WAAR WIJ TROTS OP ZIJN

More documents

Recommendations

Info

30 MARTIJN VERDOES maken, ook kunt gebruikten om een eiwit te karakteriseren. Zulke moleculen heeft hij ontworpen, gesynthetiseerd én getest op cellen. Drie functies De moleculen bestaan uit drie delen, die de drie verschillende functies uitvoeren (zie afbeelding). Aan de ene kant zit een groep die specifiek een actief eiwit herkent en eraan bindt. Aan de andere kant zit een reactieve chemische groep – een azide. Die kan later voor een andere reactie gebruikt worden, bijvoorbeeld om het gelabelde eiwit te koppelen aan biotine, zodat het eiwit gemakkelijk geïsoleerd en gekarakteriseerd kan worden. En deze twee groepen zitten aan elkaar vast met een fluorescerende ‘linker’, de derde functie. Wat kun je nu met zo’n molecuul? “Als specifieke groep heb ik een groep gebruikt die aan het proteasoom bindt. Het molecuul kun je aan cellen toevoegen en het bindt dan covalent aan proteasomen. Vervolgens kun je dankzij de fluorescente groep zien dat je iets hebt gelabeld. Door de inhoud van de cel vervolgens op een eiwitgel te zetten, zie je ook hoe groot het gelabelde eiwit is.” Dan is er nog de tweede reactieve groep. Verdoes: “Daarmee kun je het gelabelde eiwit aan biotine koppelen en vervolgens het eiwit gemakkelijk isoleren en karakteriseren. Zonder die biotine vis je veel te veel andere eiwitten tegelijk mee uit de cel en dat verhindert de karakterisering.” Het is de eerste keer dat zo’n ‘fluorofoor’ met twee handige reactieve groepen is gemaakt. En het bleek ook nog goed te werken. Verdoes kon met zijn eigen molecuul het proteasoom zichtbaar maken en koppelen aan biotine. “De opbrengst was zelfs heel goed. De inhoud van een cel is chemisch gezien de meest smerige omgeving die je kunt bedenken. Met overal reactieve groepen. Maar je wilt toch selectief een heel klein deel van de totale massa laten reageren.” Dat bleek bijzonder goed te gaan. “Met de juiste condities bleken alle gelabelde eiwitten met biotine te reageren.” Het werkte ook veel beter dan moleculen waar biotine al in het begin aan vastzat. “Die zijn groter en hydrofieler en kunnen daardoor minder gemakkelijk de cel in. Daarom werken die slechter.” kanker-biomarkers Naast nuttig was het onderzoek ook nog leuk om te doen. “Ik vond het echt fantastisch”, vertelt Verdoes enthousiast. “Het idee krijgen om zo’n molecuul te maken is al leuk, als het lukt om het te synthetiseren is het al helemaal mooi en als het dan ook nog doet wat je wilt, dan is dat natuurlijk geweldig. Vooral de combinatie van organische chemie en biochemie, die spreekt me al aan sinds mijn stage in Boston.” Inmiddels werken Verdoes en zijn collega’s al aan andere toepassingen voor deze moleculen. Ze kunnen namelijk worden aangepast om andere eiwitten specifiek te labellen en uit cellen te vissen. Bovendien zijn ze ook nuttig als tool om bijvoorbeeld de werking van nieuwe vaccins te begrijpen. Verdoes zelf? “Ik heb bij het NWO een beurs aangevraagd om naar Stanford te gaan. Daar wil ik aan een project werken dat eveneens synthetische chemie en biochemie combineert: met dit soort technieken hoop ik kanker-biomarkers te maken. Hopelijk leer ik daar nog meer biochemie, bijvoorbeeld het werken met muizen. Het betreft alweer een gecombineerd onderzoek met organische chemie en biochemie. Het zijn ook geen aparte dingen, ze horen bij elkaar. It’s all about chemistry.” Elisabeth Meulenbroek
Het principe van tweestapslabelling met de moleculen van Martijn verdoes. Cellen worden blootgesteld aan het molecuul. Het reageert daar met een specifiek eiwit, bijvoorbeeld het proteasoom. Na het openbreken van de cellen wordt biotine gekoppeld aan het gelabelde eiwit via een chemische reactie. Met zogenoemde streptavidine beads kan het gelabelde eiwit vervolgens worden gezuiverd en worden gekarakteriseerd via bijvoorbeeld massaspectrometrie. De fluorescerende groep (fluorofoor) zorgt dat alle stappen van het proces gemakkelijk kunnen worden gevolgd. 31
Page 1 and 2: WAAR WIJ TROTS OP ZIJN De OntDekkin
Page 3 and 4: Robbert de Haan Mathematisch Instit
Page 5 and 6: BIJZONDERE ONDERSCHEIDINGEN EN PRIJ
Page 7 and 8: • Gilles van Wezel (LIC) ontving
Page 9 and 10: ROBBERT DE HAAN MatHeMatiSCH inStit
Page 11 and 12: Rekenen met valsspelen Behalve over
Page 13 and 14: Dat ze de kiem van het leven bestud
Page 15 and 16: De kunstmatige membranen van Semrau
Page 17 and 18: OFER SHIR LeiDen inStitUte OF aDvan
Page 19 and 20: Een klassiek voorbeeld van evolutio
Page 21 and 22: REMCO VAN DER BURG, FRANCIS VUIJSJE
Page 23 and 24: Het bovenste paneel laat een schema
Page 25 and 26: MICHAEL STECH natiOnaaL HeRBaRiUM n
Page 27 and 28: Echinodium renauldii is een mossoor
Page 29: MARTIJN VERDOES LeiDS inStitUUt vOO
Page 33 and 34: De nieuwe Steve irwin? Misschien. H
Page 35 and 36: Adult maxillary dentition mapped on
Page 37 and 38: KAI YE LeiDen/aMSteRDaM CenteR FOR
Page 39 and 40: Entropy of Class-A GPCRs 3 2 1 0 0
Page 41 and 42: abundant bonding in chemistry by Ma
Page 43 and 44: Colofon Tekst: Bas den Hond, Marco

WAAR WIJ TROTS OP ZIJN

You also want an ePaper? Increase the reach of your titles

Delete template?

Save as template?