Biotecnologia

Figura 3 - Genotipagem em sistema de multiplex. Aqui um único indivíduo foi genotipado para quatro diferentesSNPs. Podemos ver que o indivíduo genotipado é homozigoto CC para o SNP1, homozigoto GG para o SNP2,heterozigoto AT para o SNP3 e homozigotoTT para o SNP4das para a identificação e mapeamentode SNPs. Como resultadodesse projeto, foram identificados,até o momento, mais de 20 milSNPs humanos. As informações demapeamento e caracterização decada polimorfismo estão disponibilizadasem bancos de dados públicos(http://gai.nci.nih.gov, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP).No Brasil, utilizando as seqüênciasgeradas pelo Projeto GenomaFigura 4 - Exemplo de análise deum polimorfismo por RFLP, ondea presença do nucleotídeo C criaum sítio de restrição para aenzima de restrição. Gel deagarose contendo na raia 1 umindivíduo homozigoto CC, na raia2 um homozigoto TT e na raia 3um heterozigoto TC (apenas oalelo C é digerido)do Câncer Humano (FAPESP/LICR-HCGP), encontra-se em andamentouma iniciativa de identificaçãode SNPs na região codificadora degenes humanos (HCGP-SNP, http://bit.fmrp.usp.br/hcgp_snp). Osdados produzidos até o momentoresultaram na identificação e validaçãoexperimental de novos SNPshumanos, que estão sendo avaliadosem população normal para determinaçãode freqüência alélica eem amostras derivadas de diferentestumores.É importante ressaltar que nosprojetos de identificação de SNPs,principalmente aqueles em largaescala, a participação de uma equipede bioinformática é fundamental.Graças ao desenvolvimento tecnológicode softwares e de equipamentoscada vez mais robustos esofisticados, vem sendo possívelgerar e analisar um grande númerode dados de seqüências de DNA.Inicialmente, as abordagens dedetecção de SNPs consistiam emamplificar fragmentos genômicosequivalentes, de regiões gênicascandidatas a determinado fenótipo(predisposição a uma doença neuropsiquiátrica,por exemplo), doDNA de vários indivíduos, entregrupos teste e controle, e compararsuas seqüências buscando variações.Atualmente, a maior partedos estudos desenvolvidos visandoa identificação de SNPs em largaescala tem explorado as milharesde seqüências presentes nos bancosde dados, incluindo clones genômicose, principalmente, seqüênciasde cDNA ou ESTs (ExpressedSequence Tags). Os bancos de dadosde ESTs apresentam um elevadograu de redundância, e o fato deas seqüências serem derivadas detecidos de vários indivíduos tornaa utilização desses bancos muitopromissora para a identificação depolimorfismos.As ferramentas de bioinformáticasão utilizadas em várias etapasdo estudo de polimorfismos, desdea identificação das variações até apredição do efeito delas. Outraaplicação importante é a construçãoe manutenção de bancos dedados e de ferramentas que podemser acessadas pela internet. Essesbancos atuam como sedes de referênciapara a deposição de SNPs,sendo que no maior banco públicode polimorfismos, que é mantidopelo National Center for BiotechnologyInformation (dbSNP, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP), jáestão depositados mais de 4,1 milhõesde SNPs humanos e um númeroconsiderável de polimorfismosde outras espécies.Apesar da indiscutível contribuiçãoda bioinformática na identificaçãode SNPs, a necessidade de26 Biotecnologia Ciência & Desenvolvimento - nº 26- maio/junho 2002