Chem3D Users Manual - CambridgeSoft

Measurement Table . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106
Editing Measurements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107
Optimal Measurements . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107
Non-Bonded Distances in Tables . . . . . . . . . . 107
Showing the Deviation from Plane . . . . . . . . . 107
Removing Measurements from a Table . . . . . . 108
Displaying the Coordinates Tables. . . . . . . . . . 108
Internal Coordinates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108
Cartesian Coordinates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109
Comparing Models by Overlay . . . . . . . . . 109
Working With the Model Explorer. . . . . . 111
Model Explorer Objects. . . . . . . . . . . . . . . . . . 112
Creating Groups . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
Adding to Groups . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
Pasting Substructures. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114
Deleting Groups . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114
Using the Display Mode . . . . . . . . . . . . . . . . . 114
Coloring Groups . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114
Resetting Defaults . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115
Animations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115
Creating and Playing Movies . . . . . . . . . . . . . . 115
Spinning Models . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115
Spin About Selected Axis. . . . . . . . . . . . . . . . . 115
Editing a Movie. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116
Movie Control Panel. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116
Chapter 7: Printing and Exporting Models
Specifying Print Options . . . . . . . . . . . . . . . . . 117
Printing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118
Exporting Models Using Different File
Formats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118
Publishing Formats. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119
WMF and EMF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119
BMP . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119
EPS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120
TIF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120
GIF and PNG and JPG. . . . . . . . . . . . . . . . . . 121
3DM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121
AVI . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121
Formats for Chemistry Modeling Applications 121
Alchemy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121
Cartesian Coordinates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121
Connection Table . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122
Gaussian Input . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122
Gaussian Checkpoint. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122
Gaussian Cube. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122
Internal Coordinates. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123
MacroModel Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123
Molecular Design Limited MolFile (.MOL) . . . 124
MSI ChemNote . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124
MOPAC Files. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124
MOPAC Graph Files. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126
Protein Data Bank Files . . . . . . . . . . . . . . . . . 126
ROSDAL Files (RDL). . . . . . . . . . . . . . . . . . 126
Standard Molecular Data (SMD) . . . . . . . . . . 126
SYBYL Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126
Job Description File Formats . . . . . . . . . . 126
JDF Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126
JDT Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126
Exporting With the Clipboard . . . . . . . . . 127
Transferring to ChemDraw . . . . . . . . . . . . . . . 127
Transferring to Other Applications . . . . . . . . . 127
Chapter 8: Computation Concepts
Computational Methods Overview . . . . . 129
Uses of Computational Methods . . . . . . . . . . . 130
Choosing the Best Method. . . . . . . . . . . . . . . . 130
Molecular Mechanics Methods Applications
Summary. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131
Quantum Mechanical Methods Applications
Summary. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131
Potential Energy Surfaces . . . . . . . . . . . . . . . . 132
Potential Energy Surfaces (PES). . . . . . . . . . . 133
Single Point Energy Calculations . . . . . . . . . . 133
Geometry Optimization . . . . . . . . . . . . . . . . . 134
Molecular Mechanics Theory in Brief . . 135
The Force-Field. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136
MM2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136
Bond Stretching Energy . . . . . . . . . . . . . . . . . 137
Angle Bending Energy . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137
Torsion Energy. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138
Non-Bonded Energy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139
van der Waals Energy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139
Cutoff Parameters for van der Waals Interactions 139
Electrostatic Energy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140
charge/charge contribution . . . . . . . . . . . . . . 140
dipole/dipole contribution . . . . . . . . . . . . . . . 140
dipole/charge contribution. . . . . . . . . . . . . . . 140
Cutoff Parameters for Electrostatic Interactions 140
OOP Bending. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141
Pi Bonds and Atoms with Pi Bonds . . . . . . . . 141
Stretch-Bend Cross Terms . . . . . . . . . . . . . . . 142
User-Imposed Constraints . . . . . . . . . . . . . . . 142
Molecular Dynamics Simulation . . . . . . . . . . . 142
Molecular Dynamics Formulas . . . . . . . . . . . . 143
Quantum Mechanics Theory in Brief . . 143
Approximations to the Hamiltonian . . . . . . . . 144
Restrictions on the Wave Function. . . . . . . . . 145
Spin functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145
LCAO and Basis Sets . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145
The Roothaan-Hall Matrix Equation . . . . . . . 146
Ab Initio vs. Semiempirical. . . . . . . . . . . . . . . 146
The Semi-empirical Methods . . . . . . . . . . . . . . 146
Extended Hückel Method. . . . . . . . . . . . . . . . 146
ChemOffice 2005/Chem3D
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