Stage de Master 2 au Muséum National d - MAG' SITE

2.5.4 Distribution bathymétrique des haplotypes
Des tests de corrélation de Mantel ont été réalisés dans le but d’expliquer la structure
de la diversité génétique observée par des facteurs de distances « bathymétriques ». Le test de
Mantel permet en effet de mettre en évidence une relation linéaire entre deux matrices de
distances, ici une matrice de distances génétiques et une matrice de profondeurs (distance
« bathymétrique »). La corrélation est calculée entre les deux matrices et testée par rapport à
une distribution du coefficient de corrélation obtenue à partir de 1000 permutations des
distances à l’intérieur des matrices. L’ensemble de ces analyses a été réalisé avec le logiciel
Arlequin Arlequin v. 3. 0. (Schneider et al., 2000) et Genepop (Raymond et Rousset, 1995).
Enfin, le test U de Mann Whitney, équivalents non paramétrique du test t de Student, a
été utilisé pour tester des différences de profondeur (logiciel PAST v. 1. 34, Hammer et al.,
2001).
2.5.5 Distribution spatiale des haplotypes
Les relations évolutives et le niveau de structure génétique ont été visualisés à partir de
réseaux d’haplotypes construits manuellement à partir des résultats obtenus avec la méthode
du réseau de distance minimale (« Minimum Spanning Network ») réalisée avec le logiciel
Arlequin. Le réseau permet de visualiser les relations généalogiques entre les haplotypes et de
proposer des hypothèses sur l’histoire généalogique des populations. Les haplotypes sont
reliés les uns aux autres par des haplotypes hypothétiques (non échantillonnés ou réellement
absent de la population). Chaque haplotype, échantillonné ou hypothétique, est relié au
suivant par un trait symbolisant un seul pas mutationnel. La taille du cercle (ou du carré)
correspondant à chaque haplotype échantillonnée symbolise sa fréquence.
Matériel et Méthodes 16