Analiza Chimica si Instrumentala Aplicata - AcademicDirect

Analiză Chimică şi Instrumentală Aplicată
Molecular Mechanics tratează atomii ca particule Newtoniene în interacţiune alături de
energia de potenţial. Energia de potenţial depinde de lungimea legăturilor, unghiul de torsiune
dintre legături, şi interacţiunile intermoleculare (Van der Waals, electrostatice, punţi de hidrogen).
Forţele sunt dependente de poziţia spaţială a atomilor. Fiecare dintre metodele mecanicii moleculare
(câmpurile de forţă) au un set extins de reguli pentru determinate de tipul atomilor. Utilizând
ferestrele de dialog se pot alege câmpurile de forţe, care vor fi utilizate la calcul.
MM+ este cea mai generală metodă de calcul a mecanicii moleculare, funcţională în
principal pentru moleculele organice ca extensie a modelului MM2. Amber este o metodă de
mecanică moleculară bazată pe un câmp de forţă şi calcule chimice. Este concepută în principal
pentru proteine şi acizi nucleici. Bio+ este o metodă de mecanică moleculară bazată pe un câmp de
forţă şi calcule chimice, concepută în principal pentru proteine care corespund modelului
CHARMM şi pot fi atribuiţi parametrii CHARMM. OPLS este concepută pentru proteine şi acizi
nucleici, este similară cu AMBER-ul dar nu este o metodă cu acurateţe ridicată pentru interacţiunile
intermoleculare. Semi-empirical Methods se bazează pe rezolvarea ecuaţiei lui Schrödinger folosind
metode numerice aproximative şi descriind proprietăţile electronilor, atomilor şi moleculelor.
Calculează doar electrovalenţa utilizând parametrii derivaţi din experimente şi bazându-se pe
funcţiile orbitalilor electronici:
Extended Hükel este o metodă simplă şi aproximativă pentru cuantumul semiempiric al
calculelor mecanicii cuantice. Metoda E. H. utilizată de programul HC se bazează pe calcule
cuantice într-un singur punct şi nu face optimizări de geometrie moleculară şi nici de dinamică
moleculară. CNDO şi INDO sunt metode specifice utilizate pentru calcularea proprietăţilor în
aproximaţia de stare staţionară şi deschide şi respectiv închide sistemul optimizând geometria şi
energia totală a particulelor. MINDO3 este utilizată pentru molecule organice, cationi şi
polinitrocompuşi. MNDO este folosită pentru molecule organice care conţin elemente din perioada
1 şi 2 a sistemului elementelor dar nu şi metale tranziţionale. AM1 este folosită pentru molecule
care conţin elemente din perioada 1 şi 2 a sistemului elementelor dar nu şi metale tranziţionale.
PM3 a fost parametrizată pentru mai multe categorii de elemente dar nu pentru cele tranziţionale.
ZINDO/1 şi ZINDO/S calculează energia moleculelor ce conţin metale tranziţionale. Ab Initio este
caracterizat de introducerea arbitrară a unui set de sisteme de referinţă arbitrare pentru extinderea
orbitalilor moleculari şi apoi calculul explicit al tuturor integralelor se bazează pe acest set de
sisteme de referinţă. Alegerea setului de bază poate schimba multiplicitatea de spin, limita de
convergenţă şi interacţiune. Metodele de calcul se găsesc grupate în meniul Compute:
44