Introduction au RNA-seq - Institut de Mathématiques de Toulouse

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Autres esbiais ‣ Couverture non aléatoire le long du transcrit ‣ Biais selon une spécificité de position et de séquence : Robert et al. Genome Biology, 2011,12:R22 ‣ Biais selon l'aligneur utilisé ‣ Alignement multiple de certaines reads http://get.genotoul.fr
Questions Combien de réplicats? • Le maximum, à discuter avec les biostatisticiens…. Combien de reads pour chaque échantillon? • Entre 30M et 100M (dépendant de l’étude, (catalogue ou quantification?), et des € €) Quelle est la longueur idéale pour les reads? • Plus les reads sont longs, plus l’alignement se fait facilement; 2X100 bp actuellement mais passage à 2X150 bp bientôt Single read ou paired-end? end? • Paired end facilite l’alignement des séquences, permet de détecter plus facilement les insertions/délétions et les jonctions entre les exons Déplétion des ARN ribosomaux? Séquençage des ARNs poly-A : forte sensibilité et forte précision pour l’étude du profil d’expression MAIS : Pas de vision complète du génome Séquençage des ARN totaux déplétés en ARN ribosomaux : visibilité des ARNs non-codants et non-polyA MAIS : Il faut augmenter la profondeur pour avoir une bonne sensibilité de détection http://get.genotoul.fr
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