Langzeitarchivierung von Forschungsdaten. Eine ... - nestor

12 Medizin
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Sensordaten entstehen im Rahmen von in vivo durchgeführter Diagnostik
an Patienten. Häufige Quellen zur Datenproduktion sind Elektrokardiografen
(EKG) oder Elektroenzephalografen (EEG). Als De-facto-Standards
haben sich hier das European Data Format (EDF) 91 und das HL7
v3.0 annotated ECG (aECG) als Datenformate durchgesetzt. 92 Ein übergreifendes
Datenformat für Sensor- bzw. Biosignaldaten ist das General
Data Format for biomedical signals (GDF). 93 In der Versorgung werden die
Sensordaten in zentralen IT-Systemen wie einem KIS gespeichert. In der
Forschung werden vor allem spezielle Datenbanken wie z.B. in den Kompetenznetzen
verwendet. Technische und semantische Metadaten können
überwiegend in den Datenformaten und Datenbanken hinterlegt werden.
Biomaterialdaten entstehen in vitro durch die Analyse von speziell aufbereiteten
Gewebeproben und Anwendung von Laborgeräten. Dabei werden
vielfach auch Bilddaten durch Mikroskopie erzeugt. Diese werden analog zu
den o.g. Bilddaten gespeichert. Weitere Daten werden durch DNA-Sequenziermaschinen
und Microarrays produziert. Diese Daten werden häufig als
Comma Seperated Values (CSV) oder Excel-Tabellen (XLS) gespeichert. Zudem
erzeugen die Maschinen Daten in proprietären Formaten. Meist werden
die Daten dann in besser zu verarbeitende Zielformate konvertiert. Wesentliche
Formate für molekulare Strukturen in der medizinischen Forschung sind
FASTA, FASTQ, PDB und XML. 94 Alle drei Formate verwenden keine Binärkodierung
und können technische Metadaten aufnehmen. Semantische
Metadaten werden in der Forschung meist in Laborbüchern dokumentiert.
Befunddaten werden in klinischer Forschung und Versorgung durch
Ärzte und medizinisches Personal in vivo am Patienten im Rahmen der
Diagnostik erzeugt. Dazu zählen letztlich auch Behandlungsdaten, da im
Anschluss an eine Behandlung eine erneute Befundung steht. Befunddaten
werden in ein spezielles IT-System eingetragen. Im Versorgungsbereich
der Universitätsklinika werden hier KIS eingesetzt. Als wesentliche
Standards haben sich für Biomaterial die BDT aus xDT sowie vor allem
HL7 durchgesetzt. In einigen Fällen kommen auch die Formate DOC
oder XML zur Anwendung bei Befunddaten. Technische und semanti-
91 Vgl. Kemp; Olivan (2003), S. 1759.
92 Vgl. Schlögl (2009a), S. 1557.
93 Vgl. Schlögl (2009b).
94 Vgl. Chen et al. (2010), S. 3–7.