Introduction au RNA-seq - Institut de Mathématiques de Toulouse
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Longueur du transcrit<br />
‣ Influence <strong>de</strong> la longueur du transcrit:<br />
• Nombre total <strong>de</strong> reads d’un transcrit : Exemple <strong>de</strong> calcul utilisé : RPKM (Read Per Kb per Million reads mapped)<br />
reads alignés sur gène d’intérêt<br />
nombre total <strong>de</strong> read alignés x longueur du transcrit (kb)<br />
• A un même nive<strong>au</strong> d’expression, les transcrits longs <strong>au</strong>ront plus <strong>de</strong> reads que les transcrits courts, donc l’expression<br />
différentielle <strong>de</strong>s longs transcrits sera plus facilement i<strong>de</strong>ntifiée (dépend <strong>de</strong> la profon<strong>de</strong>ur <strong>de</strong> séquençage)<br />
http://get.genotoul.fr
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