Kemisk Fagprojekt Hemoglobin og Myoglobin Studier af det Aktive Site
Kemisk Fagprojekt Hemoglobin og Myoglobin Studier af det Aktive Site
Kemisk Fagprojekt Hemoglobin og Myoglobin Studier af det Aktive Site
You also want an ePaper? Increase the reach of your titles
YUMPU automatically turns print PDFs into web optimized ePapers that Google loves.
7.3 Modellering <strong>af</strong> data 8 KONKLUSION<br />
7.3 Modellering <strong>af</strong> data<br />
Ved modellering <strong>af</strong> EXAFS kræves der en forudg˚aende forst˚aelse for, hvordan<br />
systemet ser ud rent geometrisk. Under egen databehandling er <strong>det</strong> bl.a.<br />
antaget, at systemet har origo omkring jernatomet, <strong>og</strong> at alle nitr<strong>og</strong>en<strong>af</strong>stande<br />
er lige lange. Skulle <strong>det</strong>te ikke være tilfæl<strong>det</strong>, er resultaterne forkerte.<br />
Dette ville naturligvis p˚avirke R-værdien, men ved brug <strong>af</strong> nok tilnærmelser<br />
ville <strong>det</strong> alligevel være muligt at opn˚a en god R-værdi, selvom modellen er<br />
forkert.<br />
Ved selve databehandlingen indg˚ar en vis subjektivitet, i<strong>det</strong> fastsættelsen<br />
<strong>og</strong> <strong>af</strong>skæring <strong>af</strong> grænser er et skøn. Spliningen er <strong>og</strong>s˚a en tilnærmelse, <strong>og</strong><br />
disse to faktorer tilsammen kan give en stor forskel i <strong>det</strong> endelige spektrum.<br />
Derudover ligger, som ved andre fag, <strong>og</strong>s˚a en del erfaring <strong>og</strong> ekspertise i at<br />
modellere den bedste model.<br />
Endvidere er der <strong>og</strong>s˚a et sæt ekstra parametre, som kan l˚ases <strong>af</strong>hængigt <strong>af</strong><br />
computerpr<strong>og</strong>rammet, der benyttes. Eksempler er artikler, der angiver største<br />
værdier for σ 2 , maksimale bindingslændger, vinkler mellem atomerne[16]<br />
samt vægter disse, bl.a. maksimal forskel i σ 2 mellem indbyrdes ligander,<br />
størst tilladte margin for ændringer i bindingslængder/vinkler varierende for<br />
hver ligand[19].<br />
7.4 Afvigelser<br />
De fundne resultater i litteraturen har alle <strong>af</strong>vigelser p˚a < ±0, 02 − 0, 03˚A.<br />
Afvigelserne best˚ar <strong>af</strong><br />
8 Konklusion<br />
De fundne <strong>af</strong>stande for ligander omkring jern-atomet i cytochrome c stemmer<br />
godt overens med dem fra andre XAFS studier, men <strong>af</strong>viger d<strong>og</strong> lidt fra<br />
dem fun<strong>det</strong> ved røntgenkrystall<strong>og</strong>r<strong>af</strong>i. Geometrien omkring porphyrinringen<br />
i hhv. my<strong>og</strong>lobin <strong>og</strong> cytochrome c er <strong>og</strong>s˚a forskellig, <strong>og</strong> <strong>det</strong>te kan kædes<br />
sammen med forskellen i liganden, som udgøres <strong>af</strong> dioxygen (Met-Mb), Svovl<br />
(cytochrome c), eller ingenting (Deoxy-Mb).<br />
Selvom røntgenkrystall<strong>og</strong>r<strong>af</strong>i er en velkendt <strong>og</strong> p˚alidelig metode, har EXAFS<br />
stadig fordele. Med EXAFS er <strong>det</strong> muligt at m˚ale p˚a substanser der ikke kan<br />
krystalliseres. Endvidere i takt med at data forbedres, vil <strong>det</strong> være muligt<br />
at opstille endnu mere præcise modeller for miljøet omkring metalatomer i<br />
proteiner.<br />
En svaghed ved EXAFS er d<strong>og</strong> stadig, at med nok parametre kan enhvert<br />
28
Change language