Stage de Master 2 au Muséum National d - MAG' SITE

où n est le nombre de gène dans l’échantillon (ici égal au nombre d’individus puisque le locus
analysé est haploïde) et pi la fréquence du pi ème haplotype haplotype. Cet indice définit la
probabilité que deux individus tirés au hasard dans l’échantillon soient différents (Nei, 1987).
Ces indices de diversité ont été calculés avec le logiciel DNAsp v. 4. 10 (Rozas et Rozas,
2005) et Arlequin v. 3. 0. (Schneider et al., 2000).
2.5.3 Analyse de la structure des populations
La recherche d’haplotypes partagés par plusieurs populations a été réalisée grâce au
logiciel DNAsp v. 4. 10 (Rozas et Rozas, 2005). Une analyse de la structure génétique entre
les populations a ensuite été réalisée avec une analyse de la variance moléculaire (AMOVA :
Analysis of MOlecular VAriance, Excoffier et al., 1992). Cette analyse, effectuée avec le
logiciel Arlequin v. 3. 0. (Schneider et al., 2000) est une analyse de variance/covariance des
fréquences haplotypiques, qui en plus des informations des fréquences haplotypiques, utilise
les données moléculaires en prenant en compte le nombre de substitutions entre les
haplotypes. L’AMOVA peut être considérée comme l’équivalent non paramétrique de la
l’analyse de variance hiérarchisée (Nested ANOVA). Il s’agit d’une analyse de la variance
mesurée à chaque niveau de la structure (intra population, inter population intra groupe et
inter groupe, où ici, un groupe représente une ride et les populations représentent les monts
sous-marins). Cette analyse permet d’estimer l’indice de différenciation, F (Wright, 1969 ;
Weir et Cockerham, 1984), classiquement utilisé pour décrire la répartition de la variabilité
génétique entre et au sein des populations. Différents paramètres sont alors définis :
- Fst mesure la différenciation génétique entre les populations
- Fct mesure la différenciation génétique entre les groupes (Lord Howe et Norfolk)
- Fsc mesure la différenciation génétique entre les populations à l’intérieur d’un groupe.
Plus le F approche la valeur de un, plus les populations sont structurées génétiquement
entre elles.
A chaque niveau hiérarchique, le F est testé par rapport à une distribution théorique
obtenue par 1000 permutations des haplotypes (tirage sans remise) entre les groupes définis
au niveau considéré.
Matériel et Méthodes 15