Эффективное животноводство № 2 (150) март 2019

52 Тематический номер «Ветеринария»
www.agroyug.ru
Рис. 4.
Генотипирование 16 изолятов
золотистого стафилококка
методом ДРИМ (изоляты
выделенные от кур: дорожки
1–8, изоляты, выделенные
от индеек: дорожки 9–16).
М — ​маркер молекулярных
размеров фрагментов ДНК.
Таблица 1.
Сравнение ПГЭ и ДРИМ при
генотипировании изолятов
золотистого стафилококка
Номер
штамма
ПГЭ генотипы
04–3095 A1 A1
04–3097 A2 A2
04–3098 A1 A1
04–3099 A1 A3
04–3100 B2 B
04–3101 A2 A4
04–3103 A1 A3
04–3104 B1 A1
04–3105 A1 A1
04–3106 A1 A1
04–3108 A1 A1
04–3109 B1 A1
04–3110 A1 A1
04–3111 B1 A1
04–3112 A1 A1
ДРИМ генотипы
декс дискриминации, основанный
на индексе разнообразия Симпсона
(http://insilico.ehu.es/DDSL), рассчитанном
по всем изолятам в исследовании
обоими методами, составил
0,96.
Дальнейшая оценка типирования
ДРИМ в сравнении с ПГЭ была
проведена с использованием набора
из 15 изолятов S. aureus, полученных
от домашних животных
(Таблица 1). В предыдущей работе
[5] эти изоляты характеризовались
методом ПГЭ, при этом были
определены два основных кластера
(A и B) и четыре генотипа (A1 —
A2 и B1 — ​B2).
Применение ДРИМ-типирования
также выявило две группы (А и В)
и пять генотипов (А1-C4 и уникальный
изолят В). Четыре изолята,
принадлежащие паттернам
A1 и A2 PFGE (04–3098, 04–3099
и 04–3097, 04–3101 соответственно),
были дополнительно разделены
с помощью ДРИМ на генотипы
А1, А3 и А2, А4, соответственно.
Интересно, что ДРИМ-генотипирование,
несмотря на более высокую
дискриминационную способность,
не различало ПГЭ генотипы
разных кластеров A1 и B1 (изоляты
04–3104 и 04–3105).
Одним из объяснений различий
между этими двумя методами идентификациии
бактериальных штаммов
является то, что они не затрагивают
одинаковые участки генома,
соответственно, генетические изменения
выявляются не одинаково.
В этом смысле их можно рассматривать
как дополнительные, а не конкурирующие
методы.
литература
Скрининг большего количества
полос и, следовательно, большего
количества нуклеотидных последовательностей
может приводить
к повышению разрешающей способности
метода. В настоящем исследовании
ДРИМ-типирование основывалось
на 40–50 фрагментах,
в отличие от 9–14 фрагментов, полученных
методом ПГЭ.
Заключение. Методика генотипирования
ДРИМ, ранее разработанная
для псевдомонад, может
успешно использоваться и в отношении
патогенных штаммов золотистого
стафилококка, имеющих
ветеринарное значение. Сравнение
генетических профилей штаммов
позволяет выявить пути передачи
возбудителя и найти источник
инфекции.
Исследование выполнено при
поддержке Государственного задания
номер 160 «Усовершенствовать
и разработать современные методы
диагностики и создать новые
препараты для контроля и профилактики
болезней птиц бактериальной
этиологии».
1. Терлецкий В.П., Тыщенко В.И., Новикова О.Б., Борисенкова А.Н., Белаш Д.Э., Яковлев
А.Ф. Эффективный молекулярно-генетический метод идентификации штаммов
сальмонелл и протея // Доклады РАСХН. – 2013. – № 5. – С. 60–63.
2. Комаров В.Ю., Белкин Б.Л. Заболеваемость коров маститом и применение нового
эффективного препарата для лечения его субклинической формы // Известия Оренбургского
государственного аграрного университета . – 2015. – Т 3 (53). – С. 100–102.
3. Zhang L., Gao J., Barkema H.W., Ali T., Liu G., Deng Y., Naushad S., Kastelic J.P., Han B.
Virulence gene profiles: alpha-hemolysin and clonal diversity in Staphylococcus aureus
isolates from bovine clinical mastitis in China // BMC Vet. Res. – 2018. – Vol. 14. – No
1. – P. 63 doi: 10.1186/s12917-018-1374-7.
4. Terletskiy, V., G. Kuhn, P. Francioli, and D.S. Blanc. Application and evaluation of double
digest selective label (DDSL) typing technique for Pseudomonas aeruginosa hospital
isolates // J. Microbiol. Methods. – 2008. – Vol. 72. – P. 283–287.
5. Strommenger B., Kehrenberg C., Kettlitz C., Cuny C. Molecular characterization of
methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains from pet animals and their relationship
to human isolates // J. Antimicrob. Chemother. – 2006. – V. 57. – P. 461–465.