Introduction au RNA-seq - Institut de Mathématiques de Toulouse

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Exemples Résultats: comparaison du nombre de gènes différentiellement exprimés dans les 2 technologies: • Parmi les gènes retrouvés dans une ou l’autre des technos, en qPCR: 4/5 confirmés pour NGS (le 5 ème est un faux-positif) 2/6 confirmés pour microarray Donc, cela favorise les résultats NGS Conclusion: • Séquençage: très reproductible, identification de 40% de gènes différentiellement exprimés en plus par rapport aux microarrays • Puce U133: les sondes ne couvrent qu’une une petite partie du gène, donc pas de découverte de nouveaux transcrits ou d’épissages alternatifs http://get.genotoul.fr
Exemples Résultats: • Bonne concordance entre NGS et microarrays • MAIS: NGS est plus précis et plus sensible permet de faire plus de découvertes • Microarrays sont assez bon marché et facile à utiliser; obtention des résultats assez rapidement • Ces 2 techniques sont complémentaires http://get.genotoul.fr
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