Thèse Correia Daniela version de diffusion - Université de Bourgogne

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Botrytis cinerea représente un des principaux problèmes des viticulteurs, il contamine les raisins donc le vin et il produit des défauts organoleptiques. Le genre Penicillium fait partie aussi des espèces qui peuvent contaminer les raisins (La Guerche et al., 2006). B. cinerea et P. expansum sont donc les moisissures les plus fréquemment retrouvées sur les raisins. En dehors des déviations organoleptiques qu’elles sont susceptibles de produire, une attention particulière doit être accordée aux moisissures car elles peuvent aussi être responsables de la production des mycotoxines. P. expansum peut produire de la patuline. 36
1. III. METHODES D’IDENTIFICATION DES MOISISSURES 1. III. 1. Méthodes d’identification conventionnelles Traditionnellement, l’identification des moisissures repose sur l’observation de critères morphologiques (aspect macroscopique du mycélium et observation microscopique des structures reproductrices) (Pitt et Hocking, 1999). Parmi les critères macroscopiques, on prend en compte la couleur, la texture et la taille de la colonie sur différents milieux de culture. Les colonies peuvent être duveteuses, laineuses, cotonneuses, poudreuses ou granuleuses. L’aspect peut être plat ou plissé (Penicillium sp.). La taille des colonies est aussi un important critère de distinction ; les colonies peuvent être petites 5-6 cm de diamètre (Aspergillus sp., Penicillium sp.) ou envahissantes, 7-8 cm de diamètre (Botrytis sp.). L’aspect des colonies dépend du milieu de culture. Après étalement entre lame et lamelle, l’observation microscopique permet de mettre en évidence le type et la taille des spores, les branchements du conidiophore. Les spores peuvent être unicellulaires et de petite taille (Aspergillus sp., Penicillium sp.), bicellulaires (Trichotecium sp.), pluricellulaires à cloisons transversales et longitudinales (Alternaria sp.) ou incurvées et cloisonnées transversalement (Fusarium sp.) (Pitt et Hocking, 1999). Cette identification nécessite une expérience confirmée dans la taxonomie des champignons et s’avère longue et fastidieuse. La production de métabolites est un test complémentaire à l’identification morphologique. Les tests biochimiques en galeries API (BioMérieux) ou « FF Microplates » (BIOLOG) avec différents substrats carbonés à métaboliser, peuvent aussi être utilisés pour la discrimination des champignons. Ces méthodes ne permettent pas une différentiation suffisante et nécessitent souvent la confirmation par d’autres méthodes. Ces dernières années, de nombreuses méthodes moléculaires ont été développées afin d’obtenir des résultats fiables. 1. III. 2. Méthodes d’identification par biologie moléculaire L’analyse directe de séquences de l’ADN a permis le développement de méthodes d’identification faibles et spécifiques. Ces méthodes sont universellement applicables et 37
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