(A) (B)

29Agnèse, 1989). Cette méthode ne peut être utilisée dès qu'il existe descontradictions (ou incompatibilité résultant de processus homoplasiques) dans ladistribution des synapomorphies à différents locus.2.6.2.2.1.3 Les méthodes de parcimonieLe principe de ces méthodes consiste à déterminer le dendogramme quifait intervenir le moins d'événements mutationnels le long de ses branches (ce quirevient à minimiser l'homoplasie totale).Les différentes méthodes de parcimonie (voir Felsenstein, 1982 pourrevue) varient en fonction des contraintes imposées aux événements d'apparitionou de disparition des caractères.Pour les gènes de structure, il paraît logique de considérer que chaqueallèle ne peut apparaître qu'une seule fois (convergence négligeable) mais peutdisparaître plusieurs fois (réversion, parallélisme). Dans ce cas, l'analyse deparcimonie consistera à minimiser ces événements de disparition multipled'allèles.Nous avons employé comme méthode de parcimonie l'algorithme deWagner (Eck et Dayhoff, 1966; Kluge et Farris, 1969) utilisé par le logiciel MIX.Ce programme pennet d'obtenir plusieurs arbres grâce auxquels le programmeCONSENSE (logiciel Phylip) établira le réseau consensus.2.6.2.2.1.4. Les méthodes de compatibilitéLe principe de cette méthode consiste à relier les différentes UIOs en neprenant en compte que le plus grand sous-ensemble de caractères compatibles,c'est-à-dire n'engendrant pas d'infonnations contradictoires les uns avec lesautres. L'apparition d'un caractère dérivé ne peut avoir lieu qu'une fois et il n'y apas de réversion. Plus la proportion de caractères compatibles sera grande, plusles résultats de l'analyse seront fiables.L'algorithme de compatibilité utilisé est celui du logiciel CLIQUE(Felsenstein, 1981, 1989, version 3.5c).2.6.2.2.1.5. Utilisation des programmesLes programmes MIX et CLIQUE utilisent des matrices de caractères,codés 0 (absent) ou 1 (présent), établies à partir du tableau des fréquencesalléliques.B. ADEPO-GOURENE Mémoire de Thèse