal Behaviour, 83, 131-136. IF =
3.402.
ACL4 Bleu J., Heulin B., Haussy C., Meylan S., and Massot M. (2012) Experimental evidence of early
costs of reproduction in conspecific viviparous and oviparous lizards. Journal of Evolutionary
Biology, 25, 1264-1274. IF = 4.080.
ACL5 Bleu J., Le Galliard J.-F., Meylan S., Massot M., and Fitze P.S. (2011) Mating does not
influence reproductive investment, in a viviparous lizard. Journal of Experimental Zoology
Part A: Ecological Genetics and Physiology, 315A, 458-464. IF = 1.565.
ACL6 Bleu J., Massot M., Haussy C., and Meylan S. (2012) Experimental litter size reduction reveals
costs of gestation and delayed effects on offspring in a viviparous lizard. Proceedings of the
Royal Society B, 279, 489-498. IF = 5.443.
ACL7 Bocher A., Doums C., Millot L., and Tirard C. (2008) Reproductive conflicts affect labor and
immune defences in the Queenless ant Diacamma Sp “NILGIRI’’. Evolution, 62, 123-134. IF =
6.041.
ACL8 Bonneaud C., Sinsheimer J.S., Richard M., Chastel O., and Sorci G. (2009) Mhc polymorphisms
fail to explain the heritability of phytohaemagglutinin induced skin swelling in a wild
passerine. Biology Letters, 5, 784-787. IF = 3.821.
ACL9 Bose M., Le Gouar P., Arthur C., Larnbourdiere J., Choisy J.P., Henriquet S., Lecuyer P.,
Richard M., Tessier C., and Sarrazin F. (2007) Does sex matter in reintroduction of griffon
vultures Gyps fulvus? Oryx, 41, 503-508. IF = 1.997.
ACL10 Clobert J., Le Galliard J.-F., Cote J., Meylan S., and Massot M. (2009) Informed dispersal,
heterogeneity in animal dispersal syndromes and the dynamics of spatially structured
populations. Ecology Letters, 12, 197-209. IF = 14.261.
ACL11 Cote J., Le Galliard J.-F., Rossi J.-M., and Fitze P.S. (2008) Environmentally induced changes
in carotenoid-based coloration of female lizards: a comment on Vercken et al. Journal of
Evolutionary Biology, 21, 1165-1172. IF = 4.080.
ACL12 Dreiss A.N., Cote J., Richard M., Federici P., and Clobert J. (2010) Age– and sex-specific
response to population density and sex ratio. Behavioral Ecology, 21, 356-364. IF = 3.382.
ACL13 Dreiss A.N., Silva N., Richard M., Moyen F., Théry M., Møller A.P., and Danchin E. (2008)
Condition dependent genetic benefits of extrapair fertilization in female blue tits. Jounal of
Evolutionary Biology, 21, 1814–1822. IF = 4.080.
ACL14 Eizaguirre C., Laloi D., Massot M., Richard M., Federici P., and Clobert J. (2007) Conditiondependence
of reproductive strategy and the benefits of polyandry in a viviparous lizard.
Proceedings of the Royal Society B, 274, 425-430. IF = 5.443.
ACL15 Fitze P., Cote J., San-Jose L., Meylan S., Isaksson C., Andersson S., Rossi J.-M., and Clobert J.
(2009) Carotenoid-based colours reflect the stress response in the common lizard . PLoS One,
4, e511. IF = 4.610.
28

ACL16 Fitze P.S., and Le Galliard J.-F. (2008) Operational sex ratio, sexual conflict and the intensity
of sexual selection. Ecology Letters, 11, 432-439. IF = 14.261.
ACL17 Fitze P.S., and Le Galliard J.-F. (2011) Inconsistency between different measures of sexual
selection. The American Naturalist, 178, 256-268. IF = 5.385.
ACL18 Gallet R., Tully T., and Evans M.E.K. (2009) Ecological conditions affect evolutionary
trajectory in a predator-prey system. Evolution, 63. IF = 6.041.
ACL19 Gonzalez-Suarez M., Le Galliard J.-F., and Claessen D. (2011) Population and life-history
consequences of within-cohort individual variation. The American Naturalist, 178, 525-537. IF
= 5.385.
ACL20 González-Suárez M., Mugabo M., Decencière B., Perret S., Claessen D., and Le Galliard J.-F.
(2011) Disentangling the effects of predator body size and prey density on prey consumption
in a lizard. Functional Ecology, 25, 158-165. IF = 4.742.
ACL21 Hauzy C., Tully T., Spataro T., Paul G., and Arditi R. (2010) Spatial heterogeneity and
functional response: an experiment in microcosms with varying obstacle densities. Oecologia,
163. IF = 4.116.
ACL22 Hoset K.S., Ferchaud A.-L., Dufour F., Mersch D., Cote J., and Le Galliard J.-F. (2011) Natal
dispersal correlates with behavioural traits that are not consistent across early life stages.
Behavioral Ecology, 22, 176-183. IF = 3.382.
ACL23 Hoset K.S., Le Galliard J.-F ., and Gundersen G. (2009) Demographic responses to milder
winter climate in enclosed populations of a small rodent. Population Ecology, 51, 279-288. IF
= 1.919.
ACL24 Hoset K.S., Le Galliard J.-F., Gundersen G., and Steen H. (2008) Home range size and overlap
in female root voles: the effect of season and density. Behavioral Ecology, 19, 139-145. IF =
3.382.
ACL25 Irschick D.J., and Le Galliard J.-F. (2008) Studying the evolution of whole-organism
performance capacity: sex, selection and haiku. Evolutionary Ecology Research, 10, 155-156.
IF = 1.754.
ACL26 Irschick D.J., Meyers J.J., Husak J.F., and Le Galliard J.-F. (2008) How does selection operate
on whole-organism functional performance capacities? A review and synthesis. Evolutionary
Ecology Research, 10, 177-196. IF = 1.754.
ACL27 Laloi D., Eizaguirre C., Fédérici P., and Massot M. (2011) Female choice for heterozygous
mates changes along successive matings in a lizard. Behavioural Processes, 88, 149-154. IF =
1.805.
ACL28 Laloi D., and Pham-Delègue MH (2010) Patriline-level variability in olfactory learning in the
honey bee. Apidologie, 41, 436-442. IF = 2.451.
ACL29 Laloi D., Richard M., Fédérici P., Clobert J., Teillac-Deschamps P., and Massot M. (2009)
Relationship between female mating strategy, litter success and offspring dispersal. Ecology
Letters, 12, 823-829. IF = 14.261.
ACL30 Lepetz V., Massot M., Chaine A.S., and Clobert J. (2009) Climate warming and the evolution
of morphotypes in a reptile. Global Change Biology, 15, 454-466. IF = 7.814.
ACL31 Lepetz V., Massot M., Schmeller D.S., and Clobert J. (2009) Biodiversity monitoring: some
proposals to adequately study species’ responses to climate change. Biodiversity and
Conservation, 18, 3185-3203. IF = 2.336.
ACL32 Loiseau C., Richard M., Garnier S., Chastel O., Julliard R., Zoorob R., and Sorci G. (2009)
Diversifying selection on MHC Class I in the house sparrow (Passer domesticus). Molecular
Ecology, 18, 1331-1340. IF = 6.633.
ACL33 Le Cadre S., Tully T., Mazer S.J., Ferdy J.B., Moret J., and Machon N. (2008) Allee effects
within small populations of Aconitum napellus Ssp lusitanicum, a protected subspecies in
northern France. The New phytologist, 179. IF = 6.598.
ACL34 Le Galliard J.-F., Cote J., and Fitze P.S. (2008) Lifetime and intergenerational fitness
consequences of harmful male interactions for female lizards. Ecology, 89, 56-64. IF = 6.218.
29

ACL35 Le Galliard J.-F ., and Ferrière R. (2008) Evolution of maximal endurance capacity: natural
and sexual selection across age classes in a lizard. Evolutionary Ecology Research, 10, 1-20. IF
= 1.754.
ACL36 Le Galliard J.-F., Gundersen G., and Steen H. (2007) Mother-offspring interactions do not
affect natal dispersal in a small rodent. Behavioral Ecology, 18, 665-673. IF = 3.382.
ACL37 Le Galliard J.-F., Marquis O., and Massot M (2010). Cohort variation, climate effects and
population dynamics in a short-lived lizard. Journal of Animal Ecology, 79, 1296-1307. IF =
4.782.
ACL38 Le Galliard J.-F., Paquet M., Pantelic Z., and Perret S. (2011) Effects of miniature
transponders on physiological stress, locomotor activity, growth and survival in small lizards.
Amphibia-Reptilia, 32, 177-183.
ACL39 Le Galliard J.-F., Rémy A., Ims R.A., and Lambin X. (2012) Patterns and processes of dispersal
behaviour in arvicoline rodents. Molecular Ecology, 21, 505-523. IF = 6.633.
ACL40 Marquis O., Massot M., and Le Galliard J.-F (2008) Intergenerational effects of climate
generate cohort variation in lizard reproductive performance. Ecology, 89, 2575-2583. IF =
6.218.
ACL41 Massot M., Clobert J., and Ferrière R. (2008) Climate warming, dispersal inhibition and
extinction risk. Global Change Biology, 14, 461-469. IF = 7.814.
ACL42 Massot M., Clobert J., Montes-Poloni L., Haussy C., Cubo J., and Meylan S. (2011) An
integrative study of ageing in a wild population of common lizards (Lacerta vivipara).
Functional Ecology, 25, 848-858. IF = 4.742.
ACL43 Mugabo M., Marquis O., Perret S., and Le Galliard J.-F. (2010) Immediate and delayed life
history effects caused by food restriction early in life in a short-lived lizard. Journal of
Evolutionary Biology, 23, 1886-1898. IF = 4.080.
ACL44 Mugabo M., Marquis O., Perret S., and Le Galliard J.-F. (2011) Direct and socially-mediated
effects of food availability late in life on life-history variation in a short-lived lizard.
Oecologia, 166, 949-960. IF = 4.116.
ACL45 Ponge J.-F., Tully T., and Gins A. (2008) Short-term responses of two collembolan
communities after abrupt environmental perturbation: a field experimental approach.
Pedobiologia, 52. IF = 2.337.
ACL46 Pouvelle S., Jouard S., Feer F., Tully T., and Ponge J.-F. (2009) The latrine effect: impact of
howler monkeys on the distribution of small seeds in a tropical rain-forest soil. Journal of
Tropical Ecology, 25. IF = 1.793.
ACL47 Rémy A., Le Galliard J.-F., Gundersen G., Steen H., and Andreassen H.P. (2011) Effects of
individual condition and habitat quality on natal dispersal behaviour in a small rodent.
Journal of Animal Ecology, 80, 929-937. IF = 4.782.
ACL48 Richard M., Losdat S., Lecomte J., de Fraipont M., and Clobert J. (2009) Optimal level of
inbreeding in the common lizard. Proceedings of the Royal Society B, 276, 2779-2786. IF =
5.443.
ACL49 Richard M., Massot M., Clobert J., and Meylan S. (2012) Litter quality and inflammatory
response are dependent on mating strategy in a reptile. Oecologia, 170, 39-46. IF = 4.116.
ACL50 Richard M., Stevens V.M., Le Hénanff M., Coulon A., Lourdais O., and Clobert J. (2012)
Fourteen new polymorphic microsatellite loci for the wall lizard Podarcis muralis (Sauria:
Lacertidae). Dans Abreu, A. G. et al. 2012 Permanent Genetic Resources added to Molecular
Ecology Resources Database 1 October 2011 - 30 November (2011). Molecular Ecology
Resources, 12, 374-376 IF = 1.646.
ACL51 Rossel F., Gundersen G., and Le Galliard J.-F. (2008) Territory ownership and familiarity
status affect how much male root voles (Microtus oeconomus) invest in territory defence.
Behavioral Ecology and Sociobiology, 62, 1559-1568. IF = 2.866.
ACL52 Sinervo B., Méndez-de-la-Cruz F., Miles D.B., Heulin B., Bastiaans E., Villagrán-Santa Cruz M.,
Lara-Resendiz R., Martínez-Méndez N., Calderón-Espinosa M.L., Meza-Lázaro R.N., Gadsden
30

H., Avila L.J., Morando M., De la Riva I.J., Sepulveda P.V., Duarte Rocha C.F., Ibargüengoytía
N., Puntriano C.A., Massot M., Lepetz V., Oksanen T.A., Chapple D.G., Bauer A.M., Branch
W.R., Clobert J., and Sites J.W. (2010). Erosion of Lizard Diversity by Climate Change and
Altered Thermal Niches. Science, 328, 894-899. IF = 31.777.
ACL53 Stevens V.M., Richard M., Bleay C., and Clobert J. (2011) Twelve new polymorphic
microsatellite loci for the common lizard, Zootoca vivipara. Dans Agata, K. et al. 2011
Permanent Genetic Resources added to Molecular Ecology Resources Database 1 December
2010-31 January (2011). Molecular Ecology Resources, 11, 586-589 IF = 1.646.
ACL54 Tully T., and Ferrière R. (2008) Reproductive flexibility: genetic variation, genetic costs and
long-term evolution in a collembola. Plos One, 3, e3207. IF = 4.610.
ACL55 Tully T., and Lambert A. (2011) The evolution of reproductive lifespan as an insurance against
indeterminacy. Evolution, 65, 3013-3020. IF = 6.041.
ACL56 Vercken E., Massot M., Sinervo B., and Clobert J. (2007) Colour variation and alternative
reproductive strategies in females of the common lizard Lacerta vivipara. Journal of
Evolutionary Biology, 20, 221-232. IF = 4.080.
ACL57 White J., Richard M., Massot M., and Meylan S. (2011) Higher bacterial diversity in the cloaca
of polyandrous female common lizards: a possible cost of multiple mating? PLoS One, 6(7),
e22339. IF = 4.610.
OS - Chapitres de livre à comité de lecture
OS-1 Clobert J., Massot M., and Le Galliard J.-F. (sous presse). The common lizard: a case study of
multi-determinism in natal dispersal. Dans Dispersal and Spatial Evolutionary Ecology (J
Clobert, M Baguette, T Benton, and J Bullock, eds.). Oxford University Press, Oxford.
OS-2 Le Galliard J.-F., and Ferrière R. (2008) The adaptive evolution of social traits. Chapter 15.
Dans Behavioural ecology (E Danchin, L-A Giraldeau, and F Cézilly, eds). Oxford University
Press, Oxford.
OS-3 Le Galliard J.-F., Massot M., Baron, J.-P., and Clobert J. (2011) Ecological effects of climate
change on European reptiles. Dans Conserving wildlife populations in a changing climate (J
Brodie, E Post, and D Doak, eds.). University of Chicago Press (sous presse).
OS-4 Le Galliard J.-F., Massot M., and Clobert J (sous presse). Climate change and dispersal: a
review. Dans Dispersal and Spatial Evolutionary Ecology (J Clobert, M Baguette, T Benton,
and J Bullock, eds.). Oxford University Press, Oxford.
OS-5 Michalakis Y., Charmantier A., Gaillard J.-M., Sorci G., Tully T., and Ronce O. (2010)
Evolution des traits d'histoire de vie. Dans Biologie Évolutive (De Boeck ed).
ACLN
ACLN1 Caron J., Renault O., and Le Galliard J.-F. (2010) Proposition d’un protocole standardisé
pour l’inventaire des populations de reptiles sur la base d’une analyse de deux techniques
d’inventaire. Bulletin de la Société Herpétologique de France 134, 3-25.
ACLN2 Massot M. Impact du réchauffement climatique sur le fonctionnement de populations de
lézards vivipares (Zootoca vivipara). (2009) Bulletin de la Société Herpétologique de France
130-131, 77-115.
C-ACTN
C-ACTN1 Selosse M., Tully T. (2009) Ecologie et Evolution. Biologie Geólogie (revue de l'APBG) n°
3, 1-15.
C-ACTN2 Tully T. (2010) Démographie et histoire de vie d'Ophrys bertolonii : premier bilan d'un
suivi décennal d'une population dans la région de Nice. Cah. Soc. Fr. Orch 7, no. Actes
15e colloque de la Société Française d'Orchidophilie, 73-81.
31

Les publications 2007 – 2012 inter équipes
ACL
Baron J.-P., Le Galliard J.-F., Tully T., and Ferrière R. (2010) Cohort variation in offspring growth and
survival: prenatal and postnatal factors in a late-maturing viviparous snake. Journal of Animal
Ecology, 79, 640-649. IF = 4.782
Bleu J., Heulin B., Haussy C., Meylan S., and Massot M. (2012) Experimental evidence of early costs of
reproduction in conspecific viviparous and oviparous lizards. Journal of Evolutionary Biology (sous
presse). IF = 4.080.
Bleu J., Le Galliard J.-F., Meylan S., Massot M., and Fitze P.S. (2011) Mating does not influence
reproductive investment, in a viviparous lizard. Journal of Experimental Zoology Part A: Ecological
Genetics and Physiology, 315A, 458-464. IF = 1.565.
Bleu J., Massot M., Haussy C., and Meylan S. (2012) Experimental litter size reduction reveals costs of
gestation and delayed effects on offspring in a viviparous lizard. Proceedings of the Royal Society B,
279, 489-498. IF = 5.443.
Bocher A., Doums C., Millot L., and Tirard C. (2008) Reproductive conflicts affect labor and immune
defences in the Queenless ant Diacamma Sp “NILGIRI’’. Evolution, 62, 123-134. IF = 6.041.
Clobert J., Le Galliard J.-F., Cote J., Meylan S., and Massot M. (2009) Informed dispersal,
heterogeneity in animal dispersal syndromes and the dynamics of spatially structured populations.
Ecology Letters, 12, 197-209. IF = 14.261.
Dreiss A.N., Cote J., Richard M., Federici P., and Clobert J. (2010) Age– and sex-specific response to
population density and sex ratio. Behavioral Ecology, 21, 356-364. IF = 3.382.
Dreiss A.N., Silva N., Richard M., Moyen F., Théry M., Møller A.P., and Danchin E. (2008) Condition
dependent genetic benefits of extrapair fertilization in female blue tits. Jounal of Evolutionary
Biology, 21, 1814–1822. IF = 4.080.
Eizaguirre C., Laloi D., Massot M., Richard M., Federici P., and Clobert J. (2007) Conditiondependence
of reproductive strategy and the benefits of polyandry in a viviparous lizard. Proceedings
of the Royal Society B, 274, 425-430. IF = 5.443.
Fitze P., Cote J., San-Jose L., Meylan S., Isaksson C., Andersson S., Rossi J.-M., and Clobert J. (2009)
Carotenoid-based colours reflect the stress response in the common lizard . PLoS One, 4, e511. IF =
4.610.
Gonzalez-Suarez M., Le Galliard J.-F., and Claessen D. (2011) Population and life-history
consequences of within-cohort individual variation. The American Naturalist, 178, 525-537. IF =
5.385.
González-Suárez M., Mugabo M., Decencière B., Perret S., Claessen D., and Le Galliard J.-F. (2011)
Disentangling the effects of predator body size and prey density on prey consumption in a lizard.
Functional Ecology, 25, 158-165. IF = 4.742.
Hauzy C., Tully T., Spataro T., Paul G., and Arditi R. (2010) Spatial heterogeneity and functional
response: an experiment in microcosms with varying obstacle densities. Oecologia, 163. IF = 4.116.
Laloi D., Eizaguirre C., Fédérici P., and Massot M. (2011) Female choice for heterozygous mates
changes along successive matings in a lizard. Behavioural Processes, 88, 149-154. IF = 1.805.
Laloi D., Richard M., Fédérici P., Clobert J., Teillac-Deschamps P., and Massot M. (2009) Relationship
between female mating strategy, litter success and offspring dispersal. Ecology Letters, 12, 823-829.
IF = 14.261.
Le Galliard J.-F ., and Ferrière R. (2008) Evolution of maximal endurance capacity: natural and sexual
selection across age classes in a lizard. Evolutionary Ecology Research, 10, 1-20. IF = 1.754.
Massot M., Clobert J., and Ferrière R. (2008) Climate warming, dispersal inhibition and extinction
risk. Global Change Biology, 14, 461-469. IF = 7.814.
32

Massot M., Clobert J., Montes-Poloni L., Haussy C., Cubo J., and Meylan S. (2011) An integrative study
of ageing in a wild population of common lizards (Lacerta vivipara). Functional Ecology, 25, 848-858.
IF = 4.742.
Richard M., Massot M., Clobert J., and Meylan S. (2012) Litter quality and inflammatory response are
dependent on mating strategy in a reptile. Oecologia, 4.116.
Tully T., and Ferrière R. (2008) Reproductive flexibility: genetic variation, genetic costs and longterm
evolution in a collembola. Plos One, 3, e3207. IF = 4.610.
Tully T., and Lambert A. (2011) The evolution of reproductive lifespan as an insurance against
indeterminacy. Evolution, 65, 3013-3020. IF = 6.041.
White J., Richard M., Massot M., and Meylan S. (2011) Higher bacterial diversity in the cloaca of
polyandrous female common lizards: a possible cost of multiple mating? PLoS One, 6(7), e22339. IF =
4.610.
OS - Chapitres de livre à comité de lecture
Le Galliard J.-F., and Ferrière R. (2008) The adaptive evolution of social traits. Chapter 15. Dans
Behavioural ecology (E Danchin, L-A Giraldeau, and F Cézilly, eds). Oxford University Press, Oxford.
33

Rapport d’activité
1er janvier 2007 – 30 juin 2012
LABORATOIRE ECOLOGIE & EVOLUTION (ECO-EVO)
UMR 7625
EQUIPE ECO-EVOLUTION MATHEMATIQUE (EEM)
Responsable équipe et auteur de la fiche : Régis FERRIERE
Chef d’équipe depuis janvier 2001
Lieu d’implantation principale : Ecole Normale Supérieure, 46 rue d’Ulm, 75005 Paris
35

PERSONNEL DE L’EQUIPE DEPUIS LE 1/1/2007
Responsable équipe : Régis FERRIERE, Professeur des Universités
Chercheurs et enseignants chercheurs
ANDRE Jean-Baptiste, Chargé de Recherche 2ème classe, CNRS. Date d’arrivée : Octobre 2007.
CAZELLES Bernard, Professeur 1ère classe, UPMC, HDR. Date d’arrivée : Janvier 1997.
CLAESSEN David, Maître de Conférences, ENS, HDR. Date d’arrivée : Janvier 2006.
DE MONTE Silvia, Chargée de Recherche 2ème classe, CNRS. Date d’arrivée : Mai 2007.
DEPAULIS Frantz, Chargé de Recherche 1ère classe, CNRS. Date d’arrivée : Octobre 2001.
FERRIERE Régis, Professeur 1ère classe, ENS, HDR. Date d’arrivée : Janvier 1997.
LAMBERT Amaury, Professeur 2ème classe, UPMC, HDR. Date d’arrivée : Septembre 2001. Date de
départ : Septembre 2009.
LOPEZ-SEPULCRE Andres, Chargé de Recherche 2ème classe, CNRS. Date d’arrivée : Septembre 2010.
VAN BAALEN Minus, Chargé de Recherche 1ère classe, CNRS. HDR. Date d’arrivée : Octobre 2000.
VAN DOOREN Tom, Chargé de Recherche 1ère classe, CNRS. Date d’arrivée : Janvier 2010.
ITA et IATOS
ADIBA Sandrine, Ingénieur d’Etudes, CNRS. Date d’arrivée : 01/07/2005.
LEGENDRE Stéphane , Ingénieur de Recherche, CNRS. Date d’arrivée : 01/03/1991.
VERDIER Bruno, Ingénieur de Recherche, CNRS. Date d’arrivée : 01/09/2000. Date de départ :
Janvier 2008.
Post-doctorants et chercheurs invités/associés
BEN-ARI Tamara. Post-doctorante, en co-supervision avec l’université d’Oslo. De juin 2010 à mai
2012.
BURGARELLA Concetta. Post-doctorante. Italie. De janvier 2008 à décembre 2008.
EVANS Margaret. Post-doctorante. USA. De janvier à décembre 2007 et de janvier 2009 à décembre
2010.
LOPEZ-SEPULCRE. Post-doctorant. USA. De septembre 2010 à septembre 2011.
NAVASCUES Miguel. Post-doctorant. Espagne. De mars 2007 à décembre 2009.
WARD Benjamin. Post-doctorant. USA. De mai 2012 à mai 2014.
MELEARD Sylvie. Professeur Ecole Polytechnique, année sabbatique. De septembre 2007 à août 2008.
GUICHARD Frédéric. Professeur Université McGill, année sabbatique. Canada. D’août 2008 à juillet
2009.
PROVENZALE Antonello. Chercheur CNR Torino. Italie. De janvier 2008 à février 2008.
FOLLOWS Mick. Chercheur MIT. USA. D’octobre 2010 à novembre 2010 et de mai 2011 à juin 2011.
PASCUAL Mercedes. Professeur, invitée UPMC. De juin 2007 à juillet 2007.
ROCHE Benjamin. Chercheur IRD, invité de septembre 2010 à août 2011.
METZ Hans. Professeur Leiden University, invité ENS de mars à mai 2009.
BAUMARD Nicolas. Post-doctorant University of Philadelphia, visiteur. Mars 2012.
TAYLOR Peter. Professeur, visiteur. Canada. De mars 2011 à avril 2011.
ANTIA Rustom. Professeur, visiteur. Suède. Juillet 2009.
JANSEN Vincent. Professeur University College London, visiteur. UK. Octobre 2011.
SABELIS Maurice. Professeur Université d’Amsterdam, visiteur. Pays-Bas. Novembre 2011.
Doctorants
ADIBA Sandrine. Directeur de thèse : Minus VAN BAALEN. Encadrant/Co-encadrant : Frantz DEPAULIS.
Soutenance : 13/12/2010.
AGUILEE Robin. Directeur de thèse : David CLAESSEN. Encadrant/Co-encadrant : Amaury LAMBERT.
Soutenance : 09/2010.
BALLESTEROS Sébastien. Directeur de thèse : Bernard CAZELLES. Si soutenance : 18/12/2009.
BEN-ARI Tamara. Encadrant/Co-encadrant : Nils STENSETH, Bernard CAZELLES. Soutenance :
18/06/2010.
36

BOMPARD Anaïs. Encadrant/Co-encadrant : Thierry SPATARO et Minus VAN BAALEN. En cours.
CAMACHO Anton. Encadrant/Co-encadrant : Bernard CAZELLES, Amaury LAMBERT. Soutenance :
18/11/2011.
CARVAL Dominique. Encadrant/Co-encadrant : Regis FERRIERE. Soutenance : 11/09/2009.
ENARD David. Encadrant/Co-encadrant : Hugues ROEST-CROLLIUS, Frantz DEPAULIS. Soutenance :
2010.
GARCIA Thomas. Encadrant/Co-encadrant : Silvia DE MONTE, Leonardo GREGORY-BRUNNET. En cours.
GAUZENS Benoît. Encadrant/Co-encadrant : Gérard LACROIX et Stéphane LEGENDRE. Soutenance :
30/09/2011.
LION sébastien. Encadrant/Co-encadrant : Minus VAN BAALEN. Soutenance : 09/2007.
POCHEVILLE Arnaud. Encadrant/Co-encadrant : Regis FERRIERE. Soutenance : 20/12/2010.
LE BOURLOT Vincent. Encadrant/Co-encadrant : David CLAESSEN, Thomas TULLY. En cours.
SAUTEREY Boris. Encadrant/Co-encadrant : David CLAESSEN, Chris BOWLER. En cours.
SOCCODATO Alicia. Encadrant/Co-encadrant : Francesco D’OVIDIO, Silvia DE MONTE. En cours.
37

LISTES DES DISTINCTIONS & PRIX RECUS, CONTRATS DE FINANCEMENT, THESES
SOUTENUES ET COLLABORATIONS SCIENTIFIQUES
§ Distinctions et Prix reçus 2007 – 2012
Nomination à l’Institut Universitaire de France. Régis FERRIERE. Prise d’effet : 1er janvier 2007.
§ Contrats de financements 2007 – 2012
1. PEPS CNRS INEE. Du 01 Janvier 2010 au 31 Décembre 2011 (coordinateur/responsable scientifique
dans l’équipe : B. CAZELLES). « Modélisation et Inférence des Dynamiques Epidémiques Multisouches.
» Montant alloué à l’unité : 10.000 euros.
2. Région IDF – DIM MALINF. Du 01 Janvier 2010 au 31 Décembre 2012 (coordinateur/responsable
scientifique dans l’équipe : B. CAZELLES). « Modélisation et Inférence des Dynamiques Epidémiques
Multi-souches. » Montant alloué à l’unité : 48.000 euros.
3. PEPII CNRS INEE-INSMI. Du 01 Janvier 2011 au 31 Décembre 2012 (coordinateur/responsable
scientifique dans l’équipe : B. CAZELLES). « Modélisation stochastique et Inférence Baysienne pour
l’Epidémiologie des Maladies transmissibles multi-souches . » Montant alloué à l’unité : 25.000 euros.
4. PEPS CNRS INEE. Du 1 janvier 2009 au 1 janvier 2011 (coordinateur/responsable scientifique dans
l’équipe : M. VAN BAALEN). « StabEco: Ecologie et Philosophie. » Montant alloué à l’unité : 20.000
euros.
5. UPMC EMERGENCE. Du 1 janvier 2012 au 31 décembre2014 (coordinateur/responsable scientifique
dans l’équipe : S. DE MONTE). « What shapes planktonic biodiversity hotspots in the open ocean? »
Montant alloué à l’unité : 0 (contrat géré hors unité).
6. EU FP6-NFR. Du 1 janvier 2007 au 31 décembre 2010 (coordinateur/responsable scientifique dans
l’équipe : R. FERRIERE, S. LEGENDRE). « Extinction Mechanisms » Montant alloué à l’unité : 150.000
euros.
7. EU FP7-HEALTH-2011. Du 01 Janvier 2012 au 31 Décembre 2016 (coordinateur/responsable
scientifique dans l’équipe : B. CAZELLES). « DenFREE. » Montant alloué à l’unité : 240.000 euros.
8. EU FP7-PEOPLE-2011. Du 1 juin 2012 au 31 mai 2014 (coordinateur/responsable scientifique dans
l’équipe : D. CLAESSEN). IEF-299709 « BIOMES » Montant alloué à l’unité : 100.000 euros.
9. EU FP7-OCEAN-2011. Du 1 janvier 2012 au 31 décembre 2015 (coordinateur/responsable
scientifique dans l’équipe : S. DE MONTE) SP-1 Collaborative Project, Large-Scale Integrative Project
« MicroB3 : Marine Microbial Biodiversity, Bioinformatics and biotechnology » Montant alloué à l’unité
: 0 (contrat géré hors unité).
10. EU FP6-CAPACITIES Du 1 février 2008 au 31 janvier 2010 (coordinateur/responsable scientifique
dans l’équipe : R. FERRIERE) « ANAEE Design Study : Structuring Infrastructures for the Analysis and
Experimentation on Ecosystems » Montant alloué à l’unité : 120.000 euros.
11. NSF Programme Frontiers In Integrative Biological Research. Du 1 mars 2007 au 30 septembre 2012
(coordinateur/responsable scientifique dans l’équipe : R. FERRIERE). « From genes to ecosystems :
How do ecological and evolutionary processes interact in nature » Montant alloué à l’unité : 190.000
euros (non géré par l’unité).
12. ANR Programme « Biodiversité ». Du 1 janvier 2007 au 31 août 2008 (coordinateur/responsable
scientifique dans l’équipe : F. DEPAULIS). « Biodiversité transpécifique neutre et fonctionnelle »
Montant alloué à l’unité : 180.000 euros.
38

13. ANR Programme « 6ème Extinction ». Du 1 avril 2010 au 31 mars 2014 (coordinateur/responsable
scientifique dans l’équipe : R. FERRIERE). « EVORANGE » Montant alloué à l’unité : 140.000 euros.
14. ANR Programme « 6ème Extinction ». Du 1 octobre 2010 au 30 septembre 2014
(coordinateur/responsable scientifique dans l’équipe : S. LEGENDRE). « LOSERS » Montant alloué à
l’unité : 0 (contrat géré hors unité).
15. ANR Programme blanc. Du 10 octobre 2010 au 9 octobre 2014 (coordinateur/responsable
scientifique dans l’équipe : D. CLAESSEN). « PHYTBACK » Montant alloué à l’unité : 200.000 euros.
16. ANR Programme blanc. Du 01/01/2009 au 31/12/2011, prolongé au 31/12/2012
(coordinateur/responsable scientifique dans l’équipe : R. FERRIERE). « EVO-ECO : Théorie de
l’évolution biologique et théorie économique: modalités, fondements et perspectives d’une relation à
double sens. » Montant alloué à l’unité : 15.000 euros.
17. ANR Programme JCJC. Du 1er janvier 2007 au 31 décembre 2010 (coordinateur/responsable
scientifique dans l’équipe : R. FERRIERE). « EXTINCTIONS » Montant alloué à l’unité : 194.000 euros.
18. ANR Programme blanc. Du 10 octobre 2010 au 9 octobre 2014 (coordinateur/responsable
scientifique dans l’équipe : A. LAMBERT). « MAEV (Modélisation Mathématique pour l’Evolution du
Vivant) » Montant alloué à l’unité : 100.000 euros.
§ Thèses soutenues 2007 – 2012
1. ADIBA Sandrine. Thèse UPMC, « Sélection naturelle et dérive génétique : approches théoriques et
expérimentales. » Directeurs de thèse Minus VAN BAALEN et Frantz DEPAULIS. Date complète de
soutenance : 13/12/2010.
2. AGUILEE Robin. Thèse UPMC, « Evolution des espèces en paysage dynamique. » Directeurs de thèse
: David CLAESSEN, Amaury LAMBERT. Date complète de soutenance : 09/2010.
3. BALLESTEROS Sébastien. Thèse UPMC, « Dynamiques épidémiques multi-souches. » Directeur(s) de
thèse Bernard CAZELLES. Date complète de soutenance : 18/12/2009.
4. BEN-ARI Tamara. Thèse Université d’Oslo et UPMC, « Maladies ré-émergentes et climat : Etude des
données de peste dans différents foci endémiques. » Directeurs de thèse : Nils STENSETH, Bernard
CAZELLES. Date complète de soutenance : 18/06/2010.
5. CAMACHO Anton. Thèse UPMC, « Approches stochastiques pour la modélisation en épidémiologie. »
Directeurs de thèse : Bernard CAZELLES, Amaury LAMBERT. Date complète de soutenance :
18/11/2011.
6. CARVAL Dominique. Thèse UPMC, « Coévolution dans les systèmes hôte-visiteur : exploitation,
mutualisme et symbiose. » Directeur(s) de thèse : Regis FERRIERE. Date complète de soutenance :
11/09/2009.
7. ENARD David. Thèse UPMC, « Analysis of positive selection in Vertebrates from single individual
genomes” » Directeurs de thèse : Hugues ROEST-CROLLIUS et Frantz DEPAULIS. Date complète de
soutenance : 2010.
8. GAUZENS Benoît. Thèse UPMC, « Structure et fonctionnalité des réseaux trophiques : modèles et
méthodes. » Directeur(s) de thèse : Gérard LACROIX et Stéphane LEGENDRE. Date complète de
soutenance : 20/12/2011.
9. LION sébastien. Thèse UPMC, « Evolution dans les systèmes spatialisés. » Directeur(s) de thèse :
Minus VAN BAALEN. Date complète de soutenance : 09/2007.
10. POCHEVILLE Arnaud. Thèse UPMC, « La niche écologique : Concepts, modèles, applications. »
Directeurs de thèse Regis FERRIERE et Philippe HUNEMAN. Date complète de soutenance :
16/12/2010.
39

§ Collaborations scientifiques 2007 – 2012
1. Institut de Biologie de l’ENS, Paris, France (Chris BOWLER, Hugues ROEST-CROLLIUS)
2. Laboratoire de Météorologie Dynamique, ENS Paris (Michael GHIL)
3. Laboratoire Matière et Systèmes Complexes, Univ. Paris Diderot (Maurice COURBAGE)
4. Laboratoire de Probabilités, UPMC (Amaury LAMBERT)
5. Centre de Mathématiques Appliquées, Ecole Polytechnique, Palaiseau (Sylvie MELEARD)
6. Centre de Mathématiques et leurs Applications, ENS Cachan (Laurent DESVILLETTES)
7. Laboratoire Jacques Louis-Lions, UPMC (Benoît PERTHAME)
8. LOCEAN, UPMC-CNRS, Paris, France (Marina LEVY, Francesco D’OVIDO)
9. Laboratoire Ecologie-Systématique-Evolution, Orsay (Florence HULOT)
10. Departements d’Ecologie et d’Evolution, MNHN Paris (Xavier LAZZARO, Colin FONTAINE, Thomas
HAEVERMANS)
11. Institut du Cerveau et de la Moelle Épinière, Hôpital de la Pitié-Salpêtrière, Paris (Mario CHAVEZ)
12. Laboratoire de Mathématiques, Université de Lille (Chi VIET TRAN)
13. ISEM, Université de Montpellier (Ophélie RONCE, Isabelle OLIVIERI, Jeanne TONNABEL, Michael
HOCHBERG)
14. CEFE CNRS, Montpellier (Sylvain GANDON, Olivier GIMENEZ, Sébastien LION)
15. IRD Montpellier (Jean-François GUEGAN, Samuel ALIZON)
16. IFREMER Sète (Jean-Marc FROMENTIN)
17. Station d’Ecologie Expérimentale de Moulis USR 2936 (Jean CLOBERT, Alexis CHAINE)
18. UMR AGIR, Castanet Tolosan (Danièle MAGDA)
19. INRA (Elisabeta VERGU)
20. INRIA Bordeaux (Pierre DEL MORAL)
21. INRIA Nancy (Nicolas CHAMPAGNAT)
22. CNRS UMR 5588, Grenoble (Clément NIZAK)
23. INSERM U722, Hôpital Bichat, Paris (Erik DENAMUR)
24. University College London, UK (Vincent JANSEN)
25. Imperial College, Silwood Park, UK (Tim COULSON, Armand LEROI, Vincent SAVOLAINEN and
Andrew HELMSTETTER)
26. University of Reading (Ken NORRIS)
27. Leiden University (Hans METZ)
28. University of Amsterdam (André DE ROOS, Maurice SABELIS)
29. Center for Ecological and Evolutionary Synthesis, Oslo Unversity, Norvège (Nils STENSETH)
30. CEU Budapest, Hongrie (O. MORIN)
31. Centre de Recherche Environnementale, Politecnico di Milano, Italie (Sergio RINALDI, Fabio
DERCOLE, Marino GATTO)
32. Univ. St. Andrews, Ecosse (Nicolas CLAIDIERE)
33. Grimsö Wildlife Research Station, Suède (Guillaume CHAPRON)
34. Department of Biology, McGill University, Canada (Andrew GONZALEZ)
35. Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of Michigan, Ann Arbor (Mercedes
PASCUAL)
36. Massachussets Institute of Technology (MIT), Boston, USA (Mick FOLLOWS)
37. Harvard University (Lloyd DEMETRIUS)
38. Center for Population Biology, University of California at Davis (Tom SCHOENER, David SPILLER)
39. Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of Arizona (Rick MICHOD, Judith
BRONSTEIN, Brian ENQUIST)
40. Department of Biological Sciences, University of California at Riverside (David REZNICK)
41. Department of Biology, Florida State University (Joseph TRAVIS)
42. USGS, University of Miami (Don DEANGELIS)
43. Univ. Philadelphie, USA (Nicolas BAUMARD)
44. Australian National University (Hanna KOKKO)
40

Titre de la
revue
Champ
disciplinaire
Nature Multidisciplinary
Sciences
Behavioral and
Brain Sciences
Behavioral
Sciences
TABLEAU BIBLIOMETRIQUE
Facteur
d’impact
41
Classement Nombre
d’articles
Total
glissant
35.248 1/59 3 3
24.509 1/47 1 4
Ecology Letters Ecology 14.26 1/130 4 8
PNAS Multidisciplinary
Sciences
PLoS Genetics Genetics and
Heredity
Global Change
Biology
Evolution Evolutionary
Biology
Journal of
Applied
Ecology
PLoS
Computational
Biology
Proceedings of
the Royal
Society of
London Series
B
American
Naturalist
10.591 3/59 6 14
10.054 9/156 1 15
Ecology 7.814 6/130 1 16
6.041 6/45 5 21
Ecology 5.715 14/130 1 22
Mathematical
and
Computational
Biology
5.515 1/37 1 23
Ecology 5.443 16/130 9 32
Evolutionary
Biology
5.385 10/45 18 50
Ecology Ecology 5.073 11/130 1 51
Journal of
Animal Ecology
PLoS Neglected
Tropical
Diseases
Functional
Ecology
Ecology 4.782 18/130 3 54
Parasitology 4.752 3/32 1 55
Ecology 4.742 21/130 2 57
PLoS One Biology 4.610 11/86 7 64
Journal of the
Royal Society -
Interface
Multidisciplinary
Sciences
Genetics Genetics and
Heredity
Progress in
Oceanography
4.402 4/59 1 65
4.311 32/156 1 66
Oceanography 4.177 5/59 1 67

Journal of
evolutionary
Biology
Molecular
Phylogenetics
& Evolution
Evolutionary
Biology
Evolutionary
Biology
4.080 16/45 4 71
3.982 17/45 1 72
Oikos Ecology 3.920 33/130 2 74
Oecologia Ecology 3.517 29/130 1 75
American
Journal of
Botany
Behavioral
Ecology
BMC Infectious
Diseases
Evolutionary
Ecology
Evolutionary
Biology
Marine Ecology
Progress Series
Annals of the
New York
Academy of
Sciences
Canadian
Journal of
Fisheries and
Aquatic
Sciences
Journal of
Theoretical
Biology
American
Journal of
Tropical
Medicine &
Hygiene
Ecological
Modelling
Vector-Borne
and Zoonotic
Diseases
Journal of
Mathematical
Biology
Theoretical
Population
Biology
Plant Sciences 3.452 27/188 1 76
Ecology 3.382 41/130 1 77
Infectious
Diseases
3.118 27/58 2 79
Ecology 3.035 50/130 1 80
Evolutionary
Biology
2.736 20/45 1 81
Oceanography 2.711 9/59 1 82
Multidisciplinary
Sciences
2.649 5/59 2 84
Fisheries 2.632 6/46 1 85
Mathematical
and
Computational
Biology
Tropical
Medecine
2.491 10/37 1 86
2.446 5/19 2 88
Ecology 2.439 57/130 1 89
Infectious
Diseases
Mathematical
and
Computational
Biology
2.437 28/58 1 90
2.377 5/37 1 91
Ecology 2.059 65/130 4 95
42

Bulletin of
Mathematical
Biology
Fisheries
Oceanography
Acta
Oecologica
Evolutionary
Ecology
Research
Canadian
Journal of
Zoology
Molecular
Ecology
Resources
Chaos,
Solitons, and
Fractals
ESAIM
Proceedings
Aquatic Living
Resources
Mathematical
and
Computational
Biology
2.051 14/37 1 96
Fisheries 2.044 9/46 1 97
Ecology 1.821 79/130 1 98
Ecology 1.754 77/130 2 100
Zoology 1.696 40/146 1 101
Ecology 1.646 82/130 1 102
Mathematics,
Interdisciplinary
Applications
1.414 32/93 1 103
Mathematics 1.218 56/236 1 104
Fisheries 1.152 23/46 1 105
Cliometrica History 0.957 2/43 1 106
International
Journal of
Bifurcation and
Chaos
Stochastic
Models
Journal of
Integer
Sequences
Journal of
Biological
Dynamics
Progress in
Probability
Multidisciplinary
Sciences
0.814 22/59 2 108
Mathematics 0.449 135/236 1 109
Mathematics 2 111
Mathematical
and
Computational
Biology
43
1 112
Mathematics 1 113

1 - Rappel des objectifs
SYNTHESE: RESULTATS & EVOLUTIONS SCIENTIFIQUES
Tout en maintenant son implication forte dans la direction de l’UMR 7625, le développement
du CEREEP-ECOTRON IleDeFrance, et les enseignements en écologie et modélisation à l’ENS (L3, M1)
et en Master 2 « Ecologie-Biodiversité-Evolution », l’equipe EEM fixait trois grands axes à ses objectifs
scientifiques :
§ Biomathématiques des populations : (1) Théorie mathématique des dynamiques de l’extinction,
applications à la modélisation de populations naturelles et expérimentales. (2) Dynamiques nonlinéaires
de populations soumises à des forçages environnementaux.
§ Eco-évolution des systèmes multi-spécifiques : (1) Eco-évolution des réseaux trophiques. (2)
Dynamiques éco-évolutives des communautés marines. (3) Epidémiologie éco-évolutive.
§ Ecologie et macroévolution : (1) Ecologie et processus de spéciation. (2) Fusions évolutives (écoévolution
des associations symbiotiques obligatoires). (3) Analyse des données moléculaires.
L’ensemble de ces directions de recherche ont été poursuivies très activement et
fructueusement. S’y sont ajoutées en cours de contrat les nouvelles orientations scientifiques
apportées à l’équipe par les recrutements de Jean-Baptiste André (évolution génétique et culturelle
de la coopération), Andres Lopez-Sepulcre (analyse des données éco-évolutives) et Tom Van Dooren
(théorie des dynamiques adaptatives).
2 - Principaux résultats scientifiques
Les résultats obtenus au cours de la période de référence sont présentés ci-dessous selon les
trois volets structurants de l’activité d’EEM : fondements mathématiques, applications théoriques,
interface empirique. C’est dans le contexte de ce troisième volet (interface empirique) que se sont
développés nos projets inter-équipes. N.B. : Les références indiquées dans la synthèse ci-dessous
renvoient à la numérotation des publications « ACL » de l’équipe EEM.
A. Fondements mathématiques
Des contributions importantes à la théorie mathématique de l’écologie et de l’évolution ont
été faites, portant principalement sur la modélisation des dynamiques éco-évolutives dans les
populations structurées physiologiquement ou spatialement ; la modélisation de la dynamique des
populations finies ; et l’unification des modèles de populations et de généalogies.
Dynamiques éco-évolutives pour les populations structurées par âge. Nous avons généralisé
le cadre mathématiques des dynamiques adaptatives au cas des populations structurées par âge
(collaboration avec S. Méléard, N. Champagnat, C. Viet Tran). En vue d’applications à des systèmes
réels, nous avons développé une méthode générale de réduction de la structure d’âge continue d’une
population à une structure composée d’un petit nombre de classes discrètes, pour laquelle les
dynamiques écologiques et évolutives peuvent s’étudier analytiquement (collaboration avec A. de
Roos, L. Persson). [4, 8, 21, 22, 39]
Extension au cas des populations spatialement distribuées. Nous avons contribué à
l’extension de cette théorie au cas des populations spatialement distribuées, en utilisant une
approche de type « équations des corrélations » (thèse de S. Lion, collaboration avec V. Jansen, R.
Michod). La construction mathématique de la « fitness d’invasion » nous a founi la pierre angulaire
sur laquelle articuler une théorie éco-évolutive générale des interactions (de coopération par
exemple), dans laquelle les pressions de sélection qui dirigent l’évolution adaptative du système ne
sont pas données a priori mais émergent des rétroactions entre processus écologiques et variation
phénotypique. [12, 26, 43, 74]
Le cas des populations finies : distributions quasi-stationnaires, dynamiques adaptatives
et processus généalogiques. En collaboration avec N. Champagnat, nous avons approfondi l’étude
des conséquences de la nature finie des populations sur leurs dynamiques éco-évolutives ; et obtenu
ainsi une nouvelle classe de modèles de dynamiques adaptatives intégrant la dérive génétique
(« diffusion canonique des dynamiques adaptatives »). Cette construction nous a poussé à une analyse
44

mathématique fine de processus de branchement incluant une régulation logistique de la population.
Nous avons notamment établi des conditions générales sous lesquelles la distribution quasistationnaire
(DQS) de la population, qui décrit asymptotiquement son état conditionnellement à la
non-extinction, est unique. Nous avons également clarifié les liens mathématiques unissant processus
de branchement logistiques et processus généalogiques. [5, 25]
Dynamiques écologiques et dynamiques adaptatives hors-équilibre. Nous avons enfin
généralisé le cadre mathématique des dynamiques adaptatives au cas où les dynamiques écologiques
rendent le gradient de sélection discontinu. Dans ce cas, la dynamique adaptative d’une population
peut se stabiliser sur un « pseudo-équilibre », suivre de longs transients le long des bifurcations
écologiques, favoriser sa diversification sans passer par des points de branchement, ou au contraire
conduire à l’extinction (« suicide évolutif »). [58, 62, 79]
B. Applications théoriques
EEM utilise ses avancées mathématiques fondamentales (section A) pour mener une recherche
innovante sur des problèmes théoriques généraux. Quatre thèmes ont été particulièrement
développés au cours de la période contractuelle écoulée : évolution de la coopération ; évolution des
mutualismes ; évolution de la virulence et dynamiques épidémiques ; évolution et structuration des
communautés dans des environnements hétérogènes.
Evolution de la coopération. La théorie des dynamiques adaptatives pour des populations
structurées nous a permis d’aborder la question de l’évolution de la coopération entre différents
stades du cycle de vie—en particulier le problème de l’évolution du parental care (thèse de S.
Lion). Les modèles révèlent les conséquences de l’évolution du parental care sur la structuration
spatiale de la population elle-même. La question de l’origine de cette structuration (et notamment la
formation de groupes) est au centre de la thèse (en cours) de T. Garcia. [12, 26, 43, 94, 98, 103]
Avec le recrutement de Jean-Baptiste André, l’équipe a pu élargir son champ de recherche théorique
sur l’évolution de la coopération au problème fondamental du comportement social de l’Homme,
avec un enjeu théorique particulier : modéliser les interactions entre coopération et culture et
intégrer des formes non-génétiques de transmission de l’information. Partant de l’observation que
la coopération chez l’Homme obéit au principe de l’équité, qui est probablement universel et inné,
nos modèles ont montré que des mécanismes de choix du partenaire pouvait entrainer l’évolution
d’une stratégie de partage équitable (collaboration avec N. Baumard). Sur cette base nous avons
développé une théorie alternative de la réciprocité, visant à expliquer la nature des informations
véhiculées par le comportement des autres (collaboration avec O. Morin et N. Claidière). [49, 68, 69,
70, 88, 90]
Coopération entre espèces : mutualismes et facilitation. Le développement de modèles de
coopération entre espèces, ou mutualisme, s’est poursuivi (collaboration avec J. Bronstein, S. Kéfi, S.
Rinaldi, F. Dercole, M. Loreau). Nos travaux ont porté sur les réponses éco-évolutives des mutualistes
au changements environnementaux, ces derniers pouvant être biotiques, avec l’introduction
d’espèces parasites « tricheuses » potentiellement invasives ; ou abiotiques. Nos analyses ont révélé
en quoi la présence d’espèces tricheuses pouvait affecter la co-évolution des mutualistes ; et
comment ces effets co-évolutionnaires rétroagissaient sur l’écologie des parasites et leur évolution.
Ces travaux nous ont conduit à proposer un nouveau cadre théorique de l ‘écologie et de l’évolution
des mutualismes ; la compétition intraspécifique pour l’accès à la ressource que constitue l’espèce
partenaire (ou exploitée) y joue un rôle central. Ce cadre permet d’élargir la question de l’évolution
des mutualismes à celle de l’évolution de la facilitation. [10, 11, 24, 40, 95]
Interactions hôtes-parasites : évolution de la virulence et dynamiques épidémiques. Afin
d’identifier les facteurs écologiques et évolutifs impliqués dans l'émergence et la persistence de la
virulence, nous utilisons des modèles emboités qui combinent une représentation explicite des
processus intra-hôte (compétition pour les ressources, réponse immunitaire) à la dynamique
épidémiologique. Nous avons ainsi pu établir une base mécaniste au trade-off fondamental entre
transmission et virulence (collaboration avec S. Alizon). Ces modèles nous ont aussi permis d’étudier
le cas où le temps de génération du pathogène (VIH ou grippe, par exemple) est si court qu’il est
susceptible d’évoluer au cours des infections individuelles de son hôte (thèses de S. Ballesteros, A.
Camacho, collaborations avec S. Alizon, S. Gandon, A. Lambert). Un problème connexe est celui des
co-infections, qui créent une hétérogénéité dans la population hôte ; cette hétérogénéité peut être
à l’origine d’une pression de sélection disruptive sur le parasite et conduire à l’évolution de souches
45

hyper-virulentes. En étudiant la réponse évolutive conjointe des défenses de l’hôte nous avons
montré que sous des conditions générales, la coévolution hôte-parasite tendait à favoriser des
stratégies extrêmes de virulence et de défense (thèse de D. Carval). [14, 15, 16, 32, 33, 54, 71, 83,
92]
Evolution et structuration des communautés en environnement hétérogène. Abordant le
problème général de l’origine et de la diversification des espèces, la thése de R. Aguilée nous a
permis d’ouvrir une direction de recherche nouvelle : l’étude des processus de spéciation dans les
paysages dynamiques. Les théories classiques de la divergence des espèces supposent un cadre
géographique statique. Nous avons développé des modèles généraux de spéciation dans des
métapopulations dynamiques. Nos résultats montrent que les échelles de temps caractéristiques de la
dynamique du paysage sont déterminantes pour le processus de spéciation. [19, 31, 47, 48] De plus,
en utilisant la taille corporelle moyenne (body size) comme axe fonctionnel majeur le long duquel les
espèces peuvent se différencier et les interactions écologiques, se structurer, nous avons étudié par
simulations la dynamique éco-évolutive de communautés écologiques distribuées sur un gradient
environnemental (collaboration avec B. Enquist). Nous avons montré que l’influence de la
température sur le métabolisme individuel se répercutait sur les taux de spéciation et d’extinction de
la communauté, conduisant à une diversité maximum à des températures intermédiaires. Ces travaux
ouvrent la voie vers une modélisation mécaniste des données de biodiversité (marine, dans le
contexte des recherches de l’équipe) à différentes échelles spatiales et fonctionnelles [44, 60, 79,
101]
C. Interface empirique
Au cours de la période de référence, l’interface empirique des travaux de l’équipe s’est
particulièrement développée dans trois directions : évolution expérimentale sur des systèmes
microbiens ; analyse non-linéaire de séries temporelles écologiques et épidémiologiques ; analyse
des processus de mutation et sélection à partir de données moléculaires.
Evolution expérimentale. Nous avons utilisé D. discoideum pour étudier expérimentalement
l’influence de variations environnementales sur la dynamique de la coopération (collaboration avec
Clément Nizak). Dans le cadre d’une collaboration avec Erik Denamur, ces travaux se sont prolongés
par l’analyse de la variabilité naturelle des interactions entre D. discoideum et différentes souches
bactériennes commensales et pathogènes humaines. Nos résultats étayent l’hypothèse de coïncidence
évolutive des facteurs de virulence. Le même système nous a permis d’explorer les effets de la
sélection naturelle et de la dérive dans l’évolution du polymorphisme neutre. [1, 7, 46, 57, 104, 107]
Modélisation non-linéaire de séries temporelles écologiques et épidémiologiques. EEM
développe et applique des méthodes statistiques innovantes pour rechercher et mesurer les effets
des rétroactions éco-évolutives sur les dynamiques de populations naturelles. Ces effets sont difficiles
à détecter pour deux raisons fondamentales : ils se combinent à, et sont donc potentiellemnt
masqués par, l’impact écologique direct des fluctuations de l’environnement sur la dynamique du
système ; ils peuvent être source de non-stationnarité à l’échelle de temps sur laquelle la dynamique
du sytème est documentée. Les travaux d’EEM cherchent à surmonter ces difficultés (1) en couplant
l’analyse d’observations en conditions naturelles à la modélisation de données numériques et
phénotypiques expérimentales (collaboration avec plusieurs équipes nord-américaines autour de
l’écosystème aquatique de Trinidad) ; (2) en développant des méthodes non-linéaires d’analyses de
séries temporelles non-stationnaires adaptées aux données écologiques. En particulier, l’application
de techniques de décomposition en ondelettes (dans le cadre de multiples collaborations nationales
et internationales) nous a permis de montrer et de quantifier le rôle que des fluctuations climatiques
à différentes échelles spatiales pouvaient jouer dans les dynamiques non-linéaires de populations et
d’épidémies. [3, 6, 13, 17, 20, 23, 27, 29, 30, 34, 45, 50, 51, 52, 53, 56, 59, 65, 66, 67, 72, 73, 81,
87, 96]
Applications de la modélisation des processus généalogiques : estimation des taux de
mutation et détection de la sélection. Nos avancées théoriques sur les modèles de processus
généalogiques ont trouvé plusieurs applications en génétique des populations et phylogéographie.
Ainsi, de nouveaux estimateurs statistiques de la diversité génétique de populations naturelles ou
expérimentales ont été produits. L’originalité de ces estimateurs, qui s’appliquent à des données de
marqueurs microsatellites, réside dans la prise en compte, et l’évalutation simultanée, des taux de
mutation des marqueurs. L’application à des populations expérimentales de blé démontre
46

l’importance du processus de mutation des marqueurs sur l’estimation de la diversité génétique. En
collaboration avec l’équipe de Hugues Roest-Crollius (IBENS), nous avons développé de nouvelles
méthodes (scans génomiques) permettant d’identifier des signaux de sélection positive à différentes
échelles évolutives chez différentes espèces de primates. Les gènes ainsi identifiés représentent des
"points chauds" de sélection positive, et leur étude permet de mieux cerner les gènes sélectionnés
spécifiquement au cours de l’évolution humaine. [28, 61, 64, 97]
D. Axes de recherche collaboratifs inter-equipes
Plusieurs projets inter-équipes (voir section suivante) ont aussi fortement contribué aux
applications empiriques des travaux théoriques d’EEM.
Variation phénotypique individuelle et dynamique des populations. En collaboration avec
l’équipe Changements Globaux et Processus Adaptatifs, nous poursuivons le développement de la
modélisation des populations physiologiquement structurées que nous appliquons notamment aux
organismes étudiés par l’équipe CGPA (collembole Folsomia candida, lézard vivipare, vipère d’Orsini).
Ces travaux nous permettent de prédire comment les fluctuations de l’environnement (ressources,
température) affectent la stratégie d’allocation des ressources aux traits biodémographiques (survie,
croissance, reproduction), et comment elles se traduisent au niveau de la population, sur sa
régulation, sa structure et sa dynamique temporelle (thèses de V. Le Bourlot et F. Mallard ; ANR
« EVORANGE » ; collaboration avec H. Kokko et K. Norris). [2, 8, 9, 18, 35, 36, 38, 63 , 77, 78, 84, 85,
93, 99, 105, 106, 108, 110, 111, 112, 114]
Gradients environnementaux et diversité des traits d’histoire de vie. En collaboration
avec l’équipe Evolution des Sociétés Animales, nous avons analysé les mécanismes responsables de
la variation de la stratégie de reproduction chez une fourmi coloniale distribuée sur un gradient
latitudinal (tropical-tempéré). En associant l’analyse des données à un modèle de dynamique de
population, nous avons montré que le pattern de variation observée le long du gradient s’accordait
avec les prédictions obtenues en supposant l’évolution adaptative de la stratégie de reproduction
sous la contrainte d’un trade-off fondamental (entre qualité et quantité des descendants). Ces
résultats illustrent la portée de la modélisation éco-évolutive pour explorer le rôle de facteurs
adaptatifs dans la variation phénotypique le long de gradients environnementaux. [113]
Modèle empirique d’endosymbiose. En collaboration avec l’équipe Ecophysiologie
Evolutive nous avons initié le développement d’un modèle d’étude des impacts évolutifs et
écologiques des micro-organismes commensaux (bactéries) sur la flore intestinale d’hôtes (Blatella
germanica et Eublaberus distenti). Ce système nous permettra de développer l’interface empirique
des modèles éco-évolutifs d’endosymbiose que nous avons commencé d’analyser pendant la période
contractuelle écoulée.
3 – Rayonnement et attractivité académiques
114 articles ont été publiés par les membres de l’équipe dans des revues internationales référencés
durant la période contractuelle écoulée ; 70 articles, soit près des deux tiers de la production d’EEM,
sont parus dans des revues de facteur d’impact supérieur à 4. Les quatre h-index les plus élevés sont
de 24 (Regis Ferriere), 19 (Bernard Cazelles), 17 (Minus van Baalen) et 16 (Tom Van Dooren).
L’équipe compte plusieurs éditeurs associés pour des revues importantes : Ecology Letters ;
Evolution ; Proceedings of the Royal Society London B ; Journal of Evolutionary Biology ;
Evolutionary Ecology ; Animal Biology ; Infectious Diseases: Research and Treatment ; Chaos,
Solitons & Fractals. Les membres de l’équipe sont fréquemment sollicités pour l’expertise de
manuscrits soumis aux journaux de haut rang international tels que Nature, Science, Ecology Letters,
PloS Computational Biology, Proceedings of the National Academy of Sciences USA, Proceedings of
the Royal Society B, American Naturalist.
L’interdisciplinarité de l’équipe est inscrite dans son intitulé même. Elle s’est traduite au cours de la
période écoulée par (1) un riche ensemble de collaborations scientifiques avec plus de 40
partenaires académiques ; (2) quatre thèses avec co-encadrements extérieur à l’équipe; (3)
l’accueil de visiteurs de haut niveau, dont 2 professeurs en séjour sabbatique.
47

L’interdisciplinarité d’EEM lui vaut aussi d’être associée à l’Institut de Biologie de l’ENS (IBENS) et
au LABEX MemoLife, ainsi qu’à 3 Groupements de Recherche CNRS : « Génomique des populations
et génomique évolutive » (GDR 1928 http://gepv.univ-lille1.fr/GDR1928/acc.htm), « Théorie des
Jeux : Modélisation Mathématique et Applications » (GDR 2932
https://sites.google.com/site/gdrjeux/) et « Modélisation Mathématique en Biologie et Médecine »
(http://gdr-mabem.math.cnrs.fr/).
L’équipe est coordinatrice de 2 projets ANR et participe à 5 autres projets ANR. Elle est partenaire
de 5 contrats européens (FP6 et FP7) et 1 contrat nord-américain (NSF FIBR).
L’interdisciplinarité de l’équipe lui a permis de diversifier ses sources de financement (contrats de
recherche, financement de thèses) en valorisant son interdisciplinarité. Ainsi EEM a obtenu plusieurs
contrats de type PEPS et PEPII CNRS et contrats régionaux sur le programme « Systèmes
Complexes ». Huit bourses de thèses ont été obtenues du Ministère de l’Enseignement Supérieur et
de la Recherche (via les écoles doctorales), du CNRS, de la région IDF et de l’UE.
Au cours de la période contractuelle la visibilité de l’équipe fut accrue par l’organisation ou coorganisation
de 5 colloques internationaux :
§ MINT : Microbes in interaction (1-2/07/2010, Paris, financé par l’Institut des Systèmes Complexes
Ile-de-France)
§ Ecotron-Based Experimental Research on Complex Ecological Systems (9-11/07/2009, Montpellier,
financé sur contrat européen ANAEE)
§ From Genes To Ecosystems: How Do Ecological And evolutionary Processes Interact In Nature?
(11-15/11/2009, Biosphere2 Oracle, USA, financé sur contrat NSF)
§ Biology and Game Theory (4-6/11/2010, Paris, financé par CNRS/UPMC/Region IDF).
L’équipe est également co-organisatrice d’un groupe de travail inter-institutionnel régulier (avec
INRA Moulon, UPSud, MNHN) en génétique des populations/évolution moléculaire
(http://www.biologie.ens.fr/eceem/spip.php?article151).
L’équipe a assuré la présidence de la commission de spécialistes de l’UPMC, section 67 (Régis
Ferriere 2004-2006 puis Bernard Cazelles 2006-2008) et la coordination des comités de sélection de
l’UPMC, section 67 (Bernard Cazelles depuis 2008). Elle a fourni des services d’expertise auprès de
l’ANR, de l’INRIA, de la fondation canadienne pour l’innovation FCI, de l’agence inter-établissements
de recherche pour le développement (AIRD), et de l’Alliance AVIESAN dans le Groupe FONDAVA.
4 – Interactions avec l’environnement social, économique et culturel
Outre le développement des logiciels ULM (Unified Life Modeling) et ZEN (Eco-Evolutionary
Dynamics), deux nouveaux pakages ont été produits par EEM :
- WaveletCo : package R pour l’analyse en ondelettes des séries temporelles (http://cran.rproject.org/web/packages/WaveletCo,
Huidong Tian, Bernard Cazelles) ;
- NetWork : logiciel d’analyse topologique des réseaux trophiques (Stéphane Legendre).
A ces logiciels d’ajoutent de nombreux programmes individu-centrés créés à la demande par EEM en
appui aux travaux des chercheurs de l’UMR.
Les membres de l’équipe sont sollicités par les medias qui recherchent leur opinion sur des sujets
scientifiques d’actualité : France Culture (mathématiques et évolution), Radio France Internationale
(évolution et coopération), Le Monde (mathématiques et biologie ; sciences et enseignement
littéraire), Sciences & Vie (la biodiversité mise en équation), La Recherche (modélisation des
extinctions). EEM participe à des évènements « grand public » tels que la Fête de la Science, et fut
sollicitée à l’occasion de la célébration du cent-cinquantenaire de l’Origine des Espèces (conférences
de vulgarisation). L’équipe organisa à l’automne 2011, sous les auspices du CERES de l’ENS, le cycle
de conférences grand-public « Biodiversité : des questions scientifiques aux enjeux sociétaux ».
Pour son expertise en modélisation de la dynamique des systèmes écologiques, l’équipe est
représentée au Conseil Scientifique du Parc National du Mercantour depuis 2006.
5 – Implication dans la formation
48

L’équipe est très fortement impliquée dans les activités d’enseignement et de formation à l’écologie
et à la biologie de l’évolution, à l’ENS et à l’UPMC. Ainsi, EEM assure la coordination pédagogique et
l’enseignement de l’écologie-évolution à l’ENS en L3 et M1, incluant :
§ Les cours d’écologie, de biologie de l’évolution, de modélisation, de mathématiques pour
biologistes au Département de Biologie ; la coordination des filières d’écologie et modélisation de la
L3 et du M1.
§ Les cours de biologie et modélisation pour mathématiciens/informaticiens au Département de
Mathématiques et leurs Applications ; la coordination du Cursus Mathématiques-Biologie.
§ Les cours de modélisation et d’analyse de données au Centre d’Enseignement et de Recherche sur
l’Environnement et la Société (CERES) ; la direction des études du CERES.
EEM assure la co-responsabilité de la spécialité Ecologie-Biodiversité-Evolution du Master Sciences
& Technologie de l’UPMC (mention Sciences de l’Univers, de l’Environnement et Ecologie) (Bernard
Cazelles, David Claessen, Regis Ferriere). Elle coordonne et contribue majoritairement à quatre
Unités d’Enseignement de M2 EBE (Bernard Cazelles, David Claessen, Regis Ferriere).
EEM est représentée au Conseil de l’UFR 918 (Terre, Environnement et Biodiversité) de l’UPMC
(Bernard Cazelles, membre élu depuis mars 2012) ainsi qu’au Conseil du Programme Doctoral
International « Systèmes Complexes » de l’UPMC (Bernard Cazelles depuis 2009).
EEM est organisatrice ou co-organisatrice d’écoles thématiques récurrentes : Ecole d’Eté de Biologie
de Luminy (annuelle depuis 2001) ; Ecole Interdisciplinaire d’échanges et de formation en biologie
(« Ecole de Berder », Silvia De Monte 2009-2011) ; Ecole internationale « Chaos and Dynamics in
Biological Networks » à l’institut d’études scientifiques de Cargèse (Bernard Cazelles, 2008-2010-
2012) ; Winter School on Ecological Statistics (Tom Van Dooren depuis 2009), Winter School on
Evolutionary Dynamics (Tom Van Dooren depuis 2010), Summer School « Michael Ghil » on Feedbacks
in Environmental Systems (David Claessen depuis 2011).
En dépit du fonctionnement antagoniste et délétère de son Ecole Doctorale de rattachement,
l’équipe est parvenue à encadrer ou co-encadrer 10 thèses de doctorat (soutenues) ; 5 thèses sont
en cours. 9 stages de M2 ou fin d’études ingénieur, 6 stages de M1 et 3 stages de L3 ont été
accueillis par l’équipe au cours de la période de référence.
6 – Vie de l’équipe
L'equipe EEM compte, en 2012, 11 permanents (9 chercheurs ou enseignants-chercheurs, 2 ITA), 3
post-doctorants, 5 doctorants, auxquels s’ajoutent nos stagiaires M1 et M2. Les personnels
permanents de l'equipe se répartissent institutionnellement en : 2 ENS, 8 CNRS, 1 UPMC. L'équipe
occupe environ 90 m2 au 46 rue d’Ulm et l'équivalent de 50 m2 hors du 46 rue d’Ulm (au CERES
et sur le site de Jussieu). Les personnes sont réparties spatialement comme suit :
§ 46 rue d’Ulm, 4ème niveau : Jean-Baptiste André, Frantz Depaulis, Régis Ferrière, Andres Lopez-
Sepulcre, Tom Van Dooren, plus 1 doctorant et 2 post-doctorants ;
§ 46 rue d’Ulm, 6ème niveau: Bernard Cazelles, Silvia De Monte, Stéphane Legendre, plus 2
doctorants et 1 post-doctorant ;
§ site du CERES: David Claessen, plus 2 doctorants ;
§ site de Jussieu: Minus van Baalen, Sandrine Adiba.
En termes de plateformes, l'équipe utilise essentiellement le service informatique du Département
de Biologie de l’ENS et l'espace et la supervision ainsi offerts à notre grille de calcul.
L’équipe se réunit une fois par semaine. L’ordre du jour de la réunion est généralement scientifique
(présentation par un chercheur de l’équipe ou un invité) ; administratif lorsque nécessaire. Afin de
favoriser les interactions entre équipes et laboratoires, des réunions sont organisées en commun avec
l’équipe SMILE dirigée par Amaury Lambert au Collège de France et le groupe de travail EVOLMOL.
En tant qu’équipe associée à l’IBENS, EEM participe au Conseil des Equipes de l’IBENS et aux
réunions de la section Génomique Environnementale et Evolutive. Ce statut d’équipe associée
IBENS la met en capacité de répondre aux appels à projets du Labex MemoLife et de l’IDEX PSL*.
L’équipe s’est fortement impliquée dans la conception du projet d’Institut d’Environnement PSL*.
49

Au cours de la période 2007-2012, dans des conditions se dégradant vers une précarité
administrative extrême, l’équipe s’est trouvée fortement impliquée dans l’animation scientifique,
technique stratégique et administrative de l’UMR :
§ direction de l’UMR (Minus van Baalen 2005-2011, Bernard Cazelles 2011-2012) ;
§ pilotage du projet Ecotron IleDeFrance (station biologique de Foljuif), création et direction de
l’UMS 3194 « Centre de Recherche en Ecologie Exérimentale et Predictive – ECOTRON IleDeFrance »
(Regis Ferriere 2005-2010) ;
§ responsabilité informatique de l’UMR pour le site ENS (Stéphane Legendre 1992-2012)
§ conception, installation et supervision du laboratoire L2 de microbiologie (Sandrine Adiba
2006-2012) ;
§ représentation des chercheurs (Frantz Depaulis) et des ITA (Sandrine Adiba) au Conseil du
Laboratoire et participation à divers comités internes du laboratoires ;
§ coordination des « Séminaires Ecologie & Evolution » hebdomadaires du laboratoire (Jean-
Baptiste André, en collaboration avec Vincent Médoc, 2010-2012).
50

LISTES DES PUBLICATIONS DANS l’EQUIPE EEM
Les publications doivent figurer par ordre alphabétique du 1er auteur, classées par catégories AERES
(cf. “Memo_publications.pdf”), les noms des auteurs membres de l’unité devant être soulignés.
Publications 2007-2012 intra-équipe
ACL
2007
ACL-1 Adiba S, Nizak C, van Baalen M, Denamur E, Depaulis F (2010) From Grazing Resistance to
Pathogenesis: The Coincidental Evolution of Virulence Factors. PLoS ONE 5(8): e11882.
doi:10.1371/journal.pone.0011882
ACL-2 Andersson, J., P. Bystrom, D. Claessen, L. Persson and A.M. de Roos. (2007) Stabilization of
population fluctuations due to cannibalism promotes resource polymorphism in fish. American
Naturalist 169(6):820-829.
ACL-3 Cazelles, B., Chavez, M., Constantin de Magny, G., Guégan, J.F. & Hales, S. (2007) Time
dependent spectral analysis of epidemiological time series with wavelets. J. Royal Soc Interface, 4,
625-636.
ACL-4 Champagnat, N., Ferriere, R. & Meleard, S. (2007) Individual-based probabilistic models of
adaptive evolution and various scaling approximations. Progress in Probability 59: 75-113.
ACL-5 Claessen, D., J. Andersson, L. Persson and A.M. de Roos. (2007). Delayed evolutionary
branching in small populations. Evolutionary Ecology Research 9(1) : 51-69.
ACL-6 Constantin de Magny, G., Guégan, J.F., Petit, M. & Cazelles, B. (2007). Regional-scale climate
variability synchrony of cholera epidemics in West Africa. BMC Infectious Diseases, 7, 20.
ACL-7 De Monte S., d’Ovidio F., Danø S. and Sørensen P.G. (2007) Dynamical quorum sensing:
Population density encoded in cellular dynamics. Proceeding of the National Academy of Sciences 104
(47), 18377-18381
ACL-8 de Roos, A.M., T. Schellekens, T. van Kooten, K. van de Wolfshaar, D. Claessen and L. Persson
(2007). Food-dependent growth leads to overcompensation in stage-specific biomass when mortality
increases : the influence of maturation versus reproduction regulation. American Naturalist 170(3) :
E59-E76.
ACL-9 Evans MEK, Ferriere R, Kane MJ & Venable DL (2007) Bet hedging via seed banking in desert
evening primroses (Oenothera, Onagraceae): Demographic evidence from natural populations.
American Naturalist 169: 184-194.
ACL-10 Ferriere R, Gauduchon M & Bronstein JL (2007) Evolution and persistence of obligate
mutualists and exploiters: competition for partners and evolutionary immunization. Ecology Letters
10: 115-126.
ACL-11 Kéfi, S., Rietkerk, M., van Baalen, M., and Loreau, M. (2007). Local facilitation, bistability and
transitions in arid ecosystems. Theor. Popul. Biol., 71:367–379.
ACL-12 Lion, S. and van Baalen, M. (2007). From infanticide to parental care: why spatial structure
can help adults be good parents. Am. Nat., 170:E26–E46.
ACL-13 Ménard, F., Marsac, F., Bellier, E. & Cazelles, B., 2007. Climatic oscillations and tuna catch
rates in the Indian Ocean : A wavelet approach to time series analysis. Fisheries Oceanography, 16,
51

95-104.
2008
ACL-14 Alizon, S. and van Baalen, M. (2008a). Acute or chronic? Within-host models with immune
dynamics, infection outcome, and parasite evolution. Am. Nat., 172:E244–E256.
ACL-15 Alizon, S. and van Baalen, M. (2008b). Multiple infections, immune dynamics, and the
evolution of virulence. Am. Nat., 172(4):E150–E168.
ACL-16 Alizon, S. and van Baalen, M. (2008c). Transmission-virulence trade-offs in vector-borne
diseases. Theor. Pop. Biol., 74(1):6–15.
ACL-17 Cazelles, B., Chavez, M., Berteaux, D., Ménard, F., Vik, J.O, Jenouvrier, S. & Stenseth, N.C.,
2008. Wavelet analysis of ecological time series. Oecologia, 156, 287-304.
ACL-18 Chapron G, DG Miquelle, A Lambert, JM Goodrich, S Legendre & J Clobert. 2008. The impact
on tigers of poaching versus prey depletion. Journal of Applied Ecology 45:1667-1674.
ACL-19 Claessen, D., J. Andersson, L. Persson and A.M. de Roos. (2008). The effect of population size
and recombination on delayed evolution of polymorphism and speciation in sexual populations. The
American Naturalist 172(1):E18-E34.
ACL-20 Corbineau, A., Rouyer, T., Cazelles, B., Fromentin, J.M., Fonteneau, A. & Ménard, F., 2008.
Time series analysis of tuna and swordfish catches and climate variability in the Indian Ocean (1968-
2003). Aquatic Living Ressources, 21, 277-285.
ACL-21 de Roos, A.M., T. Schellekens, T. van Kooten, K. van de Wolfshaar, D. Claessen and Lennart
Persson (2008). Simplifying a physiologically structured population model to a stage-structured
biomass model. Theoretical Population Biology 73 : 47-62.
ACL-22 Champagnat N, Ferriere R, Meleard S (2008) From individual stochastic processes to
macroscopic models in evolution. Stochastic Models 24: 2-44.
ACL-23 Kausrud, K.L., Mysterud, A., Steen, H., Vik, J.O., Østbye, E., Cazelles, B., Framstad, E.,
Eikeset, A.M., Mysterud, I., Solhøy, T. & Stenseth, N.C., 2008. Linking climate change to lemming
cycles. Nature, 456, 93-98.
ACL-24 Kéfi, S., Rietkerk, M., van Baalen, M., and Loreau, M. (2008). Evolution of local facilitation in
arid ecosystems. Am. Nat., 172(1):E1–E17.
ACL-25 Legendre S, TW Schoener, J Clobert & DA Spiller. 2008. How is extinction risk related to
population-size variability over time? A family of models for species with repeated extinction and
immigration. American Naturalist 172:182-198.
ACL-26 Lion, S. and van Baalen, M. (2008). Self-structuring in spatial evolutionary ecology. Ecol.
Lett., 11:277–295.
ACL-27 Pascual, M., Cazelles, B., Bouma, M., Chaves, L. & Koelle, K., 2008. Shifting patterns :
malaria dynamics and rainfall variability in an African highland. Proc. Royal Soc. London B, 275, 123-
132.
ACL-28 Raquin A.-L., Depaulis F., Lambert A., Galic N., Brabant P., and Goldringer I. (2008).
Experimental estimation of mutation rates in a wheat population with gene genealogy approach.
Genetics, 179 (4), 2195-2211.
ACL-29 Rouyer, T. Fromentin, J.M., Ménard, F., Cazelles, B., Briand, K., Pianet, R., Planque, B. &
Stenseth, N.C., 2008. Complex interplays betwen population dynamics, environmental forcing and
exploitation in fisheries. Proceeding of the National Academy of Sciences, 105, 5420-5425.
52

ACL-30 Rouyer, T., Fromentin, J.M., Stenseth, N.C. & Cazelles, B., 2008. Analysing multiple time
series and extending significance testing in wavelet analysis. Marine Ecology Progress Series, 359,
411-423.
2009
ACL-31 Aguilee, R., D. Claessen and A. Lambert. (2009). Allele fixation in a dynamic metapopulation :
founder effects vs refuge effects. Theoretical Population Biology 76(2) : 105-117.
ACL-32 Alizon, S., Hurford, A., Mideo, N., and van Baalen, M. (2009). Virulence evolution and the
trade-off hypothesis: history, current state of affairs and the future. J. Evol. Biol., 22:245–259.
ACL-33 Ballesteros, S., Vergu, E. & Cazelles, B., 2009. Influenza A gradual and epochal evolution :
insights from simple models. PLoS One, 4, e7426.
ACL-34 Baubeau, P. & Cazelles, B., 2009. French economic cycles : Wavelet analysis of French
retrospective GNP series. Cliometrica, 3, 275-300.
ACL-35 Claessen, D., A. de Vos and A.M. de Roos. (2009). Bioenergetics, overcompensation and the
source/sink status of marine reserves. Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 66(7) :
1059-1071.
ACL-36 Demetrius L, S Legendre & P Harremöes. 2009. Evolutionary entropy: A predictor of body size,
metabolic rate and maximal life span. Bulletin of Mathematical Biology 71:800-818.
ACL-37 Depaulis F., Orlando L., and Hanni C. (2009). Using classical population genetics tools with
heterochroneous data: time matters! PLoS One, 4 (5), e5541.
ACL-38 Edeline E, TO Haugen, FA Weltzien, D Claessen, IJ Winfield, NC Stenseth and LA Vollestad
(2009) Body downsizing caused by non-consumptive social stress severely depresses population growth
rate. Proceedings of the Royal Society B doi:10.1098/rspb.2009.1724.
ACL-39 Ferriere R, Viet Tran C (2009) Stochastic and deterministic models for age-structured
populations with genetically variable traits. ESAIM Proceedings 27: 289-310.
ACL-40 Jones EI, Ferriere R, Bronstein JL (2009) Eco-evolutionary dynamics of mutualists and
exploiters. The American Naturalist 174: 780-794.
ACL-41 Lazzaro X, G Lacroix, B Gauzens, J Gignoux & S Legendre. 2009. Predator foraging behaviour
drives food-web topological structure. Journal of Animal Ecology 78:1307-1317.
ACL-42 Legendre S. 2009. The number of crossings in a regular drawing of the complete bipartite
graph. Journal of Integer Sequences, Vol. 12, article 09.5.5.
ACL-43 Lion, S. and van Baalen, M. (2009). The evolution of juvenile-adult interactions in populations
structured in age and space. Theor. Pop. Biol., 76:132–145.
ACL-44 Stegen JC, Enquist BJ, Ferriere R (2009) Advancing the metabolic theory of diversity. Ecology
Letters 12: 1001-1015.
ACL-45 Zhang, Z., Cazelles, B., Tian, H., Stige, L.C., Bräuning, A. & Stenseth, N.C., 2009. Periodic
temperature-associated drought/flood drives locust plagues in China. Proc. Royal Soc. London B, 276,
823-831.
2010
ACL-46 Adiba, S., Nizak, C., van Baalen, M., Denamur, E., and Depaulis, F. (2010). From grazing
resistance to pathogenesis: The coincidental evolution of virulence factors. PLoS ONE, 5(8):e11882.
ACL-47 Aguilee, R., B. de Becdelièvre, A. Lambert and D. Claessen. (2010). Under which conditions is
53

character displacement a likely outcome of secondary contact ? Journal of Biological Dynamics Vol. 5,
No. 2, March 2011, 135-146.
ACL-48 Aguilee R., A. Lambert and D. Claessen (2011). Ecological speciation in dynamic landscapes.
Journal of Evolutionary Biology. 24 : 2663-2677. doi : 10.1111/j.1420-9101.2011.02392.x
ACL-49 André J.B. (2010) The evolution of reciprocity: social types or social incentives? The American
Naturalist, 175 (2), 197-210
ACL-50 Bassar RD, Marshall MC, López-Sepulcre A, Zandonà E, Auer SK, Travis J, Pringle CM, Flecker
AS, Thomas SA, Fraser DF & Reznick DN. (2010) Local adaptation in Trinidadian guppies alters
ecosystem processes. Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA, 108, 3616-3621.
ACL-51 Bassar RD, López-Sepulcre A, Walsh MR, Turcotte MM, Torres-Mejía M & Reznick DN. (2010)
Bridging the gap between ecology and evolution: Integrating density regulation and life history
evolution. Year in Evolution 2010 - Annals of the New York Academy of Sciences, 1206, 17-34.
ACL-52 Ben Ari, T., Gershunov, A., Rouyer, T., Cazelles, B., Gage, K. & Stenseth, N.C., 2010.
Interannual variability of human plague occurrence in the Western U.S. explained by tropical and
North Pacific Ocean climate variability. American Journal of Tropical Medicine & Hygiene, 83, 624-
632.
ACL-53 Ben Ari, T., Gershunov, A., Rouyer, T., Cazelles, B., Gage, K. & Stenseth, N.C., 2010.
Regional climate and the dynamics of human plague in Western US. Vector-Borne and Zoonotic
Diseases, 10, 94.
ACL-54 Carval D, Ferriere R (2010) A unified model for the coevolution of resistance, tolerance, and
virulence. Evolution 64: 2988-3009.
ACL-55 Cazelles, B., Chavez, M. & Courbage, M., 2010. Chaos and dynamics of biological networks.
International Journal of Bifurcation and Chaos, 20, 1581-1583.
ACL-56 Corbineau, A., Rouyer, T., Fromentin, J.-M., Cazelles, B. & Ménard, F., 2010. Patterns of
variation in large pelagic fishes time series and climatic oscillations : a comparative approach
between the Indian and Atlantic Oceans. Progress in Oceanography, 86, 276–282.
ACL-57 De Paepe M., De Monte S., Robert L., Lindner A.B. and Taddei F. (2010) Emergence of
Variability in Isogenic Escherichia coli Populations Infected by a Filamentous Virus. PLoS One 5 (7)
e11823
ACL-58 Dercole F, Ferriere R, Rinaldi S (2010) Chaotic Red Queen coevolution in three-species food
chains. Proceedings of the Royal Society of London B 277: 2321-2330.
ACL-59 Descamps, S., Yoccoz, N.G., Gaillard, J.M., Gilchrist, H.G., Erikstad, K.E., Hanssen, S.A.,
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C-INV Van Dooren T.J.M (2009) Race against the machine: comparing alternative responses to
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C-INV Van Dooren T.J.M (2010) What are mathematical models for in biology? Annual NVG meeting.
Soesterberg, Pays-Bas, novembre 2010.
C-COM López-Sepulcre A, Norris K & Kokko H (2007). Conservation consequences of reproductive
conflict in an endangered bird. 92 nd ESA Annual Meeting, San Jose (USA), aoút 2007.
C- COM López-Sepulcre A & Reznick DN (2009). Decoupling the effects of direct and indirect
predation on life-history evolution. 12h ESEB Congress, Turin (Italie), août 2009.
C-COM López-Sepulcre A & Reznick DN (2010). Decoupling the effects of direct and indirect predation
on life-history evolution. Evolution Meeting, Portland (USA), juin 2010.
C- COM Van Dooren T.J.M (2007) Evolutionary stability on phenotype landscapes, where are the
constraints? Cambridge University, Royaume-Uni, october 2007.
C- COM Van Dooren T.J.M (2009) Annual killifish as a model group for comparative research.
University of Bergen, Norvège, juin 2009.
C- COM Van Dooren T.J.M (2009) Annual South-American killifish as a model system for comparative
eco-evo-devo. NIOO Ecology Institute Heteren, Pays-Bas, octobre 2009.
C- COM Van Dooren T.J.M (2010) Annual South-American killifish as a model system for comparative
eco-evo-devo. Imperial College Silwood Park Campus, Royaume-Uni mai 2010.
C- COM Van Dooren T.J.M (2010) Annual South-American killifish as a model system for comparative
eco-evo-devo. University of Konstanz, Allemagne, mai 2010.
C-AFF Marshall MC, Bassar RD, López-Sepulcre A &Pringle CM. (2008). Effects of guppy life history
evolution on nutrient recycling in Trinidad streams. 93 rd ESA Annual Meeting, Milwakee (USA), juliet
71

2008.
C-AFF Van Dooren T.J.M, van Goor H., van Putten M. (2007) The evolution of handedness in scaleeating
cichlids. ESEB Conference. Uppsala, Suède juillet 2007.
C-AFF Van Dooren T.J.M (2009) Variation in survival and rates of development in Austrolebias annual
killifish. ESEB Conference. Torino, Italie juillet 2009.
72

RAPPORT D’ACTIVITÉ PAR ÉQUIPE
1 er janvier 2007 – 30 juin 2012
LABORATOIRE
ÉCOLOGIE ET ÉVOLUTION (EcoEvo)
UMR 7625
ÉQUIPE
ÉCOLOGIE DES POPULATIONS ET COMMUNAUTÉS (EPC)
UPMC, Bâtiment A, 7 quai Saint Bernard, 75005 Paris
Responsable de l’équipe et auteur de la fiche : Roger ARDITI
Chef d’équipe du 1er janvier 2007 au 28 octobre 2012
Ø NB. Cette équipe de l’UMR 7625 est également une unité sous contrat de l’INRA (USC 2031)
relevant du département Santé des Plantes et Environnement (SPE) et rattachée au centre
INRA de Versailles-Grignon. Directeur de l’USC depuis sa création : Roger ARDITI.
73

Chercheurs et enseignants-chercheurs
Responsable équipe : Roger ARDITI, PR
(et directeur de l’USC INRA 2031)
ARDITI Roger, PRCE2 AgroParisTech en délégation à l’INRA (HDR 1979), retraité au 29/10/12
BESSA-GOMES Carmen, MCF AgroParisTech, départ le 31/12/09
LOEUILLE Nicolas, MCF UPMC (HDR 2011), nommé PR2 au 01/09/12
MÉDOC Vincent, MCF UPMC, arrivée le 01/09/10
SPATARO Thierry, MCF AgroParisTech
Post-doctorants et chercheurs invités
BENMILED Slimane, Tunisie, MCF École nationale d’ingénieurs de Tunis, 1 mois en 2008
GINZBURG Lev, professeur à Stony Brook University, NY, USA, 1 semaine en 2008
HAUZY Céline, postdoc AgroParisTech 3 mois en 2008, postdoc Émergence UPMC du 01/12/10 au
30/11/11, ATER UPMC depuis 01/12/11
JACQUIN Lisa, ATER UVSQ du 01/09/11 au 31/08/12
KYLAFIS Grigoris, Grèce, postdoc IdF (ASTREA) depuis le 01/02/12
LEIBOLD Mathew, professeur à l’U. Texas à Austin, USA, 1 semaine en 2011
PANTEL Jelena, thésarde à l’U. Texas à Austin, USA, 1 mois en 2007
TYUTYUNOV Yuri, chercheur Southern Federal University, Rostov, Russie, 3 mois en 2007, 1 semaine
en 2008
Doctorants
BOMPARD Anaïs, directeur Minus VAN BAALEN, encadrants Thierry SPATARO et Isabelle AMAT (Lyon),
depuis nov. 2010
COSTA Manon, directeur Sylvie MÉLÉARD (École Polytechnique), co-encadrants Nicolas LOEUILLE et
Céline HAUZY, depuis sept. 2011, en temps partagé avec l’École Polytechnique
DEYGOUT Chloé, directeur Roger ARDITI, encadrant Carmen BESSA-GOMES, soutenance le 17/12/09
GEORGELIN Ewen, directeur Nicolas LOEUILLE, depuis le 01/10/11
LE MAO Tiphaine, directeur Roger ARDITI, encadrant Nicolas LOEUILLE, depuis le 01/10/09
LOPES Christelle, directeur Roger ARDITI, co-encadrant Thierry SPATARO, soutenance le 20/12/07
VERRIER Nicolas, directeur Sébastien BAROT (Bioemco), co-encadrant Nicolas LOEUILLE, depuis le
01/10/09, démission au 30/09/11
ZHADANOVSKAYA Ekaterina, directeur Roger ARDITI, co-encadrant Yuri TYUTYUNOV (U. Rostov),
soutenance le 25/05/07
74

Distinctions, contrats, thèses soutenues, collaborations
Contrats de financements 2007-2012
2006-2009. Contrat de l’École doctorale ABIES pour le financement de la thèse de Chloé Deygout (36
mois), resp. R. ARDITI et C. BESSA-GOMES.
2007. Contrat de formation continue pour l’IFORE, 1100 €TTC, resp. R. ARDITI.
2008-2010. Contrat du programme Blanc de l’ANR. Projet SOFTPOP : From SOcial Foraging To
POpulation Processes: an integrated appproach to population dynamics, resp. F. SARRAZIN
(UPMC-MNHN), 36 mois, 400 000 €TTC dont 40 000 pour C. BESSA-GOMES.
2008-2010. Contrat du programme DIVA 2 du MEDAD. Projet Modélisation multi-agents des
interactions entre agropastoralisme et rapaces nécrophages, resp. F. SARRAZIN (UPMC-
MNHN), 36 mois, 100 000 €TTC dont 3500 pour C. BESSA-GOMES.
2008-2010. Contrat du programme Jeunes Chercheurs de l’ANR. Projet Mécanismes d'extinction dans
les petites populations, resp. J.F. LE GALLIARD (équipe CGPA), 200 000 €TTC dont 2000 pour
C. BESSA-GOMES.
2009-2015. Programme ASC de l’INRA. Projet Zones refuges: impacts sur les populations des espèces
exploitées et sur la communauté dans son ensemble, à différentes échelles. Bourse de thèse
(3 ans) suivie d’une bourse postdoctorale (3 ans), resp. N. LOEUILLE et R. ARDITI.
Recrutement de Tiphaine Le Mao.
2009-2012. Contrat de l’École doctorale Diversité du vivant pour le financement de la thèse de
Nicolas Verrier, resp. S. BAROT et N. LOEUILLE (36 mois accordés, 24 mois utilisés).
Interruption en sept. 2011.
2010-2011. Contrat du programme Émergence de l’UPMC. Projet Plant-herbivore coevolution with
metacommunities, resp. N. LOEUILLE, bourse postdoctorale de 12 mois. Recrutement de
Céline Hauzy.
2010-2013. Contrat du CNRS pour le financement d’une thèse (36 mois), resp. T. SPATARO.
Recrutement d’Anaïs Bompard.
2010-2011. Contrat de la FRB. Projet VORTEX : Extinctions in the Hymenoptera: genes, behavior, and
the dynamics of bottlenecked populations, resp. X. FAUVERGUE (INRA-Sophia), 24 mois,
39 000 €HT dont 1500 pour T. SPATARO.
2010-2014. Contrat du programme Blanc de l’ANR. Projet SEXTINCTION : Extinctions chez les
Hyménoptères : gènes, comportements, et dynamique des populations goulotées, resp. X.
FAUVERGUE (INRA-Sophia), 48 mois, env. 400 000 €HT dont 23 544 pour T. SPATARO.
2011-2014. Contrat de l’École doctorale Diversité du vivant pour le financement de la thèse d’Ewen
Georgelin (36 mois), resp. N. LOEUILLE.
2012-2013. Contrat du programme ASTREA de la Région Ile-de-France. Projet Compromis entre lutte
contre les ravageurs et maintien du service de pollinisation : une approche éco-évolutive des
réseaux d'interactions, resp. N. LOEUILLE, bourse postdoctorale de 12 mois. Recrutement de
Grigoris Kylafis.
Thèses soutenues 2007-2012
ZHADANOVSKAYA Ekaterina, Modélisation de la dynamique spatio-temporelle de la pyrale du maïs en
présence de maïs transgénique. AgroParisTech, 25 mai 2007.
LOPES Christelle, Dynamique d’un système hôte-parasitoïde en environnement spatialement
hétérogène et lutte biologique. AgroParisTech, 20 juin 2007.
DEYGOUT Chloé, Les nécrophages vertébrés : un maillon important des cycles écologiques dans les
systèmes terrestres. Approches comportementale, démographique et évolutive.
AgroParisTech, 17 décembre 2009.
HDR soutenue 2007-2012
LOEUILLE Nicolas, Implications of Dispersal and Evolution for Community Structure and Ecosystem
Functioning, UPMC, 24 octobre 2011.
75

Collaborations scientifiques 2007-2012
France
UMR BIOEMCO, Paris. L. ABBADIE, S. BAROT, M. BLOUIN, É. ÉDELINE, J.C. LATA, G. LACROIX, J.
MATHIEU, A. NIBOYET, X. RAYNAUD, É. THÉBAULT.
UMR Conservation des espèces, restauration et suivi des populations, MNHN, Paris. F. SARRAZIN, C.
FONTAINE.
UMR Génie industriel alimentaire, AgroParisTech, Paris. C. DOURSAT.
UMR Génie et microbiologie des procédés alimentaires, INRA, Grignon. F. IRLINGER, C. MONNET.
UMR Bioger-CPP, INRA, Grignon. I. SACHE.
UMR Pathologie végétale, INRA, Angers. N. SAPOUKHINA.
UMR LIEBE (Laboratoire des Interactions Ecotoxicologie, Biodiversité, Ecosystèmes), Université de
Lorraine, Metz. J.N. BEISEL.
UMR Biogéosciences, Dijon. T. RIGAUD.
UMR Biométrie et biologie évolutive, Université Claude Bernard, Villeurbanne. I. AMAT, C.
BERNSTEIN.
ISEM, Montpellier. M. HOCHBERG, S. KEFI.
UMR Centre de biologie pour la gestion des populations, INRA, Montpellier. D. BOURGUET.
UMR Eco&Sols, Montpellier. S. BOUDSOCQ.
UMR Institut Sophia Agrobiotech, INRA, Sophia-Antipolis. X. FAUVERGUE, L. LAPCHIN.
Observatoire océanologique de Banyuls-sur-Mer, UPMC. J.M. GUARINI., K GUIZIEN.
Station d'écologie expérimentale, Moulis. M. LOREAU, C. DE MAZANCOURT.
Europe
Unité d’Écologie et d’Évolution, Université de Fribourg, Suisse. L.F. BERSIER, S. BACHER.
Lab. Aquatic Ecology and Evolutionary Biology, K.U. Leuven, Belgique. L. DE MEESTER.
Dept. Terrestrial Ecology, Wageningen, Pays-Bas. W. VAN DER PUTTEN.
Deltares, Utrecht, Pays-Bas. T. TROOST.
WWF, Zeist, Pays-Bas. R. HILLE RIS LAMBERS.
School of Biological Sciences, Bristol, UK. J. MEMMOTT.
Center for Ecology and Conservation, University of Exeter, UK. F. VAN VEEN.
IIASA, Vienne, Autriche. U. DIECKMANN.
Theoretical Population Ecology Group, Université de Lund, Suède. J. JOHANSSON.
Dept. Systems Ecology, Université de Stockholm, Suède. J NORBERG.
Université d'Umea, Suède. A. BRÄNNSTRÖM (Dept. Mathematics), B. ALBRECTSEN (Dept. Plant
Science).
Research Institute of Mechanics and Applied Mathematics, Southern Federal University, Rostov-on-
Don, Russie. Yu. TYUTYUNOV, L. TITOVA.
Institute for Theoretical and Experimental Biophysics, Russian Academy of Sciences, Pushchino,
Russie. A.B. MEDVINSKY.
Hors d’Europe
Dept. Ecology and Evolution, Stony Brook University, Stony Brook NY, USA. L.R. GINZBURG.
Dept. Ecology and Evolutionary Biology, University of Connecticut, USA. M. URBAN.
Dept. Biology, Indiana University, USA. M. WADE.
Kellogg Biological Station, Michigan State University, USA. C. KLAUSMEIER.
Dept. Biology, University of Florida, Gainesville, USA. R.D. HOLT.
Section of Integrative Biology, U. Texas, Austin TX, USA. M. LEIBOLD.
Dept. Ecology and Evolutionary Biology, University of California at Los Angeles. P. AMARASEKARE.
Section of Ecology and Evolution, University of California at Davis, USA. S. STRAUSS.
Dept. Mathematics and Biological Sciences, Washington State University, USA. R. GOMULKIEWICZ.
Dépt Biologie, Université de Sherbrooke, Canada. M. VELLEND.
CSIRO, Canberra, Australie, N. KRISTENSEN.
Depto Ecologia, Sao Paulo, Brésil. P. GUIMARAES.
76

Titre de la revue
Tableau bibliométrique
Champ disciplinaire
(selon WoK)
77
Facteur
d’impact sur
5 ans (2010)
Classement dans
le champ
disciplinaire
Acta Oecologica Ecology 1.821 73/130 1
American Naturalist
Applied and
Ecology 5.385 19/130 2
Environmental
Microbiology
Microbiology 4.529 18/107 1
Behavioral Ecology Ecology 3.382 41/130 2
Biofizika dans Google Scholar
non
disponible
1
Biological Control Entomology 2.249 11/83 1
Ecosphere dans Google Scholar
non
disponible
1
Ecological Complexity Ecology 2.300 60/130 2
Ecological Modelling Ecology 2.439 57/130 3
Ecology and Evolution dans Google Scholar
non
disponible
1
Ecology Letters Ecology 14.261 3/130 2
Evolutionary Ecology
Research
Ecology 1.754 77/130 1
Functional Ecology Ecology 4.742 23/130 1
J. Animal Ecology Ecology 4.782 22/130 1
J. Theoretical Biology
Mathematical Modelling
of Natural Phenomena
Mathematical &
Computational
Biology
Mathematical &
Computational
Biology
Environmental
Nb
art.
2.491 9/37 1
0.832 30/37 1
Nature Climate Change
Sciences
non
disponible
1
Oecologia Ecology 4.116 29/130 1
Oikos Ecology 3.920 33/130 1
Proceedings of the Royal
Society B
Ecology 5.443 16/130 1
Theoretical Ecology Ecology 1.364 91/130 1
Theoretical Population
Biology
Ecology 2.057 65/130 2
Trends in Ecology and
Evolution
Ecology 17.735 1/130 1
Publications de Vincent Médoc antérieures à son arrivée
Animal Behaviour Zoology 3.402 5/145 1
Aquatic Ecology Ecology 1.676 80/130 1
Environmental Pollution
Ethology, Ecology and
Evolution
Environmental
Sciences
3.860 22/193 1
Zoology 0.797 97/145 1
Naturwissenschaften
Multidisciplinary
Sciences
2.487 7/59 2
Parasitology Parasitology 2.530 8/32 2
Trends in Parasitology Parasitology 5.285 2/32 1

RÉSULTATS ET ÉVOLUTIONS SCIENTIFIQUES
NB. Les numéros de publications se réfèrent à la liste propre de l’équipe figurant quelques pages
plus loin.
1 – Rappel des objectifs
Nos travaux portent avant tout sur l’étude des interactions au sein des communautés
écologiques : leurs mécanismes comportementaux, leur structure, leur dynamique, leur évolution,
leurs conséquences sur la stabilité et la diversité. Nous portons un intérêt particulier à la dimension
spatiale de l’organisation des communautés. En début de quinquennat, la présence d’un EC
travaillant à la conservation des petites populations justifiait la présence du terme « populations »
dans l’intitulé de l’équipe qui, pour l’essentiel, est une équipe d’écologie des communautés. Nous
nous sommes concentrés sur l’étude des interactions trophiques, en associant des questions
d’écologie fondamentale à un souci d’application à la protection des plantes cultivées contre leurs
ravageurs. C’est cela qui a justifié notre contractualisation par le département « Santé des plantes et
environnement » de l’INRA, au sein duquel nous menons des projets en partenariat avec d’autres
unités.
Un aspect marquant de notre équipe, c’est son orientation théorique et la pratique de la
modélisation mathématique. Cette dernière permet certes de développer des instruments de
prédiction plus ou moins précise, mais elle est pour nous, avant tout, la façon dont doivent
s’exprimer les concepts et les hypothèses de l’écologie et, sur cette base, les résultats généraux.
D’une certaine façon, nous voyons la modélisation comme le « langage » de l’écologie scientifique.
Cette orientation théorique explique que nous n’ayons pas de spécialisation taxonomique : nous avons
touché à l’écologie des micro-organismes, à celle des parasitoïdes et d’autres insectes, à l’avifaune,
aux grands mammifères. Le recrutement récent d’un spécialiste des parasites à transmission
trophique apporte une compétence sur les helminthes acantocéphales.
2 – Principaux résultats scientifiques
Dynamique des populations d’espèces menacées, conséquences de la vie en groupe
Les recherches ont porté sur les mécanismes de densité-dépendance associés à la vie en
groupe. En utilisant le vautour fauve comme modèle biologique, deux axes complémentaires ont été
suivis (collaboration avec François Sarrazin, MNHN). Le premier est centré sur l’impact de la
prédictibilité des ressources sur l’efficacité de l'équarrissage, notamment sur la valeur de
l’information acquise au travers des congénères. Les résultats indiquent que la prédictibilité des
ressources réduit l’importance de l’information acquise via les congénères au profit de l’expérience
individuelle. Ainsi, lorsque la gestion des vautours passe par l’établissement de charniers, leur
utilisation régulière devra être favorisée (ACL14). Le deuxième axe est lié au service écologique
d'équarrissage associé aux vautours, en englobant différentes perspectives, notamment la
conservation de la biodiversité et des activités agro-pastorales. Les résultats indiquent que la mise en
place de charniers “lourds” n’est pas la façon la plus efficace de gérer ce service écologique et que
l’établissement de placettes d’alimentation chez les éleveurs assure un équarrissage plus efficace
(ACL11). Cette thématique a pris fin en 2009 avec la soutenance de thèse de Chloé Deygout et le
départ pour Orsay de Carmen Bessa-Gomes. Voir aussi ACL26.
Populations et communautés de ravageurs des cultures : applications agroécologiques
Dans le cadre du programme du CNRS Impact des biotechnologies dans les agroécosystèmes,
nous avons étudié le développement de la populations de pyrales résistantes au maïs
génétiquement modifié Bt. La stratégie généralement préconisée est celle dite "haute dose-refuges"
(HDR). Elle consiste à aménager, à proximité des champs transgéniques, des zones refuges
constituées de plantes non-insecticides sur lesquelles pourra se développer une population de
ravageurs sensibles. L'efficacité de cette méthode repose notamment sur l'hypothèse d'accouplements
aléatoires entre les individus, indépendamment de leur génotype et de leur origine. La thèse d’E.
Zhadanovskaya a été consacrée à la construction d’un modèle de réaction-diffusion. Le modèle démogénétique
de Kostitzin décrit les interactions locales entre les trois génotype du ravageur, avec un
allèle de résistance et un allèle de susceptibilité, ainsi que la diffusion spatiale. Cette approche
78

permet de combiner la démographie spatio-temporelle avec la génétique des populations classique.
Nos résultats montrent que, avec des valeurs réalistes de la taille du refuge et du taux de dispersion,
l’apparition de la résistance peut être retardée considérablement. Il est plus efficace d’avoir un
grand refuge d’un seul tenant plutôt que plusieurs petits refuges (ACL4, ACL9).
Dans un autre projet, nous avons étudié la dynamique locale et régionale du puceron
Aphis gossypii en serres légumières. La lutte contre ce ravageur se fait usuellement par l’utilisation
de variétés résistantes de melons. Depuis quelques années, on a vu apparaître, dans la zone de
production située autour d’Avignon, des pucerons contournant cette résistance. L’objectif du projet
était de mieux comprendre, grâce à une approche de modélisation, la dynamique du ravageur et
d’évaluer l’efficacité de diverses stratégies de lutte biologique au moyen de parasitoïdes. Une serre
constitue un espace fermé très structuré spatialement dans lequel les populations de pucerons se
développent à partir de colonies localisées. Une approche spatialement implicite a été développée
dans la thèse de C. Lopes. Certaines tendances robustes des résultats indiquent que : (i) les lâchers
curatifs sont plus efficaces que les lâchers préventifs, à condition que la détection de l’infestation ne
soit pas trop coûteuse ; (ii) les stratégies à lâchers multiples sont toujours plus avantageuses que les
stratégies à lâcher unique (ACL1, ACL12, ACL17, voir aussi ACL18 dans le domaine de l’épidémiologie
végétale).
Dynamique et évolution des parasites, parasitoïdes et prédateurs
Les parasites à transmission trophique manipulent la vulnérabilité de leur hôte
intermédiaire à la prédation par l’hôte définitif. Certains réduisent cette vulnérabilité lorsqu’ils ne
sont pas encore infectieux et que leur seul intérêt réside dans la survie. Il se pose la question de
savoir si cette suppression de prédation intervient également en présence de stades infectieux (PIPS,
pour Post-Infectivity Predation Suppression) et réduit le coût associé à la prédation par des espèces
non-hôtes. Nous avons proposé un scénario alternatif dans lequel le parasite optimise sa transmission
par une manipulation multidimensionnelle associant suppression et augmentation de prédation de
manière séquentielle au cours du développement (ACL20).
Chez beaucoup d’espèces de parasitoïdes hyménoptères, le déterminisme du sexe repose
sur la complémentarité d’allèles à un locus unique appelé CSD (pour Complementary Sex
Determination). Comme chez les autres organismes haplodiploïdes, les œufs non-fécondés se
développent en mâles haploïdes. Parmi les œufs fécondés, seuls les hétérozygotes au locus du CSD se
développent en femelles ; les homozygotes donnent des mâles anormaux, généralement stériles. Le
CSD provoque donc une dépression de consanguinité qui peut constituer une source d’effet Allee dont
on sait l’influence sur les risques d’extinction des petites populations. Notre objectif est donc de
mieux comprendre l'impact des goulots d’étranglement sur la dynamique et les risques d'extinction
des populations de parasitoïdes haplodiploïdes, ainsi que leurs conséquences évolutives. Ce travail est
mené dans le cadre du projet SEXTINCTION de l’ANR (thèse d’A. Bompard, stage d’A. Tisseraud).
La nature de la réponse fonctionnelle des prédateurs est une composante essentielle de
tout système trophique : elle joue un rôle déterminant à la fois sur la persistance de l’interaction et
sur l'intensité de l'impact de l'antagoniste sur la densité de sa cible. Un élément primordial de cette
réponse fonctionnelle est l'influence de la densité des prédateurs sur leur efficacité (interférence).
Des travaux combinant expérimentation, modélisation et analyses de données sont menés dans le but
de mieux comprendre l’influence de différents facteurs sur la dépendance de la réponse
fonctionnelle à la densité de prédateurs et sur ses conséquences démographiques. Nous avons ainsi pu
montrer comment l’hétérogénéité spatiale pouvait modifier la réponse fonctionnelle et être source
de densité-dépendance (ACL25, ACL27, stages d’A. Dahoui et L. Durand).
Théorie des réseaux d’interactions
En coopération avec l’UMR GMPA (INRA-Grignon), nous avons étudié la structure et la
dynamique de la communauté microbienne d’un fromage expérimental simplifié. L’application
d’un modèle de Lotka-Volterra généralisé a permis d’identifier les interactions positives et négatives
entre les espèces de bactéries et de levures (ACL7).
Comprendre le fonctionnement des écosystèmes requiert la compréhension des interactions
entre les espèces consommatrices et leurs ressources. Comment ces interactions affectent-elles les
variations des effectifs des populations ? Comment les effectifs déterminent-ils l’impact des
79

prédateurs sur leurs proies ? Un ouvrage rédigé durant près de deux ans et publié chez Oxford U.
Press en 2012 explore divers aspects de ces questions. La vue qui y est défendue est que le modèle
« par défaut » que la plupart des écologues tendent à utiliser est inadéquat car il suppose que la
quantité de proies consommée par chaque prédateur est insensible au nombre de congénères. C’est
la quantité de proies disponible par prédateur, plutôt que la quantité absolue de proies, qui est le
déterminant essentiel de la dynamique de la prédation. Le livre montre que cette ratio-dépendance
est un modèle « par défaut » bien plus raisonnable (OS-livr1).
La théorie de l’approvisionnement optimal stipule que les prédateurs ont intérêt à
sélectionner les proies les plus profitables. L’hétérogénéité des forces d’interaction qui en résulte
stabilise le réseau trophique et assure la persistance des espèces qui le composent. Dans le cas des
parasites à transmission trophique, l’hôte intermédiaire manipulé est une proie dont la profitabilité
est modifiée par l’infection. Le projet en cours consiste à étudier les conséquences topologiques d’un
changement dans la hiérarchie des profitabilités suite à l’infection en associant modélisation et
expérimentation.
La taille est un trait phénotypique important, influençant fortement l'histoire de vie de
l'individu et les interactions interspécifiques (compétition, prédation). La coévolution de la taille de
proies et de prédateurs permet de faire émerger des structures de réseaux trophiques
comparables à celles observées dans les données empiriques (OS-chap1, OS-chap2, ACL19). Ce travail
est effectué en collaboration avec Michel Loreau (Station de Moulis), Ulf Dieckmann (IIASA, Autriche)
et Ake Brännström (Umea, Suède).
Plusieurs modèles prenant en compte l’hétérogénéité de la richesse du milieu (quantité de
nutriment, énergie solaire) ont été développés pour en tirer des prédictions relatives aux stratégies
de défense des plantes (ACL5, OS-chap1). Ces prédictions seront confrontées à plusieurs jeux de
données empiriques pour lesquels Benedicte Albrectsen (Université d’Umea, Suède) et Gérard Lacroix
(BIOEMCO) possèdent une solide expertise. Concernant le recyclage des nutriments par les plantes,
nous modélisons l'évolution de l'inhibition de la nitrification par les plantes afin de mieux comprendre
son effet sur la production primaire (ACL28, ACL30). Ce travail est mené en collaboration avec
Sébastien Barot (BIOEMCO). Les travaux de ce type permettent de mieux comprendre le lien intime
qui peut exister entre sélection locale, structure des communautés, leur fonctionnement et résilience
(ACL15, ACL16, ACL21, ACL29).
Impact de la structure spatiale sur les systèmes proie-prédateur et les métacommunautés
Dans le cadre d’un système proie-prédateur spatialisé, nous avons d’abord construit un
modèle minimaliste qui exhibe des régimes spatialement hétérogènes. Le modèle est fondé sur nos
travaux antérieurs qui avaient proposé l’hypothèse d’accélérations des proies et prédateurs en
réponse aux gradients de densité des populations. La capacité d’accomplir un mouvement actif et
dirigé est une condition nécessaire à l’auto-organisation spatiale (ACL3). De façon plus réaliste, un
modèle individu-centré a ensuite permis d’explorer la façon dont les règles individuelles du
mouvement des proies et des prédateurs déterminent, à l’échelle de la population, des effets de
densité-dépendance dans leurs interactions. Plus exactement, nous avons étudié la façon dont la
fonction trophique agrégée à l’échelle de la population dépend de la densité de proies et de la
densité de prédateurs, pour divers types de mouvements individuels. Nous montrons que, selon
l’intensité de la taxie, la population de prédateurs démontre divers degrés d’interférence, des
valeurs les plus basses aux plus élevées. En particulier, un niveau moyen de taxie génère un degré
significatif d’interférence. Une nouvelle fonction trophique généralisée, comprenant aussi bien la
proie-dépendance que la ratio-dépendance comme cas particuliers, a été proposée. Cette nouvelle
fonction s’ajuste aux données simulées par le modèle individu-centré mieux que le modèle classique
de Hassell-Varley (ACL8).
L’analyse des modèles “locaux” (non spatialisés) permet d’obtenir des messages
relativement généraux, tout en isolant l’action de la sélection naturelle. Cependant, dans les
écosystèmes naturels, une autre force importante concerne les flux de gènes, qui peuvent tantôt
favoriser l’action de la sélection naturelle, tantôt aller à son encontre. Ceci nécessite la prise en
compte de composantes spatiales (métacommunautés), ce qui a été accompli selon plusieurs axes:
En collaboration avec Mathew Leibold (Université du Texas, Austin, USA), et aussi avec
l'observatoire de Banyuls/Mer, est étudiée la dynamique spatiale des communautés résultant de
80

l'assemblée des espèces, née de la dispersion d'individus depuis les communautés environnantes, et
leur évolution en relation aux contraintes sélectives locales (ACL6, ACL10, ACL13). L'interaction entre
dispersion et évolution des défenses des plantes peut mener à des structures trophiques locales
complexes ou au contraire très simples selon les apports en nutriments dans les différents patchs de
la métacommunauté et la dispersion à l’intérieur de celle-ci (ACL5). La tension entre, d’une part,
l’adaptation aux changements locaux d'une condition abiotique (la température) et, d’autre part,
la dispersion des espèces, est étudiée le long d'un gradient latitudinal, en collaboration avec Jon
Norberg (Université de Stockholm), Mark Urban (Université du Connecticut) et Mark Vellend
(Université de Sherbrooke) (ACL10, ACL24).
3 – Rayonnement et attractivité académique
Production scientifique
Durant la période de référence, l’équipe a produit 30 ACL, 21 C-INV, 15 C-COM, 5 C-AFF, 1
DO, 2 OS-livr, 2 OS-chap, 1 AP. Relevons les deux livres parus en 2012 : How Species Interact, paru
chez Oxford University Press avec des commentaires positifs de Don DeAngelis, Bob Holt et Simon
Levin, et le Mini-manuel d’écologie, paru chez Dunod sur la base des cours de quatre enseignantschercheurs
de l’UPMC.
Direction d’une revue internationale
L’équipe abrite la rédaction-en-chef de la revue Acta Oecologica, la seule revue généraliste
d’écologie qui soit « d’origine française ». Bien qu’elle ne figure pas parmi les premières revues du
domaine et qu’elle n’ait guère vocation à publier les travaux de notre équipe ou de notre UMR, il est
utile de s’y investir à des fins « pédagogiques », notamment en direction de jeunes chercheurs des
pays du Sud. Son attractivité et sa sélectivité ont considérablement augmenté en dix ans (env. 400
soumissions par an ; taux de rejet env. 80%).
Évaluations de manuscrits
Nombreuses sollicitations (acceptées ou non) de revues d’écologie (Ecology Letters, PNAS,
Ecology, Evolution, Proceedings of the Royal Society B, American Naturalist, Ecography, Journal of
Animal Ecology, Functional Ecology, Oecologia, Oikos, Evolutionary Ecology, Ecological Modelling,
Ecological Complexity Theoretical Population Biology, Biocontrol, Acta Oecologica, Entomologia
Experimentalis et Applicata, Ecological Research, Journal of Applied Entomology, Isotopes in
Environmental & Health Studies, Acta Zoologica Academiae Scientiarum Hungaricae, Revista de
Biología Tropical, Research Letters in Ecology) et de biomathématiques (Journal of Theoretical
Biology, Journal of Mathematical Biology, Chaos, Solitons and Fractals, Mathematical Bioscisciences,
Journal of Mathematical Analysis and Applications, Discrete Dynamics in Nature and Society, Journal
of Applied Mathematics, Nonlinear Analysis: Modelling and Control, Journal of Biological Dynamics,
The African Diaspora Journal of Mathematics)
Évaluations de projets
Pour différents organismes tels que : ANR, UPMC, Ville de Paris, Commission Européenne,
NWO-Pays-Bas, FNRS-Suisse, NSF-USA…
Participation à des jurys de recrutement
R. Arditi : Concours de recrutement de 4 CR2, 3 CR1 et 4 DR2 à l'IRD, d’un PR2 à AgroParisTech, d’un
PR2 à l’U. François Rabelais (Tours), d’un MCF à AgroCampus-Ouest (Rennes).
N. Loeuille : Concours de recrutement d’un MCF au MNHN, d’ingénieurs d’études au CNRS.
T. Spataro : Concours de recrutement d’un MCF à l’Université de Nice.
Participation à des commissions d’évaluation et de promotion
R. Arditi : Président de la commission AERES d’évaluation de l’UMR BioEpAR à l’Oniris, Nantes, et
membre de la commission de notation AERES LS9 (2011).
R. Arditi : Membre nommé de la CSS3 de l’IRD : évaluations et promotions de CR et DR (2007-2008).
R. Arditi : Membre élu de la CNECA (Commission nationale d’évaluation des enseignants-chercheurs
du Ministère de l’agriculture) : évaluations et promotions de PR (2007-2012).
N. Loeuille : membre du comité d’experts UPMC.
Participation à des jurys de doctorat ou d’HDR
R. Arditi : 2 comités de thèse, 6 jurys de doctorat, 3 jurys d’HDR.
N. Loeuille : 2 jurys de doctorat.
81

LISTES DES PUBLICATIONS DANS L’ÉQUIPE (2007-2012)
Publications sans participation d’autres équipes de l’UMR
ACL1 Lopes C., Spataro T., Doursat C., Lapchin L. & Arditi R. (2007) An implicit approach to model
plant infestation by insect pests. Journal of Theoretical Biology, 248, 164-178.
ACL2 Spataro T. & Bernstein C. (2007). Optimal patch leaving decision rules for parasitoids in
patchy environments: an individual-based model. Behavioral Ecology, 18, 742-749.
ACL3 Tyutyunov Yu., Titova L. & Arditi R. (2007) A minimal model of pursuit-evasion in a predatorprey
system. Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2, 122-134.
ACL4 Tyutyunov Yu.V., Zhadanovskaya E.A., Arditi R. & Medvinsky A.B. (2007) A spatial model of
the development of pest resistance to a transgenic insecticidal crop: European Corn Borer on
Bt-maize. Biophysics, 52, 52-67. [Translated from Russian article published in Biofizika, 52,
95-113.]
ACL5 Loeuille N. & Leibold M. (2008) Ecological consequences of evolution in plant defenses in a
metacommunity. Theoretical Population Biology, 74, 34-45.
ACL6 Loeuille N. & Leibold M. (2008) Evolution in metacommunities: on the relative importance of
species sorting and monopolization in structuring communities. The American Naturalist, 171,
788-799.
ACL7 Mounier J., Monnet C., Vallaeys T., Arditi R., Sarthou A.S., Hélias A. & Irlinger F. (2008)
Microbial interactions within a cheese microbial community. Applied and Environmental
Microbiology, 74, 172-181.
ACL8 Tyutyunov Yu., Titova L. & Arditi R. (2008) Predator interference emerging from trophotaxis
in predator-prey systems: an individual-based approach. Ecological Complexity, 5, 48-58.
ACL9 Tyutyunov Yu., Zhadanovskaya E., Bourguet D. & Arditi R. (2008) Landscape refuges delay
resistance of the European corn borer to Bt-maize: a demo-genetic dynamic model.
Theoretical Population Biology, 74, 138-146.
ACL10 Urban M.C., Leibold M.A., Amarasekare P., De Meester L., Gomulkiewicz R., Hochberg M.E.,
Klausmeier C.A., Loeuille N., de Mazancourt C., Norberg J., Pantel J.H., Strauss S.Y., Vellend
M. & Wade M.J. (2008) The evolutionary ecology of metacommunities. Trends in Ecology and
Evolution, 23, 311-317.
ACL11 Deygout C., Gault A., Sarrazin F. & Bessa-Gomes C. (2009) Modeling the impact of feeding
stations on vulture scavenging service efficiency. Ecological Modelling, 220, 1826-1835.
ACL12 Lopes C., Spataro T., Lapchin L. & Arditi R. (2009) Optimal release strategies for the
biological control of aphids in melon greenhouses. Biological Control, 48, 12-21.
ACL13 Moritz C., Loeuille N., Guarini J.M. & Guizien K. (2009) Quantifying the dynamics of marine
invertebrate communities: what processes can maintain high diversity with low densities in
the Mediterranean Sea? Ecological Modelling, 220, 3021-3032.
ACL14 Deygout C., Gault A., Duriez O., Sarrazin F. & Bessa-Gomes C. (2010) Impact of food
predictability on social facilitation by foraging scavengers. Behavioral Ecology, 21, 1131-1139.
ACL15 Loeuille N. (2010) Consequences of adaptive foraging in diverse communities. Functional
Ecology, 24, 18-27.
ACL16 Loeuille N. (2010) Influence of evolution on the stability of ecological communities. Ecology
Letters, 13, 1536-1545. Répertorié par Faculty of 1000 (score=8).
ACL17 Lopes C., Spataro T. & Arditi R. (2010) Comparison of spatially implicit and explicit
approaches to model plant infestation by insect pests. Ecological Complexity, 7, 1–12.
ACL18 Sapoukhina N., Tyutyunov Yu., Sache I. & Arditi R. (2010) Spatially mixed crops to control the
stratified dispersal of airborne fungal diseases. Ecological Modelling, 221, 2793–2800.
ACL19 Brännström A., Loeuille N., Loreau M. & Dieckmann U. (2011) Emergence and maintenance of
biodiversity in an evolutionary food web model. Theoretical Ecology, 4, 467-478.
ACL20 Médoc V. & Beisel J.N. (2011) When trophically-transmitted parasites combine predation
enhancement with predation suppression to optimize their transmission. Oikos, 120: 1452-
1458. Répertorié par Faculty of 1000.
ACL21 Brännström A., Johansson J., Loeuille N., Kristensen N., Troost T., Hille Ris Lambers R. &
Dieckmann U. (2012) Modeling the ecology and evolution of communities: a review of past
achievements, current efforts, and future promises, Evolutionary Ecology Research, sous
presse.
84

ACL22 Kaneryd L., Berg S., Borrvall C., Curtsdotter A., Eklöf A., Hauzy C., Jonsson T., Münger P.,
Setzer M., Sätterberg T. & Ebenman B. (2012) Species-rich ecosystems are vulnerable to
cascading extinctions in an increasingly variable world. Ecology and Evolution, 2, 858-874.
ACL23 Müller J., Hauzy C. & Hulot F.D. (2012) Ingredients for protist coexistence: competition,
endosymbiosis and a pinch of biochemical interactions. Journal of Animal Ecology, 81, 222-
232.
ACL24 Norberg J., Klausmeier C., Urban M., Vellend M. & Loeuille N. (2012) Eco-evolutionary
responses of biodiversity to climate change. Nature Climate Change,
doi:10.1038/nclimate1588.
ACL25 Spataro T., Bacher S., Bersier L.F. & Arditi R. (2012). Ratio-dependent predation in a field
experiment with wasps. Ecosphere, en révision mineure.
C-INV Loeuille N. & Loreau M. Emergence of food web structures out of adaptive processes. ESA
meeting (symposium Flexible Foragers in Food Webs), San Jose CA, USA, 7 août 2007.
C-INV Spataro T. Considérations théoriques de l’écologie des communautés : quels apports pour la
lutte biologique. 3 ème réunion du groupe THEIDOLB. Rennes, 13 novembre 2007.
C-INV Arditi R. Théorie de la lutte biologique et application à la pyrale du maïs en culture
transgénique. Ecole Normale Supérieure, Paris, 27 mars 2008.
C-INV Arditi R. Stabilité, complexité, fromage. U. Pierre et Marie Curie, UMR Ecologie et Evolution,
Paris, 19 décembre 2008.
C-INV Loeuille N., de Mazancourt C. & Amarasekare P. Evolution of specialization in
(meta)communities. ESA meeting (symposium Evolution in Metacommunities), Milwaukee,
USA, 2008.
C-INV Arditi R. Complexity, stability, and stinking French cheese. Stony Brook U., Dept. of Ecology
and Evolution, 25 février 2009.
C-INV Spataro T. & Bernstein C. Utilisation de l'information par les parasitoïdes pour une
exploitation optimale d'une population d'hôtes répartie dans un milieu hétérogène. U. Pierre
et Marie Curie, UMR Ecologie et Evolution, Paris, 10 avril 2009.
C-INV Arditi R. Séminaire de réflexion INEE-INRA Ecologie spatiale et processus fonctionnels, Chizé,
22-24 septembre 2010.
C-INV Arditi R. Third Sino-French Seminar CAS-CNRS on Biodiversity and Natural Resource
Management, Paris, 5-6 octobre 2010.
C-INV Hauzy C., Nadin G., Canard E., Mouquet N. & Ebenman B. Heterogeneous distribution of
ressources over landscape and populations stability. U. Paris-Sud, séminaire Midipile, Orsay,
22 mars 2011.
C-INV Hauzy C., Albrectsen B. & Loeuille N. Evolution dans les réseaux plantes-herbivores: défenses
et spécialisation. Ecole Polytechnique, séminaire de la Chaire MMB, Palaiseau, 19 juin 2011.
C-INV Arditi R. Deux conférences: “Ratio-dependent functional response: theoretical foundation and
empirical evidence” et “The consequences of ratio-dependence for food-web dynamics”.
Symposium The Structure and Dynamics of Ecological Networks, U. Fribourg, Suisse, 8-9
September 2011.
C-INV Bompard A., Fauvergue X., Amat I. & Spataro T. Demographic consequences of mate-finding
Allee-effects for host-parasitoid systems. Entomological Society of Canada’s joint annual
meeting (Female Mating Failure symposium), Halifax, Canada, 7 novembre 2011.
C-INV Arditi R. & Ginzburg L.R. How species interact: Altering the standard view on trophic ecology.
Stony Brook U., Dept. of Ecology and Evolution, 1 février 2012.
C-INV Arditi R. & Ginzburg L.R. How species interact: Altering the standard view on trophic ecology.
U. of Miami, Institute for Theoretical and Mathematical Ecology, Miami FL, USA, 3 février
2012.
C-INV Arditi R. & Ginzburg L.R. How species interact: Altering the standard view on trophic ecology.
U. of Florida, Dept. of Biology, Gainesville FL, USA, 7 février 2012.
C-INV Arditi R. & Ginzburg L.R. How species interact: Altering the standard view on trophic ecology.
National Institute for Mathematical and Biological Synthesis, Knoxville TN, USA, 9 février
2012.
C-INV Bompard A., Fauvergue X., Amat I. & Spataro T. Etude théorique de l’impact démographique
d’un effet Allee chez les parasitoïdes hyménoptères. U. Paris-Sud, séminaire Midipile, Orsay,
3 avril 2012.
C-INV Hauzy C., Albrectsen B. & Loeuille N. Evolution of defenses in plant-herbivore communities:
qualitative defenses and quantitative defenses. Umeå U., EMG Seminars, Suède, 25 avril
2012.
85

C-INV Hauzy C., Berg S., Ebenman B., Sätterberg T., Yearsley J. & Jonsson T. Species’ contributions
to ecosystem robustness may be inversely related to abundance. Ecole thématique Chaos et
dynamiques des réseaux biologiques, Cargèse, 29 mai 2012.
C-INV Loeuille N. Eco-evolutionary dynamics of ecological networks: implications for community
structure and stability. Colloque Web of Life, Montpellier, 5 juin 2012.
C-COM Bessa-Gomes C. & Cowlishaw G. Integrating behaviour into conservation biology: densitydependent
changes in infanticidal behaviour in small populations. Colloque The Buffon
Legacy. Dijon, 3-6 septembre 2007.
C-COM Deygout C., Gault A., Sarrazin F. & Bessa-Gomes C. Conséquences de l'approvisionnement
social pour la conservation des nécrophages : approche théorique. 29ème réunion du Petit
Pois Déridé. Poitiers, 27-30 août 2007.
C-COM Deygout C., Gault A., Sarrazin F. & Bessa-Gomes C. Consequences of social foraging in
scavenger conservation: a modelling approach. Colloque The Buffon Legacy. Dijon, 3-6
septembre 2007.
C-COM Zhadanovskaya E.A., Tyutyunov Yu.V. & Arditi R. Assessment of the efficiency of the “high
dose-refuge” strategy applied to demo-genetic models. 37th workshop Mathematical
Modelling in Problems of Rational Use of Nature: Ecology, Economics, Computer Sciences.
Abrau-Durso, Russia, 10-15 septembre 2007.
C-COM Bessa-Gomes C., Amin R., Theron L.J., Prinsloo H.C., Shaw K. & Pettifor R. The importance of
the Western Cape sub-population of Blue Cranes to their global population in the face of
climate change: implications for conservation. 12th Pan-African Ornithological Congress.
Rawsonville, South Africa, 7-12 sept. 2008.
C-COM Deygout C., Gault A., Sarrazin F. & Bessa-Gomes C. Modelling the impact of feeding stations
on the foraging behaviour of vultures. 12th International Behavioral Ecology Congress (ISBE).
Cornell U., Ithaca, USA, 9-15 août 2008.
C-COM Deygout C., Gault A., Sarrazin F. & Bessa-Gomes C. Modelling the impact of feeding stations
on the foraging behaviour of vultures. 4th Meeting in Ecology and Behaviour. Toulouse, 14-17
avril 2008.
C-COM Deygout C., Duriez O., Sarrazin F. & Bessa-Gomes C. Modelling the impact of feeding stations
on the foraging behaviour of endangered avian scavengers. 3rd European Conservation Biology
Conference. Prague, Rép. Tchèque, 1-5 septembre 2009.
C-COM Deygout C., Duriez O., Sarrazin F. & Bessa-Gomes C. Modelling social foraging and resource
predictability in the case of vultures. Conference on Mathematical Models in Ecology and
Evolution. U. of Bristol, UK, 10-11 septembre 2009.
C-COM Tisseraud A., Amat I., Fauvergue X. & Spataro T. Conséquence du déterminisme du sexe sur la
démographie des systèmes hôte-parasitoïde. 37èmes Journées des Entomophagistes. Antibes,
6 mai 2010.
C-COM Loeuille N. Effects of contrasted dispersal of resources on the maintenance of diversity within
metacommunities. ESA Meeting. Austin TX, USA, 7-12 août 2011.
C-COM Bompard A., Amat I., Fauvergue X. & Spataro T. Impact des effets Allee comportementaux sur
la démographie des parasitoïdes et leur efficacité en lutte biologique. Entomo-2012.
Montpellier, 24 mai 2012.
C-COM Médoc V. Les amphipodes d’eau douce et leurs interactions. Journée scientifique de la
Société zoologique de France. Paris, 29 mai 2012.
C-AFF Deygout C., Gault A., Sarrazin F. & Bessa-Gomes C. Conséquences de l'approvisionnement
social pour la conservation des nécrophages : approche théorique. Journées de l'Ecole
Doctorale ABIES. Paris, 18-19 mars 2008. Poster ayant reçu un prix.
C-AFF Deygout C., Duriez O., Sarrazin F. & Bessa-Gomes C. Impact des sites d’alimentation sur
l’approvisionnement social des vautours. 3ème Réveil du Dodo—Journées Francophones des
Sciences de la Conservation de la Biodiversité. Montpellier, 17-19 mars 2009.
C-AFF Deygout C., Duriez O., Sarrazin F. & Bessa-Gomes C. Modelling the impact of resource
predictability on social foragers. Summer Conference of the Association for the Study of
Animal Behaviour. Oxford, UK, septembre 2009.
C-AFF Georgelin E. & Loeuille N. Impact of insecticides on plant-pollinator-herbivore systems:
fighting agricultural pests while maintaining pollination service. Colloque Web of Life
Montpellier, 5 juin 2012.
86

C-AFF Hauzy C., Berg S., Ebenman B., Sätterberg T., Yearsley J. & Jonsson T. Species’ contributions
to ecosystem robustness may be inversely related to abundance. Colloque Web of Life,
Montpellier, 5 juin 2012.
DO Arditi R. Rédacteur-en-chef de la revue internationale Acta Oecologica (Elsevier), depuis
2001.
OS-livr1 Arditi R. & Ginzburg L.R. (2012) How Species Interact : Altering the Standard view on
Trophic Ecology. Oxford University Press, 192 pp.
OS-chap1 Loeuille N. (2009) Evolution of communities and ecosystems. In The Princeton Guide to
Ecology (pp. 414-422), edited by S.A. Levin. Princeton University Press.
OS-chap2 Loeuille N. & Loreau M. (2009) Emergence of complex food web structure in community
evolution models, in Community Ecology (pp. 163-178), edited by H.A. Verhoef & P.J. Morin.
Oxford University Press.
AP Arditi R., Bourguet D., Ponsard S., Spataro T. & Tyutyunov Yu. (2007) Influence de la
polyphagie, de la compétition et du parasitisme sur l'évolution de la résistance des ravageurs
cibles du maïs transgénique Bt. Rapport au PIR Impact des biotechnologies dans les agroécosystèmes,
CNRS.
Publications inter-équipes (équipes d’EcoEvo et de BIOEMCO)
ACL26 Bessa-Gomes C., Legendre S. & Clobert J. (2010) Discrete two-sex models of population
dynamics: on modelling the mating function. Acta Oecologica, 36, 439-445.
ACL27 Hauzy C., Tully T., Spataro T., Paul G. & Arditi R. (2010) Spatial heterogeneity and functional
response: an experiment in microcosms with varying obstacle densities. Oecologia, 163, 625–
636.
ACL28 Boudsocq S., Barot S. & Loeuille N. (2011) Evolution of nutrient acquisition: when adaptation
fills the gap between contrasting ecological theories. Proceedings of the Royal Society B, 278,
449-457.
ACL29 Fontaine C., Guimarães P.R., Kéfi S., Loeuille N., Memmott J., van der Putten W.H., van
Veen F.J.F. & Thébault E. (2011) The ecological and evolutionary implications of merging
different types of networks. Ecology Letters, 14, 1170-1181.
ACL30 Boudsocq S., Niboyet A., Lata J.C., Raynaud X., Loeuille N., Mathieu J., Blouin M., Abbadie L.
& Barot S. (2012) Plant preference for ammonium versus nitrate: a neglected determinant of
ecosystem functioning? The American Naturalist, 180, 60-69.
C-COM Hauzy C., Tully T., Spataro T., Paul G. & Arditi R. Effet de la complexité de l'environnement
sur la réponse fonctionnelle d'un acarien prédateur sur un collembole : une approche
expérimentale. 36èmes journées des Entomophagistes. Amiens, 13 jan. 2009.
C-COM Hauzy C., Tully T., Spataro T., Paul G. & Arditi R. Predation in heterogeneous environment:
an experimental investigation of obstacle density effect on functional response. British
Ecological Society meeting. Hertfordshire, UK, 9 septembre 2009.
OS-livr2 Tirard C., Barbault R., Abbadie L. & Loeuille N. (2012) Mini-manuel d'écologie. Dunod, 150
pp.
Publications de Vincent Médoc antérieures à son arrivée
ACL Médoc V. & Beisel J.N. (2008) A parasite boosts the escape performances of its intermediate
host facing non-host predators. Parasitology, 135, 1-8.
ACL Médoc V. & Beisel J.N. (2009) Field evidence for non-host predator avoidance in a manipulated
amphipod. Naturwissenschaften, 96, 513-523.
ACL Médoc V., Rigaud T., Bollache L. & Beisel J.N. (2009) A manipulative parasite increasing an
antipredatory response decreases its vulnerability to a nonhost predator. Animal Behaviour, 77,
1235-1241.
ACL Beisel J.N. & Médoc V. (2010) Bird and amphipod parasites illustrate a gradient from adaptation
to exaptation in complex life cycle. Ethology, Ecology and Evolution, 22, 265-270.
87

ACL Cézilly F., Thomas F., Médoc V. & Perrot-Minnot M.J. (2010) Host manipulation by parasites
with complex life cycles: adaptive or not? Trends in Parasitology, 26, 311-317.
ACL Sornom P., Felten V., Médoc V., Sroda S., Rousselle P. & Beisel J.N. (2010) Effect of gender on
physiological and behavioural responses of Gammarus roeseli (Crustacea Amphipoda) to salinity
and temperature. Environmental Pollution, 158, 1288-1295.
ACL Maazouzi C., Médoc V., Pihan J.C. & Masson G. (2011) Size-related dietary changes observed in
young-of-the-year pumpkinseed (Lepomis gibbosus): stomach contents and fatty-acid analyses.
Aquatic Ecology, 45, 23-33.
ACL Médoc V., Piscart C., Maazouzi C., Simon L. & Beisel J.N. (2011) Parasite-induced changes in
the diet of a freshwater amphipod: field and laboratory evidence. Parasitology, 138, 537-546.
ACL Médoc V., Rigaud T., Motreuil S., Perrot-Minnot M.J. & Bollache L. (2011) Paratenic hosts as
regular transmission route in the acanthocephalan Pomphorhynchus laevis: potential
implications for food webs. Naturwissenschaften, 98, 825-835.
C-INV Médoc V. Parasites as mediators of biotic interactions within a lotic ecosystem subjected to
biological invasions: the case of infection by the acanthocephalan Polymorphus minutus in
the amphipod Gammarus roeseli. Journées Internationales de Limnologie, Luxembourg City,
Luxembourg, 7 avril 2009.
C-COM Médoc V. & Beisel J.N. Parasitism and biological invasion: How manipulator parasites could
promote a gammarid species replacement? 15th International Conference on Aquatic Invasive
Species. Nijmegen, Pays-Bas, 24 septembre 2007.
C-COM Médoc V., Beisel J.N., Bollache L. & Rigaud T. Manipulations comportementales et devenir
des espèces en interactions dans un écosystème receveur. 50ème Congrès de l’Association
Française de Limnologie. Toulouse, 13 novembre 2007.
C-COM Médoc V. & Beisel J.N. The role of non-host predator avoidance in parasitic strategies. 4th
European Conference on Behavioural Biology. Dijon, 20 juillet 2008.
C-COM Médoc V., Moreteau J.C. & Beisel J.N. Parasitism and biotic interactions: The cost of infection
goes beyond the individual level. 20th International Congress of Zoology. Paris, 27 août 2008.
C-COM Médoc V. & Bollache L. Les gammares : état des lieux et Intérêts scientifiques. 4èmes
Rencontres Bourgogne Faune Sauvage. Saint-Brisson, 26 avril 2008.
C-COM Médoc V. & Beisel J.N. The swimming performance in native and exotic amphipods as a part
of their anti-predator strategy. 16th International Conference on Aquatic Invasive Species.
Montréal, Canada, 22 avril 2009.
C-COM Médoc V., Rigaud T. & Bollache L. The role of minnows in the trophic transmission of the
manipulative parasite Pomphorhynchus laevis? 6th Symposium for European Freshwater
Sciences. Sinaia, Roumanie, 20 août 2009.
C-COM Médoc V., Rigaud T. & Bollache L. How exotic hosts may affect the dynamic of local
freshwater parasites? Journées Internationales de Limnologie. Thonon-les-Bains, 6 octobre
2010.
PV Médoc V., Bollache L. & Beisel J.N. (2009) Etablissement d’une liste d’invertébrés
susceptibles d’envahir les hydosystèmes français : une mesure préventive dans le contexte
des invasions biologiques. Bourgogne Nature, 9/10, 134-139.
88

Rapport d’activité 2007 - 2012
LABORATOIRE Ecologie et Evolution (Eco-Evo)
EQUIPE Ecophysiologie Evolutive (EPE)
Responsable équipe et auteur de la fiche Sandrine MEYLAN
Lieu d’implantation UMR7625-UPMC
89

LISTE DE TOUT LE PERSONNEL DE L’EQUIPE PAR ORDRE ALPHABETIQUE
Responsable équipe : Sandrine MEYLAN, Professeur des Universités
Chercheurs et enseignants chercheurs
BIARD Clotilde, Maitre de conférences, UPMC Date d’arrivée : septembre 2009
ELARD Loïc, Maitre de conférences, UPMC Date d’arrivée : septembre 1999
FRANTZ Adrien, Maitre de conférences, UPMC Date d’arrivée : septembre, 2007
GASPARINI Julien, Maitre de conférences, UPMC, HDR Date d’arrivée : Février 2008
MEYLAN Sandrine, Professeur des Universités, Paris Sorbonne-IUFM de Paris Date d’arrivée :
septembre, 2003
TIRARD Claire, Maitre de conférences, UPMC Date d’arrivée : septembre, 1997
ITA et IATOS
HAUSSY Claudy, Assistante Ingénieur, CNRS Date d’arrivée : décembre, 1997
LEGOUPI Julie, Assistante Ingénieur, CNRS Date d’arrivée : mai, 2011
Post-doctorants et chercheurs invités/associés
LENOUVEL Philippe, Post-doctorant, d’Octobre 2008 à Septembre 2009
CORBEL Hélène, Post-doctorant de Novembre 2009 à Octobre 2010
Doctorants
LIST Olivier Directeur de thèse : Toshiro Aigaiki (Tokyo Metropolitan University) Encadrant/Coencadrant
: Loïc Elard Soutenance : 3 décembre 2008.
JACQUIN Lisa Directeur de thèse : Julien GASPARINI Soutenance : 12 Octobre 2011
BLEU Josefa Directeur de thèse : Sandrine MEYLAN Encadrant/Co-encadrant : Manuel MASSOT
Soutenance : 3 novembre 2011
ISMAIL Ahmad Directeur de thèse : Julien GASPARINI
MARTIN Mélissa Directeur de thèse : Sandrine MEYLAN Encadrant/Co-encadrant : Jean-François
Le Galliard
VAUGOYEAU Marie Directeur de thèse : Clotilde BIARD Encadrant/Co-encadrant : Sandrine
MEYLAN
90

TABLEAU BIBLIOMETRIQUE
Revue Facteur
d’Impact 2010
sur 5 années
91
Nombr
e
d’artic
les
Champ disciplinaire Classem
ent de
la revue
Ecology Letters 14.261 1 « ecology» 3/130
Neuroscience and Biobehavioural Reviews
Philosophical transaction of the royal society
B 6.977
10.24 1 « behavioral
sciences »
3/47
1 « biology » 3/84
Molecular Ecology 6.633 1 « ecology » 9/130
Ecology 6.218 1 « ecology » 11/130
Evolution 6.041 1 « ecology » 12/130
Proceedings of the Royal Society B 5.443 2 « ecology » 16/130
The American Naturalist 5.385 6 « ecology » 19/130
Environmental Microbiology 5.638 1 « microbiology » 13/112
Journal of Animal Ecology 4.782 3 « ecology » 22/130
Functional Ecology 4.742 3 « ecology » 23/130
BMC Evolutionary Biology 4.619
1 « evolutionary
biology »
PLos ONE 4.610 4 « biology » 11/84
Hormones & Behavior 4.218 2 « endocrinology » 9/47
Oecologia 4.116 3 « ecology » 29/130
Journal of Evolutionary Biology 4.080 6 « ecology » 30/130
Oikos 3.920 1 « ecology 34/130
Biology Letters 3.821 2 « ecology » 35/130
Environmental Pollution
3.860 1 «environmental
sciences»
12/45
13/112
Journal of Experimental Biology 3.424 3 « biology 15/84
Animal Behaviour
3.402 1 « behavioral
sciences »
Behavioral Ecology 3.382 4 « ecology » 41/130
General and comparative endocrinology 2.921 2 « endocrinology » 49/121
Behavioral Ecology and Sociobiology 2.866 1 « ecology » 49/130
Climate Research 2.628
Biological Journal of the Linnean Society 2.540
1 «environmental
sciences»
1 « evolutionary
biology »
Journal of Avian Biology 2.537 2 « ornithology 1/20
Naturwissenschaften 2.487 1 « multidisciplinary » 9/55
14/47
53/205
Ecological Entomology 2.187 1 « entomology 11/85
Bulletin of Entomological Research 1.934 1 « entomology » 17/85
Evolutionary Ecology Research 1.754 1 « ecology » 92/130
29/45

Canadian Journal of Zoology 1.696 1 « zoology » 40/146
Journal of Experimental Zoology Part A 1.565 2 « zoology » 44/146
Insectes sociaux 1.581 1 « entomology » 26/85
Hereditas 0.873 1 « genetic » 129/157
TOTAL 64
Sur les 64 articles publiés, 68,75% sont dans le premier quartile des disciplines concernées, 26,57%
dans le second quartile, 3,12% dans le troisième et seul 1 article est dans le dernier quartile. (soit
1,56%).
CONTRATS DE FINANCEMENT, THESES SOUTENUES ET COLLABORATIONS
SCIENTIFIQUES
Contrats de financements 2007 – 2012
1 - Programme ANR jeunes chercheurs du 1 octobre 2007 au 31 octobre 2011, (coordinateur : JF.
Le Galliard). Mécanismes d’extinction dans les petites populations Montant alloué à l’unité : 194
K euros
2 - Programme ANR jeunes chercheurs du 1 octobre 2007 au 31 octobre 2011, (coordinateur : O.
Lourdais). Impact du changement global sur les ectothermes terrestres
3- Programme Régionale (R2DS), IFR Ecologie du 01 Octobre 2008 au 31 septembre 2011,
(coordinateur : J. Gasparini. Ecologie et évolution des interactions hôte-parasite en zone urbaine et
épidémiologie des parasites du pigeon urbain, Columba livia. Montant alloué à l’unité : 161 K euros
4- Programme Emergence UPMC du 1 er octobre 2011 au 30 septembre 2014. (coordinateur : C.
Biard). Adaptation en milieu urbain : Mécanismes et conséquences sur les populations d’oiseaux.
Approches d’écologie intégrative Montant alloué à l’unité : 20 k€ et contrat doctoral
5- Programme ANR blanche (coordinateur : T.Monnin). Fission. Montant alloué à l’unité: 200 K euros.
Thèses soutenues 2007 – 2012
1 - Thésard : JACQUIN Lisa, Thèse de UPMC, Coloration mélanique et stratégie d’histoire de vie chez
le pigeon biset urbain. Directeur de thèse : Julien GASPARINI. Date complète de soutenance :
12/10/2011
2 - Thésard : BLEU Josefa, Thèse de UPMC, Etudes des contraintes et adaptations de
l’ovoviviparité. Directeurs de thèse : Sandrine MEYLAN et Manuel MASSOT. Date complète de
soutenance : 03/11/2011
3 - Thésard : BOCHER Aurélie, Thèse de UPMC, Défenses immunitaires et division du travail chez
les fourmis. Directeurs de thèse : Claire TIRARD et Claudie DOUMS. Date complète de soutenance :
23/10/2007
4.- Thésard : LIST Olivier, thèse de l’UPMC « Etude génétique des relations entre l’activité d’un
régulateur transcriptionnel et la longévité chez la drosophile Directeur de thèse : Toshiro Aigaiki
(Tokyo Metropolitan University) Encadrant/Co-encadrant : Loïc Elard. Date compléte de
Soutenance : 03/12/2008
Collaborations scientifiques 2007 – 2012
En France
1-Laboratoire Station d'Ecologie Experimentale, CNRS, Moulis, J. CLOBERT et J. COTE
2-Laboratoire Ecologie & Evolution, UMR 7625, Paris. JF Le GALLIARD, M. MASSOT, C. DOUMS et T.
MONNIN
3-Laboratoire Centre d’Etudes biologiques de Chizé, UPR 1934, O. LOURDAIS, F. ANGELIER
4-Laboratoire Ecologie des Hydrosystèmes Fluviaux, UMR CNRS 5023, Lyon. Y. VOITURON
5-Laboratoire Biogéosciences UMR 5561, Université de Bourgogne, Dijon, F. CEZILLY, J. MOREAU, Y.
MORET
6-Laboratoire Conservation des espèces, Restauration et Suivi des Populations UMR7204, MNHN, Paris,
F. JIGUET, C. TEPLITSKY , A-C. PREVOT-JULLIARD
7-Laboratoire Ecologie, Systématique et Evolution UMR 8079, Université Paris XI, Orsay, A.P. Møller
92

8-Laboratoire Biogéochimie et Ecologie des milieux continentaux, UMR 7618 CNRS/UPMC, M.
CASTREC-ROUELLE, E. AUBRY
9-Laboratoire Zoonose bactérienne, Agence Nationale de Sécurité Environnementale et Sanitaire
(Anses), Maison-Alfort, K. LAROUCAU
10-Laboratoire de Biologie, 2 – EA 3199, CNAM, A. SUAU
A l’étranger
1-Laboratoire Ecologie, Université de Madrid, Espagne. J. BELLIURE
2-Département des Sciences biologiques, université d’Ohio, Etats Unis. D. MILES
3-Département de zoologie,Oxford, Angleterre. T. ULLER
4-Laboratoire Konrad Lorenz Institute for Ethology, Université Vétérinaire de Vienne, Vienne,
Autriche, H.HOI, M. GRIGGIO
5- Institute of Biochemistry Department of Natural Sciences, Université Vétérinaire de Vienne,
Autriche, S. RETTENBACHER
6-Laboratoire Dipartimento di Biologia, Università degli Studi di Milano, Milan, Italie, N. SAINO
7-Laboratoire Behavioural Ecology Group, Department of Zoology, School of biological sciences,
Université de Cambridge, Royaume-Uni, C. SPOTTISWOODE
8-Université de Yüzüncü Yil, Turquie, F. KARADAS
9-Laboratoire Scottish Agricultural College, Ayr, Ecosse, P.F. SURAI
10-Laboratoire Ecologia Evolutiva, CSIC, Museo Nacional de Ciencias Naturales, Madrid, Espagne, D.
GIL, P. ARAGON
11-Laboratoire Estación Biológica de Doñana, CSIC, Séville, Espagne, L. Z. GARAMSZEGI
12-Department of Ecology and Evolution, Université de Lausanne, SUISSE, A. ROULIN et P. BIZE
13-Institute of Zoology, Johannes Gutenberg University of Mainz, Mayence Allemagne, I. SCHARF
14-Cellular Genetics Laboratory, Tokyo Metropolitan University, Tokyo, Japon, T. AIGAKI
93

1 - Rappel des objectifs
RESULTATS & EVOLUTIONS SCIENTIFIQUES
Les études en écologie évolutive visent à comprendre comment des traits biologiques sont
contrôlés par les sélections naturelle et sexuelle. Ces études examinent comment les pressions de
sélection environnementales influencent d’une part la production des jeunes et leur survie et d’autre
part la dynamique des populations et des écosystèmes. Ces études ignorent souvent les mécanismes
physiologiques impliqués dans les processus développementaux responsables de la plasticité
phénotypique. De tels mécanismes contraignent pourtant la norme de réaction. Bien que
fréquemment évoquées, les approches évolutives en écologie et mécanistiques de la physiologie sont
rarement examinées conjointement. C’est sur ce constat que notre équipe a été créée.
Les 4 principales thématiques de l’équipe sont : le polymorphisme de couleur, les effets
maternels, les interactions hôte-parasite et les effets de la pollution au sein de populations
naturelles. Le caractère original et fédératif de l’équipe se manifeste par une diversité d’approches
(expérimentale, corrélative, comparative), de disciplines (immunologie, endocrinologie, toxicologie)
et de modèles biologiques (insectes, oiseaux, lézards).
2 - Principaux résultats scientifiques
1- Pollution environnementale et adaptations en milieu urbain (A. FRANTZ, J. GASPARINI,
C. HAUSSY, J. LEGOUPI)
L’urbanisation rapide de ces dernières années a profondément modifié les milieux à l'échelle du globe
et généré un environnement original. La ville inclut des pressions sélectives particulières, de nature
biologique (parasites, prédateurs), abiotique (pollutions chimiques, sonores, lumineuses...) et
sociopolitique (régulations des populations, nourrissage). Dans ce contexte, nous avons montré que
les pigeons bisets urbains présentent une forte variabilité spatiale dans la quantité de métaux lourds
accumulés dans le plumage (ACL26, Fig 1). D'autre part, les études ont mis en évidence que 20 % des
individus franciliens étaient porteurs d’une zoonose transmissible à l’homme, l’ornithose
(Chlamyciaceae) et de nouvelles souches de Chlamyciaceae dans les populations franciliennes de
Pigeons (ACL31).
Fig 1. Cartographie des sites de capture et concentration moyenne de métaux lourds (ici, l'exemple
du Cadmium) dans le plumage de Pigeons bisets franciliens (Frantz et al. 2012-ACL26).
2- Maintien du polymorphisme de la coloration mélanique (L. ELARD, A. FRANTZ, J.
GASPARINI, C. HAUSSY, L. JACQUIN, J. LEGOUPI, S. MEYLAN)
94

Plusieurs hypothèses ont été émises pour expliquer la coexistence de phénotypes alternatifs
génétiquement déterminés au sein de populations en conditions naturelles. Parmi elles, l’hypothèse
de variation de niche propose que les variations spatio-temporelles de l’environnement favorisent le
maintien de la variabilité, différents génotypes étant adaptés à des environnements alternatifs. Nous
nous focalisons sur la coexistence de différents morphes de couleur mélanique. Nos résultats obtenus
chez la chouette hulotte et le pigeon biset montrent que les morphes de couleur diffèrent dans leurs
réponses immunitaires (ACL32, ACL33,ACL38) et leurs résistances à la restriction alimentaire (ACL52).
De plus, nous avons montré expérimentalement que la restriction alimentaire affecte les paramètres
de fitness différemment selon le morphe (Fig. 2). Ces résultats suggèrent que la variabilité spatiotemporelle
des ressources alimentaires et du parasitisme jouent un rôle important dans le maintien
du polymorphisme de couleur mélanique.
Fig.2 Relation entre les paramètres de fitness et la couleur mélanique dans 2 environnements
différents.
3- Effets maternels (C. BIARD,J. BLEU, J. GASPARINI, C. HAUSSY, L. JACQUIN et S. MEYLAN)
Les effets maternels augmentent la plasticité phénotypique des traits de la descendance et peuvent
ainsi faciliter l’adaptation à la variabilité environnementale (ACL49).
Nous nous intéressons aux influences des conditions environnementales (parasitisme et stress) sur
différents paramètres impliqués dans les effets maternels. D’une part, nous étudions les mécanismes
physiologiques par lesquels les mères modulent le phénotype des descendants. D’autre part, nous
étudions l’investissement reproducteur par lequel les femelles modulent le nombre de leurs
descendants, ainsi que d’autres traits d’histoire de vie liés à cet investissement.
• Rôles des effets maternels dans les interactions hôte-parasite
Chez les chouettes hulottes, nous avons mis en évidence un transfert d’anticorps maternels via le
jaune d’œuf et un effet potentiellement protecteur de ce transfert sur les jeunes (ACL29). Chez le
pigeon biset, nos résultats expérimentaux ont montré un transfert d’anticorps avant et après la
naissance, respectivement via le jaune d’œuf et le lait de jabot, et un effet différentiel de ces
transferts sur l’immunité du poussin (ACL39). Les anticorps transmis via le jaune d’œuf confèrent une
protection dans les premiers jours de la vie, tandis que l’effet éducateur du transfert d’anticorps via
le lait de jabot se manifeste par une réponse immunitaire accrue à des stades plus tardifs. Nos
résultats soulignent le rôle crucial des effets maternels dans l’écologie et l’évolution des interactions
hôte-parasite.
• Réponse au stress et effets maternels
Chez la plupart des vertébrés, la réponse physiologique aux changements environnementaux consiste
en la production de corticostérone. Nous nous sommes intéressés aux conséquences de cette hormone
95

sur le phénotype de la femelle et des jeunes. Nos travaux expérimentaux menés chez le lézard
vivipare (Zootoca vivipara) montrent qu’une augmentation du niveau de corticostérone chez des
femelles gestantes a d’importants impacts sur leurs performances physiologiques et reproductrices
(ACL48). Ces effets peuvent être négatifs (diminution du succès des pontes, de la taille et de la
condition corporelle des juvéniles à la naissance) ou positifs (stimulation des enzymes anti-oxydantes
chez la femelle). Finalement, cette étude a également montré que l’effet de la corticostérone sur
d’autres paramètres reproducteurs (date de ponte) pouvait aussi dépendre du statut immunitaire des
mères. En effet, l’élévation du niveau de corticostérone retarde la mise-bas chez des femelles en
bonne santé mais pas chez des femelles soumises à une stimulation immunitaire. Cette modulation en
fonction des contraintes énergétiques internes rencontrées par les individus permet de produire des
phénotypes adaptatifs.
• Caroténoïdes et évolution des signaux colorés
Les couleurs vives jaune à rouge du plumage, du bec ou de la peau arborées par les oiseaux sont des
signaux utilisés dans les processus de choix du partenaire ou dans les interactions compétitives intrasexuelles.
La couleur de ces signaux provient des caroténoïdes, pigments supposés faire l’objet d’un
compromis d’allocation entre différentes fonctions physiologiques assurant l’homéostasie et le
développement de signaux colorés. Chez les oiseaux, l’expression de ces signaux est influencée par
les effets maternels au sein d’une même espèce (ACL5), la présence de caroténoïdes dès le stade
embryonnaire conditionnant leur métabolisme tout au long de la vie. Or, les effets maternels
pourraient promouvoir ou contraindre l’évolution des traits sexuels secondaires. Nous avons proposé
que l’investissement maternel en caroténoïdes dans les œufs favoriserait l’évolution des ornements
colorés par ces pigments, conduisant à une relation positive entre la composition des œufs et
l’expression des signaux colorés.
Cette hypothèse a été testée par une analyse comparative portant sur la composition en antioxydants
dans les œufs de 112 espèces d’oiseaux, réparties sur 39 familles et 13 ordres. Cette analyse a
montré une relation positive entre la concentration en caroténoïdes dans les œufs et l’intensité des
signaux colorés chez les mâles (ACL3, Fig. 3). L’absence de relation entre la coloration et d’autres
antioxydants plus puissants (vitamines A et E) invalide leur implication éventuelle et suggère que
l’investissement en caroténoïdes dans les œufs a évolué comme un mécanisme spécifique favorisant
l’évolution des signaux colorés par ces pigments en réponse à la sélection sexuelle (ACL3).
Fig. 3. Relation entre l’intensité des signaux colorés par les caroténoïdes chez le mâle et la
concentration en caroténoïdes dans les œufs. Corrélation phylogénétique partielle: rphyl = 0.36, p <
0.0005 (λ = 1, modèle incluant la taille de ponte et le poids de la femelle) (Biard et al., 2009,ACL3).
Deux autres effets maternels cruciaux dans le développement des jeunes oiseaux, les hormones et les
composés immunitaires présents dans les œufs pourraient également influencer l’évolution des
caractères sexuels secondaires. Nous avons trouvé une relation positive entre l’investissement
maternel en lysozymes dans les œufs et la brillance du plumage des mâles ainsi que le dichromatisme
sexuel du plumage (ACL58). Si aucune relation similaire n’a été trouvée pour deux androgènes
majoritaires dans les œufs (la testostérone et l’androstènedione ; (ACL34), nous avons trouvé un
effet inhibiteur de la testostérone d’origine maternelle sur le chant (ACL27) et la taille du cerveau
96

(ACL28). Ceci suggère d’une part des effets différents de la sélection sexuelle sur chacun des effets
maternels, et d’autre part des mécanismes d’action et des contraintes différents de ces effets
maternels sur le développement des signaux sexuels.
• Taille de portée et effets maternels
Nous étudions les coûts de la reproduction et plus particulièrement ceux consécutifs à la gestation de
manière expérimentale, en manipulant la taille de portée (retrait chirurgical de la moitié des
embryons), et en comparant des femelles ovipares à des femelles vivipares de la même espèce (le
lézard vivipare). Ces études ont mis en évidence qu’une diminution de la taille de portée avait un
effet positif sur le développement de la réponse immunitaire, sur le comportement de
thermorégulation ainsi que sur l'endurance; mais aucun d'effet sur la survie des femelles après la mise
bas n’a été mis en évidence (ACL8). De plus, l'étude comparative (ovipare versus vivipare) a montré
que les coûts de la reproduction sont plus importants pour les femelles ovipares que pour les
vivipares avant la gestation (ACL10). Par ailleurs, la gestation est une période non seulement associée
à des coûts mais aussi à des effets maternels. Nous avons ainsi montré que la réduction
expérimentale de la taille de portée pendant la gestation a un effet positif sur la croissance des
jeunes après la naissance.
4- Interactions hôte-parasite (L. ELARD, C. TIRARD, J. GASPARINI, A. FRANTZ)
Nous étudions les stratégies anti-parasitaires dans les sociétés animales. La vie en société favorise la
propagation des parasites et l’infection rapide d’un grand nombre d’individus, en raison de leur
proximité génétique et/ou physique. De fait, les pressions sélectives exercées par les parasites ont
entrainé l’évolution de toute une gamme de mécanismes de défense chez les insectes sociaux, allant
de réponses immunitaires individuelles à une sorte d’immunité sociale (comportements hygiéniques,
organisation de la société...). Par exemple, nous avons montré, en collaboration avec l’équipe
« Evolution des sociétés animales », que les niveaux de défenses immunitaires pouvaient être ajustés
lors de conflits sociaux à l’intérieur de colonies de fourmis (ACL11), ou en fonction du travail réalisé
par l’individu (ACL12). Chez la fourmi Cataglyphis cursor, les ouvrières se préparant à sortir du nid
pour effectuer des activités de fourragement subissent un ajustement prophylactique de leur niveau
de phénoloxydase, enzyme essentielle du système immunitaire des insectes.
3 – Rayonnement et attractivité
Activités d’expertise au niveau international et national :
- Pour l’ANR Jeunes chercheurs, France
- Pour FNRS (Fund for the Scientific Research), Bruxelles, Belgique
- Pour les revues à comité de lectures suivantes:
Animal Behaviour, Ardea, Behavioral Ecology, Behavioral Ecology and Sociobiology,
Behavioural Processes, Biological Journal of the Linnean Society, Biology Letters, BMC
Evolutionary Biology, Ecology letters, Experimental Parasitology, Functional Ecology,
Herpetologica, Ibis, Journal of Avian Biology, Journal of Comparative Physiology part B,
Journal of Evolutionary Biology, Journal of Field Ornithology, Journal of Ornithology,
Naturwissenschaften, Oecologia, Plos One, Proceedings of the Royal Society B, The American
Naturalist, The Condor, The Journal of Experimental Biology, Revue d'Ecologie (Terre et Vie)
Participation à des comités et conseils scientifiques :
- Membre du conseil scientifique du Palais de la découverte, Paris
- Membres des comités de sélection (puis comité d’experts), section CNU68, de l’Université
Paris 6, Université d’Angers, Université Paris Sorbonne
- Membre du groupe de pilotage de EDD « Education au Développement Durable » pour
l’Académie de Paris
97

4 – Interactions avec l’environnement social, économique et culturel
Notre équipe s’investit pleinement dans les différents stands de la fête de la science qui a lieu
chaque année (1 stand sur la couleur des pigeons et 1 stand sur les fourmis). Par ailleurs, nous avons
utilisé une approche de science participative pour déterminer la fréquence des morphes de pigeons
dans Paris (Couleur de pigeon). Cette approche a été relayée dans « Le Parisien ». En 2008 et 2011,
nous avons participé à une restitution scientifique autour du pigeon en ville et ses méthodes de
régulation avec la collaboration de «Natureparif» en présence de plusieurs élus (dont Fabienne
Giboudeau, adjointe au maire de Paris), d’associations de protection des animaux et de Parisiens. Ces
rencontres ont permis de resituer les discussions à travers un petit guide du pigeon en ville « Ecologie
de la réconciliation et gestion de la nature en ville » à destination du public (à télécharger sur le site
de Natureparif). Notre travail sur les pigeons a également fait l’objet d’un film « Une place pour les
pigeons » réalisé par Amandine Bouche, et sélectionné au Festival International du Film
d'Environnement en février 2012.
De même, nous participons via un chercheur de notre équipe au conseil scientifique du Palais de la
Découverte (Universciences-Paris). Ainsi nous participons à la réflexion menée au sein de ce musée
sur le choix des thèmes à aborder lors des expositions temporaires et permanentes.
Notre équipe est donc bien impliquée dans les interactions avec l’environnement social, économique
et culturel.
5 – Implication dans la formation
L’équipe Ecophysiologie Evolutive formée de 6 enseignants chercheurs, participe activement à la
formation des étudiants en Biologie générale et en Ecologie à tous les niveaux universitaires à
l’U.P.M.C. en licence et en master mais aussi dans le cadre de la formation des maîtres à l’I.U.F.M.
de l’académie de Paris.
Afin de participer au développement de l’enseignement en Ecologie à l’UPMC, nous enseignons ces
notions aussi bien pour les étudiants se destinant aux métiers de l’écologie et de l’environnement en
filière recherche ou professionnelle (Master Ecologie, Biodiversité, Evolution) qu’aux étudiants se
destinant à l’enseignement (master Enseignement préparant au CAPES de SVT).
L’ensemble des membres de notre équipe participent à la rédaction des maquettes d’enseignement
depuis plusieurs années et assure diverses responsabilités pédagogiques et administratives en licence
et master. Par exemple, en master EBE en M1 et M2 à l’U.P.M.C. mais aussi dans d’autres masters
(master« Enseignement – Education – Médiation » - Paris Sorbonne-IUFM, master « Biogéosciences,
spécialité Enseignement » Paris Diderot, master « Sciences et technologie, mention Biologie
moléculaire et cellulaire, spécialité Education et Formation » de l’U.P.M.C.)
Nous accueillons et formons chaque année de nombreux stagiaires au sein de notre équipe dont
plusieurs étudiants en L2, L3, M1 (41 étudiants) et M2 (6 étudiants) de l’UPMC issus pour la plupart
des masters E.B.E. et B.M.C. mais aussi d’autres universités (Université Paris-Sud, Université de
Bourgogne, Université Paris Est Créteil… ) ou écoles (Ecole Normale Supérieure…).
Les membres de l’équipe encadrent et/ou ont encadré 7 étudiants en thèse, dont 4 étudiants qui ont
soutenu, leur permettant pour deux d’entre elles d’obtenir un poste d’ATER à Versailles et
Chambéry. L’une d’entre elles vient d’obtenir une bourse post-doctorale de 2 ans à l’Unversité de
McGill (Montréal, Canada). Parmi les deux autres, l’une est Professeur des Lycées et l’autre après un
post-doctorat postule pour divers postes d’ingénieurs de recherche. A l’heure actuelle, 3 thèses sont
en cours au sein de l’équipe.
Deux collègues ont participé à la rédaction d’ouvrages d’enseignement. Sandrine Meylan au travers
d’un ouvrage de préparation aux concours de recrutement des professeurs des écoles (édition Nathan)
et Claire Tirard dans un ouvrage d’écologie générale pour les étudiants de licence de Sciences de la
vie et d’I.U.T. de biologie (édition Dunod).
98

6 – Vie de l’équipe
Le recrutement de jeunes chercheurs au sein de l’UMR 7625 depuis 5 ans nous a conduits à réorienter
et réorganiser certaines équipes. Nous avons regroupé des membres issus des équipes « Parasitologie
évolutive » et « Changements globaux et processus adaptatifs » travaillant sur des thématiques
semblables au sein d’une nouvelle équipe « Écophysiologie évolutive » officiellement créée le 1er
janvier 2011. L’équipe est actuellement formée de 6 enseignants-chercheurs, de 2 assistants
ingénieurs, et de 4 doctorants. Le CNRS a soutenu la création de l’équipe par l’attribution en 2011
d’un poste NOEMI d’Ingénieur en Techniques Biologiques, afin de renforcer le laboratoire
d’immunologie et de dosages spécifiques (métaux lourds…) et de développer un pôle d’analyses
biochimiques par chromatographie en phase liquide (HPLC).
Afin de proposer un environnement dynamique et collaboratif à l’ensemble des membres de l’équipe,
nous nous retrouvons pour des réunions hebdomadaires le lundi matin en alternant les ordres du jour
scientifique et/ou fonctionnel. Les questions scientifiques sont abordées autour de présentations des
travaux des différents étudiants et doctorants. Nous échangeons sur nos protocoles expérimentaux,
sur nos analyses statistiques et sur l’état de la science dans nos domaines de recherche. Les aspects
fonctionnels et administratifs sont également abordés et les décisions sont prises de façon collective,
qu’il s’agisse par exemple de l’utilisation des moyens mutualisés (laboratoire d’immunologie,
équipements de terrain…) ou de l’utilisation des crédits. Ces réunions permettent de mieux impliquer
nos deux assistantes ingénieurs qui ont exprimé leur volonté de participer à toutes les étapes des
projets scientifiques. Enfin, l’équipe conduit une politique des ressources humaines active en matière
de formation pour l’ensemble de ses membres (formation à l’utilisation d’une HPLC, formation
expérimentation animale niveau 1, niveau chirurgie, formation à l’analyse et au traitement d’images,
formation en hygiène et sécurité), et nous avons décidé de favoriser les co-directions de doctorants.
Au sein de l’équipe, la démarche Qualité-Environnement-Hygiène-Sécurité est assurée par J. Legoupi
qui a souhaité devenir ACMO et valide les conditions de mise en œuvre des projets et les protocoles.
La communication scientifique externe de l’équipe est assurée via notre page web régulièrement
mise à jour avec nos dernières publications et projets, les offres de stages, de thèse et de postes.
La pertinence de la création de notre équipe s’est rapidement concrétisée par un premier projet
rassemblant quatre de ses membres (Émergence UPMC 2011) autour de thématiques émergentes
communes. Ces travaux sont réalisés en collaboration avec une équipe de l'UMR Bioemco (M. Castrec-
Rouelle et E. Aubry), ainsi qu’avec le laboratoire de Spectrométrie de masse et Protéomique de
l’UPMC (IFR83, T. Blasco), dont les compétences et les équipements permettent de mesurer les
métaux lourds et antioxydants avec précision.
99

ARTICLES A COMITE DE LECTURE : ACL :
LISTES DES PUBLICATIONS DANS l’EQUIPE
ACL1- Babin A., Biard C.and Moret Y. (2010) Dietary supplementation with carotenoids improves
immunity without increasing its cost in a crustacean. The American Naturalist 176, 234-241.
ACL2- Biard C., Gil D., Karadas F., Saino N., Spottiswoode C., Surai P.F.and Møller A.P. (2009)
Maternal effects mediated by antioxidants and the evolution of carotenoid-based signals in
birds. The American Naturalist 174, 696-708.
ACL3- Biard C., Hardy C., Motreuil S.and Moreau J. (2009) Dynamics of PHA-induced immune
response and plasma carotenoids in birds: Should we have a closer look? The Journal of
Experimental Biology 212, 1336-1343.
ACL4- Biard C., Saunier N., Gaillard M.and Moreau J. (2010) Carotenoid-based bill colour is an
integrative signal of multiple parasite infection in blackbirds. Naturwissenschaften 97, 987-
995.
ACL5- Biard C., Surai P.F.and Møller A.P. (2007) An analysis of pre- and post-hatching maternal
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expérimentales et technologie - CRPE. Nathan édition.
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immune defense in the queenless ant diacamma sp "Nilgiri". Evolution 62, 123-134.
5- Bocher A., Tirard C.and Doums C. (2007) Phenotypic plasticity of immune defence linked with
foraging activity in the ant Cataglyphis velox. Journal of Evolutionary Biology 20, 2228-2234.
6- Cheron B., Cronin A.L., Doums C., Federici P., Haussy C., Tirard C.and Monnin T. (2011)
Unequal resource allocation among colonies produced by fission in the ant Cataglyphis cursor.
Ecology 92, 1448-1458.
7- Clobert J., Le Galliard J.F., Cote J., Meylan S.and Massot M. (2009) Informed dispersal,
heterogeneity in animal dispersal syndromes and the dynamics of spatially structured
populations. Ecology Letters 12, 197-209.
106

8- Cronin A.L., Monnin T., Haussy C.and Doums C. (2011) Opportunities for mate choice in the
fission-performing ant Cataglyphis cursor. Ecological Entomology 36, 522-525.
9- Fitze P.S., Cote J., San-Jose L.M., Meylan S., Isaksson C., Andersson S., Rossi J.-M.and
Clobert J. (2009) Carotenoid-based colours reflect the stress response in the common lizard.
PLoS One 4, e5111.
10- Massot M., Clobert J., Montes-Poloni L., Haussy C., Cubo J.and Meylan S. (2011) An
integrative study of ageing in a wild population of common lizards. Functional Ecology 25,
848-858.
11- Richard M., Massot M., Clobert J.and Meylan S. (2012) Litter quality and inflammatory
response are dependent on mating strategy in a reptile. . Oecologia 168.
12- White J., Richard M., Massot M.and Meylan S. (2011a) Cloacal Bacterial Diversity Increases
with Multiple Mates: Evidence of Sexual Transmission in Female Common Lizards. Plos One, 6,
e22339.
Rapport d’activité par équipe
1 er janvier 2007-30 juin 2012-06-19
Laboratoire Ecologie et Evolution, UMR 7625
Equipe Evolution des Sociétés Animales, ESA
Responsable équipe et auteur de la fiche : Claudie Doums
Chef d’équipe depuis : septembre 2009
107

LISTE DE TOUTE LE PERSONNEL DE L’EQUIPE PAR ORDRE
ALPHABETIQUE
Responsable équipe : Claudie DOUMS,
Chercheurs et enseignants chercheurs
DOUMS Claudie maître de Conférences Ecole Pratique des Hautes Etudes HDR (juin 2007). Date
d’arrivée : 01/01/1998
MONNIN Thibaud chargé de recherche CNRS HDR (avril 2009) . Date d’arrivée : 01/10/2001
MOLET Mathieu maître de Conférences Université Pierre et Marie Curie. Date d’arrivée : 01/09/2008
PEETERS Christian directeur de recherche CNRS HDR (1993). Date d’arrivée : 01/06/1996
ITA et IATOS
FEDERICI Pierre assistant ingénieur CNRS. Date d’arrivée : 01/11/2002
PERRONNET Romain technicien CNRS. Date d’arrivée : 01/09/ 2010
Post-doctorants et chercheurs invités/associés
CINI Alessandro post-doctorant contrat FISSEN, de 01/2012 au 12/2013
CRONIN Adam post-doctorant contrat ANR « Fission », Australien et Anglais, de 08/2008 à 04/2010
GAUDUCHON Mathias post-doctorant contrat ANR « Fission », de 01/2007 au 07/2007
KELLER Roberto post-doctorant. Fundação Ciência e Tecnologia (FCT) Portugal, de 01/2010 au
12/2012
OKADA Yasukazu chercheur invité contrat JSPS, de 08/2008 au 09/2008
SILLAM-DUSSES David ATER Université Pierre et Marie Curie, de 09/2010 à 08/2012
Doctorants
BOCHER Aurélie Directeur de thèse : Claudie DOUMS & Claire TIRARD Soutenance : 23/10/2007
CHERON Blandine Directeur de thèse : Claudie DOUMS & Thibaud MONNIN Soutenance : 14/12/2009
HELFT Florence Directeur de thèse : Claudie DOUMS & Thibaud MONNIN
LONDE Sylvain Directeur de thèse : Mathieu MOLET & Thibaud MONNIN
MOLET Mathieu Directeur de thèse : Christian PEETERS Soutenance : 07/06/2007
WESTHUS Claudia Directeur de thèse : Claudie DOUMS & Sylvia CREMER
108

CONTRATS DE FINANCEMENT, THESES SOUTENUES ET
COLLABORATIONS SCIENTIFIQUES
Contrats de financements 2007-2012
1 – Programme blanc ANR du 06/11/2006 au 06/05/2010, (coordinateur : T MONNIN). La reproduction
par fission chez les insectes sociaux : évolution, mécanismes et impact écologique. Montant alloué à
l’unité : 200 000 Euros.
2 – Programme Partenariat Hubert Curien (PHC) du 1/1/2009 au 31/12/2010, (coordinateur : C
DOUMS). Division du travail des défenses anti-parasitaires dans les colonies de fourmis. Montant
alloué à l’unité : 6 600 Euros.
3 – Programme blanc ANR du 01/01/2006 au 02/06/2009, (coordinateur : E. DANCHIN). The evolution
of information use in ecology. Montant alloué à l’unité (T. MONNIN) : 10 000 Euros.
4 – Grant-in-Aid for Scientific Research (B, overseas collaboration) du 10/04/2012 au 10/04/2015,
(coordinateur : F. ITO). Evolution and significance of caste dimorphism in Gnamptogenys ants in SE
Asia. Montant alloué à l’unité (C. PEETERS) : 2500 Euros.
Thèses soutenues 2007-2012
1 - CHERON Blandine, Thèse de l’Université Pierre et Marie Curie, Conflits intra-coloniaux chez deux
espèces de fourmis monogynes se reproduisant par fondation dépendante des colonies. Directeurs de
thèse : Claudie DOUMS & Thibaud MONNIN. Soutenance : 14/12/2009.
2 – BOCHER Aurélie, Thèse de l’Université Pierre et Marie Curie, Défenses immunitaires et division du
travail chez les fourmis. Directeurs de thèse : Claudie DOUMS & Claire TIRARD. Soutenance :
23/10/2009.
3 – MOLET Mathieu, Thèse de l’Université Pierre et Marie Curie, De la fondation indépendante à la
fission : Evolution du mode de reproduction coloniale chez les fourmis. Directeur de thèse : Christian
PEETERS. Soutenance : 07/06/2007.
Collaborations scientifiques 2007-2012
1 – Laboratoire Institut of Science and Technology (IST), Vienne, Autriche. S. CREMER
2 – Laboratoire d’Ethologie Expérimentale et Comparée (LEEC), Paris, France. P. D’ETTORE, C.
POTEAUX
3 - Département de Biologie Animale et Génétique, Université de Florence, Florence, Italie. R. CERVO
4 – McGill University, Montreal, Québec, Canada. E. ABOUHEIF
5 – University of Arizona, Tucson, Arizona, USA. D. WHEELER
6 – Arizona State University, Tempe, USA. R. JOHNSON
7 - California Academy of Sciences, San Francisco, USA. B. FISHER
8 – Queen Mary University, Londres, Royaume Uni. L. CHITTKA, N. RAINE
9 - Katholieke Universiteit Leuven, Belgique. J. BILLEN
10 - Kagawa University, Takamatsu, Japon. F. ITO
11 - Granada University, Espagne. A. TINAUT
12 - Kasetsart University, Bangkok, Thailand. D. WIWATWITAYA
13 - Copenhagen University, Danemark. R. ADAMS
14 - Institut de chimie organique et de biochimie, Prague, République Tchèque.
109

TABLEAU BIBLIOMETRIQUE
Titre de la revue Champ
disciplinaire
110
FI
moyen à
5 ans
Classemen
t de la
revue
dans le
champ
Nombre
de publis
Nature Mutidisciplina
ry science
36.23 1/55 1*
Molecular Ecology Ecology 6.35 8/131 1
Ecology Ecology 6.00 19/131 1
Evolution Ecology 5.61 12/131 1
Proceedings of the Royal Society,
Londong
Ecology 5.41 9/131 1
The American Naturalist Ecology 5.28 21/131 2
Plos One Biology 4.54 12/84 2
Frontiers in Zoology Zoology 4.46* 3/146 2
Oecologia Ecology 3.88 31/131 2
Journal of Evolutionary Biology Ecology 3.69 12/131 1
Oikos Ecology 3.60 38/131 1
Animal Behaviour Behavioral
Sciences
3.59 9/47 1
Behavioral Ecology Ecology 3.37 36/131 1
Behavioral Ecology and
Sociobiology
Ecology 3.21 34/131 1
Chemical Senses Behavioral
Sciences
2.84 23/47 1
Journal of Chemical Ecology Ecology 2.76 51/131 3
Myrmecological News Entomology 2.65** 5/85 1
Journal of Insect Physiology Entomology 2.45 9/85 3
Naturwissenschaften Mutidisciplina
ry science
2.43 11/55 6
Biological Journal of Linean
Evolutionary 2.30 29/45 3
Society
Biology
Ethology Behavioral
Sciences
2.18 18/47 2
Ecological Entomology Entomology 2.12 12/85 1
Apidologie Entomology 2.09 7/85 1
Conservation genetics Biodiversity
Conservation
2.05 17/35 1
Insectes Sociaux Entomology 1.63 21/85 7
Sociobiology Entomology 0.58 52/85 2
* Commentaire dans Nature incluant 137 auteurs
** IF 2011 car c'est un journal récent sans impact facteur à 5 ans.

1 – Rappel des objectifs :
RESULTATS & EVOLUTION SCIENTIFIQUES
L'objectif principal du précédent quinquennal était de comprendre les stratégies de
reproduction des sociétés animales aux échelles de l'individu et de la colonie. Chez les insectes
sociaux, la reproduction coloniale présente deux modalités principales. Les jeunes reines s'accouplent
lors d'un vol nuptial et partent fonder seule une nouvelle colonie, c'est la fondation indépendante des
colonies (ICF). Inversement, lors de la fondation dépendante des colonies (DCF), les jeunes reines
après accouplement (souvent près ou dans le nid) partent avec un groupe d'ouvrière pour fonder une
nouvelle colonie. L’existence de ces deux modes constitue potentiellement un modèle d’une
transition évolutive majeure puisque le passage à la DCF se caractérise par une perte totale de
forme solitaire. En effet, lors de l'ICF, une étape cruciale et très sélective pour les reines est la
fondation d'une nouvelle colonie. Cette étape où la sélection agit sur un individu en phase solitaire,
la reine, disparait complètement avec la DCF puisque la reine reste à tous les stades du cycle de vie
entourée d'ouvrières. Si la sélection de parentèle reste un outil puissant pour comprendre l'évolution
des comportements altruistes et prédire les conflits sociaux potentiels dans les sociétés, la
compréhension des stratégies de reproduction nécessite également une prise en compte des
contraintes écologiques et une analyse fine des traits d'histoire de vie. Par une approche théorique,
expérimentale et morphométrique, les objectifs étaient d’analyser (1) les processus de DCF afin de
comprendre les allocations de ressources en conditions naturelles et semi-contrôlées; (2) les conflits
sociaux associés directement ou indirectement à la DCF (liés aux choix des reines ou à la répartition
des individus lors de la DCF) et (3) l'évolution de reproductrices sans ailes. En effet, chez les fourmis,
le passage de l'ICF à la DCF se caractérise par une forte diminution de dispersion femelle puisque la
distance de dispersion est alors limitée par la capacité de marche d'un groupe d'ouvrières.
A l'échelle individuelle, nous nous somme intéressés à l'évolution de la parthénogenèse. La
fourmi Cataglyphis cursor est un modèle particulièrement attractif car chez cette espèce la reine
utilise la reproduction sexuée pour produire les ouvrières et la reproduction asexuée par
parthénogenèse pour produire les nouvelles reines. Ainsi, la reine allie le bénéfice d’une force
ouvrière génétiquement diversifiée, d’autant plus qu’elle s’accouple avec de nombreux mâles, avec
la transmission de tout son patrimoine génétique à la reine suivante ! Le type de parthénogenèse
utilisé conduit au fils des générations à une perte d’hétérozygotie, avec des conséquences similaires
à l’autofécondation, en particulier en termes de dépression de consanguinité. Par ailleurs, les
ouvrières sont également capables de produire des femelles par parthénogenèse. Elles ont donc un
potentiel reproducteur indéniable qui ajoute une dimension supplémentaire aux conflits
reproducteurs qui pourraient exister. La parthénogenèse pourrait donc avoir évoluée par des
pressions de sélections chez les ouvrières, pour permettre par exemple la production de nouvelles
reines suite à la mort de la reine mère ou, dans le cadre de conflits sociaux, permettre l'évolution de
lignées d'ouvrières "égoïstes". La parthénogenèse pourrait aussi avoir évoluée chez la reine pour
l'évitement du classique double coût du sexe. Nous souhaitions donc (4) analyser les coûts et
bénéfices de la parthénogenèse et identifier dans quelle caste, reine ou ouvrière, la parthénogenèse
avait probablement évoluée.
Enfin, un dernier objectif scientifique était de développer une approche d'immunologie
écologique, en mettant l'accent sur l'importance de considérer les défenses anti-parasitaires comme
une des tâches importantes des ouvrières, et de l'analyser dans le cadre de la division du travail qui
est caractéristique des sociétés d'insectes où toutes les ouvrières n'ont par la même propensité à
effectuer les différentes tâches de la colonie (soins au couvains, fourragement, construction du nid
etc...). Dans les sociétés, des comportements sociaux diminuant les probabilités d'infection par un
pathogène jouent un rôle important et définissent une sorte d'immunité sociale. Nous avons donc
étudié (5) les relations entre immunité sociales et individuelles et le rôle de la division du travail.
L’équipe avait également pour objectif d’améliorer ses démarches à vocation pédagogique et
culturelle. Les insectes sociaux représentent un groupe d’insectes particulièrement important de part
sa biomasse et son rôle clé au sein des écosystèmes. Par ailleurs, un certain nombre de ces insectes
sociaux sont des pollinisateurs indispensables à différentes activités économiques humaines. Il nous a
donc apparu important de faire prendre conscience non seulement de l’importance de ces insectes
111

sociaux, mais également de mieux faire connaître leur diversité et leurs caractéristiques au grand
public.
2 – Principaux résultats scientifiques :
(1) Stratégies d’allocation des ressources lors de la DCF : un suivi important et sans doute le plus
conséquent mené à ce jour chez des fourmis se reproduisant par DCF a permis de montrer que les
colonies se reproduisent en se divisant, en moyenne, en quatre colonies filles de tailles très variables
(variant jusqu’à un facteur 25 !) (Figure 1). L’allocation des ressources aux colonies filles est donc
beaucoup plus variable que chez les deux autres espèces étudiées (abeille domestique et fourmis
légionnaires). Cette variation pourrait correspondre à une stratégie de répartition des risques (bethedging)
ou à un manque d’information des ouvrières qui allouent les ressources (c.-à-d. transportent
les larves et ouvrières vers les colonies filles) (ACL7). Une expérimentation en milieu semi-contrôlé a
montré que la présence de colonies compétitrices n’affectait pas les stratégies d’allocation des
ressources lors de la DCF (ACL14). Pour ces expérimentations, nous avons développé un concept
nouveau de mésocosmes à fourmis, original à ce jour, qui est constitué d’un enclos métallique de 3,7
m de diamètre (11 m²) et 1 m de haut, rempli d’un mélange terre-sable jusqu’à mi hauteur.
Figure 1 : cartographie de la zone d’étude. Les points noirs indiquent les colonies de C. cursor et les
points colorés indiquent les colonies étudiées. Les lignes joignent les colonies (points centraux,
numérotés) aux colonies filles produites par DCF (points externes).
(2) Causes et mécanismes du passage de l’ICF à la DCF : la collecte de colonies de fourmis
Rhytidoponera le long de la côte est australienne couplée à des modèles mathématiques a permis
d’étudier l’effet d’un gradient tropical-tempéré sur la stratégie de reproduction coloniale (ACL31).
Chez ces fourmis, les colonies se reproduisent par ICF grâce aux reines ailées (Figure 2 en rose) ou
par DCF grâce à des ouvrières accouplées (Figure 2 en marron). A mesure que l’on progresse vers le
milieu tempéré, la proportion de colonies se reproduisant par ICF diminue car les hivers rigoureux
rendent la survie des reines solitaires difficile. Bien que les colonies produisent moins de reines
ailées, celles-ci sont de meilleure qualité. Elles disposent donc de réserves plus importantes pour
survivre à l’ICF. Les ouvrières diminuent aussi en taille ce qui permet aux reines d’en produire un plus
grand nombre. Ainsi l’ICF est maintenue dans les latitudes tempérées plus longtemps qu’on ne
l’aurait prédit, et ceci parce que le passage à la DCF signifie une perte de la dispersion à longue
distance qui serait très coûteuse évolutivement.
112

113
Figure 2 : schémas du changement
de stratégie de reproduction
coloniale avec la latitude. Du nord
au sud, les colonies augmentent la
qualité des reines ailées au prix de
leur quantité afin de maintenir
l’ICF et la dispersion à longue
distance, tout en se reproduisant
de plus en plus par DCF. Dans le
sud, la survie des reines est si
faible qu’elles ne sont même plus
produites.
(3) Les conflits sociaux : Lors de la DCF, le nombre de nouvelles reines produites est souvent plus
grand que le nombre de jeunes colonies. Ceci génère des stratégies de choix et de compétition des
reines pour l’obtention de la colonie. Un problème similaire s’observe en situation de perte de la
reine mère. Chez Aphaenogaster senilis (espèce mononandre) la compétition entre reine est résolue
par la production de peu de nouvelles reines et toujours de façon asynchrone, laissant ainsi un
avantage quasi systématique à la première reine produite pour prendre la tête de la colonie (ACL8).
Cette minimisation des conflits sociaux a également été observée chez la guêpe Polistes dominulus
mais dans un contexte différent de compétition entre reines subordonnées et ouvrières pour la
reproduction directe (ACL34). La DCF peut également générer des conflits chez les espèces où
différentes lignées paternelles ou maternelles d’ouvrières coexistent, lorsque les différentes lignées
se répartissent dans les colonies filles en emmenant leur nouvelle reine. Chez la fourmi polyandre C.
cursor, la répartition des lignées paternelles apparaît être différente principalement entre colonies
filles et la colonie mère (C-COM33). Si la colonie mère disparaît lors de la DCF, il n’y a alors plus de
différences de distribution de lignées paternelles entre les nids issus de la DCF. Ceci suggère que ces
différences sont plus liées à des propensions plus ou moins grandes des ouvrières à quitter le nid qu’à
l’existence de conflits entre lignées paternelles.
(4) Evolution de reproductrices sans ailes : une fois que l’ICF a été remplacée par la DCF, les reines
n’ont plus besoin des structures associées à la dispersion par le vol (ailes, thorax, ocelles) et à la vie
solitaire (réserves métaboliques sous forme de muscles alaires et de graisse). Des reines sans ailes ont
ainsi évolué à de nombreuses reprises de manière indépendante soit par dérive soit par sélection pour
l’économie (ACL39). Ainsi on trouve une grande diversité de reines sans ailes et d’organisations
coloniales associées. Deux grands syndromes sont les reines sans ailes spécialisées dans la
reproduction uniquement (Odontomachus coquereli : ACL29), et les reines sans ailes polyvalentes
(Mystrium : ACL30, ACL28, ACL32, Figure 3). Les reines sans ailes sont en fait des mosaïques de reines
ailées et d’ouvrières, et nous suggérons qu’elles évoluent à partir de rares anomalies
développementales mosaïques appelées intercastes qui survivent dans les colonies et y apportent des
bénéfices (ACL33). Cette hypothèse sera présentée dans la section projet et fait l’objet d’un
financement ANR débutant en 2013.
Figure 3 : dans les colonies de Mystrium, les
reines sans ailes naines (rougeâtres) peuvent soit
s’accoupler et se reproduire soit s’occuper des
larves, tandis que les ouvrières (noires) se
focalisent exclusivement sur la chasse et la
défense du nid.

(5) Stratégies de reproduction individuelle : nous avons récemment montré une variation du taux de
thélytoquie par les reines entre populations et colonies, indiquant une utilisation facultative de la
thélytoquie qui est associée à de forts taux de consanguinité des reines et à un coût lié à la
production de mâles diploïdes (C-COM29; C-COM13). Par ailleurs, l’utilisation de la thélytoquie par les
ouvrières semble rare en population naturelle (Doums et al. soumis). Par ailleurs, en condition
orpheline, les conflits reproducteurs sont peu intenses (ACL12) et la majorité des lignées d’ouvrières
produise des jeunes reines (ACL9). Il semble donc que la thélytoquie ait plutôt été sélectionnée chez
les reines car elle permet d’éviter le double coût du sexe et les conflits liés à la DCF, vu
précédemment, sans pour autant se fixer sans doute de par la consanguinité qu’elle impose. Par
ailleurs, nous avons aussi mis l’accent sur le rôle potentiel des mâles dans un tel système où ils ne
transmettent leurs gènes que lorsque les jeunes reines sont produites par thélytoquie des ouvrières
ou par reproduction sexuée de la reine. L’accouplement multiple non seulement des reines mais aussi
des mâles (ACL17) laisse supposer que des processus de sélection sexuelle pourraient être à l’œuvre
chez cette espèce. Cet aspect sera développé dans le projet.
(6) Division du travail et défenses anti-parasitaires : les résultats obtenus sur cet axe de recherche
sont issus d’une collaboration avec Claire Tirard de l’équipe Ecophysiologie et d’une collaboration
avec Sylvia Cremer de l’IST (Autriche). Nous avons pu mettre en évidence une augmentation de
l’investissement immunitaire pour les fourrageuses qui doivent sortir à l’extérieur du nid chez la
fourmi Cataglyphis velox (ACL4) mais cet effet ne se retrouve pas chez l’espèce proche C. cursor
(ACL21). Des études récentes ont montré le rôle des comportements sociaux dans la résistance contre
les pathogènes. Les résultats récents obtenus par la doctorante Claudia Westhus ont montré
l’existence d’une division du travail pour un comportement hygiénique important lié à l’évacuation
des déchets mais n’ont pas mis en évidence de lien entre comportements et défenses physiologiques
(C-COM34).
3 – Rayonnement et attractivité scientifique
- Collaborations internationales avec 8 équipes étrangères : Sylvia Cremer (Université de
Regensburg (Allemagne) et Institut des Sciences et Technologie (Autriche)) : 1 co-tutelle de thèse;
Brian L. Fisher (California Academy of Sciences, San Fransisco); Lars Chittka / Nigel Raine (Queen
Mary University, Londres); Fuminori Ito (Kagawa University, Japon); Diana Wheeler (University of
Arizona, Tucson); Ehab Abouheif (Université Mc Gill, Montréal); Rita Cervo (Université de Florence,
Italie) ; Robert Johnson (Arizona State University, Tempe).
- Expertise scientifique : 7 rapports d’évaluations pour 2 agences nationales et 5 internationales :
NSF (USA); FNRS (Belge); ISF (Israel); CSIC (Doñana, espagne); NRF (Afrique du Sud) ; Ecos et ANR
(France) et environ 40 manuscripts/an pour 36 journaux de rang A (ex: American Naturalist, Animal
Behaviour, Behavioral Ecology and Sociobiology, Ecology, Evolution, Evolutionary Ecology, Molecular
Ecology, PLoS ONE, Proceedings of The Royal Society London B)
- Organisation du congrès national de l'Union Internationale pour l'Etudes des insectes sociaux
- Membres de comité: 4 HDR ; 9 thèses ; membre extérieur au conseil de l’école doctorale STIFF de
Dijon.
- Deux conférences invitées dans des congrès internationaux et trois conférences invitées dans des
instituts internationaux
4 - Interactions avec l’environnement social, économique et culturel
- Partenariat avec le privé pour une production cinématographique :
C. Peeters est l'auteur scientifique (choix des espèces, scénarios, dialogues) d'une collection de films
de diffusion scientifique, avec Kantep Studio. Deux films ont déjà été réalisés (Nous, les fourmis…
Chasseuses solitaires (coproduction CNRS Images); Nous, les fourmis… Au début, la reine).
- Contrat d’édition :
114

Monnin T., Espadaler X., Lenoir A., Peeters C., (2013) Guide des fourmis communes de France. Belin,
ca 90p (sous presse)
- Collaborations avec des institutions culturelles :
- C. Peeters a été conseiller scientifique pour l'exposition “Le Termite et la Fourmi” (février-août
2008) du Palais de la découverte à Paris (332000 entrées payantes).
- C. Peeters est intervenu dans le documentaire « Vivre en enfer : Créatures du chaud », réalisateur
Vincent Amouroux (Mona Lisa productions), Arte octobre 2011.
- Avec l’aide de Pierre Fédérici, nous avons conçus des modèles de nids de fourmis offrant une vision
complète de l’intérieur du nid en restant au plus près des conditions naturelles. Ces nids ont été
utilisés chaque année pour la fête de la science ainsi qu’au jardin méditerranéen du mas de la Serre
de Banyuls-sur-Mer qui a récemment été réhabilité et ouvert au public. Les mésocosmes (voir §2.1)
conçus par notre équipe pour nos expérimentations en condition semi-naturelles sont également
utilisés dans le parcours proposé par le jardin. T. Monnin a mis en place des panneaux explicatifs qui
ont été installés pour illustrer nos activités de recherche au grand public.
- Nous sommes également conviés à donner des conférences grand public dans le cadre de différentes
organisations (MM :4, CD:1, CP:2).
5 – Implication dans la formation
Depuis janvier 2007, notre équipe a accueilli 30 étudiants en Master et 7 doctorants et quelques
étudiants en Licence. Nous prenons des Masters, non seulement venant de Paris VI, mais également
d’autres universités (Bordeaux, Dijon, Tours, Paris 13), institutions (EPHE) et grandes écoles
(AgroParisTech, ENS). Trois des quatre chercheurs de l’équipe possèdent la HDR (Mathieu Molet
devrait pouvoir la soutenir lors du prochain plan quinquennal et sera fortement soutenu par l’équipe
dans sa démarche) et deux des chercheurs (M. Molet et C. Doums) ont suivi la formation
d’encadrement doctoral proposé par Paris VI. Tous nos doctorants sont suivis par des comités de
thèses (généralement deux ou trois sur la durée de la thèse). Par ailleurs, la participation régulière
des doctorants et masters aux réunions d’équipe leur permet de présenter leurs travaux aux
personnels de l’équipe. Nous participons également à des réseaux de formation internationaux par
l’encadrement d’étudiants étrangers en stage (Ecole Normale de Pise, étudiants Erasmus d’Helsinki et
de Manchester) et par la mise en place d’une co-tutelle de thèse (C. Doums avec l’Université de
Regensburg).
L’équipe a conçu et coordonné des formations sur les sociétés d’insectes en master 2 : 6 cours/TD et
un TP d’une semaine. M. Mollet a mis en place un parrainage de projets scientifiques en écoles : trois
classes de primaire ont été suivies dans la conception de projets sur les fourmis, incluant
documentation, dessins, construction de nids, sessions de récolte et d’observation de fourmis dans la
nature, élevage de fourmis dans la classe, discussions et réponses aux questions.
6 – Vie de l’équipe
Pendant le précédent plan quinquennal, le projet scientifique porté en grande partie par l’ANR
« Fission » a permis de regrouper autour d’objectifs communs toutes les personnes de l’équipe, tout
en gardant une autonomie scientifique des trois chercheurs permanents. La complémentarité de nos
compétences a fortement favorisé cette synergie qui s’est en autre traduite par une publication de
synthèse impliquant tous les chercheurs et qui sortira en 2013 dans Annual Review of Entomology.
L’arrivée de Mathieu Molet en 2008 a permis de renforcer ce projet en développant une approche de
morphométrie évolutive. Nous avons également mis une priorité pour le développement de ses
nouveaux projets de recherche sur l’évolution des nouveaux phénotypes chez les fourmis en le
soutenant dans sa demande d’ANR jeune chercheur, qui a été un succès, et implique des
problématiques d’Evo-Devo complètement nouvelles (développées dans le projet d’équipe).
Ce projet scientifique est soutenu par des réunions d’équipe mensuelles qui portent à la fois sur des
aspects administratifs et logistiques, et sur une discussion scientifique dont le support peut être une
présentation de résultats ou d’un article scientifique. Ces réunions permettent également aux ITA de
l’équipe de se tenir au courant des différents projets scientifiques et de se sentir impliqués dans la
recherche (y compris ceux des autres équipes avec lesquels nous travaillons).
115

Les techniciens ou ingénieurs impliqués dans nos projets de recherche sont signataires des
publications si leur contribution est importante. Ils participent également à nos missions de terrain
afin qu’ils puissent avoir une meilleure connaissance des espèces sur lesquelles ils travaillent. Nous
proposons également de suivre certains congrès nationaux (Romain Péronnet a ainsi participé au
congrès de la section française de l’IUSSI) ainsi que des formations (anglais et formation à
l’immunohistochimie et l’hybridation in-situ sur des larves de fourmis au laboratoire pour R.
Péronnet). L’importance scientifique de nos élevages et leur besoin d’entretien a justifié le
recrutement d’un technicien animalier qui possédait également des compétences techniques
d’immunohistochimie très importantes pour les projets que l’on souhaite développer (voir projet
d’équipe). L’arrivée de ce technicien a largement favorisé la gestion commune des élevages
(construction des nids, nourritures, gestion des pièces etc..).
Enfin, nous tenons régulièrement à jour le site internet de notre équipe en y rajoutant les
publications et les propositions de stages
116

LISTES DES PUBLICATIONS 2007-2012 DANS L’EQUIPE
Articles dans des revues internationales ou nationales avec comité de
lecture (ACL)
1. Abbot P., and 136 other authors including Monnin T. (2011) Inclusive
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6. Peeters C., Wiwatwitaya D., (2012) Weaver ants - the marvellous architects. Asian Geographic,
92, 92-95
Autres productions (AP)
Réalisation d'une collection de films de diffusion scientifique, avec Kantep Studio
Des fourmis animées pour vulgariser écologie et évolution: 2 films de 8 mins
Nous, les fourmis… Chasseuses solitaires (coproduction CNRS Images)
Nous, les fourmis… Au début, la reine
122

3. Fiche résumée des Equipes
a. « Changements Globaux et Processus Adaptatifs » 125
b. « Eco-Evolution Mathématique » 129
c. « Ecologie des Populations et des Communautés » 135
d. « Ecophysiologie Evolutive » 139
e. « Evolution des Sociétés Animales » 143
123

124

Vague D :
Campagne d’évaluation 2012 - 2013
Unité de recherche
1.2. Fiche-résumé de l’entité
Equipe Changements Globaux et Processus Adaptatifs
__________________________________________________________________________________
Intitulé de l’unité : Ecologie & Evolution, UMR 7625
Nom du Directeur de l’unité : Bernard Cazelles
Nom du responsable de l’équipe : Manuel Massot
__________________________________________________________________________________
Effectifs de l’entité
5 enseignants-chercheurs ; 2 chercheurs ; 4 techniciens, ingénieurs et autres personnels ; 2 post docs
et doctorants.
Personnels ayant quitté l’entité pendant le contrat en cours
6 statutaires (269 mois) ; 4 doctorants (132 mois) ; 2 post-docs (36 mois).
Nombre de recrutements réalisés au cours de la période considérée et origine des personnels
Recrutement d’une Maître de Conférences UPMC qui était en post-doctorat
__________________________________________________________________________________
Production scientifique au cours de la période écoulée (1 er janvier 2007 – 30 juin 2012) :
1) Inhibition de la dispersion chez le lézard vivipare en réponse au réchauffement climatique (Massot
et al. 2008, Global Change Biology). Seulement 3 autres études ont testé l’impact du changement
climatique sur la dispersion bien qu’il s’agisse d’une réponse critique pour le devenir des espèces.
2) Proposition d’une nouvelle théorie pour expliquer le paradoxe évolutif lié à l’existence de la vie
post-reproductive et test sur 11 lignées clonales de collemboles (Tully et Lambert 2011, Evolution).
3) Illustration de la puissance des approches intégratives dans l’étude du processus complexe de
vieillissement et mise en évidence d’un coût de reproduction à l’origine de la sénescence (Massot et
al. 2011, Functional Ecology).
4) Résultat novateur d’une relation entre dispersion et système de reproduction à une échelle intrapopulationnelle
(Laloi et al. 2009, Ecology Letters).
125

5) Comparaison d’estimateurs de la sélection sexuelle qui ont montré d’importantes divergences.
Cette étude souligne la prudence nécessaire pour comparer différentes études et espèces (Fitze et Le
Galliard 2011, The American Naturalist).
__________________________________________________________________________________
Bilan quantitatif des publications de l’entité
65 publications :
- 56 articles dont 64 % dans le premier quartile de la discipline ‘ECOLOGY’ d’ISI Web, 18 % dans le
second quartile et 18 % dans le troisième quartile.
- 5 chapitres de Livre
- 4 articles de vulgarisation
______________________________________________________________________________________
Indiquer les 5 publications majeures de l’entité :
Clobert J., Le Galliard J.-F., Cote J., Meylan S., and Massot M. (2009) Informed dispersal,
heterogeneity in animal dispersal syndromes and the dynamics of spatially structured populations.
Ecology Letters, 12, 197-209.
Fitze P.S., and Le Galliard J.-F. (2011) Inconsistency between different measures of sexual
selection. The American Naturalist, 178, 256-268.
Laloi D., Richard M., Fédérici P., Clobert J., Teillac-Deschamps P., and Massot M. (2009)
Relationship between female mating strategy, litter success and offspring dispersal. Ecology
Letters, 12, 823-829.
Massot M., Clobert J., and Ferrière R. (2008) Climate warming, dispersal inhibition and extinction
risk. Global Change Biology, 14, 461-469.
Tully T., and Lambert A. (2011) The evolution of reproductive lifespan as an insurance against
indeterminacy. Evolution, 65, 3013-3020.
__________________________________________________________________________________
Indiquer au maximum 5 faits illustrant les interactions de l’entité avec son environnement socioéconomique
ou culturel :
Interview de T. Tully à l'émission de la radio suisse romane (2 septembre 2011, “A quoi sert la
ménopause?” http://www.rsr.ch/#/la-1ere/programmes/impatience/?date=02-09-2011)
___________________________________________________________________________________
Indiquer les principales contributions de l’entité à des actions de formation :
- D LALOI responsable UE de 1ère année de Master Education et Formation de l’UPMC
- D LALOI co-responsable UE de 1ère année de Master spécialité Ecologie Biodiversité Evolution de
l’UPMC
- D LALOI responsable de 2 UE de 2ème année de Master spécialité Ecologie Biodiversité Evolution
de l’UPMC
- T TULLY responsable de l'UE ‘démarches et outils pédagogiques’ du M2 Education et Formation
SVT de l'Université Paris 6
- T TULLY responsable de l'UE ‘Transpositions didactiques’ du M2 EFSVT de Paris 7
- T TULLY responsable d'un semestre du parcours ‘initiation à la recherche’ en développement
durable de M2 formation des maîtres à l'IUFM de Paris
- J-F LE GALLIARD responsable de l’UE ‘Ecologie-Evolution’ de la Licence interuniversitaire de
l’Ecole Normale Supérieure de Paris
126

Vague D :
Campagne d’évaluation 2012 - 2013
Unité de recherche
1.2. Fiche-résumé de l’entité
Global Change and Adaptative Process Team
__________________________________________________________________________________
Department: Ecologie & Evolution UMR 7625
Department Head: Bernard Cazelles
Team Leader: Manuel Massot
__________________________________________________________________________________
Effectifs de l’entité (au début du contrat en cours ; préciser si l’entité a été créée au cours de la
période d’évaluation)
5 Assistant professors; 2 researchers; 4 technicians and engineers ; 2 post-docs and PhDs.
Personnels ayant quitté l’entité pendant le contrat en cours (et nombre de mois cumulés passés
dans l’entité au cours de cette période)
6 permanent members (269 months) ; 4 PhDs (132 months) ; 2 post-docs (36 months).
Nombre de recrutements réalisés au cours de la période considérée et origine des personnels
(Préciser l’affiliation et le statut précédent.)
Recruitment of an Assistant professor UPMC who was previously a post-doc
__________________________________________________________________________________
Production scientifique au cours de la période écoulée (1 er janvier 2007 – 30 juin 2012) :
Indiquer les résultats majeurs obtenus par l’entité (une à trois lignes par résultat, au maximum 5
résultats majeurs). Ces résultats peuvent correspondre à tout type de production scientifique ou
technique (publications, brevets, licences, logiciels, etc.).
1) Inhibition of dispersal in the common lizard in response to the climate warming (Massot et al.
2008, Global Change Biology). Only 3 other studies tested the impact of the climate warming on
dispersal although this is a critical response of species for their fate.
2) Proposal of a new thory to explain the evolutive paradox of the post-reproductive life and test on
11 clones of a collembola (Tully et Lambert 2011, Evolution).
3) Illustration of the power of integrative approaches in the study of the complex process of ageing
and finding of a reproductive cost as a cause of senescence (Massot et al. 2011, Functional Ecology).
4) Pioneering result of a relationship between dispersal and mating system at the individual level
(Laloi et al. 2009, Ecology Letters).
127

5) Comparison of estimates of sexual selection that showed inconsistencies. This study underscores
the need for caution when comparing studies and species (Fitze et Le Galliard 2011, The American
Naturalist).
__________________________________________________________________________________
Bilan quantitatif des publications de l’entité
65 publications :
- 56 papers with 64 % in the first quartile of the category ‘ECOLOGY’ in Web of Knowledge, 18 % in
the second quartile and 18 % in the third quartile.
- 5 book chapters
- 4 general audience papers
______________________________________________________________________________________
Indiquer les 5 publications majeures de l’entité :
Clobert J., Le Galliard J.-F., Cote J., Meylan S., and Massot M. (2009) Informed dispersal,
heterogeneity in animal dispersal syndromes and the dynamics of spatially structured populations.
Ecology Letters, 12, 197-209.
Fitze P.S., and Le Galliard J.-F. (2011) Inconsistency between different measures of sexual
selection. The American Naturalist, 178, 256-268.
Laloi D., Richard M., Fédérici P., Clobert J., Teillac-Deschamps P., and Massot M. (2009)
Relationship between female mating strategy, litter success and offspring dispersal. Ecology
Letters, 12, 823-829.
Massot M., Clobert J., and Ferrière R. (2008) Climate warming, dispersal inhibition and extinction
risk. Global Change Biology, 14, 461-469.
Tully T., and Lambert A. (2011) The evolution of reproductive lifespan as an insurance against
indeterminacy. Evolution, 65, 3013-3020.
__________________________________________________________________________________
Indiquer au maximum 5 faits illustrant les interactions de l’entité avec son environnement socioéconomique
ou culturel :
Interview of T. Tully to the radio suisse romane (2 september 2011, “A quoi sert la ménopause?”
http://www.rsr.ch/#/la-1ere/programmes/impatience/?date=02-09-2011)
___________________________________________________________________________________
Indiquer les principales contributions de l’entité à des actions de formation :
- D LALOI in charge of 1 UE of the first year of the Master Education et Formation, UPMC
- D LALOI co-head of 1 UE of the first year of the Master Ecologie Biodiversité Evolution, UPMC
- D LALOI in charge of 2 UE of the second year of the Master Ecologie Biodiversité Evolution, UPMC
- T TULLY in charge of UE ‘démarches et outils pédagogiques’ of the Master2 ‘Education et
Formation SVT’, University of Paris 6
- T TULLY in charge of UE ‘Transpositions didactiques’ of the Master2 EFSVT, University of Paris 7
- T TULLY in charge of a semestre in the cursus ‘initiation à la recherche’ in Sustainable
development of the Master2 ‘Formation des maîtres’, IUFM de Paris
- J-F LE GALLIARD in charge of the UE ‘Ecologie-Evolution’ of the Licence interuniversitaire of the
Ecole Normale Supérieure of Paris
128

Vague D :
Campagne d’évaluation 2012 - 2013
Unité de recherche
1.2. Fiche-résumé de l’entité
Equipe Eco-Evolution Mathématique
__________________________________________________________________________________
Intitulé de l’unité : Ecologie & Evolution UMR 7625
Nom du Directeur de l’unité : Bernard Cazelles
Nom du responsable de l’équipe : Régis Ferrière
__________________________________________________________________________________
Effectifs de l’entité :
7 statutaires recherche/enseignement : 4 enseignants-chercheurs (Bernard Cazelles, David Claessen,
Régis Ferrière, Amaury Lambert) ; 3 chercheurs (Silvia De Monte, Frantz Depaulis, Minus van Baalen).
3 techniciens, ingénieurs et autres personnels (Sandrine Adiba, Stéphane Legendre, Bruno Verdier).
14 post docs et doctorants (post-docs : Ben-Ari, Burgarella, Evans, Lopez-Sepulcre, Navascues, Ward;
doctorants : Aguilée, Ballesteros, Ben Ari, Camacho, Carval, Gauzens, Lion, Pocheville).
Personnels ayant quitté l’entité pendant le contrat en cours :
2 statutaires (Amaury Lambert, Bruno Verdier) ; 9 doctorants (288 mois) ; 5 post-docs (116 mois).
Nombre de recrutements réalisés au cours de la période considérée et origine des personnels :
Jean-Baptiste André. Recrutement CNRS CR2. Origine : post-doctorant Queens University.
Andres Lopez-Sepulcre. Recrutement CNRS CR2. Origine : post-doctorant UMR 7625 et UC Riverside.
Tom Van Dooren. Recrutement CNRS CR1. Origine : professeur-assistant, Leiden University.
__________________________________________________________________________________
Production scientifique au cours de la période écoulée (1 er janvier 2007 – 30 juin 2012) :
1) Mise en évidence et analyse de l’influence des changements environnementaux à grande échelle
sur les dynamiques non-linéaires de populations. Applications à des cas d’importance globale :
pêcheries et épidémies (grippe, HIV, Dengue).
2) Généralisation de la théorie des dynamiques adaptatives aux populations structurées et aux
populations finies. Développement d’une classification générale des rétroactions éco-évolutives en
fonction des caractéristiques écologiques de régulation démographique (densité-dépendance).
129

3) Nouvelles applications des modèles de dynamiques adaptatives : prédictions d’évolution et
diversification de la virulence prenant en compte les dynamiques intra et inter-hôtes du pathogène
et la dynamique immunitaire de l’hôte ; conditions de stabilité éco-évolutive des mutualismes.
4) Extension des théories classiques de la spéciation aux paysages dynamiques. Généralisation écoévolutive
de la théorie métabolique et prédictions des patrons de spéciation et diversité à grande
échelle. Mise en évidence chez les primates de la conservation des gènes sous sélection positive.
5) Nouveaux développements de la théorie des jeux évolutionnaires et applications à l’étude des
mécanismes de l’évolution de la coopération chez l’homme et les animaux non-humains. Remise en
question des modèles d’évolution culturelle et proposition d’hypothèses alternatives.
____________________________________________________________________________
Bilan quantitatif des publications de l’entité (2007-2012)
114 articles ont été publiés par les membres de l’équipe dans des revues internationales référencées
durant la période contractuelle écoulée.
70 articles, soit près des deux tiers de la production d’EEM, sont parus dans des revues de facteur
d’impact supérieur à 4.
Quatre membres de l’équipe ont un h-index supérieur à 15 (Bernard Cazelles 19, Regis Ferriere 24,
Minus van Baalen 17, Tom Van Dooren 16).
______________________________________________________________________________________
Indiquer les 5 publications majeures de l’entité :
§ Enard D, Depaulis F, Roest Crollius H (2010) Human and non-human primate genomes share
hotspots of positive selection. PLoS Genetics 6: e1000840.
§ Kausrud KL, Mysterud A, Steen H, Vik JO, Østbye E, Cazelles B, Framstad E, Eikeset AM, Mysterud
I, Solhøy T, Stenseth NC (2008) Linking climate change to lemming cycles. Nature 456 : 93-98.
§ Lion S, van Baalen M (2008) Self-structuring in spatial evolutionary ecology. Ecology Letters 11:
277–295.
§ Stegen JC, Enquist BJ, Ferriere R (2009) Advancing the metabolic theory of diversity. Ecology
Letters 12: 1001-1015.
§ d’Ovidio F, De Monte S, Alvain S, Dandonneau Y, Levy M (2010) Fluid dynamical niches of
phytoplankton types. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 107: 18366-18370.
__________________________________________________________________________________
Indiquer au maximum 5 documents majeurs :
§ Développement des logiciels ULM et ZEN de simulation de dynamiques des populations et
dynamiques éco-évolutives.
§ Documentation technique associée à la création de l’Unité Mixte de Service ENS-CNRS
CEREEP-ECOTRON IleDeFrance et à l’inscription de l’ECOTRON en TGE-TGIR : Cahier des Charges ;
Dossiers de Définition ; Dossiers de Production ; Plan de Maintenance ; Plan de Valorisation
Industrielle (contrat de collaboration avec industriel partenaire, trois déclarations d’invention).
__________________________________________________________________________________
Indiquer au maximum 5 faits illustrant le rayonnement ou l’attractivité académiques de l’entité :
§ EEM entretient plus de 40 collaborations actives nationales (hors UMR 7625) et
internationales. Accueil de 18 séjours de recherche, dont 2 professeurs en année sabbatique
(Sylvie Méléard, Ecole Polytechnique, 2007 ; Frédéric Guichard, McGill University, 2008) et 6 postdoctorants.
§ Les membres d’EEM ont donné 30 conférences invitées dans le cadre de workshops et colloques
internationaux (sans compter les séminaires de laboratoires et réunions de groupes de travail).
Organisation de 4 colloques internationaux (et d’écoles thématiques internationales – voir plus loin
rubrique « actions de formation ») : Biology and Game Theory (UPMC, Paris, 4-6/11/2010); MINT :
130

Microbes in interaction (Institut des Systèmes Complexes Ile-de-France, Paris, 1-2/07/2010); Ecotron-
Based Experimental Research on Complex Ecological Systems (EU workshop, Montpellier, 9-
11/7/2009); From Genes To Ecosystems: How Do Ecological And evolutionary Processes Interact
In Nature? (NSF-CNRS, Biosphere2-University of Arizona, 11-15/11/2009).
§ EEM équipe coordinatrice ou équipe partenaire dans 18 contrats de recherche, dont 5
contrats européens (FP6 et FP7) et 1 contrat nord-américain (NSF). Participation à 3 Groupements
de Recherche CNRS et coordination ou partenariat de 18 contrats de recherche, dont 5 contrats
européens (FP6 et FP7) et 1 contrat nord-américain (NSF FIBR).
§ Fonctions d’Editeur Associé pour les revues : Ecology Letters, Evolution, Evolutionary Ecology,
Proceedings of the Royal Society London B, Journal of Evolutionary Biology, Animal Biology,
Infectious Diseases : Research and Treatment, Chaos, Solitons & Fractals.
§ Nomination d’un membre d’EEM à l’Institut Universitaire de France.
__________________________________________________________________________________
Indiquer au maximum 5 faits illustrant les interactions de l’entité avec son environnement socioéconomique
ou culturel :
§ Direction et direction-adjointe de l’UMR 7625 (depuis 2005). Création et direction (2008-
2010) de l’UMS 3194 « Centre de Recherche en Ecologie Expérimentale et Prédictive (CEREEP) –
ECOTRON IleDeFrance ».
§ Participation aux Commissions de Spécialistes et Comités de Sélection (CNU section 67) de
l’UPMC et de l’ENS. Présidence de la Commission puis du Comité de l’UPMC depuis 2006.
Réprésentation aux commissions et comités de l’ENS depuis 1997.
§ Services d’expertise auprès de la fondation canadienne pour l’innovation FCI, de l’agence interétablissements
de recherche pour le développement (AIRD), de l’Alliance AVIESAN dans le Groupe
FONDAVA.
§ Représentation au Conseil Scientifique du Parc National du Mercantour.
§ Interactions avec les médias nationaux : participation à des émissions audiovisuelles culturelles,
interviews pour la presse scientifique. Participation à des manifestations grand-public : Fête de la
Science, conférences « année Darwin » en 2009 ; cycle de conférences de l’ENS sur la biodiversité en
2011.
___________________________________________________________________________________
Indiquer les principales contributions de l’entité à des actions de formation :
§ Création et co-responsabilité du Master 2 Ecologie-Biodiversité-Evolution (co-habilité avec
UPSud, AgroParisTech, ENS, MNHN) du Master de Sciences et Technologie de l’UPMC (Bernard
Cazelles, Régis Ferrière, David Claessen)
§ Direction des enseignements d’écologie, d’évolution, et de modélisation du Département de
Biologie de l’ENS (Régis Ferrière).
§ Directions des Etudes du CERES (Centre d’Enseignement et de Recherche sur l’Environnement et
la Société, ENS) (David Claessen).
§ Coordination et animation d’écoles thématiques récurrentes : Ecole d’Eté de Biologie de
Luminy (annuelle depuis 2001) ; Ecole Interdisciplinaire d’échanges et de formation en biologie
(« Ecole de Berder », 2009-2011) ; Ecole internationale « Chaos and Dynamics in Biological
Networks » à l’institut d’études scientifiques de Cargèse (2008-2010-2012) ; Winter School on
Advanced Ecological Statistics (depuis 2009), Winter School on Evolutionary Dynamics (depuis
2010), Summer School « Michael Ghil » on Feedbacks in Environmental Systems (depuis 2011).
§ 10 thèses de doctorat (soutenues), 9 stages de M2 ou fin d’études ingénieur, 6 stages de M1 et
3 stages de L3 encadrés au cours de la période de référence. 5 thèses en cours. Participation à 53
jurys de thèses de doctorat, dont 7 en tant que rapporteur et 19 en tant que président du jury.
Participation à 7 jurys d’Habilitation à Diriger des Recherches, dont 4 en tant que rapporteur et 3
131

en tant que président du jury. Participation à des comités de thèse de
doctorat (12 membres.comités).
Vague D :
Campagne d’évaluation 2012 - 2013
Unité de recherche
1.2. Fiche-résumé de l’entité
Eco-Evo Math Team
__________________________________________________________________________________
Department: Ecologie & Evolution UMR 7625
Department Head: Prof. Dr. Bernard Cazelles
Team Leader: Prof. Dr. Régis Ferrière
__________________________________________________________________________________
Team people
§ 7 faculty including 4 teaching faculty (Bernard Cazelles, David Claessen, Régis Ferrière, Amaury
Lambert) and 3 research faculty (Silvia De Monte, Frantz Depaulis, Minus van Baalen).
§ 3 research technicians (Sandrine Adiba, Stéphane Legendre, Bruno Verdier).
§ 14 post-doctoral fellows and PhD students (post-docs : Ben-Ari, Burgarella, Evans, Lopez-
Sepulcre, Navascues, Ward ; PhD students : Aguilée, Ballesteros, Ben Ari, Camacho, Carval, Gauzens,
Lion, Pocheville).
Team alumni from 2007-2012
1 teaching faculty ; 1 research technician ; 9 PhD graduates (288 months cumulative) ; 5 post-docs
(116 months cumulative).
Team hires in 2007-2012
§ Jean-Baptiste André. CNRS research scientist. Formerly post-doctoral fellow at Queens
University.
§ Andres Lopez-Sepulcre. CNRS research scientist. Formerly post-doctoral fellow at UMR 7625 and
UC Riverside.
§ Tom Van Dooren. CNRS research scientist, Sr. Formerly assistant professor, Leiden University.
__________________________________________________________________________________
Scientific production (1 January 2007 – 30 June 2012) :
1) Demonstration and analysis of the effect of large-scale environmental change on non-linear
population dynamics. Application to cases of global relevance, such as fisheries and epidemics
(influenza, HIV, Dengue).
132

2) Generalization of adaptive dynamics theory to age-, stage- and space-structured populations and
to finite populations. Development of general theory to predict patterns of adaptive dynamics from
the ecological characteristics of population regulation (density dependence).
3) Novel applications of adaptive dynamics modeling : Predicting the evolution and diversification of
virulence from models that integrate intra- and inter-host pathogen dynamics and host immunity
dynamics. Identifying ecological conditions for the eco-evolutionary stability of mutualism.
4) Extension of classical speciation theory to dynamical landscapes. Unifying metabolic theory and
eco-evolutionary models to predict large-scale patterns of species diversity. Genomic-based
demonstration (in primates) of positive selection acting on same genes as species branch.
5) Novel development and application of evolutionary game theory to investigate the mechanisms of
cooperation evolution in human versus non-human animals. Critical re-assessment of cultural
evolution models of altruism in humans.
____________________________________________________________________________
Publication analysis (2007-2012)
114 articles were published in international peer-reviewed journals, including Nature (3 papers),
PNAS (6), Ecology Letters (4), Proceedings B (9), American Naturalist (18).
70 articles appeared in journals with IF > 4.
Four team members with h-index ≥ 16 (Bernard Cazelles 19, Regis Ferriere 24, Minus van Baalen 17,
Tom Van Dooren 16).
______________________________________________________________________________________
Most significant publications (max. 5)
Team members’ names underscored.
§ Enard D, Depaulis F, Roest Crollius H (2010) Human and non-human primate genomes share
hotspots of positive selection. PLoS Genetics 6: e1000840.
§ Kausrud KL, Mysterud A, Steen H, Vik JO, Østbye E, Cazelles B, Framstad E, Eikeset AM, Mysterud
I, Solhøy T, Stenseth NC (2008) Linking climate change to lemming cycles. Nature 456 : 93-98.
§ Lion S, van Baalen M (2008) Self-structuring in spatial evolutionary ecology. Ecology Letters 11:
277–295.
§ Stegen JC, Enquist BJ, Ferriere R (2009) Advancing the metabolic theory of diversity. Ecology
Letters 12: 1001-1015.
§ d’Ovidio F, De Monte S, Alvain S, Dandonneau Y, Levy M (2010) Fluid dynamical niches of
phytoplankton types. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 107: 18366-18370.
__________________________________________________________________________________
Other major productions (max. 5)
§ Development of ULM and ZEN softwares for simulations of non-linear stochastic population and
eco-evolutionary dynamics.
§ Conception, design, and supervision of construction of ECOTRON prototype for experimental
research on synthetic ecosystems in contained and controlled environments. Creation of CNRS-ENS
ECOTRON Laboratory (Unité Mixte de Services 3194). Registration of ECOTRON on ‘Very Large
Research Equipment and Infrastructure’ national and European listings.
__________________________________________________________________________________
Major facts showing team visibility and impact in academia (max. 5)
§ EEM entertains more than 40 active national and international collaborations. EEM hosted 18
visitors for collaborative research, including 2 professors on sabbatical leave (Sylvie Méléard, Ecole
Polytechnique, 2007; Frédéric Guichard, McGill University, 2008) and 6 post-doctoral fellows.
§ EEM members accepted 30 invitations to present lectures at international conferences and
workshops, and EEM organized or co-organized 4 international workshops and schools : Biology
133

and Game Theory (UPMC, Paris, 4-6/11/2010); MINT : Microbes in interaction (Institut des Systèmes
Complexes Ile-de-France, Paris, 1-2/07/2010); Ecotron-Based Experimental Research on Complex
Ecological Systems (EU workshop, Montpellier, 9-11/7/2009); From Genes To Ecosystems: How Do
Ecological And evolutionary Processes Interact In Nature? (NSF-CNRS, Biosphere2-University of
Arizona, 11-15/11/2009).
§ EEM is the coordinating team or a partner team on 18 research grants, including 5 European
Union grants (FP6 and FP7) and one USA National Science Foundation grant.
§ EEM members serves on the Editorial Board of Ecology Letters, Evolution, Proceedings of the
Royal Society London B, Journal of Evolutionary Biology, Evolutionary Ecology, Animal Biology,
Infectious Diseases : Research and Treatment, Chaos, Solitons & Fractals.
§ EEM had one member elected at Institut Universitaire de France.
__________________________________________________________________________________
Major professional service and outreach achievements (besides research production and
teaching) (max. 5)
§ UMR 7625 has been chaired and co-chaired by EEM members since 2005. UMS 3194 ENS-CNRS
« Centre de Recherche en Ecologie Expérimentale et Prédictive (CEREEP) – ECOTRON IleDeFrance »
has been founded and chaired (2008-2010) by EEM member.
§ EEM research featured in the press, interviews, and participation in radio and TV broadcasts.
Presentation at broad-audience public conferences : « Fête de la Science », « 2009 Darwin Year »
conferences, ENS public conference cycle on biodiversity (2011).
§ EEM members are on UPMC and ENS hiring committees.
§ EEM represented on the Scientific Board of the Mercantour National Park.
§ Refereeing and consulting for the Fondation Canadienne pour l’Innovation (FCI), Agence Interétablissements
de Recherche pour le Développement (AIRD), and AVIESAN Alliance within the
FONDAVA group.
___________________________________________________________________________________
Major contributions to teaching and training
§ Founding member and coordinating team of Master 2 « Ecologie-Biodiversité-Evolution »
representing UPMC partner and ENS partner (jointly with three other partners : UPSud,
AgroParisTech, MNHN).
§ Coordination and teaching of ecology, evolutionary biology, and modelling curriculum at ENS.
§ Direction of Studies at CERES (Centre d’Enseignement et de Recherche sur l’Environnement et la
Société, ENS).
§ Organization of annual schools: Ecole d’Eté de Biologie de Luminy (yearly since 2001) ; Ecole
Interdisciplinaire d’Echanges et de Formation en Biologie (Berder, 2009-2011) ; Ecole
internationale « Chaos and Dynamics in Biological Networks » à l’institut d’études scientifiques de
Cargèse (2008-2010-2012), Winter School on Advanced Ecological Statistics (since 2009), Winter
School on Evolutionary Dynamics (since 2010), Summer School « Michael Ghil » on Feedbacks in
Environmental Systems (since 2011).
§ EEM members advised or co-advised 10 PhD students who graduated in 2007-2012, 9 masters
students (M2), 6 masters students (M1), 3 senior undergarduate students. There are currently 5
PhD students in EEM. EEM was represented in the jury of 53 PhD defenses, as referee for 7 theses
and chair of the defense committee for 19 theses. EEM was represented in the jury of 7
« Habilitations à Diriger des Recherches » (HDR), as referee for 4 HDR and as chair of the defense
committee for 3 HDR. EEM members participated in 12 PhD students’ guidance committees.
134

Vague D :
Campagne d’évaluation 2012 - 2013
Unité de recherche
1.2. Fiche-résumé de l’entité
Équipe « Écologie des populations et communautés (EPC) »
__________________________________________________________________________________
Intitulé de l’unité : Écologie et Évolution
Nom du Directeur de l’unité : Bernard Cazelles
Nom du responsable de l’équipe : Roger Arditi
__________________________________________________________________________________
Effectifs de l’entité (au début du contrat en cours ; préciser si l’entité a été créée au cours de la
période d’évaluation)
4 enseignants-chercheurs ; 0 chercheurs ; 0 techniciens, ingénieurs et autres personnels ; 4 post docs et
doctorants.
Personnels ayant quitté l’entité pendant le contrat en cours (et nombre de mois cumulés passés
dans l’entité au cours de cette période)
1 statutaire (24 mois) ; 4 doctorants (65 mois) ; 1 post-doc (3 mois).
Nombre de recrutements réalisés au cours de la période considérée et origine des personnels
(Préciser l’affiliation et le statut précédent.)
1 MCF (précédemment ATER à l’U de Bourgogne, Dijon) ; 5 doctorants ; 3 postdocs ; 4 invités
__________________________________________________________________________________
Production scientifique au cours de la période écoulée (1 er janvier 2007 – 30 juin 2012) :
1) Populations et communautés de ravageurs des cultures : applications agroécologiques (2 projets, 6 ACL)
2) Dynamique et évolution des parasites, parasitoïdes et prédateurs (3 projets, 3 ACL)
3) Théorie des réseaux d’interactions (5 projets, 9 ACL, 1 livre, 2 chapitres)
4) Impact de la structure spatiale sur les systèmes trophiques et les métacommunautés (4 projets, 8 ACL)
__________________________________________________________________________________
Bilan quantitatif des publications de l’entité
30 ACL, 21 C-INV, 15 C-COM, 5 C-AFF, 1 DO, 2 OS-livr, 2 OS-chap, 1 AP.
______________________________________________________________________________________
Indiquer les 5 publications majeures de l’entité :
Lopes C., Spataro T., Doursat C., Lapchin L. & Arditi R. (2007) An implicit approach to model plant infestation by
insect pests. Journal of Theoretical Biology, 248, 164-178.
135

Loeuille N. (2010) Influence of evolution on the stability of ecological communities. Ecology Letters, 13, 1536-
1545. Répertorié par Faculty of 1000 (score=8).
Médoc V. & Beisel J.N. (2011) When trophically-transmitted parasites combine predation enhancement with
predation suppression to optimize their transmission. Oikos, 120: 1452-1458. Répertorié par Faculty of
1000.
Arditi R. & Ginzburg L.R. (2012) How Species Interact : Altering the Standard view on Trophic Ecology. Oxford
University Press, 192 pp.
Norberg J., Klausmeier C., Urban M., Vellend M. & Loeuille N. (2012) Eco-evolutionary responses of biodiversity
to climate change. Nature Climate Change, doi:10.1038/nclimate1588.
__________________________________________________________________________________
Indiquer au maximum 5 documents majeurs (autres que publications) produits par l’entité :
• rapport d’expertise pour l’AERES sur l’UMR BioEpAR (Nantes)
• plusieurs rapports d’expertise pour des agences de financement (ANR, et autres)
__________________________________________________________________________________
Indiquer au maximum 5 faits illustrant le rayonnement ou l’attractivité académiques de l’entité :
• 21 invitations à donner des conférences
• coordination du réseau d’écologie théorique CoReV
• collaborations avec 15 équipes en France, 13 équipes en Europe et 12 équipes hors d’Europe
• obtention de 240 mois de salaires pour thésards et postdocs
• participations à six contrats collaboratifs d’un total de 1 140 000€, dont 71 000 au bénéfice du
fonctionnement de l’équipe
__________________________________________________________________________________
Indiquer au maximum 5 faits illustrant les interactions de l’entité avec son environnement socioéconomique
ou culturel :
• 1 action de formation continue « vulgarisée » pour les personnels du MEDD
• 1 projet financé par le DIM ASTREA (programme de la Région IdF mettant l’accent sur les retombées sociéconomiques
des recherches scientifiques)
• implications dans plusieurs associations scientifiques (SFE, AFL, BES, ESA)
___________________________________________________________________________________
Indiquer les principales contributions de l’entité à des actions de formation :
• forte implication dans le master EBE (pilotage général, parcours, modules, stages, jurys)
• accueil de 15 stagiaires L3, M1, M2
• accueil de 8 doctorants
• 3 actions de formation continue pour chercheurs (1 en Tunisie, 2 à l’INRA)
______________________________________________________________________________________
136

Vague D :
Campagne d’évaluation 2012 - 2013
Unité de recherche
1.2. Fiche-résumé de l’entité
Team « Écologie des populations et communautés (EPC) »
__________________________________________________________________________________
Department: Ecologie & Evolution UMR 7625
Department Head: Bernard Cazelles
Team Leader: Roger Arditi
__________________________________________________________________________________
Numbers of persons in the entity (at beginning of current contract)
4 teachers-researchers; 0 researchers; 0 technicians, engineers et others; 4 post-docs et doctoral students.
Numbers of persons having left the entity during the current contract (numbers of cumulated
months spent in the entity)
1 permanent (24 months) ; 4 doctoral students (65 months) ; 1 post-doc (3 months).
Numbers of persons recruited during the current contract et origin (Préciser l’affiliation et le
statut précédent.)
1 MCF (formerly ATER at U de Bourgogne, Dijon) ; 5 doctoral students; 3 postdocs ; 4 invitees
__________________________________________________________________________________
Scientific production during the current contract (1 January 2007 – 30 June 2012) :
1) Populations and communities of crop pests: agro-ecological applications (2 projects, 6 ACL)
2) Dynamics and evolution of parasites, parasitoids and predators (3 projects, 3 ACL)
3) Theory of interaction networks (5 projects, 9 ACL, 1 book, 2 chapters)
4) Impact of spatial structure on trophic systems and metacommunities (4 projects, 8 ACL)
__________________________________________________________________________________
Quantitative balance of entity’s publications
30 ACL, 21 C-INV, 15 C-COM, 5 C-AFF, 1 DO, 2 OS-livr, 2 OS-chap, 1 AP.
______________________________________________________________________________________
Mention 5 major publications in the entity (underscore the names of entity’s members) :
Lopes C., Spataro T., Doursat C., Lapchin L. & Arditi R. (2007) An implicit approach to model plant infestation by
insect pests. Journal of Theoretical Biology, 248, 164-178.
Loeuille N. (2010) Influence of evolution on the stability of ecological communities. Ecology Letters, 13, 1536-
1545. Répertorié par Faculty of 1000 (score=8).
137

Médoc V. & Beisel J.N. (2011) When trophically-transmitted parasites combine predation enhancement with
predation suppression to optimize their transmission. Oikos, 120: 1452-1458. Répertorié par Faculty of
1000.
Arditi R. & Ginzburg L.R. (2012) How Species Interact : Altering the Standard view on Trophic Ecology. Oxford
University Press, 192 pp.
Norberg J., Klausmeier C., Urban M., Vellend M. & Loeuille N. (2012) Eco-evolutionary responses of biodiversity
to climate change. Nature Climate Change, doi:10.1038/nclimate1588.
__________________________________________________________________________________
Mention up to 5 major documents:
• expert report for AERES about UMR BioEpAR (Nantes)
• several expert reports for various funding agencies (ANR, and others)
__________________________________________________________________________________
Mention up to 5 facts illustrating the recognition and scientific attractiveness of the entity:
• 21 invited talks
• coordination of research network in theoretical ecology CoReV
• collaborations with 15 teams in France, 13 teams in Europe and 12 teams out of d’Europe
• obtention of 240 months of salaries for doctoral students and postdocs
• participation in six collaborative contracts totalling 1 140 000€, of which 71 000 to the benefit of the team’s
functioning
__________________________________________________________________________________
Mention up to 5 facts illustrating the interactions of the entity with the socio-economic and
cultural environment :
• 1 programme in continuing education for the general personnel of the Ministry of Ecology
• 1 project funded by DIM ASTREA (programme of the Région IdF that emphasizes the socio-economical
outcome of scientific research)
• involvement in several science societies (SFE, AFL, BES, ESA)
___________________________________________________________________________________
Mention the major contributions of the entity to teaching :
• strong involvement in EBE master’s programme (general organization, sub-programmes, modules, internships,
jurys)
• reception of 15 interns L3, M1, M2
• reception of 8 doctoral students
• 3 continuing education actions for researchers (1 in Tunisia, 2 at INRA)
______________________________________________________________________________________
138

Vague D :
Campagne d’évaluation 2012 - 2013
Unité de recherche
1.2. Fiche-résumé de l’entité
Equipe Eco-Physiologie Evolutive
__________________________________________________________________________________
Intitulé de l’unité : Ecologie-Evolution UMR 7625
Nom du Directeur de l’unité : Bernard Cazelles
Nom du responsable de l’équipe : Sandrine Meylan
__________________________________________________________________________________
Effectifs de l’entité (au début du contrat en cours ; préciser si l’entité a été créée au cours de la
période d’évaluation)
L’entité a été crée en janvier 2011, au cours de la période d’évaluation. Elle est composée
actuellement de: 6 enseignants-chercheurs; 0 chercheurs ; 2 assistants ingénieurs ; 2 post docs et 4
doctorants.
Personnels ayant quitté l’entité pendant le contrat en cours (et nombre de mois cumulés passés
dans l’entité au cours de cette période)
0 statutaires (x mois) ; 2 doctorants (21 mois) ; 0 post-docs (x mois).
Nombre de recrutements réalisés au cours de la période considérée et origine des personnels
(Préciser l’affiliation et le statut précédent.)
Julie Legoupi, Assistante ingénieure recrutée sur un poste Noémi, provenant de URA 2578, Unité
Génétique moléculaire murine, Institut Pasteur.
__________________________________________________________________________________
Production scientifique au cours de la période écoulée (1 er janvier 2007 – 30 juin 2012) :
1) Nous avons mis en évidence des coûts liés aux conflits sociaux chez une fourmi sans reine: les
interactions agressives liées au partage de la reproduction se traduisent par une baisse de
l'immunocompétence affectant le groupe dans son ensemble, ainsi que par une diminution du travail
des ouvrières. L'existence de tels coûts peut expliquer la rareté des conflits chez les hyménoptères
sociaux (Bocher et al. 2008).
2) Nous suggérons que les hormones, en particulier les stéroïdes, et les effets maternels pourraient
jouer un rôle primordial dans la persistance des espèces dans des environnements altérés. Nous
139

suggérons également que les hormones pourraient alors être un outil puissant en biologie de la
conservation (Meylan et al. 2012).
3) Nos résultats expérimentaux ont montré un transfert d’anticorps avant et après la naissance,
respectivement via le jaune d’œuf et le lait de jabot, et un effet différentiel de ces transferts sur
l’immunité du poussin (rôle de protection et effet éducateur du transfert d’anticorps)(Jacquin et al.
2012).
4) Nous avons montré qu’il existe chez les oiseaux une relation interspécifique positive entre la
concentration en caroténoïdes dans les œufs et l’intensité des signaux colorés chez les mâles. Les
effets maternels pourraient donc promouvoir ou contraindre l’évolution des traits sexuels secondaires
(Biard et al., 2009).
5) Nos résultats chez le pigeon ont montré expérimentalement que la restriction alimentaire affecte
les paramètres de fitness différemment selon le morphe. Ces résultats suggèrent que la variabilité
spatio-temporelle des ressources alimentaires joue un rôle important dans le maintien du
polymorphisme de couleur mélanique (Jacquin et al. 2012).
__________________________________________________________________________________
Bilan quantitatif des publications de l’entité
64 articles dans des revues à comité de lecture dont 44 (68,75% ) dans le premier quartile des
disciplines concernées, 17 (26,57%) dans le second quartile, 2 (3,12%) dans le troisième et seul 1
article est dans le dernier quartile (soit 1,56%).
2 ouvrages d’enseignement en biologie
2 ouvrages de vulgarisation
______________________________________________________________________________________
Indiquer les 5 publications majeures de l’entité :
1) Bocher A., Doums C., Millot L. and Tirard C. (2008). reprodutive conflicts affect labor and immune
defense in the queenless ant Diacamma sp. “Nilgiri”. Evolution 62, 123-134.
2) Meylan S., Miles D.B. and Clobert J. (2012). Hormonally mediated maternal effects, individual
strategy and global change. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences 367,
1647-1664.
3) Jacquin L. Blottière L., Haussy C., Perret S. and Gasparini J. (2012). Prenatal and postnatal
parental effects on immunity and growth in ‘lactating’ pigeons. Functional Ecology 26, 866-875.
4) Biard C., Gil D., Karadas F., Saino N., Spottiswoode C., Surai P.F. and Møller A.P. (2009). Maternal
effects mediated by antioxidants and the evolution of carotenoid-based signals in birds. The American
Naturalist 174, 696-708.
5) Jacquin L., Récapet C., Bouche P. Leboucher G. and Gasparini J. (2012). Melanin-based coloration
reflects alternative strategies to cope with food limitation in pigeons. Behavioral Ecology 23, 907-
915.
__________________________________________________________________________________
Indiquer au maximum 5 documents majeurs (autres que publications) :
- Livret “Le Pigeon en ville” réalisé à partir du groupe interdisciplinaire et interprofessionnel
“Ecologie de la restauration et Gestion de la Nature”, publié par Natureparif
__________________________________________________________________________________
Indiquer au maximum 5 faits illustrant le rayonnement ou l’attractivité académiques de l’entité :
140

- Gasparini Julien. Ecologie évolutive du transfert intergénérationnel de l’immunité et du
polymorphismqe de couleur. Invité par Jean-Luc Da Lage, séminaire du Laboratoire Evolution,
Génome, Spéciation, UPR 9034 CNRS, Gif-sur-Yvette . 6 juillet 2012.
- Gasparini Julien. Rôle adaptatif de la coloration mélanique dans un environnement variable. Invité
par Pierre-Yves Henry, Séminaire du laboratoire Mécanismes adaptatifs: des organismes aux
communautés, UMR 7179, CNRS--MNHN. 17 Janvier 2008.
- Meylan Sandrine. Modulation de la réponse au stress par des contraintes énergétiques. Invitée par
Pierre-Yves Henry, Séminaire du laboratoire Mécanismes adaptatifs: des organismes aux
communautés, UMR 7179, CNRS-MNHN. Février 2010.
- Meylan Sandrine, invitation à rédiger une revue sur les hormones, les effets maternels et les
changements globaux pour la revue : Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological
Sciences.
__________________________________________________________________________________
Indiquer au maximum 5 faits illustrant les interactions de l’entité avec son environnement socioéconomique
ou culturel (par exemple : contrat industriel, collaboration à une exposition majeure,
émission audiovisuelle, partenariats avec des institutions culturelles, etc.)
- Sandrine Meylan est membre du Conseil Scientifique du Palais de la Découverte (Universcience-
Paris)
- Julien Gasparini et Adrien Frantz ont participé au film “Une place pour les pigeons” réalisé par
Amandine Bouche et sélectionné au Festival International du Film d’Environnement 2012
- Les membres de l’équipe participent activement à la Fête de la Science sur le campus de l’UPMC
___________________________________________________________________________________
Indiquer les principales contributions de l’entité à des actions de formation (par exemple :
conception et coordination de modules de formation en master et en doctorat, accueil et suivi des
doctorants, conception d’outils à vocation pédagogique, action de formation continue, etc.)
- Julien Gasparini et Adrien Frantz sont responsables de différentes Unités d’Enseignement de master
(REID, ECYC, OANE) et de la validation des stages des étudiants de Master 1
- Sandrine Meylan est responsable de parcours, d’option et d’unités d’enseignement de 3 masters
(UPMC, Paris Diderot et IUFM de Paris-Université Sorbonne)
- l’équipe a formé ou forme actuellement 4 doctorants
- les membres de l’équipe ont assuré l’encadrement et la formation de 41 stagiaires de Master 1; 6
stagiaires de Master 2
- Claire Tirard a participé à la rédaction de l’ouvrage “Minimanuel d’Ecologie”; Claire Tirard, Robert
Barbault, Luc Abbadie, Nicolas Loeuille ; Editions DUNOD (2012)
- Sandrine Meylan a participé à la rédaction de l’ouvrage “Sciences expérimentales et technologie -
Préparation au nouveau concours CRPE” Joel Lebeaume, Olivier Follain, Nathalie Magneron, Sandrine
Meylan, Laurence Monti-Dedieu; Editions Nathan (2008)
141

142

Vague D :
Campagne d’évaluation 2012 - 2013
Unité de recherche
1.2. Fiche-résumé de l’entité
Equipe Evolution des Sociétés Animales
__________________________________________________________________________________
Intitulé de l’unité : Ecologie & Evolution
Nom du Directeur de l’unité : Bernard Cazelles
Nom du responsable de l’équipe : Claudie Doums
__________________________________________________________________________________
Effectifs de l’entité (au début du contrat en cours ; préciser si l’entité a été créée au cours de la
période d’évaluation)
1 enseignants-chercheurs ; 2 chercheurs ; 1 techniciens, ingénieurs et autres personnels ; 4 post docs
et doctorants.
Personnels ayant quitté l’entité pendant le contrat en cours (et nombre de mois cumulés passés
dans l’entité au cours de cette période)
0 statutaires (0 mois); 3 doctorants (52 mois) ; 2 post-docs (27 mois).
Nombre de recrutements réalisés au cours de la période considérée et origine des personnels
(Préciser l’affiliation et le statut précédent.) : 2 recrutements
Mathieu Molet (Maître de Conférence UPMC, statut précédent : post-doctorant à Queen Mary
University of London, Royaume Uni)
Romain Péronnet (Technicien CNRS, statut précédent : : titulaire de la fonction publique APHP)
__________________________________________________________________________________
Production scientifique au cours de la période écoulée (1 er janvier 2007 – 30 juin 2012) :
1) Nos travaux de terrain sur les stratégies d’allocation lors de la reproduction par fission chez une
fourmi fournissent pour la première fois des données quantitatives révélant des stratégies
d’allocation des ressources très variables entre colonies .
2) Un coût des conflits sociaux sur l’immunité individuelle et sur le temps de travail des ouvrières a
été mis en évidence chez une fourmi. Bien que cruciaux pour comprendre la résolution des conflits
sociaux, ces coûts ne sont que très peu quantifiés.
3) L'étude des conflits d'intérêts pour la reproduction chez une guêpe et fourmi a montré que
l'expression des conflits est minimisée.
4) Des études comparatives ont mis en évidence la diversité morphologique et fonctionnelle des
reines sans ailes chez les fourmis, montré leur nature mosaïque recombinant traits de reines ailées et
d’ouvrières, et suggéré un mécanisme d’évolution reposant sur la production d’anomalies
développementales ‘intercastes’.
143

5) Une étude de terrain sur une fourmi australienne a montré qu’un gradient environnemental
tropical-tempéré affecte d’une part la stratégie de reproduction des colonies, notamment la qualité
et la quantité des propagules produites, et d’autre part la stratégie de dispersion, par le vol ou au
sol.
__________________________________________________________________________________
Bilan quantitatif des publications de l’entité : 49
______________________________________________________________________________________
Indiquer les 5 publications majeures de l’entité (avec leur titre et en soulignant, dans le cas de publications
communes, le nom du ou des membres de l’entité) :
Bocher A., Doums C., Millot L., Tirard C., (2008) Reproductive conflicts affect labour and immune
defence in the queenless ant Diacamma ‘nilgiri’. Evolution, 62, 123-134
Chéron B., Cronin A.L., Fédérici P., Haussy C., Tirard C., Doums C., Monnin T., (2011) Unequal
resource allocation among colonies produced by fission in the ant Cataglyphis cursor. Ecology, 92,
1448-1458
Chéron B., Monnin T., Fédérici P., Doums C., (2011) Variation in patriline reproductive success during
queen production in orphaned colonies of the thelytokous ant Cataglyphis cursor. Molecular
Ecology, 20, 2011-2022
Molet M., Van Baalen M., Peeters C., (2008) Shift in colonial reproductive strategy associated with a
tropical-temperate gradient in Rhytidoponera ants. American Naturalist 172, 75-87
Molet M., D. Wheeler, Peeters C., (2012) Evolution of novel mosaic castes in ants: Modularity,
phenotypic plasticity, and colonial buffering. American Naturalist 180, sous presse
Monnin T., Cini A., Lecat V., Fédérici P., Doums C., (2009) No actual conflict over colony inheritance
despite high potential conflict in the social wasp Polistes dominulus. Proceedings of the Royal
Society, Series B, 276, 1593-1601
Peeters C., Molet M., (2010) Colonial reproduction and life histories. pp. 159-176 In: Ant Ecology (eds
L. Lach, C. Parr and K. Abbott). Oxford University Press.
__________________________________________________________________________________
Indiquer au maximum 5 faits illustrant le rayonnement ou l’attractivité académiques de l’entité :
- Organisation du congrès de la section française de l’IUSSI (International Union for the Study of Social
Insects) à Banyuls (avril 2011)
- Co-tutelle de thèse avec l’Allemagne
- Conférences invitées à des congrès MM = 1, CP = 1?) ou dans des instituts de recherches
internationaux (MM=2, CD=1)
- Expertises de projets scientifiques (7)
__________________________________________________________________________________
Indiquer au maximum 5 faits illustrant les interactions de l’entité avec son environnement socioéconomique
ou culturel
- Organisation annuelle de la fête de la Science par toute l’équipe
- Réalisation d'une collection de films de diffusion scientifique, avec Kantep Studio
- Interventions dans les écoles (4), conférences grand publics (3) et évènements naturalistes dans les
musées (2)
- 6 publications de vulgarisation (La Recherche, Sciences et Avenir, Le courrier de la nature,
Découverte)
___________________________________________________________________________________
Indiquer les principales contributions de l’entité à des actions de formation :
- 1 chapitre de livres d’enseignement
- 7 doctorants encadrés
- Conception et coordination de cours, td et tp sur les sociétés d’insectes en master
144

Vague D :
Campagne d’évaluation 2012 - 2013
Unité de recherche
1.2. Fiche-résumé de l’entité
Evolution des Sociétés Animales
__________________________________________________________________________________
Department: Ecologie & Evolution UMR 7625
Department Head: Bernard Cazelles
Team Leader: Claudie Doums
__________________________________________________________________________________
Effectifs de l’entité (au début du contrat en cours ; préciser si l’entité a été créée au cours de la
période d’évaluation)
1 enseignants-chercheurs ; 2 chercheurs ; 1 techniciens, ingénieurs et autres personnels ; 4 post docs
et doctorants.
Personnels ayant quitté l’entité pendant le contrat en cours (et nombre de mois cumulés passés
dans l’entité au cours de cette période)
0 statutaires (0 mois); 3 doctorants (52 mois) ; 2 post-docs (27 mois).
Nombre de recrutements réalisés au cours de la période considérée et origine des personnels
(Préciser l’affiliation et le statut précédent.) : 2 recrutements
Mathieu Molet (Maître de Conférence UPMC, statut précédent : post-doctorant à Queen Mary
University of London, Royaume Uni)
Romain Péronnet (Technicien CNRS, statut précédent : : titulaire de la fonction publique APHP)
__________________________________________________________________________________
Production scientifique au cours de la période écoulée (1er janvier 2007 – 30 juin 2012) :
1) Our field work on the strategies of resource allocation during colony fission in the ant C. cursor
provided quantitative data for the first time and revealed highly variable resources allocation among
colonies.
2) We showed in an ant that social conflicts lower individual immunity and working of workers. Even
though these costs are central for understanding conflict resolution, they have seldom been
estimated.
3) The study of reproductive conflicts in a wasp and an ant showed that the expression of conflicts
are often minimised to reduce their costs.
4) Comparative studies revealed a high morphological and functional diversity of wingless queens in
ants, and showed that they are often mosaic individuals recombining traits of winged queens and
workers. This suggests a mechanism of evolution based on the production of developmental anomalies
‘intercastes’.
145

5) A field study on an Australian ant showed that an environmental gradient from tropical to
temperate climate affects both the reproductive strategy of colonies (quality and quantity of
propagules produced) and the dispersal strategy (by flight or on the ground).
Bilan quantitatif des publications de l’entité : 49
______________________________________________________________________________________
Indiquer les 5 publications majeures de l’entité :
Bocher A., Doums C., Millot L., Tirard C., (2008) Reproductive conflicts affect labour and immune
defence in the queenless ant Diacamma ‘nilgiri’. Evolution, 62, 123-134
Chéron B., Cronin A.L., Fédérici P., Haussy C., Tirard C., Doums C., Monnin T., (2011) Unequal
resource allocation among colonies produced by fission in the ant Cataglyphis cursor. Ecology, 92,
1448-1458
Chéron B., Monnin T., Fédérici P., Doums C., (2011) Variation in patriline reproductive success during
queen production in orphaned colonies of the thelytokous ant Cataglyphis cursor. Molecular
Ecology, 20, 2011-2022
Molet M., Van Baalen M., Peeters C., (2008) Shift in colonial reproductive strategy associated with a
tropical-temperate gradient in Rhytidoponera ants. American Naturalist 172, 75-87
Molet M., D. Wheeler, Peeters C., (2012) Evolution of novel mosaic castes in ants: Modularity,
phenotypic plasticity, and colonial buffering. American Naturalist 180, sous presse
Monnin T., Cini A., Lecat V., Fédérici P., Doums C., (2009) No actual conflict over colony inheritance
despite high potential conflict in the social wasp Polistes dominulus. Proceedings of the Royal
Society, Series B, 276, 1593-1601
Peeters C., Molet M., (2010) Colonial reproduction and life histories. pp. 159-176 In: Ant Ecology (eds
L. Lach, C. Parr and K. Abbott). Oxford University Press.
__________________________________________________________________________________
Indiquer au maximum 5 faits illustrant le rayonnement ou l’attractivité académiques de l’entité :
- Congress organisation of the French section of the IUSSI (International Union for the Study of Social
Insects)
- PhD co-supervision with a German team
- Invited speaker to international congress (MM = 1, CP = 1) or in foreign research institution (MM=2,
CD=1)
- Referee of scientific projects for research founding agencies (7)
__________________________________________________________________________________
Indiquer au maximum 5 faits illustrant les interactions de l’entité avec son environnement socioéconomique
ou culturel :
- Organisation of the annual "fête de la Science"
- Making of animated scientific movies with Kantep Studio
- Scientific presentation in School (4), talks for non specialist public (3) and activities in museum (2)
- 6 publications in science magazines (La Recherche, Sciences et Avenir, Le courrier de la nature,
Découverte)
___________________________________________________________________________________
Indiquer les principales contributions de l’entité à des actions de formation :
- 1 textbook chapter
- Supervision of 7 PhD students
- Conception and organisation of teaching courses on social insects for master level
146

4. Organigramme fonctionnel et règlement intérieur
a. Organigramme 2012
UMR 7625 "Ecologie et Evolution", 7 Quai Saint Bernard, Bâtiment A - CC 237, 75252 PARIS Cedex 05 (France)
Tél. 33.1.44.27.36.89, Fax 33.1.44.27.35.16, web http://ecologie.snv.jussieu.fr
Manuel Massot Claudie Doums Régis Ferrière Roger Arditi Sandrine Meylan Correspondant Formation
Romain Peronnet
Chercheurs et enseignants Chercheurs et enseignants Chercheurs et enseignants Chercheurs et enseignants Chercheurs et enseignants
Gestionnaire Financière et Comptable
chercheurs
chercheurs
chercheurs
chercheurs
chercheurs
Nathalie Guillory (Responsable)
Correspondant Valorisation
David Laloi Claudie Doums Jean-Baptiste André Roger Arditi Clotilde Biard Pierre Fédérici
Jean-François Le Galliard Mathieu Molet Bernard Cazelles Nicolas Loeuille Loïc Elard Informatique
Manuel Massot Thibaud Monnin David Claessen Vincent Médoc Adrien Frantz Stéphane Legendre
Thomas Tully Christian Peeters Silvia de Monte Thierry Spataro Julien Gasparini Jean-Marc Rossi
Frantz Depaulis Sandrine Meylan Laboratoire d'Analyses Génétiques
ITA-ITRF ATER Régis Ferrière ATER Claire Tirard Pierre Fédérici (Responsable)
Jean-Marc Rossi David Sillam-Dussès Andres Lopez-Sepulcre Céline Hauzy Murielle Richard
Minus van Baalen ATER Laboratoire d'Immunologie
Doctorants ITA-ITRF Tom van Dooren Post-doctorant Lisa Jacquin Claudy Haussy (Responsable)
Thomas Brom Pierre Fédérici Grigorios Kylafis Julie Legoupi
François Mallard Romain Péronnet ITA-ITRF ITA-ITRF Laboratoire de Microbiologie L1 et L2
Sandrine Adiba Doctorants Claudy Haussy Sandrine Adiba (Responsable)
Post-doctorants Stéphane Legendre Anaïs Bompard Julie Legoupi Hygiène et Sécurité
Alessandro Cini Manon Costa Murielle Richard Julie Legoupi (ACMO)
Roberto Andres Keller Post-doctorants Ewen Georgelin Animalerie
Tamara Ben Ari Tiphaine Le Mao Doctorants Romain Peronnet
Doctorants Ahmad Ismail Documentation et Secrétariat Pédagogique
Florence Helft Doctorants Mélissa Martin Clarisse Coquemont
Sylvain Londe Darja Dubravcic Marie Vaugoyeau Entretien et Aide de Laboratoire
Claudia Westhus Thomas Garcia Fatiha Chekroun
Vincent Le Bourlot
Boris Sauterey
147
Changements Globaux et
Processus Adaptatifs
Evolution des Sociétés
Animales
Eco-Evolution
Mathématique
Ecologie des
Populations et des
Communautés
Ecophysiologie
Evolutive
Services Généraux
Gestionnaire des Ressources Humaines
poste vacant
Equipes de Recherche
Directeurs adjoints Pierre Fédérici et Thibaud Monnin
Directeur Bernard Cazelles
UMR 7625 ECOLOGIE ET EVOLUTION

148

. Règlement Intérieur
Règlement intérieur du laboratoire d’Ecologie et Evolution, UMR 7625 CNRS, UPMC, ENS
Le Règlement intérieur de l’UMR 7625 s’applique à son personnel, les utilisateurs des infrastructures et les visiteurs dans
le cadre des activités scientifiques et pédagogiques de l’UMR.
1. Conseil de laboratoire – Assemblée générale
1.1. Le conseil de laboratoire.
1.1.1 Son fonctionnement:
Présidé par le Directeur qui en établit l’ordre du jour, le conseil de laboratoire se réunie au moins trois fois par an. Les
membres élus (et leurs suppléants) le sont pour 5 ans, sauf les représentants des doctorants (et leurs suppléants) qui le
sont pour 2 ans. Les élections ont lieu au suffrage direct et au scrutin plurinominal à deux tours. Tout électeur est éligible.
Sont électeurs :
- Les personnels affectés sur un poste permanent attribué au laboratoire, l’une de nos tutelles ou par un autre organisme
partenaire au titre d'un contrat d'association ou d'Unité Mixte.
- Sous réserve d'une ancienneté minimale d'un an dans l'Unité considérée, les personnels non permanents participants à
l'activité de l'Unité et répertoriés dans la base Labintel.
1.1.2. Sa composition:
- 2-3 membres de droit :
Le Directeur de l'Unité et le(s) Directeur(s) adjoint(s).
- 6 membres élus en deux collèges et 1 sous collège :
2 représentants élus chercheurs et enseignants chercheurs.
2 représentants élus ITA /IATOSS
2 représentants élus doctorants.
- 7 membres nommés par le Directeur:
5 chefs d’équipes
1 ACMO
1 Secrétaire
Et le cas échéants des invités non permanents pour touts problèmes ponctuels.
Décision CNRS n° 920368SOSI du 28/10/1992.
1.1.3. Ses compétences :
Son rôle est consultatif. Il peut-être consulté par le Directeur de l'Unité pour diverses questions :
– L'état, la programmation, la coordination des recherches, la composition des équipes.
– Les moyens budgétaires à demander par l'Unité et la répartition de ceux qui lui sont alloués. La politique des contrats de
recherche de l’Unité. La politique de transfert de technologie et la diffusion de l'information scientifique de l'Unité.
– La gestion des ressources humaines. Le programme de formation en cours et pour l'année à venir. Toutes mesures
relatives à l'organisation et au fonctionnement de l'Unité et susceptibles d'avoir une incidence sur la situation et les
conditions de travail du personnel.
– Les conséquences à tirer de l'avis formulé par la ou les sections du comité national de la recherche scientifique dont
relève l'Unité.
Le Directeur de l'Unité peut en outre consulter le conseil de laboratoire sur toutes autres questions concernant l'Unité.
1.2. L’assemblée générale.
L’assemblée générale comprend tous les personnels de l’Unité. Elle est réunie sur convocation du Directeur au moins une
fois par an. Pour un effectif de personnels statutaires inférieur à 30, le conseil de l’Unité se réunira en assemblée générale.
149

2. Horaires, congés, absences
Les modalités d’application dans l’Unité devront tenir compte de l’établissement de rattachement des agents concernés.
2.1. Temps de travail
2.1.1. Durée annuelle et hebdomadaire :
La durée annuelle de travail effectif applicable dans la fonction publique d'Etat, est de 1607 heures.
Pour les enseignants-chercheurs, la durée annuelle de travail effectif est répartie en 803h de recherche et 803h (heures de
travail effectif) d’enseignement. Les services d’enseignement en présence d’étudiants sont déterminés par rapport à une
durée annuelle de référence égale à 128 heures de cours (correspond à 6,3 heures de travail effectif) ou 192 heures de
travaux dirigés ou de travaux pratiques (correspond à 4,2 heures de travail effectif).
Personnel CNRS : La durée hebdomadaire du travail effectif pour chaque agent CNRS de l’Unité travaillant à plein
temps est de 38h30 sur 9 ou 10 demi-journées. Les personnels autorisés à accomplir un service à temps partiel d’une
durée inférieure ou égale à 80 % peuvent travailler selon un cycle hebdomadaire inférieur à 5 jours. Le temps de travail
correspond à un temps de travail « effectif ». Il n’inclut pas la pause méridienne obligatoire qui ne peut être ni
inférieure à 45 minutes ni supérieure à 2 heures.
Personnel UPMC : La durée hebdomadaire du travail effectif pour chaque agent UPMC de l’Unité travaillant à plein
temps est de 38h30 sur 9 ou 10 demi-journées. Les personnels autorisés à accomplir un service à temps partiel d’une
durée inférieure ou égale à 80 % peuvent travailler selon un cycle hebdomadaire inférieur à 5 jours. Le temps de travail
correspond à un temps de travail « effectif ». Il n’inclut pas la pause méridienne obligatoire qui ne peut être ni
inférieure à 45 minutes ni supérieure à 2 heures.
Référentiel national d’équivalent horaire arrêté du 31 juillet 2009.
Référentiel national du 14 août 2009 JO n° 0187.
Arrété du 15 janvier 2002 relatif à la réduction du temps de travail.
Personnel ENS : La durée hebdomadaire du travail effectif pour chaque agent ENS de l’Unité travaillant à plein temps
est de 37h30 sur 9 ou 10 demi-journées. Le temps de travail correspond à un temps de travail "effectif”, Il n’inclut pas la
pause méridienne obligatoire de 30 minutes.
Personnel d’autres tutelles : Ces personnels doivent suivre les règles décrites dans les textes règlementaires en vigueur
établis par leur tutelle respective.
2.1.2. Conditions particulières (le cas échéant) :
Sujétions/Astreintes : les modalités d’indemnisation et la compensation des sujétions et astreintes sont définies par les
circulaires téléchargeables sur le site de la direction des systèmes d’information du CNRS et sur le site du Bulletin officiel
du ministère de l’éducation nationale.
CNRS n° 030001DRH du 13.02.2003.
ENS n° 2002-007 du 21-1-2002.
UPMC décret n° 2000-815 du 25 août 2000, appliqué par l'accord-cadre du 16-10-2001 NOR : MENA0200224X.
2.2. Horaires journaliers, ouverture du site, travail isolé
2.2.1. Horaires et Ouverture
La plage horaire de référence d’ouverture du site débute à 7h30 et se termine à 19h30, du lundi au vendredi, à l’exception
des jours fériés. Après accord du responsable hiérarchique, dans le respect des dispositions relatives au nombre d’heures
dues, et dans l’intérêt du service :
• Les agents peuvent individualiser leurs horaires, mais en les fixant de façon à respecter le plage de présence obligatoire
qui s’étend de 10h à 16h, à l’exception de la pause méridienne.
• Les personnels concernés peuvent être autorisés à pratiquer un horaire décalé par rapport à la plage horaire de référence
d’ouverture du site. Les travaux effectués doivent être sans risques particuliers.
L’accès aux locaux en dehors de ces plages doit être expressément et nommément autorisé par le Directeur de l’Unité (cf.
formulaire en annexe).
150

2.2.2. Travailleur isolé
Une personne peut être considérée comme « travailleur isolé » lorsqu’elle est hors de portée de vue ou de voix des autres
pendant des périodes prolongées, typiquement de l’ordre d’une heure ou plus, voire de quelques minutes si des travaux
dangereux sont effectués. Le travailleur isolé préviendra toujours de son activité : agent de sécurité en fonction, collègue
de travail. Le travailleur isolé utilisera systématiquement les dispositifs d’alarme.
2.2.3. Travailleur Isolé de l’Unité et Dispositifs d’Alarme Travailleur Isolé (DATI).
Le travail isolé en horaires décalés doit rester exceptionnel et sur autorisation du Directeur.
2.3. Congés annuels
Jours ouvrés (c’est-à-dire du lundi au vendredi).
Tous les congés doivent être déclarés au secrétariat de l’Unité.
Personnel CNRS : Le nombre de jours de congés est de 32 jours ouvrés, par année civile, déduction faite de la journée de
solidarité. Les personnels peuvent bénéficier de deux jours de fractionnement en plus des congés annuels : 1 jour si
l’agent prend 5, 6 ou 7 jours en dehors de la période du 1er mai au 31 octobre et 2 jours si ce nombre est au moins égal à
8 jours.
Pour une durée hebdomadaire de 38h30 s’ajoute 12 jours de Réduction du Temps de Travail. Soit 46 jours ouvrés de
congés (jour de solidarité avec les personnes âgées compris).
DEC010055DRH Cadrage national pour la mise en oeuvre de l’Aménagement et de la Réduction du Temps de Travail au CNRS.
Personnel UPMC : Le nombre de jours de congés est 45 jours ouvrés par année universitaire (1er septembre au 31 août),
plus deux jours de fractionnement des congés annuels. A cela s’ajoute 8 jours de congés accordés au titre de
l'Aménagement de la Réduction du Temps de Travail (jours RTT) compte tenu de la durée hebdomadaire de 38h30 de
travail adoptée dans l'Unité. Soit 55 jours ouvrés de congés (jour de solidarité avec les personnes âgées compris).
Personnel ENS : Compte tenu de la durée hebdomadaire de 38h30 de travail adoptée dans l'Unité, le nombre de jours de
congés est de 49 jours ouvrés (jour de solidarité avec les personnes âgées compris) par année universitaire (1er
septembre au 31 août),. Les jours fériés n’entrent pas dans cette dotation. Les jours ou heures de récupération ne sont pas
considérés comme congés annuels.
Personnel d’autres tutelles : Ces personnels doivent suivre les règles décrites dans les textes règlementaires en vigueur
établis par leur tutelle respective.
2.3.1. Report des jours de congés annuels :
Le report des jours de congés annuels ainsi que les jours RTT non utilisés, est autorisé jusqu’au 28 février de l’année
suivante pour le personnel CNRS, jusqu’au 31 décembre de l’année universitaire suivante pour le personnel UPMC et
ENS. Les jours qui n’auront pas été utilisés à ces dates seront définitivement perdus.
2.3.2. Fermeture de l’Unité :
Les périodes de fermeture sont décidées en début de chaque année par le Directeur d’Unité après avis du Conseil de
d’Unité. Le nombre de jours ouvrables sera décompté des congés des agents.
2.3.3. Compte-Epargne Temps (CET) :
Toutes personnes voulant bénéficier d’un CET doit déclarer ces vacances au secrétariat de l’Unité.
Un compte épargne temps a été institué dans la fonction publique de l’état par le décret n°2002-634 du 29 avril 2002. Les
personnels CNRS, ENS, UPMC, peuvent bénéficier des dispositions relatives au compte épargne temps qui peut être
demandé une fois par an entre le 1 er novembre et le 31 décembre.
Il est possible de déclarés dans un CET les jours de vacances non pris, dans la limite de 26 jours par an.
La circulaire du 10 septembre 2004 fixe pour l’Université les conditions d’ouverture qui s’applique au personnel titulaire
sauf aux enseignants.
Il n'y a pas de CET pour les enseignants-chercheurs.
Arrêté du 20 janvier 2004.
Circulaire du CNRS du 5 mars 2004.
151

2.3.4. Durée des absences de service pour congés :
L’absence de service ne peut excéder 31 jours consécutifs. Cette durée est calculée inclusivement du premier au dernier
jour des congés, sans déduction des samedis, dimanches et jours fériés, mais avec déduction des jours de fermeture
exceptionnelle du site de l’Unité (voir rubrique « Fermeture de l’Unité »). Ceci est modifiable par les congés bonifiés
(personnes originaires des DOM-TOM) et congés cumulés (suivi d'un conjoint étranger).
2.3.5. Suivi des congés :
Afin de pouvoir adapter l’organisation du travail, chacun doit effectuer ses demandes de congés auprès de son
responsable hiérarchique par courrier écrit ou électronique, avec copie à la Direction de l’Unité. Un délai de prévenance
de 30 jours doit être respecté pour tous congés supérieurs à 1 semaine et 48h pour tous congés inférieurs à 1 semaine
(dans la mesure du possible).
Le suivi des congés (annuels et RTT) est réalisé par le secrétariat de l’Unité sous la responsabilité du Directeur, et
transmis à la Délégation (notamment pour la mise en œuvre du CET) pour les personnels CNRS ou aux Services
Administratifs du Département de rattachement de l’UMR pour les personnels UPMC et ENS. Les jours RTT sont utilisés
dans les mêmes conditions que les jours de congés annuels. Il faut au minimum 1 an d'activité dans la fonction publique
pour avoir droit aux RTT.
2.4. Absences
2.4.1. Raisons médicales :
Toute indisponibilité consécutive à la maladie dès 1 jour, doit, sauf cas de force majeure, être signalée et dûment justifiée
à la direction de l’Unité dans les 24 heures. Sous les 48 heures qui suivent l’arrêt de travail, le salarié doit produire un
certificat médical indiquant la durée prévisible de l’indisponibilité. Pour tous les agents, faire parvenir un courrier
électronique à la direction de l'Unité.
Faire parvenir les volets 1 et 2 du certificat maladie, à votre caisse d'assurance maladie, et le volet 3 à votre employeur
(direction de l'UFR pour les agents UPMC, service des ressources humaines de la délégation Paris B pour les agents
CNRS et le service des ressources humaines pour l'ENS).
Tout accident corporel survenant dans le cadre de l’activité professionnelle sera immédiatement déclaré auprès de la
Direction de l’Unité.
2.4.2. Missions :
Tout agent se déplaçant pour l’exercice de ses fonctions, doit être en possession d’un ordre de mission établi
préalablement au déroulement de la mission, délivré par son organisme employeur (CNRS, UPMC ou ENS). Ce
document est obligatoire du point de vue administratif et juridique. Il assure la couverture de l’agent au regard de la
réglementation sur les accidents de service. L’agent amené à se rendre directement de son domicile sur un lieu de travail
occasionnel sans passer par sa résidence administrative habituelle, est couvert en cas d’accident du travail sous réserve de
remplir l’une des deux conditions suivantes :
- Etre en possession d’un ordre de mission sans frais.
- Avoir une attestation délivrée par le Directeur de l’Unité.
3. Accès aux locaux
Le personnel permanent de l'UMR a accès à tous les locaux de bureau et de vie commune, aux horaires spécifiés par
l’Article 2.2.1. du présent règlement. A cet effet, les moyens nécessaires aux accès (clefs, codes...) lui seront fournis par
le secrétariat de l’Unité. L'accès aux laboratoires et dispositifs expérimentaux pourra être réglementé individuellement par
le Directeur de l’Unité, auquel cas, seul le personnel autorisé pourra accéder à ces locaux (sauf cas de force majeure). Les
personnes accueillies sur site par l’UMR (stagiaires, visiteurs) disposeront d'un accès aux locaux définis au cas par cas.
En cas de départ définitif, l’ensemble du moyen d’accès doit être rendu au secrétariat de l’Unité
4. Véhicules de service
La liste des véhicules affectés à l’UMR par les organismes de tutelle est annexée au présent règlement. L’utilisation de
ces véhicules est strictement limitée aux activités de l'UMR et restreinte aux personnes nommément autorisées par le
Directeur.
Voir la note relative à l’utilisation du véhicule CNRS de l’Unité.
5. Hygiène et sécurité
152

S’il incombe au Directeur de veiller à la sécurité et à la protection des personnels et d’assurer la sauvegarde des biens de
l’Unité, chacun doit se préoccuper de sa propre sécurité et de celle des autres. L’Unité doit veiller au respect des règles et
consignes générales applicables sur le site pour la sécurité des personnels et répondre aux demandes et consignes
particulières que peut lui adresser le responsable sécurité d’une des tutelles. Lorsque des risques particuliers existent le
Directeur de l’Unité doit les signaler et se mettre en relation avec les responsables sécurité des tutelles et de l’Unité.
5.1. ACMO
L’ACMO (Agent Chargé de la Mise en Œuvre des règles d’hygiène et de sécurité), dont la nomination est visée par les
tutelles, assiste et conseille le Directeur sur les questions d’hygiène et de sécurité. Il informe et sensibilise les personnels
travaillant dans l’Unité pour la mise en œuvre des consignes d’hygiène et sécurité. L’identité de l’ACMO est affichée
dans la salle de réunion et la salle de restauration. L’ACMO doit fournir aux personnels, dès leur arrivée, la formation et
les informations nécessaires à l’accomplissement de leur travail et au respect des consignes générales de sécurité.
Chaque nouvel entrant est tenu de suivre les formations concernant les risques liés au laboratoire.
L’organisation des secours :
• Lieu d’affichage des consignes : à chaque niveau d’escalier et à chaque issue de secours
• N° d’urgences : Pompiers 18
SAMU 15
Police Secours 17
• Les sauveteurs secouristes du travail (SST)
5.2. Prévention
Les dispositions à prendre en cas d’accident et d’incendie font l’objet d’un document spécifique et sont affichées dans la
salle de réunion et la salle de restauration. Les numéros d’urgence internes et externes doivent être affichés près des
téléphones. Le registre d’hygiène et de sécurité dans lequel les personnels peuvent consigner leurs observations et
suggestions relatives à la prévention des risques et à l’amélioration des conditions de travail est disponible dans la salle de
réunion et la salle de restauration. Les intervenants extérieurs (personnels d’entreprises...) doivent être informés du
règlement intérieur de l’Unité par leurs « invitants ».
5.3. Travaux à risques
Tous les locaux présentant un risque particulier (chimique, biologique, rayonnement...) font l’objet d’une signalétique
particulière. Leur accès fait l’objet d’un règlement spécifique affiché et signalé à tous. Les consignes spécifiques aux
postes de travail (pièces confinées, machines-outils, appareils etc.) seront, le cas échéant, annexées au présent règlement.
Il y sera précisé la conduite à tenir en cas d’incident ou d’accident. Seules les personnes réellement qualifiées pour
effectuer le travail et aptes à appliquer les mesures de prévention préconisées (en ayant au besoin suivi les formations à la
sécurité et reçu les habilitations nécessaires) sont autorisées à exercer sur ces postes de travail.
Dans le cas où des travaux dangereux sont exécutés hors horaires normaux et/ou sur des lieux isolés ou dans des locaux
éloignés, il est indispensable d’être accompagné ou d’utiliser les Dispositifs d’Alarme Travailleur Isolé (DATI) de
l’Unité.
Pour toute activité sur le terrain, la présence d’une personne ayant suivie la formation « sauveteurs secouristes du travail »
(SST) doit être de règle.
5.4. Interdiction de fumer
Il est interdit aux personnels de fumer sur les lieux de travail sauf dans les espaces découverts prévus à cet effet.
6. Formation
Le correspondant formation de l’Unité informe et conseille les personnels pour leurs besoins et demandes de formation. Il
prépare le plan de formation de l’Unité, sous le conseil et la responsabilité du Directeur d’Unité. Le plan de formation de
l’Unité est soumis pour avis au Conseil d’Unité.
7. Utilisation des moyens informatiques et téléphonie
L’utilisation du téléphone et des ressources informatiques est strictement limitée aux activités de l’UMR. L’utilisation des
moyens informatiques est soumise à des règles explicitées dans la charte informatique de l’ENS (téléchargeable sur
l’intranet de l’ENS) ou dans la charte informatique de l'UPMC (le cas échéant). Ces documents constituent avant tout un
153

code de bonne conduite. Ils ont pour objet de préciser la responsabilité des utilisateurs, en accord avec la législation, et
doivent être signés par tout nouvel arrivant et remis au service informatique selon la localisation géographique. Une
copie des documents doit rester en leur possession.
8. Diffusion des résultats scientifiques
8.1. Confidentialité
Chacun est tenu de respecter la confidentialité des travaux qui lui sont confiés ainsi que ceux de ses collègues. En
particulier, en cas de présentation à l’extérieur, l’autorisation du Directeur d’Unité ou du responsable scientifique du
projet concerné est obligatoire.
8.2. Publications
Les publications des membres de l’Unité (ainsi que toute personne ayant utilisé les moyens de chercher de l’Unité),
doivent faire apparaître l’appartenance à l’Unité et le rattachement aux tutelles sous la forme :
CNRS, Ecologie et Evolution, UMR 7625, 75005 Paris, France
UPMC, Ecologie et Evolution, UMR 7625, 75005 Paris, France
ENS, Ecologie et Evolution, UMR 7625, 75005 Paris, France
Plus adresse postale selon les auteurs:
Université Pierre et Marie Curie, 7 Quai Saint Bernard, CC 237, 75252 - PARIS Cedex 05, France
Et/ou:
Ecole Normale Supérieure, 46 rue d’Ulm, 75230 - PARIS Cedex 05, France
Un exemplaire de toutes les travaux écrits rendus publics (articles, revues, thèses, mémoires de stage, inventaires,
document cartographiques...), dont tout ou partie a été réalisé dans l’Unité, doit être remis dès parution à la Direction de
l’Unité.
9. Le code éthique du laboratoire
Ecologica Society of America Code of Ethics
http://esapubs.org/esapubs/ethics.htm.
ANNEXES
• Formulaire autorisation travailleur isolé et/ou horaires décalés.
• Compte Epargne Temps.
• Véhicules affectés à l’UMR par les tutelles. Note relative à l’utilisation du véhicule CNRS de l’Unité.
154

5. Liste des publications
Articles dans des revues à comité de lecture
ACL
2007
ACL1 Alonso-Alvarez, C., Bertrand, S., Faivre, B., Chastel, O. and Sorci, G. (2007)
Testosterone and oxidative stress: the oxidation handicap hypothesis. Proceedings of
the Royal Society B, 274: 819-825.
ACL2 Alonso-Alvarez, C., Bertrand, S., Faivre, B. and Sorci, G. (2007) Increased
susceptibility to oxidative damage as a cost of accelerated somatic growth in zebra
finches. Functional Ecology 21: 873-879.
ACL3 Alonso-Alvarez, C., Bertrand, S. and Sorci, G. (2007) Energetic reserves, leptin and
testosterone: a refinement of the immunocompetence handicap hypothesis. Biology
Letters 3: 271-274.
ACL4 Alonso-Alvarez, C., Bertrand, S. and Sorci, G. (2007) Sex-specific transgenerational
effects of early developmental conditions in a passerine. Biological Journal of the
Linnean Society 91: 469-474.
ACL5 Andersson, J., P. Bystrom, D. Claessen, L. Persson and A.M. de Roos. (2007).
Stabilization of population fluctuations due to cannibalism promotes resource
polymorphism in fish. The American Naturalist, 169: 820-829.
ACL6 Annan, Z., Duran, P., Ayala, F. J., Amathau, C., Awono-Ambene, P., Simard, F.,
Razakandrainibe, F. G., Koella, J. C., Fontenille, D. and Renaud, F. (2007)
Population genetic structure of Plasmodium falciparum in the two main African
vectors, Anopheles gambiae and Anopheles funestus. Proceedings of the National
Academy of Sciences, 104: 7987-7992.
ACL7 Balbontín, J., Hermosell, G. I., Marzal, A., Reviriego, M., de Lope, F. and Møller, A.
P. (2007) Age-related change in breeding performance in early life is associated with
an increase in competence in the migratory barn swallow Hirundo rustica. Journal of
Animal Ecology 76: 915-925.
ACL8 Biard C., Surai P.F.and Møller A.P. (2007) An analysis of pre- and post-hatching
maternal effects mediated by antioxidants in the blue tit. Journal of Evolutionary
Biology 20, 326-339.
ACL9 Bocher A., Tirard C.and Doums C. (2007) Phenotypic plasticity of immune defence
linked with foraging activity in the ant Cataglyphis velox. Journal of Evolutionary
Biology 20, 2228-2234.
ACL10 Bose M., Le Gouar P., Arthur C., Larnbourdiere J., Choisy J.P., Henriquet S.,
155

Lecuyer P., Richard M., Tessier C., and Sarrazin F. (2007) Does sex matter in
reintroduction of griffon vultures Gyps fulvus? Oryx, 41, 503-508.
ACL11 Burgarella, C., Navascués, M., Soto, A., Lora, A. and Fici, S. (2007) Narrow genetic
base in forest restoration with holm oak (Quercus ilex L.) in Sicily. Annals of Forest
Sciences 64: 757-763.
ACL12 Cassey, P., Ewen, J. G., Boulton, R. L., Karadas, F., Møller, A. P. and Blackburn, T.
M. (2007) Non-destructive method for the extraction of maternally derived egg yolk
carotenoids. Journal of Field Ornithology 78: 314-321.
ACL13 Cazelles, B., Chavez, M., Constantin de Magny, G., Guégan, J.F. & Hales, S., (2007)
Time dependent spectral analysis of epidemiological time series with wavelets. J.
Royal Soc Interface, 4, 625-636.
ACL14 Champagnat, N. and Lambert, A. (2007) Evolution of discrete populations and the
canonical diffusion of adaptive dynamics. Annals of Applied Probability 17: 102-155.
ACL15 Champagnat N, Ferriere R & Meleard S (2007) Individual-based probabilistic models
of adaptive evolution and various scaling approximations. Progress in Probability 59:
75-113.
ACL16 Claessen, D., J. Andersson, L. Persson and A.M. de Roos. (2007). Delayed
evolutionary branching in small populations. Evolutionary Ecology Research 9: 51-69.
ACL17 Clémencet J., Doums C., (2007) Habitat-related microgeographic variation of worker
size and colony size in the ant Cataglyphis cursor. Oecologia, 152, 211-218.
ACL18 Constantin de Magny, G., Guégan, J.F., Petit, M. & Cazelles, B. (2007) Regionalscale
climate variability synchrony of cholera epidemics in West Africa. BMC
Infectious Diseases, 7, 20.
ACL19 Cornet S., Biard C.and Moret Y. (2007) Is there a role for antioxidant carotenoids in
limiting self-harming immune response in invertebrates? Biology Letters 3, 284-288.
ACL20 Cote, J. and Clobert, J. (2007) Social information and emigration: Lessons from
immigrants. Ecology Letters 10: 411-417.
ACL21 Cote, J. and Clobert, J. (2007) Social personalities influence natal dispersal in a
lizard. Proceedings of the Royal Society B, 274: 383-390.
ALC22 Cote, J., Clobert, J. and Fitze, P. S. (2007) Mother-offspring competition promotes
colonisation success. Proceedings of the National Academy of Sciences, 104: 9703-
9708.
ACL23 Cuervo, J. J., Møller, A. P. and de Lope, F. (2007) Hematocrit is weakly related to
condition in nestling barn swallows Hirundo rustica. Ibis 149: 128-134.
ACL24 De Monte S., d’Ovidio F., Danø S. and Sørensen P.G. (2007) Dynamical quorum
sensing: Population density encoded in cellular dynamics. Proceedings of the
National Academy of Sciences, 104 (47), 18377-18381.
ACL25 de Roos, A.M., T. Schellekens, T. van Kooten, K. van de Wolfshaar, D. Claessen and
L. Persson (2007). Food-dependent growth leads to overcompensation in stagespecific
biomass when mortality increases: the influence of maturation versus
reproduction regulation. The American Naturalist, 170: E59-E76.
ACL26 Eizaguirre C., Laloi D., Massot M., Richard M., Federici P., and Clobert J. (2007)
Condition-dependence of reproductive strategy and the benefits of polyandry in a
viviparous lizard. Proceedings of the Royal Society B, 274, 425-430.
156

ACL27 de Ayala, R. M., Saino, N. and Møller, A. P. (2007) Mouth coloration of nestlings
covaries with offspring quality and influences parental feeding behavior. Behavioral
Ecology 18: 526-534.
ACL28 Evans MEK, Ferriere R, Kane MJ & Venable DL (2007) Bet hedging via seed banking in
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INV87 Van Dooren T.J.M (2012) South-American annual killifish: a vertebrate model for the
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Communications avec actes dans un congrès national
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2010
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2011
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Communications orales sans actes dans un congrès international ou
national
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(Société Française pour l’Etude du Comportement Animal), Université Paris, France.
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linked with foraging activity in the ant Cataglyphis velox. Congrès annuel de la
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COM8 Chéron B ., Doums C., Monnin T., (2007) Colony reproduction by fission in ants.
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des pêcheries thonières dans l’Océan Indien. VIIIème Congrès de l’AFH. Aquarium de
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approach between the Indian and the Atlantic oceans. First CLIOTOP (CLimate
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pour l’Étude du Comportement Animal (SFÉCA), Villetaneuse, 18-20 avril 2007, p14.
COM22 Plantegenest M., Frantz A., Fabre F., Vialatte A., Dedryver C. and Simon J.C.
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2008
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and related concepts: methods and illustrations”. Paris, October 2008.
COM30 Ballesteros, S. & Cazelles, B. (2008) Source-sink dynamics, self-organization and the
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epidemiological dynamics of influenza A virus in humans. Epidemics, First
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COM33 Camacho, A., Ballesteros, S. & Cazelles, B. (2008) Limitations of the Van Kampen
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related concepts: methods and illustrations”. Paris, October 2008.
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COM36 Corbineau, A., Rouyer, T., Fromentin, J.M., Cazelles, B. & Ménard, F., 2008. Large
pelagic fisheries and climate variability: a comparative analysis of the spatiotemporal
patterns in the tropical Indian, Atlantic and Pacific Oceans. Fourth
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an application on cave bear ancient DNA (an update). Evosud, Orsay, France.
COM38 Devès A.L., Doums C., Haussy C., Tirard C., (2008) Phenoloxydase activity in queens
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Belgique.
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COM45 Peeters C., (2008) Fission of ant colonies and recurrent evolution of ergatoid
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genus Monomorium, and life history of M. algiricum. Annual Congress of North
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COM49 Ballesteros, S., Camacho, A. & Cazelles, B. (2009) Chaotic dynamics with uniform
phase in influenza epidemics: from theory to observations. BICS Conference,
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observations. International Conference on Mathematical Biology and 2009 Annual
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Vancouver, Canada. July 2009.
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COM52 Camacho, A., Ballesteros, S. & Cazelles, B. (2009) Disentangling between different
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England. July 2009.
COM53 Cazelles, B. (2009)Taking into account the spatial dimension in the analysis of nonstationary
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Conference on Infectious Disease Dynamics. Athens, Greece, December 2009.
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COM56 De Monte S. (2009) Structuration of phytoplankton communities in the open ocean;
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COM57 Depaulis, F., and Navascués M. (2009). Detecting hybridization from introgressed
blocks of polymorphisms. International Conference on Polyploidy and Hybridization,
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COM58 Deygout C., Duriez O., Sarrazin F. & Bessa-Gomes C. Modelling the impact of feeding
stations on the foraging behaviour of endangered avian scavengers. 3rd European
Conservation Biology Conference. Prague, Rép. Tchèque, 1-5 septembre 2009.
COM59 Deygout C., Duriez O., Sarrazin F. & Bessa-Gomes C. Modelling social foraging and
resource predictability in the case of vultures. Conference on Mathematical Models
in Ecology and Evolution. U. of Bristol, UK, 10-11 septembre 2009.
COM60 Doums C., (2009) Utilisation facultative de la parthénogenèse thélitoque pour la
reproduction de sexués chez la fourmi Cataglyphis cursor. Congrès annuel de la
section française de IUSSI, Bondy, 2-4 Septembre 2009, p26.
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collembole: une approche expérimentale. 36èmes journées des Entomophagistes.
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COM62 Hauzy C., Tully T., Spataro T., Paul G. & Arditi R. Predation in heterogeneous
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response. British Ecological Society meeting. Hertfordshire, UK, 9 septembre 2009.
COM63 Jacquin L., Cazelles B., Julliard A-C, Leboucher G. and Gasparini J. (2009) Impacts
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Congrès annuel de la section française de IUSSI, Bondy, 2-4 septembre 2009.
COM65 Tirard C, Haussy C and Doums C (2009). Activité phénoloxydase en relation avec les
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COM68 Adiba S. et al. (2010) From grazing resistance to pathogenesis: the coincidental
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COM69 Adiba S. et al. (2010) From unstable interactions to balanced coexistence. Stabeco
Workshop. Paris, mai 2010.
COM70 Adiba S., Nizak C., van Baalen M., Denamur E., and Depaulis F. (2010). From grazing
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antigenic drift for influenza evolution: A quantitative approach based on time-series
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Influenza Reinfection: Likely Mechanisms and Potential Impacts during a Pandemic.
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Des fourmis animées pour vulgariser écologie et évolution: 2 films de 8 mins
Nous, les fourmis… Chasseuses solitaires (coproduction CNRS Images)
Nous, les fourmis… Au début, la reine
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