Introduction au RNA-seq - Institut de Mathématiques de Toulouse
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Exemples<br />
<br />
Résultats: comparaison du nombre <strong>de</strong> gènes différentiellement<br />
exprimés dans les 2 technologies:<br />
• Parmi les gènes retrouvés dans une ou l’<strong>au</strong>tre <strong>de</strong>s technos,<br />
en qPCR:<br />
4/5 confirmés pour NGS (le 5 ème est un f<strong>au</strong>x-positif)<br />
<br />
2/6 confirmés pour microarray<br />
Donc, cela favorise les résultats NGS<br />
<br />
Conclusion:<br />
• Séquençage: très reproductible, i<strong>de</strong>ntification <strong>de</strong> 40% <strong>de</strong><br />
gènes différentiellement exprimés en plus par rapport <strong>au</strong>x<br />
microarrays<br />
• Puce U133: les son<strong>de</strong>s ne couvrent qu’une une petite partie du<br />
gène, donc pas <strong>de</strong> découverte <strong>de</strong> nouve<strong>au</strong>x transcrits ou<br />
d’épissages alternatifs<br />
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