et al
et al
et al
Create successful ePaper yourself
Turn your PDF publications into a flip-book with our unique Google optimized e-Paper software.
2.2 การวิเคราะหชิ้นดีเอ็นเอที่ใชเปนโพรบ<br />
นําพลาสมิด pATT401 ไปหาลําดับเบสโดยใชไพรเมอร M13 Forward และ<br />
M13 Reverse ไดลําดับเบสจํานวน 806 และ 825 คูเบส<br />
ตามลําดับ (ภาพที่<br />
23) เมื่อวิเคราะห<br />
แลวพบวาชิ้นดีเอ็นเอในพลาสมิด<br />
pATT401 มีลําดับเบสขนาด 1,050 คูเบส<br />
สามารถแปลรหัส<br />
เปนกรดอะมิโนขนาด 350 กรดอะมิโน (ภาพที่<br />
24) เมื่อนําลําดับกรดอะมิโนที่ไดไป<br />
เปรียบเทียบกับฐานขอมูลโดยใชโปรแกรม BlastP (23 กุมภาพันธ 2547) พบวามีความ<br />
คลายคลึงกับกลุมยีน<br />
Type I PKS ในฐานขอมูลดังตารางที่<br />
6 โดย 4 ลําดับแรกที่มีคาความ<br />
เหมือน (identity) สูงที่สุด<br />
ที่<br />
72-89 เปอรเซ็นต เปนยีน Type I PKS ในกระบวนการ<br />
สังเคราะหสารโพลีคีไทดในกลุมโพลีอีนเชนเดียวกับไรโมซิดิน<br />
ซึ่งไดแก<br />
พิมาริซินจาก S.<br />
nat<strong>al</strong>ensis (Aparicio <strong>et</strong> <strong>al</strong>., 2000), แคนดิซิดิน (candicidin) จาก Streptomyces sp. FR-008<br />
(Chen <strong>et</strong> <strong>al</strong>., 2003), นัยสตาตินจาก S. noursei (Brautas<strong>et</strong> <strong>et</strong> <strong>al</strong>., 2000) และแอมโฟเทอริซิน<br />
จาก S. nodusus (Caffrey <strong>et</strong> <strong>al</strong>., 2001) จากคาความเหมือนนี้แสดงใหเห็นวา<br />
401-KS นาจะ<br />
เปนโดเมนหนึ่ง<br />
ซึ่งอยูในกลุมยีนที่เกี่ยวของกับการสังเคราะหสารโพลีอีนมากกวากลุมยีน<br />
Type I<br />
PKS ชนิดอื่น<br />
นําลําดับกรดอะมิโน (401-KS) ไปทํา multiple <strong>al</strong>ignment และ clustering<br />
โดยใชโปรแกรม Clust<strong>al</strong>W เปรียบเทียบกับลําดับกรดอะมิโนของยีน Type I PKS ในสวน KS<br />
จากฐานขอมูล โดยเลือกโดเมน KS จากโพลีคีไทดชนิดที่<br />
1 กลุมมาโครไลด<br />
ไดแก KS โมดุลที่<br />
1<br />
ของการสังเคราะหทัยโลซิน (tylosin; TYL-KS1; DeHoff <strong>et</strong> <strong>al</strong>., 1996), KS โมดุลที่<br />
2 ของ<br />
การสังเคราะหอีรีโธรมัยซิน (ERY-KS2; Donadio <strong>et</strong> <strong>al</strong>., 1991) และ KS โมดุลที่<br />
2 ของการ<br />
สังเคราะหอะเวอรเมกทิน (AVE-KS2; Ikeda <strong>et</strong> <strong>al</strong>., 1999) มาเปรียบเทียบกับโดเมน KS จาก<br />
โพลีคีไทดชนิดที่<br />
1 กลุมโพลีอีน<br />
ไดแก KS โมดุลที่<br />
6 ของการสังเคราะหพิมาริซิน (PIM-KS6;<br />
Aparicio <strong>et</strong> <strong>al</strong>., 2000), KS โมดุลที่<br />
9 ของการสังเคราะหนัยสตาติน (NYS-KS9; Brautas<strong>et</strong><br />
<strong>et</strong> <strong>al</strong>., 2000) และ KS โมดุลที่<br />
9 ของการสังเคราะหแอมโฟเทอริซิน (AMP-KS9; Caffrey <strong>et</strong><br />
<strong>al</strong>., 2001) เมื่อวาด<br />
phylogen<strong>et</strong>ic tree ดวยโปรแกรม TreeView (ภาพที่<br />
25) ปรากฏวา KS<br />
ของ S. rimosus R7 ที่ไดจากการพีซีอาร<br />
(401-KS) จัดอยูในกลุม<br />
KS ของสารโพลีอีน แยก<br />
ออกจากกลุม<br />
KS ของสารมาโครไลด เชื่อไดวา<br />
KS ที่ไดจากการพีซีอารนาจะเกี่ยวของกับการ<br />
สังเคราะหสารไรโมซิดิน<br />
ผลจากการทํา <strong>al</strong>ignment ทําใหทราบวาขนาดที่สั้นลงของ<br />
KS ที่โคลนไดใน<br />
พลาสมิด pATT401 เกิดจากการมีตําแหนงตัดของเอนไซม EcoRI ในชวงตนของปลาย 5’ ของ<br />
ยีน KS (ภาพที่<br />
23)<br />
65
Change language