Introduction au RNA-seq - Institut de Mathématiques de Toulouse

More documents

Recommendations

Info

Critères de qualité ‣ Critères de qualité Le nombre de reads produites correspondant au nombre attendu Pas de contamination Longueur des reads correcte (100pb) Bonne qualité, mais ce n'est pas un critère rédhibitoire Bon alignement (re-séquençage avec génome de référence « propre p ») : peu de reads non alignées http://get.genotoul.fr
Que faire ensuite ? ‣ Différentes approches d'alignement des séquences: De novo : pas de génome de référence, transcriptome non disponible, très coûteux en terme calculs, résultats très variables Transcriptome de référence (en cours de développement) : la plupart sont incomplets Génome de référence (en cours de développement) : le plus utilisé, permet l'alignement de reads sur des parties non annotées, nécessite un « spliced aligner » pour eucaryotes → Etude à différents niveaux : gènes, transcripts, spécificité allèlique → Découvertes de nouveaux transcripts, nouveaux isoformes, nouvelles structures de gènes (fusion) ‣ IMPORTANT : Discuter de la question biologique et du plan expérimental avec des Bioinformaticiens et Biostatisticiens AVANT de mettre en place l’expérience http://get.genotoul.fr
Page 1 and 2: RNA-seq Olivier Bouchez Nathalie Ma
Page 3 and 4: GeT-PlaGe • Certification ISO 900
Page 5 and 6: Le partenariat avec la PF Bioinform
Page 7 and 8: Qu’est-cequeleRNA cequeleRNA-seq
Page 9 and 10: Pourquoi oi faire du RNA-seq ? ‣
Page 11 and 12: Séquenceurs NGS PlaGe Illumina HiS
Page 13 and 14: Présentation d’un séquenceur NG
Page 15 and 16: Contrôles qualité des ARN ‣ Dos
Page 17 and 18: Préparation ation des librairies i
Page 19 and 20: Préparation ation des librairies i
Page 21 and 22: Génération des clusters s Design
Page 23 and 24: Génération des clusters s Form
Page 25 and 26: Principe du séquençage par synth
Page 27 and 28: Informations importantes Kits Illum
Page 29 and 30: Analyses qualitatives des données
Page 31: Analyses qualitatives des données
Page 35 and 36: Exemples de biais connus du RNA-seq
Page 37 and 38: Longueur du transcrit ‣ Influence
Page 39 and 40: Questions Combien de réplicats?
Page 41 and 42: Exemples Microarray -Pas de détect
Page 43 and 44: Exemples Résultats: • Bonne con
Page 45 and 46: Pour plus d’informations… http:
Page 47 and 48: Pacific BioSciences PacBio RS + Sé
Page 49: Merci ! http://get.genotoul.fr

Introduction au RNA-seq - Institut de Mathématiques de Toulouse

Create successful ePaper yourself

Delete template?

Save as template?