52 Gülşah Koç et. al. Vogt, PH, Edelman A, Kirsch S, Henegariu O, Hirschmann P, Keisewetter. Human Y chromosome azospermic factors (AZF) mapped to different subregions in Yq11. Hum Mol Genet 5: 933-45, 1996. Vollrath D, Foote S, Hilton A. The human Y chromosome: A 43 interval map based on naturally occuring deletions. Science. 258:52-9, 1992.
<strong>Journal</strong> <strong>of</strong> <strong>Cell</strong> <strong>and</strong> <strong>Molecular</strong> <strong>Biology</strong> 7(2) & 8(1): 53-70, 2010 Research Article <strong>Haliç</strong> University, Printed in Turkey. http://jcmb.halic.edu.tr Do simple sequence repeats in replication, repair <strong>and</strong> recombination genes <strong>of</strong> mycoplasmas providing genetic variability? Seema TRIVEDI Computational <strong>Biology</strong> Lab., Department <strong>of</strong> Zoology, JN Vyas University, Jodhpur (Rajasthan), India (author for correspondence; svtrived@hotmail.com) Received: 25 December 2009; Accepted: 14 May 2010 Abstract Simple sequence repeats (SSRs) or microsatellites are mono to hexa-nucleotide t<strong>and</strong>em repeats <strong>of</strong> DNA that are ubiquitous in intergenic regions <strong>and</strong> coding regions <strong>of</strong> genomes. SSRs may be essential for any genome as these repeats are found even in organisms like mycoplasmas (class Mollicutes) that have small genome size. Mollicutes cause different diseases in vertebrates including humans, insects <strong>and</strong> plants. Antibiotics have been developed against membrane proteins <strong>and</strong> replication related proteins like gyrase <strong>and</strong> topoisomerase. However, some pathogens have developed immunity against these drugs. Mycoplasmas can evade host immune response in which SSRs variations in membrane proteins play an important role. The present study seeks presence <strong>of</strong> di- to penta-nucleotide repeats in genes associated with DNA replication, repair <strong>and</strong> recombination in thirteen mycoplasma genomes. Association <strong>of</strong> SSRs with these genes may have potential to provide variability for evading antibiotics against replication, repair <strong>and</strong> recombination proteins. In the present study SSRs are present in few genes but among the repeats found, maximum repeats are present in methylase, DNA polymerase, excinuclease <strong>and</strong> topoisomerase genes. Maximum number <strong>of</strong> repeat types are dinucleotides but present only in M. pulmonis. Pentanucleotide repeats are present in three mycoplasmas but tetranucleotide repeats are present in eight mycoplasmas. Keywords: Microsatellites, Mycoplasma, repair, replication, simple sequence repeats Mikoplazmanın replikasyon, tamir ve rekombinasyon genlerindeki basit dizi tekrarları genetik çeşitlilik mi sağlıyor? Özet Basit dizi tekrarları (SSR) veya mikrosatelitler, genomun intergenik bölgelerinde ve kodlanan bölgelerinde sıkça rastlanan, DNA’nın birden (mono) altıya (hekza) kadar ard arda gelen nükleotit tekrarlarıdır. Bu tekrarlar mikoplazma (Mollicutes sınıfı) gibi küçük genom büyüklüğüne sahip bir organizmada bile bulunduğundan, SSR’ler herhangi bir canlı için elzem olabilir. Mollicutes, insan, böcek ve bitkileri de içeren omurgalılarda çeşitli hastalıklara yol açarlar. Zar proteinlerine ve giraz, topoizomeraz gibi replikasyonla alakalı proteinlerine karşı antibiyotikler geliştirilmiştir. Ancak, bazı patojenler bu ilaçlara karşı bağışıklık kazanmışlardır. Zar proteinlerindeki SSR varyasyonlarının mikoplazmaların konakçı hücrenin bağışıklık tepkisinden kaçmalarında önemli bir rolü olabilir. Bu çalışma, onüç mikoplazma genomunda DNA replikasyonu, tamiri ve rekombinasyonu ile ilgili genlerdeki ikiliden (di-) beşliye (penta-) kadar olan nükleotit tekrarlarını araştırır. Bu genlerin SSR’ler ile ilişkisi, replikasyon, tamir ve rekombinasyon proteinlerine karşı geliştirilen antibiyotiklerden kaçmaları için çeşitlilik sağlamada potansiyele sahip olabilir. Bu çalışmada, SSR’ler birkaç gende mevcuttur, ama bulunan tekrarlar arasında en fazla tekrar metilaz, DNA polimeraz, ekzinükleaz ve topoizomeraz genlerinde vardır. Tekrar tiplerinden en fazla sayıda bulunanlar dinükleotitlerdir ancak sadece M. Pulmonis’de bulunur. Pentanükleotit tekrarları üç mikoplazmada, ama tetranükleotit tekrarları sekiz mikoplazmada mevcuttur. Anahtar Sözcükler: Mikrosatelitler, mikoplazma, tamir, replikasyon, basit dizi tekrarları
Change language