16.07.2013 Views

Download - Journal of Cell and Molecular Biology - Haliç Üniversitesi

Download - Journal of Cell and Molecular Biology - Haliç Üniversitesi

Download - Journal of Cell and Molecular Biology - Haliç Üniversitesi

SHOW MORE
SHOW LESS

Create successful ePaper yourself

Turn your PDF publications into a flip-book with our unique Google optimized e-Paper software.

84<br />

Dağıtım:<br />

ftp://ftp.isrec.isb-sib.ch/pub/s<strong>of</strong>tware/java/dotlet<br />

Kullanım Sınırlamaları<br />

Dotlet 10,000 amino asit ya da nükleotitten daha<br />

kısa uzunluktaki diziler için ideal bir ikili<br />

karşılaştırma aracıdır. Böylece çoğu protein dizileri<br />

için yardımcı olabilir ama ufak DNA dizileri için<br />

sınırlanmıştır.<br />

Çevrimiçi Dotlet Erişilebilirliği<br />

IBM users): http://myhits.isb-sib.ch/cgibin/dotlet<br />

(Mac users): http://www.isrec.isbsib.ch/java/dotlet/Dotlet.html<br />

Diğer Çevrimiçi Dot Plot Programları<br />

Dnadot<br />

Bu program protein ya da DNA dizilerinin 100,000<br />

uzunluğundaki bir dizi karakterini kullanabilir ve<br />

Java dilini kullanarak dizayn edilebilir. Dnadot’a<br />

aşağıdaki URL ile çevrimiçi ulaşılabilir:<br />

http://arbl.cvmbs.colostate.edu/molkit/dnadot/<br />

http://www.vivo.colostate.edu/molkit/dnadot/<br />

Dotter<br />

Bu program da protein ya da DNA dizilerinin<br />

100,000 uzunluğundaki bir dizi karakterini Dnadot<br />

gibi kullanabilir. Bununla birlikte, platform olarak<br />

Unix, Linux ve Windows kullanılarak dizayn<br />

edilebilir. Aşağıdaki URL ile çevrimiçi erişilebilir:<br />

http://www.cgr.ki.se/cgr/groups/sonnhammer/Dotte<br />

r.html<br />

Dottup<br />

Bu program önceki program gibi DNA’nın aynı<br />

aralığını kullanmasına rağmen tüm genom için de<br />

kullanılabilir. Platform olarak Unix ve Linux<br />

kullanabilir. “Emboss” paketinde kullanışlı<br />

birleştirilmiş bir modül olarak çevrimiçi ulaşılabilir.<br />

URL: http://emboss.sourceforge.net/<br />

Kaynaklar<br />

Junier T. ve Pagni M. (2000) Dotlet: web<br />

tarayıcısındaki diyagonal plotlar. Biyoinformatik.<br />

16(2):178-9.<br />

Ahmed MANSOUR<br />

Genetik Bölümü,<br />

Ziraat Fakültesi,<br />

Zagazig <strong>Üniversitesi</strong>, Mısır

Hooray! Your file is uploaded and ready to be published.

Saved successfully!

Ooh no, something went wrong!