Download - Journal of Cell and Molecular Biology - Haliç Üniversitesi
Download - Journal of Cell and Molecular Biology - Haliç Üniversitesi
Download - Journal of Cell and Molecular Biology - Haliç Üniversitesi
You also want an ePaper? Increase the reach of your titles
YUMPU automatically turns print PDFs into web optimized ePapers that Google loves.
74<br />
Yazılım Dizaynı<br />
T-C<strong>of</strong>fee bir açık kaynak ücretsiz yazılımdır.<br />
Verilen bir dizi seti (Protein, DNA ya da RNA) için<br />
çoklu dizi hizalaması oluşturmaktadır. Tc<strong>of</strong>fee’nin<br />
en son versiyonu 5.65’tir. UNIX ya da Micros<strong>of</strong>t<br />
Windows/Cywin ile çalışır. Sürüm 2.00 ve üzeri<br />
yapıları ve dizileri birleştirebilir. Bu dizaynda<br />
Bioperl kullanır. Arabirim karmaşık olmayan terim<br />
ve anlatımlarla kendiliğinden anlaşılır.<br />
EXPRESSO, Taylor ve Orengo tarafından yazılan<br />
bir program olan SAP’ı kullanarak yapıları hizaya<br />
sokar. Dizileri ve yapıları Kenji Mizuguchi’den bir<br />
dizi paketi (Cambridge üniversitesinde Tom<br />
Blundell’s Laboratuarında geliştirilen) olan<br />
FUGUE’yi kullanarak hizaya sokar.<br />
www.tc<strong>of</strong>fee.org üzerinde CORE sunucusu en<br />
yaygın formatların (MSF, ALN, FASTA ve PIR)<br />
herhangi biriyle çoklu dizi hizalama kalitesini<br />
değerlendirebilir.<br />
Kullanımda sınırlamalar<br />
- Tc<strong>of</strong>fee için input maksimum dizi sayısı 50 ve<br />
maksimum dizi uzunluğu 2000’e kadar<br />
sınırl<strong>and</strong>ırılmıştır.<br />
- Veriler sunucu üzerinde sadece dokuz gün<br />
kullanılabilir olarak kalacaktır. Sonra<br />
silinecektir.<br />
- Kaynaklarını kullanırken Tc<strong>of</strong>fee yazarlarına<br />
atıfta bulunmak önemlidir. Örneğin,<br />
Tc<strong>of</strong>fee’nin sınırlı sürümünü kullanırsanız<br />
belirtilen makaleye atfedin:-<br />
Notredame, D. Higgins, J. Heringa . T-C<strong>of</strong>fee: A<br />
novel method for multiple sequence alignments.<br />
<strong>Journal</strong> <strong>of</strong> <strong>Molecular</strong> <strong>Biology</strong>, Vol 302, pp205-<br />
217, 2000.<br />
Aksi takdirde, kull<strong>and</strong>ığınız sunucuya karşılık<br />
gelen makaleye atıfta bulunun<br />
(www.tc<strong>of</strong>fee.org üzerindeki her sunucuyla<br />
alakalı “cite” tuşuna tıklayarak).<br />
Tc<strong>of</strong>fee’nin aygıtları, belirli özellikleri ve<br />
yeni özellikler<br />
Hizalama<br />
TCOFFEE (normal ya da gelişmiş düzeyde): Çoklu<br />
dizi hizalama ve ilişkilendirilmiş filogenetik<br />
ağacı hesaplar.<br />
EXPRESSO (3DC<strong>of</strong>fee) (normal ya da gelişmiş<br />
düzeyde): Bu sunucu yapı temelli Çoklu Dizi<br />
Hizalamalarını hesaplar.<br />
MCOFFEE (normal ya da gelişmiş düzeyde):<br />
Birkaç çoklu dizi hizalama paketininin (PCMA,<br />
Poa, Mafft, Muscle, T-C<strong>of</strong>fee, ClustalW,<br />
ProbCons, DialignT) output’unu (çıkış)<br />
birleştirerek çoklu dizi hizalama ve ilişkilendirilmiş<br />
filogenetik ağacı hesaplar.<br />
COMBINE (normal ya da gelişmiş düzeyde): iki<br />
(veya daha fazla) çoklu dizi hizalamalarını tek<br />
bir tanesinde birleştirir.<br />
RCOFFEE (normal ya da gelişmiş düzeyde):<br />
RNAplfold tarafından oluşturulan tahmini<br />
ikincil yapıları kullanarak Kodlanmayan RNA<br />
Dizilerinin Çoklu Dizi Hizalaması.<br />
Değerlendirme<br />
CORE (normal ya da gelişmiş düzeyde):<br />
Hizalamanızı ve kötü kısımlarının mavi iyi<br />
olanların kırmızı olduğu renkli çıktılarınızı<br />
değerlendirir. Hizalamanız en azından dört dizi<br />
içermelidir.<br />
iRMSD-APDB (normal ya da gelişmiş düzeyde):<br />
İkili olarak doğru bir şekilde hizalanmış ya da<br />
yapıları bilinen dizilerin çoklu hizalamasında<br />
sütunların oranını tahmin eden APDB<br />
kullanarak Çoklu Dizi Hizalamasını değerlendirir.<br />
Dünya çapında kullanılabilir Tc<strong>of</strong>fee<br />
sunucuları listesi<br />
- www.tc<strong>of</strong>fee.org<br />
- http://tc<strong>of</strong>fee.vital-it.ch/cgibin/Tc<strong>of</strong>fee/tc<strong>of</strong>fee_cgi/index.cgi<br />
- http://www.es.embnet.org/Services/MolBio/tc<strong>of</strong>fee/<br />
- http://www.ebi.ac.uk/t-c<strong>of</strong>fee/<br />
Ahmed MANSOUR<br />
Genetik Bölümü,<br />
Ziraat Fakültesi,<br />
Zagazig <strong>Üniversitesi</strong>, Mısır
Change language