Introduction au RNA-seq - Institut de Mathématiques de Toulouse
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Que faire ensuite ?<br />
‣ Différentes approches d'alignement <strong>de</strong>s séquences:<br />
<br />
De novo : pas <strong>de</strong> génome <strong>de</strong> référence, transcriptome non disponible, très coûteux en<br />
terme calculs, résultats très variables<br />
<br />
Transcriptome <strong>de</strong> référence (en cours <strong>de</strong> développement) : la plupart sont incomplets<br />
<br />
Génome <strong>de</strong> référence (en cours <strong>de</strong> développement) : le plus utilisé, permet<br />
l'alignement <strong>de</strong> reads sur <strong>de</strong>s parties non annotées, nécessite un « spliced aligner »<br />
pour eucaryotes<br />
→ Etu<strong>de</strong> à différents nive<strong>au</strong>x : gènes, transcripts, spécificité allèlique<br />
→ Découvertes <strong>de</strong> nouve<strong>au</strong>x transcripts, nouve<strong>au</strong>x isoformes, nouvelles<br />
structures <strong>de</strong> gènes (fusion)<br />
‣ IMPORTANT : Discuter <strong>de</strong> la question biologique et du plan expérimental avec <strong>de</strong>s<br />
Bioinformaticiens et Biostatisticiens AVANT <strong>de</strong> mettre en place l’expérience<br />
http://get.genotoul.fr
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