Introduction au RNA-seq - Institut de Mathématiques de Toulouse
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Questions<br />
<br />
Combien <strong>de</strong> réplicats?<br />
• Le maximum, à discuter avec les biostatisticiens….<br />
<br />
Combien <strong>de</strong> reads pour chaque échantillon?<br />
• Entre 30M et 100M (dépendant <strong>de</strong> l’étu<strong>de</strong>, (catalogue<br />
ou quantification?), et <strong>de</strong>s € €)<br />
<br />
Quelle est la longueur idéale pour les reads?<br />
• Plus les reads sont longs, plus l’alignement se fait facilement; 2X100 bp actuellement mais passage à 2X150 bp bientôt<br />
<br />
Single read ou paired-end? end?<br />
• Paired end facilite l’alignement <strong>de</strong>s séquences, permet <strong>de</strong> détecter plus facilement les insertions/délétions et les jonctions<br />
entre les exons<br />
<br />
Déplétion <strong>de</strong>s ARN ribosom<strong>au</strong>x?<br />
<br />
Séquençage <strong>de</strong>s ARNs poly-A : forte sensibilité et forte précision pour l’étu<strong>de</strong> du profil d’expression<br />
MAIS : Pas <strong>de</strong> vision complète du génome<br />
Séquençage <strong>de</strong>s ARN tot<strong>au</strong>x déplétés en ARN ribosom<strong>au</strong>x : visibilité <strong>de</strong>s ARNs non-codants et non-polyA<br />
MAIS : Il f<strong>au</strong>t <strong>au</strong>gmenter la profon<strong>de</strong>ur pour avoir une bonne sensibilité <strong>de</strong> détection<br />
http://get.genotoul.fr
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