Introduction au RNA-seq - Institut de Mathématiques de Toulouse
Introduction au RNA-seq - Institut de Mathématiques de Toulouse
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Bilan <strong>de</strong> la comparaison<br />
aison<br />
Microarrays<br />
Séquençage<br />
Génome <strong>de</strong> référence<br />
OUI<br />
Pour <strong>de</strong>ssiner les oligonucléoti<strong>de</strong>s<br />
NON<br />
OUI pour l’alignement<br />
Technique Hybridation avec les son<strong>de</strong>s Accès direct à la séquence<br />
Système <strong>de</strong> détection<br />
Lecture <strong>de</strong> la fluorescence par un scanner: problème<br />
<strong>de</strong> détection dans les faibles et les fortes intensités<br />
Précision <strong>de</strong> la lecture à une base donc étu<strong>de</strong> <strong>de</strong> SNP<br />
possible<br />
Coût + +++<br />
Reproductibilité +++ +++<br />
Obtention <strong>de</strong>s résultats<br />
Rapi<strong>de</strong><br />
environ 4 jours<br />
Assez long<br />
environ 3 semaines<br />
Quantité <strong>de</strong> données générées é é + +++<br />
Outils d’analyses statistiques Bien définis Encore en développement<br />
Analyses Etu<strong>de</strong> <strong>de</strong> gènes différentiellement exprimés Épissage alternatif, découverte <strong>de</strong> nouve<strong>au</strong>x exons,<br />
quantification <strong>de</strong> transcrits<br />
http://get.genotoul.fr
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