Kärntner Schaf - Verein Kärntner Brillenschafe

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• Distanz nach Cavalli-Sforza & Edwards Cav.-Sfz. (CAVALLI-SFORZA &
EDWARDS, 1967)
Alle diese Distanzen wurden mit dem Softwareprogramm Genetix v.4.01 berechnet. Nach
EDING u. LAVAL (1999) sollen die Distanzma„ e Neimin und DREY besonders gut fur die
Differenzierung von Rassen geeignet sein. Sie wurden fu r kurze Divergenzzeiten, wie das bei
Rassen, v.a. innerhalb eines Kontinents der Fall ist, entwickelt. Da es generell schwierig ist,
die Eignung verschiedener Distanzma„ e fu r die jeweilige Situation zu beurteilen, wurde durch
eine Korrelationsmatrix versucht, darzustellen, inwieweit die hier verwendeten Distanzma„ e
zu unterschiedlichen Ergebnissen fu hren.
Das Konstruieren von phylogenetischen Baumen kann zur Darstellung von genetischen
Distanzen verwendet werden. Das konnen die Distanzen zwischen Populationen sein
(Populationsbaum) oder aber zwischen einzelnen Individuen (Individuenbaum). Fur den
Populationsbaum wurde das Distanzma„ nach Reynolds (REYNOLDS et al., 1983)
verwendet. Mit dem Softwareprogramm Microsat v.1.5d (MINCH et al., 1995,
http://hpgl.stanford.edu/projects/microsat/) wurde eine durchschnittliche Distanzmatrix aus
100 Wiederholungen erstellt und diese dann dazu genutzt, einen phylogenetischen Baum nach
dem “ Neighbor-Joining® -Verfahren (SAITOU & NEI, 1987) zu konstruieren. Dafu r wurde
das Softwarepaket Phylip (FELSENSTEIN, 1993,
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html) verwendet. Es wurde auch ein
Individuenbaum erstellt, d.h. als taxonomische Einheiten (OTU) wurden einzelne Individuen
betrachtet. In diesem Fall wurden die Distanzen zwischen den Individuen aufgrund der
Anteile an gemeinsamen Allelen (“proportion of shared alleles® ) berechnet (BOWCOCK et
al., 1994). Die Darstellung der phylogenetischen Baume erfolgte mit dem Softwareprogramm
TreeViewPPC ’ v.1.6.5. (PAGE, 1996, http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html).
Mit dem Softwareprogramm Genetix v.4.01 wurde eine Hauptfaktorenanalyse (Principal
Components Analysis, PCA) nach CAVALLI-SFORZA et al., (1994) durchgefu hrt. Dabei
handelt es sich um ein statistisches Verfahren, mit dem genetische Daten kondensiert werden,
um genetische Differenzierungen von Populationen graphisch darstellen zu konnen.
Es wurde auch untersucht, wie sicher sich die Individuen aufgrund der genetischen Daten
ihrer Ursprungspopulation zuordnen lassen (“breed assignment® ), denn auch das gibt
Hinweise darauf, wie gut die einzelnen Populationen genetisch differenziert sind. Als
Grundlage dafu r konnen die genetischen Distanzen zwischen den Individuen und den
jeweiligen Populationen verwendet werden oder die Genotypen der Individuen im Verhaltnis
zu den Allelfrequenzen der verschiedenen Populationen. Im ersten Ansatz werden die
Individuen der Population zugeordnet, zu der die genetische Distanz die geringste ist. Die
zweite Methode ordnet die Individuen der Population zu, in der der Genotyp des Individuums
mit der gro„ ten Wahrscheinlichkeit vorkommt. Das Softwareprogramm GeneClass v.1.0.02
(CORNUET et al., 1999, http://www.ensam.inra.fr/URLB/geneclass/geneclass.html) bietet
die Moglichkeit, beide Methoden auszuprobieren und wurde unter verschiedenen
Bedingungen auf den Datensatz angewendet.
Ein ebenfalls auf Allelfrequenzen beruhender Ansatz liegt dem Softwareprogramm Structure
(PRITCHARD et al., 2000, http://www.stats.ox.ac.uk/~pritch/software.html) zugrunde mit
dem Unterschied, dass hier a priori keine Populationen definiert werden. Vielmehr kann die
Strukturierung in einer Population erst erkannt oder eine vorher definierte Populationsstruktur
bestatigt werden. Dafu r wurden mehrere Laufe mit dem Programm Structure durchgefu hrt
und dabei verschieden viele Populationen angenommen. Die Anzahl an Populationen, die am