Download - Journal of Cell and Molecular Biology - Haliç Üniversitesi

78
UCSC: Genomik diziler için Genom Tarayıcısı
Yazarlar: David Haussler ve Jim Kent liderliğinde UCSC Genom Biyoenformatiği grubu,
Biyomoleküler Bilim ve Mühendislik Merkezi, Kaliforniya Üniversitesi
Lisans: Akademik, kişisel ve kar amacı gütmeyen durumlarda kullanımı ücretsizdir. Ticari
amaçla kullanımı için lisans gereklidir.
Bir bakışta Genom Tarayıcı
Genom tarayıcı bir genomik dizi ile alakalı tüm
bilgileri bir sayfada toplayan ve genomun herhangi
bir bölgesinin istenilen her ölçüde görsel bir dizayn
ile güvenilir ve hızlı bir şekilde görüntülenmesini
sağlayan bir araçtır. UCSC genom tarayıcısı
kaynağı, insan genomu ve diğer birçok organizma
genomu için resmi, referans veya taslak DNA
dizilerini içermektedir. Sayfada dizilere erişim
sağlayan araçların yanı sıra bu dizilere dair
genomik enformasyona ilave yapabilen birçok
özellik de vardır. Araştırmacılar bu sayfayı bilinen
gen dizilerine, tahmini gen dizilerine,
ekspresyonları ile ilgili bilgilere, türler arası
karşılaştırmalı bilgiye, tek nükleotid
polimorfizmlerine ve varyasyonlarına ve daha
birçok bilgiye erişmek amacıyla kullanabilirler.
UCSC ayrıca markör dizi aranmasına, belirli bir
bölge veya tüm genom hakkında açıklama elde
edilmesine olanak sağlayarak genom
araştırmalarında başlangıç noktası olarak işlev
görmektedir. ENCODE projesine de bağlantı
sağlamaktadır.
UCSC Genom Tarayıcının Araştırmalara
Katkısı
Moleküler biyologlar UCSC genom tarayıcı
modüllerini dizileri düzenlemeye, BLAST araması
yapmaya, görüntülemeye ve güvenilir bilgi için
genomik verilerin analiz edilmesine olanak
sağlayan ''Genome Browser'', ''Gene Sorter'',
''BLAT'', ''Table Browser'',''VisiGene'' ve ''Genome
Graphs'' gibi esas araştırma araçları ile beraber
kullanmaktadırlar. Buna ek olarak araştırmacılar,
araştırma konuları ile (örneğin; bilinen genler,
korunum, tek nükleotid polimorfizmleri vb) ilgili
ek bilgilere fare imlecinin ''information'' kutusunun
üzerine getirilip tıklanmasıyla açılan ve önemli
bilgi ve detayları barındıran yeni sayfa aracılığı ile
ulaşabilirler. Sayfa indeks kutusu genellikle dizileri,
mikroarray verilerini, ikincil mRNA yapısını,
protein yapılarını, diğer türlerle olan homolojileri,
gen ontolojisi ile ilgili açıklamaları ve araştırılan
gen ile alakalı yolakları içerir. Bu bilgi zenginliği,
genomik araştırmaya başlangıç noktası olarak bir
moleküler biyolog için fazlasıyla yeterlidir.
UCSC Genom Tarayıcıda Renklerin Dili
UCSC genom tarayıcıda renklerin önemli anlamları
vardır. Örneğin gen girdisindeki siyah renk, protein
bilgi bankasında (PDB) ilgili genom parçası için
protein yapısına dair bir girdi olduğunu belirtir.
Koyu mavi renk NCBI tarafından onaylanmış
dizileri belirtirken açık mavi doğruluğu
onaylanmamış dizileri belirtir. Tek nükleotid
polimorfizmi çeşitleri de renklerle kodlanmıştır.
Belirli bir renk koduna dair bilgi, girdinin üst
bağlantısına tıklanarak elde edilebilir.
UCSC Genom Tarayıcının Avantajları ve
Dezavantajları
Avantajları
- UCSC Genom Tarayıcıyı kullanmak kolay ve
bedavadır.
- Listelenen bütün türler için aynı arayüz ve
görünüm kullanılmaktadır.
- Ayrıca UCSC, internet erişimi olan neredeyse tüm
bilgisayarlarda çalıştırılabilir ve sonuçlar internet
üzerinden veya e-posta yoluyla elde
edilebilmektedir.
- ''Genome Viewer'' sayfası, değişiklik yapmak için
birçok olanak sağlamaktadır.
- Gen ismi, sembolü veya kodu girilerek metin
araması yapılabilmektedir.
- "Automatic Zoom" ve "Recenter Action" özellikleri
tıklanan noktada görüntüyü ortalamak için