Download - Journal of Cell and Molecular Biology - Haliç Üniversitesi
Download - Journal of Cell and Molecular Biology - Haliç Üniversitesi
Download - Journal of Cell and Molecular Biology - Haliç Üniversitesi
Create successful ePaper yourself
Turn your PDF publications into a flip-book with our unique Google optimized e-Paper software.
84<br />
Dağıtım:<br />
ftp://ftp.isrec.isb-sib.ch/pub/s<strong>of</strong>tware/java/dotlet<br />
Kullanım Sınırlamaları<br />
Dotlet 10,000 amino asit ya da nükleotitten daha<br />
kısa uzunluktaki diziler için ideal bir ikili<br />
karşılaştırma aracıdır. Böylece çoğu protein dizileri<br />
için yardımcı olabilir ama ufak DNA dizileri için<br />
sınırlanmıştır.<br />
Çevrimiçi Dotlet Erişilebilirliği<br />
IBM users): http://myhits.isb-sib.ch/cgibin/dotlet<br />
(Mac users): http://www.isrec.isbsib.ch/java/dotlet/Dotlet.html<br />
Diğer Çevrimiçi Dot Plot Programları<br />
Dnadot<br />
Bu program protein ya da DNA dizilerinin 100,000<br />
uzunluğundaki bir dizi karakterini kullanabilir ve<br />
Java dilini kullanarak dizayn edilebilir. Dnadot’a<br />
aşağıdaki URL ile çevrimiçi ulaşılabilir:<br />
http://arbl.cvmbs.colostate.edu/molkit/dnadot/<br />
http://www.vivo.colostate.edu/molkit/dnadot/<br />
Dotter<br />
Bu program da protein ya da DNA dizilerinin<br />
100,000 uzunluğundaki bir dizi karakterini Dnadot<br />
gibi kullanabilir. Bununla birlikte, platform olarak<br />
Unix, Linux ve Windows kullanılarak dizayn<br />
edilebilir. Aşağıdaki URL ile çevrimiçi erişilebilir:<br />
http://www.cgr.ki.se/cgr/groups/sonnhammer/Dotte<br />
r.html<br />
Dottup<br />
Bu program önceki program gibi DNA’nın aynı<br />
aralığını kullanmasına rağmen tüm genom için de<br />
kullanılabilir. Platform olarak Unix ve Linux<br />
kullanabilir. “Emboss” paketinde kullanışlı<br />
birleştirilmiş bir modül olarak çevrimiçi ulaşılabilir.<br />
URL: http://emboss.sourceforge.net/<br />
Kaynaklar<br />
Junier T. ve Pagni M. (2000) Dotlet: web<br />
tarayıcısındaki diyagonal plotlar. Biyoinformatik.<br />
16(2):178-9.<br />
Ahmed MANSOUR<br />
Genetik Bölümü,<br />
Ziraat Fakültesi,<br />
Zagazig <strong>Üniversitesi</strong>, Mısır