Kaks uut potentsiaalset markerit kreatiniini taseme mõjutajana

TARTU ÜLIKOOL
LOODUS- JA TEHNOLOOGIATEADUSKOND
MOLEKULAAR- JA RAKUBIOLOOGIA INSTITUUT
BIOTEHNOLOOGIA ÕPPETOOL
Kadi Rosenthal
Kaks uut potentsiaalset markerit kreatiniini taseme
mõjutajana
Bakalaureusetöö
Juhendajad: Riin Tamm, M.Sc.
Egon Urgard, B.Sc.
Tartu 2012

SISUKORD
LÜHENDID ............................................................................................................................... 4
SISSEJUHATUS ........................................................................................................................ 5
1. KIRJANDUSE ÜLEVAADE ............................................................................................. 6
1.1. Neeru ehitus ja funktsioon ........................................................................................... 6
1.1.1. Neeru ehitus .......................................................................................................... 6
1.1.2. Neerude funktsioon .............................................................................................. 7
1.2. Kreatiniin ..................................................................................................................... 7
1.2.1. Kreatiniini moodustumine inimese organismis .................................................... 9
1.2.2. Uriini kreatiniin .................................................................................................... 9
1.2.3. Seerumi/plasma kreatiniin .................................................................................. 10
1.3. Meetodid kreatiniini taseme mõõtmiseks .................................................................. 10
1.4. Kreatiniin kui diagnostiline marker neerude töö hindamiseks .................................. 11
1.4.1. Kreatiniini taseme kasutamine markerina .......................................................... 11
1.4.2. GFR-i mõõtmise meetodid ................................................................................. 12
1.4.3. Valemid neerude töö hindamiseks ...................................................................... 12
1.5. Kreatiniini toksilisus .................................................................................................. 14
1.6. Haigused .................................................................................................................... 14
1.6.1. Kreatiniini taseme muutustega seotud haigused ................................................. 14
1.6.2. Kreatiniini taseme muutusega seotud geneetilised faktorid ............................... 15
2. EKSPERIMENTAALOSA .............................................................................................. 18
2.1. Töö eesmärk ............................................................................................................... 18
2.2. Materjal ja metoodika ................................................................................................ 18
2.2.1. Eesti Geenivaramu valim.................................................................................... 18
2.2.2. Fenotüüp ............................................................................................................. 18
2.2.3. SNP-de tuvastamine ülegenoomse genotüpiseerimise meetodil ........................ 18
2.2.4. Andmete puhastamine ........................................................................................ 18
2.2.5. Imputeerimine ..................................................................................................... 19
2

2.2.6. Statistiline analüüs .............................................................................................. 19
2.2.7. Tulemuste analüüsijärgne kvaliteedikontroll...................................................... 20
2.3. Tulemused .................................................................................................................. 20
2.4. Arutelu ....................................................................................................................... 22
KOKKUVÕTE ......................................................................................................................... 26
Summary ................................................................................................................................... 27
TÄNUAVALDUSED ............................................................................................................... 28
KASUTATUD KIRJANDUS .................................................................................................. 29
3

LÜHENDID
AIA
Amino-imidazo-azaren, amino-imidaso-azareen
APOL
Apolipoprotein L, apolipoproteiin L
CR
Call Rate, edukalt genotüpiseeritud markerite protsentuaalne osakaal
CKD
Chronic kidney disease, krooniline neeruhaigus
CKD-EPI Chronic Kidney Disease Epidemiology Collaboration
COL22A1 Collagen type XXII alpha 1, kollageen tüüp XXII alfa 1 ahel
eGFR Estimated Glomerular Filtration Rate, hinnanguline
glomerulaarfiltratsiooni kiirus
GABA A
Gamma-aminobutyric acid, gamma-aminobutüürhape
GABRR2 Gamma-aminobutyric acid A receptor rho2, gamma-aminobutüürhappe
retseptor rho2
GFR
Glomerular Filtration Rate, glomerulaarfiltratsiooni kiirus
GWAS
Genome wide association study, ülegenoomne assotsiatsiooniuuring
HCA
Heterocyclic amines, heterotsüklilised amiinid
HWE
Hardy-Weinberg equilibrium, Hardy-Weinbergi tasakaalustatus
IDMS Isotope dilution mass spectrometry, isotooplahjenduse
massispektromeetria
MAF
Minor Allele Frequency, minoorse alleeli sagedus
MYH9
Myosin heavy chain 9 non-muscle, mitte lihase spetsiifiline müosiini
raske ahel 9
MDRD
Modification of Diet in Renal Disease
NAT8 N-acetyltransferase 8, N-atsetüültransferaas 8
KDOQI
Kidney Disease Outcomes Quality Initiative, neeruhaiguste tulemuste
initsiatiiv
PhIP
2-Amino-1-methyl-6-phenylimidazo[4,5-b]pyridine, 2-amino-1-metüül-
6-fenüülimidaso[4,5-b]püridiin
SAH
S-adenosylhomocysteine, S-adenosüülhomotsüsteiin
SAM
S-adenosylmethionine, S-adenosüülmetioniin
SYT1
Synaptotagmin 1, sünaptotagmin-1
UBE2J1
Ubiquitin-conjugating enzyme E2-J1, ubikvitiini konjugeeriv ensüüm
E2-J1
4

SISSEJUHATUS
Kreatiniin on kreatiini tsükliline anhüdriid, mida toodetakse lihastes pidevalt kreatiini
või fosfokreatiini spontaansel ühesuunalisel lagundamisel (Edmund ja David, 2006).
Kreatiniini leidub erinevates kehavedelikes ja reeglina organismis ei lagundata. Seda
toodetakse kehas püsival kiirusel ning väljutatakse muutumatul kujul uriiniga. Kreatiniin
täidab enamiku tingimustest, et seda saaks kasutada täiusliku neerufunktsiooni markerina
(Tanagho ja McAninch, 2007). Juba seerumi kreatiniini 15%-line tõus viitab olulistele
muutustele neerude töös (Cohen, 2008). Neerude funktsiooni saab määrata reeglina
glomerulaarfiltratsiooni kiirusega. Kliiniliselt kasutatakse selle mõõtmiseks enamasti
kreatiniini kliirensit, mis arvutatakse plasma või seerumi kreatiniinist ja 24 tunni jooksul
kogutud uriinist (Stevens ja Levey, 2009). Hinnangulise glomerulaarfiltratsiooni arvutamiseks
kasutatakse erinevaid valemeid, millest levinuim ja soovitatuim on MDRD uuringu põhjal
leitud valem (Perrone jt., 1992; Levey jt., 1999).
Erinevate kreatiniiniga seotud haiguste, näiteks kroonilise neeruhaiguse, diagnoosimiseks on
vajalikud usaldusväärsed kreatiniini taseme mõõdud (Pattaro jt., 2009). Geneetilised faktorid
määravad olulise osa indiviididevahelistest kreatiniini taseme erinevustest seerumis
(Pattaro jt., 2010). Assotsiatsiooniuuringutest lisandub pidevalt uut informatsiooni geneetiliste
markerite kohta, mis täiustavad teadmisi haiguste tekkepõhjustest.
Käesolev töö on osa suurest rahvusvahelisest projektist, mille eesmärgiks on identifitseerida
erinevate vereseerumi näitajate seoseid geneetiliste variatsioonidega. Antud töö eesmärk on
tuvastada uusi kreatiniini taseme muutusega seotud geneetilisi markereid.
5

1. KIRJANDUSE ÜLEVAADE
1.1. Neeru ehitus ja funktsioon
1.1.1. Neeru ehitus
Inimesel on reeglina kaks neeru, mis asetsevad kõhuõõnes kahel pool lülisambakanalit
soolestiku taga (Rosdahl jt., 2008). Neerud koosnevad kolmest osast – koorest ehk välimisest
kihist (korteks), medullast ehk keskmisest osast (püramiid) ja neeruvaagnast, õõnes sisemisest
osast, kust saavad alguse kusejuhad (joonis 1A). Kusejuhad on umbes 26-30 cm pikad
lihaselised torukesed, mille kaudu liigub uriin põide (Arnould-Taylor, 1998). Igal neerul on
umbes miljon funktsionaalset ühikut ehk nefronit.
Joonis 1A
Joonis 1B
Joonis 1. (A) Neeru ja (B) nefroni ehitus. Mõlemad neerud koosnevad umbes ühest miljonist nefronist. Nefron
on neerutorukeste ja päsmakeste ehk glomeerulite süsteem. Glomeerulitesse koguneb ultrafiltraat, proksimaalses
torukeses toimub reabsorbtsioon, distaalses torukeses tubulaarne sekretsioon ning Henle lingu alanevas sääres
toimub vee tagasiimendumine (aluseks Price, 2006).
6

Nefroni ühes otsas on karikakujuline neerukehake, mis koosneb veresoonte päsmakesest ehk
glomeerulist ja seda ümbritsevast päsmakese kihnust ehk Bowmani kihnust. Glomeerulid on
vajalikud üleliigse vee ja ainevahetuse jääkainete filtratsiooniks ning uriini tekkeks.
Glomeeruleid on ühes neerus umbes miljon. Neerukehakesest algab neerutoruke ehk tuubul,
mis on õhukeste seintega toruke koore ja medulla piiril ning koosneb proksimaalsest
torukesest, Henle lingust ja distaalsest torukesest. Neerutoruke suubub koos teiste tuubulitega
kogumistorusse (joonis 1B) (Rosdahl jt., 2008).
1.1.2. Neerude funktsioon
Neerude peamiseks ülesandeks on ekskretsioon ehk ainevahetusjääkide ja teiste ainete
eemaldamine organismist ning kehavedelike mahu reguleerimine. Veri liigub neerudesse läbi
renaalse arteri, mis ulatub neerukooreni ning efektiivseks neerude tööks on vajalik, et veri
oleks surve all. Uriin moodustumisel neerudes on kolm faasi: ultrafiltratsioon, reabsorbtsioon
ja tubulaarne sekretsioon. Ultrafiltratsioonil surutakse neeru arteri harus oleva verega rõhu
toimel plasma kapillaaridest välja glomeerulitesse. Protsessi käigus lähevad neerukehakestes
oleva päsmakeste kapillaaride seinast ja Bowmani kihnu sisemisest lestmest moodustatud
filtrist läbi kõik vereplasma koostisosad (v.a. valgud). Tekkinud ultrafiltraat ehk esmauriin
satub neerukehakese valendikku. Ultrafiltraat koosneb erinevatest ainetest nagu soolad ja
suhkrud ning organismi jääkainetest nagu uurea ja kreatiniin. Mõlema neeru glomeerulites
ühes minutis moodustunud ultrafiltraadi hulka nimetatakse glomerulaarfiltratsiooni kiiruseks
(Glomerular Filtraton Rate, GFR). Normaalne GFR on täiskasvanutel keskmiselt
125 ml/min/1,73 m 2 (Bishop jt., 2010).
Proksimaalses tuubulis imendub tagasi (reabsorbtsioon) 99% esmauriinis olevatest
organismile vajalikest ainetest nagu glükoos ja sool ning Henle lingus reabsorbeerub vesi.
Henle lingu alanev säär suunab uriini neerukoore alasse, kus see siseneb distaalsesse
tuubulisse. Osa aineid lisandub esmauriinile distaalses tuubulis toimuva tubulaarse
sekretsiooni teel. Sealt edasi liigub uriin kogumistorru ja lõpuks jõuab kusejuhade kaudu
põide (Rosdahl jt., 2008).
1.2. Kreatiniin
Kreatiniin avastati 1847. aastal kreatiini kuumutamisel mineraalhapetega ja sünteesiti
esmakordselt 1885. aastal (Perrone jt., 1992). Kreatiniin on kreatiini tsükliline anhüdriid,
mida toodetakse pidevalt lihastes kreatiini või fosfokreatiini spontaansel ühesuunalisel
lagundamisel (Edmund ja David, 2006). Kreatiniini molekulmass on 113 Da ning
molekulaarne raadius 30 nm (Perrone jt., 1992). Kreatiniin on veeslahustuv, seda leidub nii
7

seerumis, erütrotsüütides kui ka kõikides kehavedelikes nagu näiteks higi, seedevedelik ning
pea- ja seljaaju vedelik (Myers ja Fine, 1919). Reeglina kreatiniini organismis ei lagundata
ning see väljutatakse muutumatul kujul uriiniga (Tanagho ja McAninch, 2007). Kreatiniin
filtreeritakse täielikult läbi neeru glomeerulite ja märkimisväärset tubulaarset reabsorbtsiooni
organismi normaalsetes tingimustes ei toimu. Tagasiimendumine võib toimuda
neerukahjustuste korral, mis tõstab kreatiniini taset seerumis (Steffl jt., 2012). Erinevad
terviseseisundid nagu sepsis, trauma ja dehüdratsioon ei mõjuta kreatiniini tootmist
organismis, kuid selle tase võib tõusta toiduga saadava valgu koguse suurenedes (Jacobsen jt.,
1980). Kõige enam leidub kreatiniini küpsetatud lihas, kuna toidu valmimise käigus selles
olev kreatiin lagundatakse (Macy jt., 1970). Taimetoitlastel on madalam kreatiniini tase, sest
juurviljades kreatiini ei leidu (Steffl jt., 2012). Lihasmass on kreatiniini taseme määramisel
väga tähtis: lihaskude mõjutab kreatiini taset veres ja seega ka kreatiniini produktsiooni
(Heymsfield jt., 1982). Seetõttu on meestel üldiselt kõrgem kreatiniini tase kui naistel ning
vanuse suurenedes ja lihasmassi vähenedes selle tase veres langeb (Driver ja McAlevy, 1980;
Jones jt., 1998).
Lisaks kreatiniini kehast väljutamisele erituselunditega toimub tõonäoliselt lagundamine ka
seedetraktis olevate mikroorganismide poolt: bakterid ja seened lagundavad kreatiini ja
kreatiniini ensümaatiliselt. Loom-mudelitega tehtud katsed tõestavad, et spetsiifilise ensüümi
kreatininaasi, mis hüdrolüüsib kreatiniini kreatiiniks, puudumisel on kreatiniini tase veres
kõrge (Jones ja Burnett, 1974). Arvatakse, et ureemia ehk kusiveresusega inimestel koguneb
kreatiniin seedetrakti ning indutseerib bakteriaalse kreatininaasi, kreatinaasi ja kreatiniini
deaminaasi aktiivsust. Eelnimetatud ensüümid lagundavad liigse kreatiniini ning osalevad
kreatiini osalisel taaskasutamisel (Jones ja Brunett, 1975).
8

1.2.1. Kreatiniini moodustumine inimese organismis
Inimese organismis toodetakse kreatiniini kreatiini lagundamise kaudu (joonis 2).
Joonis 2. Kreatiniini moodustumise rada. Arg-arginiin, Orn-ornitiin, SAM - S-adenosüülmetioniin, SAH - S-
adenosüülhomotsüsteiin. Ensüümid: 1-arginiin-glütsiin amidiinotransferaas, 2-guanidiinoatsetaadi
metüültransferaas, 3-kreatiini kinaas, 4-ühesuunaline mitteensümaatiline dehüdratsioon. Amidiinogrupi
ülekandumisel glütsiinile moodustub neerudes guanidiinoatsetaat. Guanidiinoatsetaadi amidiinorühma
metüülimise tulemusena SAM-i poolt tekivad kreatiin ning SAH. Kreatiini kinaasi abil tekib ATP osalusel
kreatiinist fosfokreatiin ning fosfaatrühma loovutamisel võib toimuda ka vastassuunaline reaktsioon. Kreatiinist
ja fosfokreatiinist on võimalik ühesuunalise mitteensümaatilise dehüdratsiooni teel saada kreatiniin (aluseks
Murray jt., 2009)
Amidiinorühma ülekandumisel arginiinilt glütsiinile moodustuvad neerudes
guanidiinoatsetaat ning ornitiin (Murray jt., 2009). Maksas tekib pidevalt läbi metioniini
tsükli ATP osalusel S-adenosüülmetioniin (S-adenosylmethionine, SAM). Seejärel
guanidiinoatsetaadi amidiinorühma metüülimise tulemusena SAM-i poolt tekivad kreatiin
ning S-adenosüülhomotsüsteiin (S-adenosylhomocysteine, SAH). Järgnevalt kreatiin
fosforüülitakse kreatiini kinaasi abil ATP-lt saadud fosfaatgrupiga ja moodustub fosfokreatiin.
Fosfokreatiini omastatakse lihaste ja teiste kudede poolt, kus see konverteeritakse taas
kreatiini kinaasi abil kreatiiniks. See omakorda laguneb kiiresti läbi ühesuunalise
mitteensümaatilise dehüdratsiooni kreatiniiniks. Fosfokreatiin võib samuti sama reaktsiooni
tulemusena kreatiniiniks laguneda (Helms, 2006). Nii kreatiini kui ka kreatiniini
moodustumisel fosfokreatiinist vabaneb fosfaatgrupp, mis annab energiat lihaste tööks
(Narayanan ja Appleton, 1980).
Kogu kreatiinist on 94-98% lihastes, millest 60-70% moodustab fosfokreatiin ning 30-40%
leidub vaba kreatiinina vereplasmas (tavaliselt

ja väljutatakse uriiniga. Umbes 15-20% kreatiniinist satub uriini läbi neerutuubulites toimuva
vere aktiivse tubulaarse sekretsiooni (Perrone jt., 1992). Protsessi kiirus varieerub, kuna
indiviide mõjutavad erinevad geneetilised ja bioloogilised tegurid. Kuna uriini kreatiniini
kontsentratsiooni mõjutab vedeliku tase organismis, siis see on väga muutlik,
jäädes 90-300 mg/dL vahele. Ööpäevane kreatiniini väljutamine on samas suhteliselt püsiv,
ekskretsiooni kiirus on meestel 1-2 g/24h ja naistel 0,6-1,5 g/24h (Forbes ja Bruining, 1976).
1.2.3. Seerumi/plasma kreatiniin
Plasma kreatiniini kontsentratsioon sõltub kreatiniini moodustumise ja eemaldamise
kiirusest, mis on organismi stabiilses olukorras võrdsed. Neid kiirusi on võimalik hinnata
uriinis oleva kreatiniini kontsentratsiooni ja uriininivoo järgi. Kreatiniini püsiva produktsiooni
korral tõuseb seerumi kreatiniini tase ainult juhul kui ühendi eemaldamine neerude kaudu
aeglustub. Üldiselt osutab juba seerumi kreatiniini 15%-line tõus olulistele muutustele
neerude töös. Seerumi/plasma kreatiniini taseme referentsväärtus jääb vahemikku
0,5-1,7 mg/dL. See sõltub suurel määral inimese vanusest, erinevatest maksahaiguste
esinemisest või lihasmassi vähenemisest, mille korral kreatiniini tase varieerub madalamatel
kontsentratsioonidel (0,3-0,5 mg/dL) (Cohen, 2008). Tervete inimeste normaalsed seerumi
kreatiniini väärtused erinevates vanusegruppides on toodud tabelis 1.
Tabel 1. Tervete inimeste normaalsed seerumi kreatiniini väärtused (aluseks Cohen, 2008).
Vanus (aastad)
Seerumi kreatiniin (mg/dL)
18 1,4
1.3. Meetodid kreatiniini taseme mõõtmiseks
Kreatiniini taset on võimalik mõõta vereplasmast, -seerumist ja uriinist (Kubasik jt., 1984).
Enimkasutatav ja vanim meetod kreatiniini taseme mõõtmiseks põhineb Jaffe reaktsioonil,
mille kohandas kreatiniini jaoks Folin 1919. aastal (Peake ja Whiting, 2006). Selle käigus
reageerib kreatiniin aluselises keskkonnas pikraadi iooniga (Jaffe, 1886; M d ras ja
Buck, 1996) ning moodustub ekvimolaarne kompleks, mille punakas-oranžikat värvi on
spektrofotomeetriga lihtne mõõta (Weber ja Van Zanten, 1991). Folini-Jaffe reaktsiooni
probleem seisneb selles, et kuni 20% värvist võib emiteeruda ka mõõdetavates vedelikes
10

olevatest metaboliitidest ja ravimitest, mis ei ole kreatiniin. Nendeks on ained nagu
atseetoatsetaat, bilirubiin, glükoos, askorbiinhape ja IgG paraproteiinid (Jacobs jt., 1991).
Reaktsiooni spetsiifilisemaks muutmiseks kasutatakse näiteks ensümaatilist meetodit, kus
lahuses olev kreatiniin mõõdetakse enne ja pärast ensümaatilist lagundamist (Junge jt., 2004).
Tänaseks on välja arendatud uued meetodid kreatiniini mõõtmiseks, näiteks kõrgsurvevedelikkromatograafia,
isotooplahjenduse massispektromeetria (isotope dilution mass
spectrometry, IDMS) ja elektrokeemiline transduktsioonimeetod (Chang jt., 2009). Täpsemad
meetodid on elektrokeemiline/footoniline mõõtmine ja kromatograafiline eraldamine, mis
seisnevad ensüümikaskaadide kombinatsioonidel (Smith-Palmer, 2002; Sharma jt., 2004).
Kõik eelnimetatud mõõtmisviisid on kreatiniini suhtes kõrge spetsiifilisusega ja tundlikumad
kui Folini-Jaffe reaktsioon, aga vajavad pikka ettevalmistust, kalleid lisaseadmeid ja
koolitatud personali. Eksperdid soovitavad, et kõik kreatiniini tuvastamise meetodid peaksid
baseeruma IDMS-i põhisel referentsmõõtmisel (Peake ja Whiting, 2006). Viimastel aastatel
on proovitud kreatiniini taset mõõta kasutades biosensoreid. See vähendab laborikulusid, aega
ja rutiinse analüüsi tegemise keerukust bioloogilistest vedelikest. Tulevikus on plaanis
arendada meetod kodustes tingimustes kasutamiseks, mille korral saab kreatiniini taset mõõta
verest, uriinist ja süljest (Schenk jt., 2007).
1.4. Kreatiniin kui diagnostiline marker neerude töö hindamiseks
1.4.1. Kreatiniini taseme kasutamine markerina
Meditsiinis on kreatiniini kontsentratsioon seerumis kõige laialdasemalt kasutatav ja
üldtunnustatud mõõt neerude töö hindamiseks ning seega oluline diagnostiline marker
(Steffl jt., 2012). Kreatiniini tuvastamine bioloogilistest vedelikest on levinud kliiniline test
neerude, kilpnäärme ja lihaste funktsiooni määramiseks (Yamato jt., 1995). Haiglaravis
kasutatakse neerude funktsiooni hindamiseks seerumi kreatiniini seost GFR-ga
(Ciarimboli jt., 2012). Alla 30 aastastel meestel on normaalne GFR 130 mL/min/1,73 m 2 ja
naistel 120 mL/min/1,73 m 2 ning see langeb vanusega (Levey jt., 1999). Sellise
mõõtmismeetodi võttis kasutusele Rehberg, kes uuris 1926. aastal suu või veeni kaudu
manustatud kreatiniini neerukliirensit (Rehberg, 1926). Neerukliirens on teoreetiline plasma
hulk, millest on kindla aja jooksul meid huvitav ühend (näiteks kreatiniin) täielikult
filtratsiooni teel eemaldatud. Neerukliirens on invasiivne meetod, kuna vajab 24 tunnist uriini
kogumist ning samuti võib selle määramisel esineda palju mõõtmisvigu. Tänapäeval
kasutatakse laborites neerufunktsiooni hindamiseks enamasti MDRD (Modification of Diet in
Renal Disease) valemil põhinevat hinnangulist glomerulaarfiltratsiooni kiirust (estimated
Glomerular Filtration Rate, eGFR) ja kreatiniini kliirensit (Stevens ja Levey, 2009).
11

1.4.2. GFR-i mõõtmise meetodid
GFR-i saab arvutada erinevate veres olevate stabiilse tasemega keemiliste ühendite
järgi. Ühend peab olema püsival kiirusel kehast vabalt filtreeritav ainult glomerulaarfiltratsiooni
teel ning reabsorbeerimist ja sekreteerimist ei tohi toimuda. Sellisel juhul on
glomeerulites filtreeritava aine hulk sama, mis väljub uriiniga (Price ja Finney, 2000).
Kreatiniin täidab enamiku tingimustest: ei ole seotud valkudega, filtreeritakse neerudes
vabalt, ei lagundata neerudes ja on füsioloogiliselt inertne ühend, et seda saaks kasutada
täiusliku markerina (Perrone jt., 1992). Samas on kreatiniini tase seerumis seotud vanuse, soo,
lihasmassi, toitumise, füüsilise aktiivsuse ja mõningate ravimitega. Seega ei ole kreatiniin
ideaalne GFR-i marker (Vikse jt., 2004). Seerumi kreatiniin on pöördvõrdeliselt
proportsionaalne GFR-ga: kui see langeb poole võrra, siis kreatiniini tase seerumis tõuseb
kahekordseks (Stevens ja Levey, 2009). Kui seerumi kreatiniini kontsentratsioon on
referentsväärtuse ülemisel piiril, siis võib patsiendil esineda neerupuudulikkus. Üks uurimus,
mis põhines erinevatel seerumi kreatiniini mõõtmistel, määras meeste normaalseks seerumi
kreatiniini tasemeks 0,7-1,2 mg/dL ja naistel 0,6-1,2 mg/dL (Ceriotti jt., 2008). Siiski ei ole
seerumi kreatiniini tase piisavalt tundlik neeruhaiguste diagnoosimisel, sest oluliseks
neeruhaiguse markeriks muutub see alles GFR-i langemisel 50% võrra (Spanaus jt., 2010).
Kliinilistes uuringutes kasutatakse GFR-i endogeenset määramist seerumi kreatiniinil
põhinevast kliirensist (Stevens ja Levey, 2009).
Kreatiniini kliirensit on täiskasvanutel võimalik arvutada valemiga:
Kreatiniinikliirens (mL/min) = [Uriini kreatiniin (µmol/L) x uriini hulk
(mL/min)]/seerumi/plasma kreatiniin (µmol/L) (aluseks Leino jt., 2011) 1 .
Kreatiniini kliirensi referentsvahemik on meestel 97 mL/min/1,73 m 2 - 137 mL/min/1,73 m 2
ja naistel 88 mL/min/1,73 m 2 - 128 mL/min/1,73 m 2 . Vanusega kreatiniini kliirens väheneb
iga 10 aasta kohta 6,5 mL/min/1,73 m 2 (Bishop jt., 2010).
Kuna kreatiniini väljutamine kehast toimub ka tubulaarse sekretsiooni teel ja väike osa
kreatiniini võidakse reabsorbeerida, siis ülehindab kreatiniini kliirens GFR-i 10 kuni 20%
ulatuses, neeruhaiguse korral kuni 40% 2 .
1.4.3. Valemid neerude töö hindamiseks
GFR-i arvutamisel seerumi kreatiniini abil tuleb arvestada ka antropomeetriliste
faktoritega nagu sugu, vanus, rass ja kehakaal. Selleks töötati välja erinevad valemid
(Perrone jt., 1992). Need lihtsustavad neerufunktsiooni mõõtmist andes GFR-ile hinnangulise
1 Teisendus: 1 mg/dL= 88,4 µmol/L http://www.unc.edu/~rowlett/units/scales/clinical_data.html
2 www.uptodate.com
12

väärtuse ning võtavad arvesse indiviidide erinevused kreatiniini tootmisel. Vanemad valemid
eGFR-i arvutamiseks on Schwartzi valem lastele ja täiskasvanutele (Schwartz ja Haycock,
1976) ja hinnangulisel neerukliirensil põhinev Cockcroft-Gault`i valem (Cockcroft ja Gault,
1976). eGFR-i tuvastamiseks kasutatakse enim MDRD (Modification of Diet in Renal
Disease) uuringu põhjal saadud valemit.
MDRD valem:
eGFR (mL/min/1,73 m 2 ) = 175 x [seerumi/plasma kreatiniin (μmol/L) x 0,011312] -1,154 x
[vanus] -0,203 x [0,742 kui patsient on naine] x [1,210 kui patsient kuulub musta rassi]
(aluseks Levey jt., 2006) 1 .
Cockcroft-Gault ja MDRD valemeid soovitatakse neerude funktsiooni mõõtmiseks kasutada
ka neeruhaiguste tulemuste initsiatiivi (Kidney Disease Outcomes Quality Initiative, KDOQI)
poolt (Levey jt., 1999). MDRD valem on levinud neerude väärtalitluse, näiteks kroonilise
neeruhaiguse, tuvastamiseks. Normaalne eGFR-i tase on kõrgem kui 90 mL/min/1,73 m 2 .
Sellest madalam tase näitab, et indiviidi neerude funktsiooni määramiseks on vaja läbi viia
täpsemaid uuringuid (Kallner jt., 2008). Valemeid kasutatakse selleks, et määrata kiiresti
ligikaudset indiviidi neerude töö efektiivsust ja näiteks ravimite doosi. Kui indiviidil on vaja
läbida keerulisem ravikuur, siis soovitatakse määrata täpsemat GFR-i kreatiniini kliirensi
meetodil (Stevens ja Levey, 2009).
Praegu kasutusel olevad valemid on limiteeritud täpsusega. Näiteks alahindab MDRD valem
mõõdetud eGFR-i kõrgetel väärtustel, kuna see määrati kasutades katses ainult kroonilise
neeruhaigusega indiviide (Stevens jt., 2007). 2009. aastal arendati CKD-EPI (Chronic Kidney
Disease Epidemiology Collaboration) töögrupi poolt välja uus valem, mis arvestab ka
normaalse neerufunktsiooniga indiviide.
CKD-EPI valem:
eGFR = 141 x min(Scr/κ,1) ɑ x max(Scr/κ) -1,209 x 1,018[kui naine] x 1,159[kui
mustanahaline]
κ= 0,7 kui naine; κ= 0,9 kui mees; ɑ= -0,329 kui naine; ɑ= -0,411 kui mees
Min= Scr/κ miinimum või 1; Max= Scr/κ maksimum või 1
Scr – seerumi kreatiniin (aluseks Steffl jt., 2012).
Kõiki eGFR-i kreatiniini taseme põhjal arvutamise valemeid peaks kasutama
ettevaatlikkusega kui indiviidil on väike või suur lihasmass. Olemas on ka tsüstatiin C-l
põhinevad eGFR-i arvutamise valemid, mis on veel täpsemad, kuid need vajavad veel
põhjalikku edasiarendamist (Levey jt., 2009).
13

1.5. Kreatiniini toksilisus
Toitude kuumtöötlemist, nagu praadimine ja grillimine, on seostatud mutageensete ja
vähkitekitavate osakeste moodustumisega (Goldman ja Shields, 2003). Uuringute tulemused
on näidanud, et kreatiin ja kreatiniin võivad olla toidu mutageenide ja ureemiliste toksiinide
prekursorid (Spingarn jt., 1980). Heterotsüklilised amiinid (heterocyclic amines, HCA) on
mutageensed kemikaalid, mis moodustuvad lihas küpsemisel kõrgetel temperatuuridel
aminohapete, valkude ja kreatiini pürolüüsil. HCA substraate ei leidu küpsetamata lihas. HCA
kartsinogeenne mehhanism toimub N-hüdroksüülamiini bioaktiveerimisel tsütokroom P450
poolt. Sellele järgneb esterifikatsioon ja tekivad nitreeniumi ioonid, mis on kõrgelt
kartsinogeensed ühendid ja võimelised guaniini asendama, eemaldama või lisama muutes
seega DNA järjestust. HCA-sid on kokku umbes 17 ja neist kõige tuntum on 2-amino-1-
metüül-6-fenüülimidaso[4,5-b]püridiin (2-Amino-1-methyl-6-phenylimidazo[4,5-b]pyridine,
PhIP), mis indutseerib rinna-, eesnäärme- ja jämesoolevähi teket (Goldman ja Shields, 2003).
PhIP kuulub amino-imidaso-azareenide (AIA) gruppi, mis on levinud grillitud või praetud
kalas, küpsetatud kanalihas, loomalihas, praetud munades ja ka toidu valmistamise aurudes.
Kreatiin ja kreatiniin on AIA mutageenide prekursorid. Toitudes, välja arvatud taimetoitudes,
kus leidub suurel hulgal kreatiniini ja kreatiini, tõuseb kuumutades mutageenide hulk
(Spingarn jt., 1980). Kui liha töödelda enne küpsetamist kreatinaasiga, siis kreatiini ja
mutageensete osakeste arv kahaneb vastavalt 65% ja 73% (Vikse ja Joner, 1993). Kuna
kõrgetel temperatuuridel on soodustatud kreatiniini tekkimine kreatiinist, siis arvatakse, et
pigem on tõeline AIA mutageenide prekursor kreatiniin (Knize ja Felton, 2005).
1.6. Haigused
1.6.1. Kreatiniini taseme muutustega seotud haigused
Kreatiniini normaalne füsioloogiline kontsentratsioon inimese organismis on 0,5-1,4
mg/dL, aga teatud patoloogilistes seisundites (krooniline nefriit ja neerude kahjustus) võib see
ületada 11 mg/dL piiri. Kui tase on üle 1,7 mg/dL, tekib vajadus mõõta kreatiniini kliirensit ja
kui üle 6 mg/dL, siis on tegu juba raske neerukahjustusega (Edmund ja David, 2006).
Kontsentratsioon alla 0,5 mg/dL näitab vähenenud lihasmassi (Lad jt., 2008).
Kõrge seerumi kreatiniini kontsentratsioon on tugevalt seotud kõrgema diastoolse ja süstoolse
vererõhuga, hüpertensiooni, valede vererõhurohtude kasutamise ja vananemisega. Kõige
suurem seos kreatiniini taseme tõusul on esimese astme hüpertensiooniga (140-159 mmHg
süstoolne või 90-99 mm Hg diastoolne) (Coresh jt., 2001). Seetõttu on kõrge vererõhk oluline
sõltumatu marker kroonilise neeruhaiguse kujunemisel (Klag jt., 1996). Kroonilise neeruhaigusega
patsientidel on suurem risk saada lõppstaadiumi neerukahjustus (Culleton jt., 1999).
14

Kui suudetakse kõrge haigusriskiga indiviididel haigused varakult tuvastada kasutades selleks
kreatiniini taseme määramist seerumis, on võimalik vähendada neeruhaiguste juhtumeid,
suremust veresoonkonna haigustesse ning vererõhk optimeerida (Coresh jt., 2001).
Seerumi kreatiniini tase on väga stabiilne ja näitab otseselt skeletilihaste massi
(Bishop jt., 2010). Skeletilihasrakud on üks insuliini sihtmärke. Skeletilihaste massi
seostatakse diabeediga, kuna selle resistentsus insuliinile tekitab II tüüpi diabeeti
(Zierath jt., 2000). Seega on madal seerumi kreatiniini kontsentratsioon diabeedi markeriks,
kuna näitab madalat skeletilihase massi, mille korral alaneb lihaste tundlikkus insuliinile
(Harita jt., 2009).
Praeguseks loetakse eesnäärmevähi riskifaktoriteks vanust, perekonna ajalugu, rassi ja
mõningaid geneetilisi variatsioone. Üks uuring seostas kreatiniini kõrget taset veres ka
kaugelearenenud eesnäärmevähi ja madala elulemusega (Weinstein jt., 2009). Seerumi
kreatiniin võib olla marker homotsüsteiini staatusele ja ühe süsiniku metabolismile, kuna
kreatiniin kasutab SAM-lt saadud metüülgrupi vähendades seega selle kättesaadavust DNA
metüülimiseks, sünteesiks ja parandamiseks (Stead jt., 2006). On leitud, et kreatiniini
kõrgematel kontsentratsioonidel (>1,19 mg/dL) suureneb eesnäärmevähi risk kahekordselt
võrreldes indiviididega, kelle kreatiniini tase veres oli ≤1,02 mg/dL (Weinstein jt., 2009).
1.6.2. Kreatiniini taseme muutusega seotud geneetilised faktorid
Olulise osa seerumi kreatiniini taseme erinevustest indiviidide vahel määravad
geneetilised faktorid (Pattaro jt., 2010). Ülegenoomsete assotsiatsiooniuuringute (Genome
wide associacion study, GWAS) tulemusena on identifitseeritud mitmeid geneetilisi
markereid, mis mõjutavad kreatiniini taset seerumis (tabel 2).
Kaksikuteuuringust on selgunud, et kreatiniini taseme päritavus on 37% (Hunter jt., 2002).
Uuringud on tuvastanud ühenukleotiidseid polümorfisme (single nucleotide polymorphism,
SNP) schroom-perekonna geenis SCHROOM 3 (the schroom family member 3), glütsiinamidiinotransferaasi
geenis GATM (glycine amidinotransferase), JAG1 (jagged 1) geenis,
milledel on arvatav seos eGFR-i muutustega, ning lookuses, mis hõlmas spermatogeneesiga
seotud geeni SPATA5L1 (spermatogenesis-associated protein 5-like protein 1)
(Köttgen jt., 2008 ja 2009).
Samuti on leitud seoseid seerumi kreatiniini taseme ja 22q12.3 regiooni vahel, mis hõlmab
mitte lihase spetsiifilist müosiini raske ahela geeni MYH9 (myosin heavy chain 9 non-muscle)
(Pattaro jt., 2010). Seda lookust seostatakse mitte-diabeetilise lõppstaadiumi neeruhaigusega
ja glomeruloskleroosiga (glomeerulit moodustavate veresoonte kahjustumine)
(Freedman jt., 2009; Kopp jt., 2008).
15

Tabel 2. Seerumi kreatiniini tasemega seotud geneetilised markerid.
Tunnus rs number Lookus Geen Riskialleel Viide
rs12917707 16p12.3 UMOD T
Kreatiniini rs17319721 4q21.1 SHROOM3 G Köttgen jt.,
eGFR
2009
rs2467853 15q21.1 GATM/SPATA5L1 T
Seerumi
kreatiniini tase
Kreatiniini
tase, eGFR,
seerumi
kreatiniini tase
rs11089788
C
22q12.3 MYH9
rs5756168
C
rs4293393 16p12.3 UMOD T
rs9310709 3p24.3 - C
rs13070584 3q12.1 - T
rs10941694 5p12 - A
NAT8,
rs10206899 2p13.1 NAT8B, ALMS1, G
DUSP11, TPRKB
rs4805834 19q13.11 SLC7A9 A
rs8068318 17q23.2 TBX2 G
rs3127573 6q25.3 SLC22A2 G
rs9992101 4q21.1 SHROOM3 -
rs4075073
A
rs9324496 8q24.3 COL22A1
T
rs2873682
A
rs11838060
rs10506807
rs12300068
rs11112829
rs3777514
rs2064831
rs1998576
12q21
6q15
SYT1
GABRR2
UBE2J1
T
C
A
C
A
C
A
Pattaro jt., 2009
Gudbjartsson jt.,
2010
Chambers jt.,
2010
Pattaro jt., 2010
Hiljutises ülegenoomses assotsiatsiooniuuringus identifitseeriti kolm uut lookust, mis on
seotud seerumi kreatiniini tasemega. Lookused hõlmavad kollageen tüüp XXII alfa 1 ahel
(collagen alpha-1(XXII) chain, COL22A1), sünaptotagmin-1 (synaptotagmin 1, SYT1),
gamma-aminobutüürhappe retseptor rho2 (gamma-aminobutyric acid A receptor rho2,
GABRR2) ja ubikvitiini konjugeeriva ensüümi E2-J1 geene (ubiquitin-conjugating enzyme
E2-J1, UBE2J1) (Cristian jt., 2010).
COL22A1 geeni promooterregioonis oleval kolmel SNP-l on seos seerumi kreatiniini
tasemega. COL22A1 geen, mida ekspresseeritakse glomerulaarses basaalmembraanis, võib
olla koos kreatiniiniga seotud lihasmassi moodustumisega (Pattaro jt., 2010). Kõne all olevat
geeni seostatakse ka Alporti sündroomiga (pärilik neeruhaigus), Goodpasture sündroomiga
(kopsu ja neeru veresoonte üheaegne kahjustumine) ja halvaloomulise hematuuriaga
(neeruvähk) (Badenas jt., 2002; Hudson jt., 2003). On leitud, et lihaskoes produtseeritakse
tüüp XXII kollageeni, mille ülesanne on ühendada naha epiteelrakke ja fibroplaste
(Koch jt., 2004).
16

SYT1 geenis olevad markerid asuvad selle neljandas eksonis 5`UTR regioonis. Geeni produkt
osaleb neurotransmitterite produktsioonis ja neuriitide kasvamises ning lisaks podotsüütide
(Bowmani kihnus olevad rakud, mis ümbritsevad glomeerulite kapillaare) homoöstaasis
(Mikoshiba jt., 1999; Rastaldi jt., 2006).
Geeni GABRR2 seostakse neerudes olevate gamma-aminobutüürhappe (gamma-aminobutyric
acid, GABA A ) transmembraansete retseptoritega, mis on omakorda seotud üle G-valkude
kaaliumi kanalitega. GABA A retseptoreid ekspresseeritakse neerudes ja selle β1 ja β2
subühikud asuvad neerukehakeste proksimaalsetes tuubulites. On leitud, et GABA A
retseptorite subühikuid, sealhulgas ka GABRR2, traskribeeritakse ka glomeerulites ja nad
osalevad retinooli neurotransmissioonis (Marcos jt., 2000; Rastaldi, 2006).
Chambers ja teiste poolt läbiviidud GWAS-sis oli geenidest olulisim N-atsetüültranferaasi
geen (N-acetyltransferase 8, NAT8), kuna see kuulub ensüümide gruppi, mis katalüüsib
atsetüülgrupi ülekannet atsetüül-koensüüm A-lt suurele hulgale aktseptor substraatidele
(Dyda jt., 2000; Chambers jt., 2010). NAT8 geeni ekspresseeritakse enim neerudes, täpsemalt
neerukoore tubulaarsetes rakkudes. SLC7A9 (solute carrier family 7 member 9) geenis asuv
SNP rs4805834 suurendab kroonilise neeruhaiguse kujunemisriski. SLC22A2 (solute carrier
family 22 member 2) geen vastutab kreatiniini sekretsiooni eest neerude tubulaarsetes
epiteelrakkudes ning geenis olevad SNP-d soodustavad neerukahjustuste tekkimist
(Filipski jt., 2009; Chambers jt., 2010).
17

2. EKSPERIMENTAALOSA
2.1. Töö eesmärk
Käesoleva töö eesmärgiks oli tuvastada uusi geneetilisi markereid, mis mõjutavad
kreatiniini taset seerumis. Antud fenotüüp on tähtis diagnostiline marker neerude funktsiooni
hindamiseks ning tugevalt mõjutatud geneetiliste faktorite poolt.
2.2. Materjal ja metoodika
2.2.1. Eesti Geenivaramu valim
Uurimuse läbiviimiseks kasutati Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu üle kogu Eesti
geenidoonoritelt kogutud DNA proove. Randomiseeritud valimi suuruseks oli 858 indiviidi,
mehi oli 416 ja naisi 442. Meeste ja naiste keskmiseks vanuseks oli 37 eluaastat.
Käesoleva töö raames teostatavate uuringute läbiviimiseks on geenidoonorid andnud
informeeritud nõusoleku ning olemas on Tartu Ülikooli inimuuringute eetika komitee
kooskõlastus.
2.2.2. Fenotüüp
Uuritavaks fenotüübiks oli kreatiniini tase seerumis. Kasutades MDRD valemit,
arvutati välja seerumi kreatiniinil põhinev eGFR.
Analüüsi kaasatud indiviidide seerumi kreatiniini keskmine eGFR oli 106,3 mL/min/1,73 m 2 .
Naiste keskmine eGFR-i tase oli 108,6 mL/min/1,73 m 2 (SD ±19,9; min 60; max 200).
Meeste keskmine eGFR-i tase oli 104,2 mL/min/1,73 m 2 (SD ±21,5; min 22; max 177).
2.2.3. SNP-de tuvastamine ülegenoomse genotüpiseerimise meetodil
Indiviidide ülegenoome genotüpiseerimine viidi läbi Illumina Infinium II tehnoloogia
abil kasutades HumanCNV370-DUO BeadChip kiipe, järgides tootjafirma poolt välja
töötatud standardprotokolle ja kasutades tootja poolt valmistatud reaktiivide komplekte
(www.illumina.com). Antud kiipidega on võimalik inimese genoomist genotüpiseerida
rohkem kui 370 000 markerit. Genotüpiseerimine viidi läbi Eesti Biokeskuse Tuumiklabori
Genotüpiseerimiskeskuses.
2.2.4. Andmete puhastamine
Genotüpiseerimise järgselt läbis uuritav kohort kvaliteedikontrolli järgnevate
parameetrite ning näitajate osas:
18

1) edukalt genotüpiseeritud markerite protsentuaalne osakaal (Call Rate, CR) nii indiviidi kui
iga SNP kohta; 2) minoorse alleeli sagedus (Minor Allele Frequency, MAF); 3) Hardy-
Weinbergi tasakaalustatus (Hardy-Weinberg equilibrium, HWE); 4) indiviididevaheline
sugulus; 5) soo ebakõlad.
Edasistest analüüsidest jäeti välja indiviidid, kelle CR oli alla 95%. Samuti eemaldati SNP-d,
mis ei vastanud järgnevatele kriteeriumitele: CR

mudelit: haiguse väljakujunemise riskifaktor on homosügootide puhul r ja heterosügootide
puhul 2r (Lewis, 2002). Analüüsiti eraldi mehi ja naisi ning kovariaadina võeti arvesse
indiviidide vanus. Vältimaks mitmesest testimisest tulenevat viga, loeti ülegenoomselt
statistiliselt oluliseks markereid, kus P

potentsiaalset lookust kromosoomides 18 ja 22. Tulemused on esitatud Manhattan
diagrammina joonisel 3.
Joonis 3. Käesolevas GWAS uuringus olulised soospetsiifilist efekti omavad markerid
kromosoomides 18 ja 22.
Lookuses 22q12.3 identifitseerisime SNP rs113420718. Leitud marker omas meeste korral
positiivset efekti (beta= 0,09; P= 1,0x10 -7 ) kreatiniini tasemele, kuid naistel efekt puudus
(beta= -0,04; P= 0,8).
Lookuses 18p11.31 identifitseerisime SNP rs28529846. Sel korral omas leitud marker meestel
negatiivset efekti (beta =-0,10; P= 1,4x10 -7 ), kuid naistel efekt puudus (beta= -0,01; P= 0,8).
Mõlema markeri efekti erinevuse täpsem kirjeldus on toodud tabelis 3.
Tabel 3. Käesolevas töös tuvastatud kõige madalama P-väärtusega markerite kirjeldus
meestel ja naistel.
rs number Kaugus lähimast Minoorne/ Cochrani heterogeensustesti Efekt (Std. viga)
geenist
teine alleel
P-väärtus
mehed
P-väärtus
naised
rs113420718 40 Kb (APOL3) T/C 2,2x10 -5 0,09 (0,02) -0,04 (0,01)
1,0x10 -7 0,8
rs28529846 150 Kb (C18orf42) G/C 4,1x10 -4 -0,10 (0,02) -0,01 (0,02)
1,4x10 -7 0,8
Kb - kilobaas
Leitud regioonide paremaks kirjeldamiseks on joonisel 4 esitatud regionaaldiagrammid. Need
näitavad madalaima p-väärtusega markeri korrelatsiooni ümbritsevate markerite, geeni
annotatsiooni ja hinnanguliste rekombinatsioonisagedustega.
21

Joonis 4. Lookuste 22q12.3 ja 18p11.31 regionaaldiagrammid. Need näitavad kõige
väiksemate p-väärtusega markerite seoseid ümbritsevate markeritega ning alumisel skaalal on
näha kromosoomis markereid ümbritsevaid geene.
Lisaks olid huvipakkuvad imputeeritud SNP-d meestel ka kromosoomides 1 (P= 1,4x10 -7 ) ja
kromosoomis 7 (P= 1,5x10 -7 ) (joonis 3). Neid lookusi aga ei toeta ükski teine SNP ning seega
võivad need olla imputeerimise artefaktid.
2.4. Arutelu
Viimastel aastatel on hakatud tähelepanu pöörama kreatiniinile kui olulisele
diagnostilisele markerile. Kreatiniini tasemel organismis on tähtis osa erinevate haiguste
tuvastamisel ja nende ravimisel. Arendada tuleks olemasolevaid ja uusi ravimeetodeid, mis
arvestaksid ka kreatiniini taset mõjutavate geneetiliste faktoritega.
Assotsiatsioonianalüüsidest leitud haruldasi markereid saab kasutada selleks, et ennustada
personaalseid haigusriske. Kui indiviid on harvaesineva alleeli kandja, võib tal olla suurem
suurem risk haigestuda kui nendel, kellel seda ei esine. Mida rohkem viiakse läbi
assotsiatsiooniuuringuid haigust põhjustavate geneetilise variatsioonide identifitseerimiseks,
seda enam leitakse potentsiaalseid haigusriski suurendavaid/vähendavaid lookusi. Nende
põhjalikum uurimine võimaldab paremat arusaamist erinevate geneetiliste markerite, radade
ja geenide seosest spetsiifiliste haigustega.
GWAS-st tuvastatud haigusseoseliste markerite rakendamine kliinilises praktikas ei ole lihtne
ja sellega on seotud mitmeid probleeme. Näiteks on GWAS-sist leitud uued geenivariandid
üldises populatsioonis liiga harvad, et neid indiviidide seas levivate haiguste tekkega
seostada. Sageli esinevad identifitseeritud SNP-d geenivälistes piirkondades ja ei avalda
otsest mõju fenotüübile. Seega on järgmiseks etapiks geenide leidmine, mis hõlbustaksid
haiguse bioloogilise alusmehhanismi mõistmist. Eelneva põhjal võib väita, et haigustega
seotud genoomi piirkondade tuvastamise tõeline väärtus on selles, et need pakuvad uut
22

informatsiooni haiguste kujunemise kohta ning avavad uusi potentsiaalseid sihtmärke ja radu
terapeutilistele lähenemistele. Personaalse ravikuuri või ravimidoosi määramisel oleks
ideaalne kui tulevikus arvestataks iga indiviidi geneetilise iseärasusega.
Käesoleva töö praktilise osa eesmärgiks oli välja selgitada uute geneetiliste markerite
olemasolu, mis mõjutavad kreatiniini taset seerumis. Mida parem on arusaam seerumi
kreatiniini mõjutavatest geneetilistest faktoritest, seda täpsemaks on võimalik arendada
diagnostilisi meetodeid, mis põhinevad kreatiniini taseme mõõtmistulemustel.
Kliiniliselt kasutatakse kreatiniini taset seerumis enamasti neerufunktsiooni hindamiseks.
GFR-i mõõtmisel seerumi kreatiniini taseme põhjal tuleb arvestada sellega, et kreatiniini tase
seerumis oleks määratud õigete meetoditega. Sobimatul ravimite doseerimisel valede
neerufunktsiooni määrajate põhjal võib olla negatiivne tagajärg patsientide tervisele.
Neerufunktsiooni ülehindamine võib viia ravimite üledoseerimisele (Steffl jt., 2012). See
omakorda viib ravimi kuhjumiseni kehas ning kõrvalmõjude suurenemiseni. Alahindamine
võib avalduda patsientide ebapiisavas ravis. Neerufunktsiooni kiiremaks ja lihtsamaks
hindamiseks ning klassifitseerimiseks on arendatud erinevaid valemeid. Need aitavad
ennustada GFR-i kasutades seerumi kreatiniini tasemeid ja arvestavad indiviidevaheliste
füsioloogiliste erinevustega. Näiteks meestel on reeglina kõrgem seerumi kreatiniini tase kui
naistel, kuna neil on rohkem lihasmassi (Steffl jt., 2012). Valemite spetsiifilisuse tõttu saab
neid kasutada ravimidooside määramiseks ja kohandamiseks. Arvestada tuleb sellega, et
valemid annavad neerude tööle hinnangu ning usaldusväärsete andmete saamiseks tuleb viia
läbi täpsemaid neerufunktsiooni tuvastavaid uuringuid (Steffl jt., 2012). Kreatiniini kliirens
on kõige tundlikum ja täpsem viis GFR-i arvutamiseks. Samas ei näita kliirens alati
glomeerulite kahjustust, sest mõõtmistulemusi võivad mõjutada ka muutused neerude
varustamisel verega läbi neeruveeni (Narayanan ja Appleton, 1980). Seni kuni ei ole välja
arendatud täpsemaid meetodeid kasutatakse farmakogeneetilistes uurimustöödes ja ravimite
määramisel enamasti kreatiniini kliirensil põhinevaid mõõtmistulemusi.
Diagnooside ja ravimidooside täpsemaks määramiseks tuleb arvestada ka indiviididevaheliste
geneetiliste erinevustega. Antud uuringus leitud tulemused näitavad, et kreatiniini tase võib
olla meeste ja naiste korral mõjutatud erinevate geneetiliste markerite poolt. Seega enne
ravikuuri määramist tuleks uurida ka patsiendi geneetilist tausta, kuna teatud geneetiliste
tegurite tõttu võib kreatiniini tase olla sünnipäraselt kõrgem või madalam.
Kreatiniin mängib rolli erinevate haiguste kujunemisel. Kreatiniini kõrget taset seerumis on
seostatud vähitekke ning kõrge vererõhuga (Weinstein jt., 2009). Seos vererõhuga vajab
täpsemaid uuringuid, kuna arvatakse, et vererõhu ravimid normaliseerivad kreatiniini taseme
seerumis ja seega ei ole uuringute tulemused korrektsed (Pattaro jt., 2009). Seega saaks
23

seerumi keatiniini taseme geneetilist tausta paremini uurida kui eemaldada tunnust mõjutavad
välised faktorid.
Antud töös leiti potentsiaalsed kreatiniini taset soospetsiifiliselt mõjutavad SNP-d, mis asuvad
geenivälises genoomi piirkonnas. Marker rs113420718 asub lookuses 22q12.3
apolipoproteiinide geenide klastri APOL1-4 ja geeni MYH9 läheduses. MYH9 geeni
seostatakse glomeruloskleroosiga ja lõppstaadiumi neeruhaigusega, millel on mõju kreatiniini
tasemele seerumis, kuna neerukahjustuste korral toimub neerudes kreatiniini reabsorbtsioon
verre (Freedman jt., 2009; Kopp jt., 2008). APOL 1-4 klastri geene seostatakse skisofreeniaga
(Mimmack jt., 2002), osteoartriidiga (Okabe jt., 2007) ning rinna- (Dombkowski jt., 2006),
emakakaela- (Ahn jt., 2004) ja eesnäärmevähiga (Johanneson jt., 2010). Üks 2011. aastal
läbiviidud uuring seostas polümorfisme geenides MYH9 ja APOL1 kroonilise neeruhaiguse
levimusega, mille markeriks on kõrgenenud seerumi kreatiniini tase. APOL1 geen on tugevas
LD-s MYH9 geeniga. See tähendab, et antud geenid päranduvad koos ja omavad ühist mõju.
Enim on uuritud nende kahe geeni seost mitte-diabeetilise kroonilise neeruhaigusega.
Lookuses 22q12.3 polümorfismid nii geenides eraldi kui ka seotuna mõjutavad seega
kreatiniini taset seerumis (O'Seaghdha jt., 2011). Kuna on tõestatud, et lookuses 22q12.3 on
erinevad geneetilised variatsioonid omavahel seotud, võib järeldada, et kuigi meie leitud
marker rs113420718 asus geenidevahelisel alal, võib see kaudselt mõjutada lähedal asuvaid
geene.
Tuvastatud markeri rs113420718 mõju kohta fenotüübile kohta teame, et see on
soospetsiifiline ning omab meeste ja naiste puhul erinevat mõju kreatiniini tasemele veres.
See võib olla põhjustatud erinevate faktorite poolt. Näiteks asus antud SNP geeni APOL3
lähedal. Selle geeni rolli on varem näidatud eesnäärmevähi tekkes, mida omakorda on
seostatud ka kõrgenenud seerumi kreatiniini kontsentratsiooniga (Weinstein jt., 2009;
Johanneson jt., 2010). Seega võib markeri positiivne mõju meestel olla tingitud
sugudevahelistest anatoomilistest erinevustest. Antud hüpoteesi toetavad ka valimi fenotüübi
andmed – uuringus osalenud meessoost indiviidel, kellel oli kõrgenenud kreatiniini tase
seerumis, esines eesnäärmega seotud tüsistusi.
Kromosoomis 18 tuvastatud markerile lähim geen oli C18orf42, mille kohta informatsioon
puudub.
Edaspidi tuleb läbi viia järeluuringuid, et kinnitada töö tulemusi ja leida tuvastatud markerite
täpsem mõju fenotüübile. Lisaks tuleb uurida identifitseeritud markerite cis ja trans efekte.
Tähtis on analüüsida kreatiinini moodustumise raja geene, kuna need võivad tugevalt
mõjutada kreatiniini taset ning kaasata analüüsi juba teadaolevaid kandidaatmarkereid. Samuti
on oluline uurida biokeemilisi faktoreid. Näiteks kreatiini ja kreatiniini moodustumisel on
24

tähtis roll SAM-lt saadud metüülrühmal. SAM-i moodustumine on keeruline, organismile
äärmiselt vajalik protsess, kuna metüülrühma kasutatakse erinevates metüülimisprotsessides.
Mida täpsemalt me oskame kirjeldada kreatiniini taset mõjutavaid faktoreid, seda
efektiivsemalt oleks võimalik kreatiniini kasutada diagnostilise markerina mitmete haiguste
ennetamiseks ja raviks.
25

KOKKUVÕTE
Käesoleva töö kirjanduse osas iseloomustati kreatiniini ja selle moodustumist
organismis. Kreatiniini tase seerumis on tähtis ja laialtkasutatav marker neerude funktsiooni
hindamiseks. Tihti kasutatakse selleks valemeid, millega on võimalik seerumi kreatiniini
põhjal diagnoosida varakult erinevate neeruhaiguste avaldumist. Samas kirjeldati geneetilisi
polümorfisme, mida on juba läbiviidud ülegenoomsetest uuringutes tuvastatud ning seostatud
kreatiniini taseme muutustega.
Töö praktilise osa eesmärgiks oli leida seerumi kreatiniini taseme seos geneetiliste
faktoritega. Antud fenotüüpi on vähe uuritud ning tulemustega ei ole läbi viidud
järeluuringuid andmete kinnitamiseks. Seerumi kreatiniini taseme ja geneetiliste
variatsioonide vaheliste seose leidmiseks viisime läbi ülegenoomse assotsiatsiooniuuringu.
Genotüpiseerisime 774 indiviidi DNA proovid. Kuna mehi ja naisi koos uurides me
ülegenoomselt olulist seost ei leidnud, siis viisime läbi soospetsiifilise analüüsi. Tulemused
näitasid tugevat seost kromosoomis 22 oleva SNP rs113420718 ja kromosoomis 18 oleva
SNP rs28529846 ning seerumi kreatiniini taseme vahel meestel. Esimene marker tõstis
seerumi kreatiniini taset, mis võib tuleneda seosest eesnäärmevähki soodustava geeniga.
Teine marker langetas kreatiniini taset. Naistele antud markerid mõju ei avaldanud.
Käesolev töö andis panuse seerumi kreatiniini kui vajaliku diagnostilise markeri geneetilise
variatsiooni uurimisse. Tulemuste kinnitamiseks tuleb viia läbi uuring sõltumatus kohordis, et
kinnitada identifitseeritud markerite täpsemaid seoseid seerumi kreatiniini tasemega.
26

Two new potential markers in variation of creatinine levels
Kadi Rosenthal
Summary
Creatinine, an anhydride of creatine, is the end-product of phosphocreatine and
creatine metabolism in muscle. Creatinine level in serum is the most important and widely
used biomarker for a quick and non-invasive assessment of kidney function. Clinical
evaluation of kidney is essential for assessing overall health; interpreting signs and symptoms;
selecting the correct dosage for drugs; preparing for invasive diagnostic or therapeutic
procedures; and detecting, evaluating and monitoring diseases linked to creatinine levels.
A substantial proportion of the inter-individual variability in serum creatinine level is
explicable by genetic factors. Creatinine level is a heritable trait. Genome Wide Association
Studies have been carried out to find the association between genetic variations and creatinine
levels in serum. Several SNPs have been found in genes and nearby to influence the creatine
levels directly or in-directly. But the amount of identified markers is relatively low, so more
studies should be conducted.
In this study we used Genome Wide Association Study to find new genetic variants
influencing serum creatinine levels. 774 subjects were used. No genome wide statistically
important association was found when assessing males and females together. Next we carried
out a sex-specific study. The analyzes revealed that markers in chromosome 18 and 22 were
associated with serum creatinine levels in a gender-specific manner. SNPs rs113420718 in
chromosome 22 and rs28529846 in chromosome 18, had the lowest p-value. The identified
marker in chromosome 22 had positive effect on creatinine levels for males and negative for
females. It may be because of numerous factors. The marker is located near a gene, APOL3,
which has previously been associated with an elevated risk of prostate cancer. The elevated
creatinine levels have also been reported as a separate risk factor for prostate cancer. SNP
rs28529846 lowered serum creatinine levels for males. Further studies should be carried out
in order to verify our results and to find the specific effect on the phenotype.
27

TÄNUAVALDUSED
Sooviksin tänada oma juhendajat, Riin Tamme, suurepärase abi ja toetuse eest. Samuti
avaldan tänu kaasjuhendaja Egon Urgardile ning statistilise abi eest tänan Evelin Mihailovi ja
Reedik Mägi.
Lisaks tänan ka biotehnoloogia õppetooli kollektiivi.
Suured tänusõnad lähevad toetuse eest ka sõpradele, lähedastele ja perekonnale.
28

KASUTATUD KIRJANDUS
Ahn, W. S., Bae, S. M., Lee, J. M., Namkoong, S. E., Han, S. J., Cho, Y. L., jt. (2004).
Searching for pathogenic gene functions to cervical cancer. Gynecol Oncol. 93: 41-48.
Arnould-Taylor, W. E. 1998. The Genito-Urinary system, p. 76-77. In A textbook of anatomy
and physiology, 3 rd ed. Stanley Thornes, Cheltenham.
Badenas, C., Praga, M., Tazón, B., Heidet, L., Arrondel, C., Armengol, A., jt. (2002).
Mutations in the COL4A4 and COL4A3 genes cause familial benign hematuria. J Am
Soc Nephrol. 13: 1248-1254.
Ceriotti, F., Boyd, J. C., Klein, G., Henny, J., Queraltó, J., Kairisto, V., Panteghini, M. (2008).
Reference intervals for serum creatinine concentrations: assessment of available data for
global application. Clin Chem. 3: 559-566.
Chambers, J. C., Zhang, W., Lord, G. M., van der Harst, P., Lawlor, D. A., Sehmi, J. S., jt.
(2010). Genetic loci influencing kidney function and chronic kidney disease. Nat Genet.
42: 373-375.
Chang, Y. S., Ko, T. H., Hsu, T. J. ja Syu, M. J. (2009). Synthesis of an imprinted hybrid
organic − inorganic polymeric so l− gel matrix toward the specific binding and isotherm
kinetics investigation of creatinine. Anal Chem. 8: 2098-2105.
Ciarimboli, G., Lancaster, C. S., Schlatter, E., Franke, R. M., Sprowl, J. A., Pavenstädt, H., jt.
(2012). Proximal tubular secretion of creatinine by organic cation transporter OCT2 in
cancer patients. Clin Cancer Res. 18: 1101-1108.
Cockcroft, D. W. ja Gault, M. H. (1976). Prediction of creatinine clearance from serum
creatinine. Nephron. 16: 31-41.
Cohen, M. (2008). What is the normal serum creatinine concentration in children? Ped.Radiol.
38: 1265-1265.
Coresh, J., Wei, G. L., McQuillan, G., Brancati, F. L., Levey, A. S., Jones, C., jt. (2001).
Prevalence of high blood pressure and elevated serum creatinine level in the United
States: Findings from the third national health and nutrition examination survey (1988-
1994). Arch Intern Med. 161: 1207.
Culleton, B. F., Larson, M. G., Wilson, P. W. F., Evans, J. C., Parfrey, P. S. ja Levy, D.
(1999). Cardiovascular disease and mortality in a community-based cohort with mild
renal insufficiency. Kidney Int. 56: 2214-2219.
Driver, A. G. ja McAlevy, M. T. (1980). Creatinine height index as a function of age. Am J
Clin Nutr. 33: 2057-2057.
Dombkowski, A. A., Cukovic, D., Novak, R. F. (2006). Secretome analysis of microarray
data reveals extracellular events associated with proliferative potential in a cell line
model of breast disease. Cancer Lett. 241:49-58.
Dyda, F., Klein, D. C. ja Hickman, A. B. (2000). GCN5-related N-acetyltransferases: A
structural overview. Annu Rev Biophys Biomol Struct. 29: 81-103.
Filipski, K. K., Mathijssen, R. H., Mikkelsen, T. S., Schinkel, A. H. ja Sparreboom, A.
(2009). Contribution of organic cation transporter 2 (OCT2) to cisplatin-induced
nephrotoxicity. Clin Pharmacol Ther. 86: 396-402.
Fitch, C. D. ja Sinton, D. W. (1964). A study of creatine metabolism in diseases causing
muscle wasting. J Clin Invest. 43: 444-452.
29

Forbes, G. ja Bruining, G. J. (1976). Urinary creatinine excretion and lean body mass. Am J
Clin Nutr. 29: 1359-1366.
Freedman, B. I., Hicks, P. J., Bostrom, M. A., Cunningham, M. E., Liu, Y., Divers, J., jt.
(2009). Polymorphisms in the non-muscle myosin heavy chain 9 gene (MYH9) are
strongly associated with end-stage renal disease historically attributed to hypertension in
African Americans. Kidney Int. 75: 736-745.
Goldman, R. ja Shields, P. G. (2003). Food mutagens. J. Nutr. 133: 965S-973S.
Gudbjartsson, D. F., Holm, H., Indridason, O. S., Thorleifsson, G., Edvardsson, V., Sulem, P.,
jt. (2010). Association of variants at UMOD with chronic kidney disease and kidney
stones—role of age and comorbid diseases. PLoS Genetics. 6: e1001039.
Halperin, E. ja Stephan, D. A. (2009). SNP imputation in association studies. Nat Biotechnol.
27: 349-351.
Harita, N., Hayashi, T., Sato, K. K., Nakamura, Y., Yoneda, T., Endo, G., jt. (2009). Lower
serum creatinine is a new risk factor of type 2 diabetes. Diabetes Care. 32: 424-426.
Helms, R. A. 2006. Drug and disease management, p 93-96. In Textbook of therapeutics,
7th ed. Lippincott Williams ja Wilkins, Philadelphia.
Heymsfield, S. B., McManus, C., Smith, J., Stevens, V. ja Nixon, D. W. (1982).
Anthropometric measurement of muscle mass: Revised equations for calculating bonefree
arm muscle area. Am J Clin Nutr. 36: 680-690.
Howie, B. N., Donnelly, P. ja Marchini, J. (2009). A flexible and accurate genotype
imputation method for the next generation of genome-wide association studies. PLoS
Genetics. 5: e1000529.
Hudson, B. G., Tryggvason, K., Sundaramoorthy, M. ja Neilson, E. G. (2003). Alport's
syndrome, goodpasture's syndrome, and type IV collagen. N Engl J Med. 348: 2543-
2556.
Hunter D. J., Lange M., Snieder H., MacGregor A. J., Swaminathan R., Thakker R. V.,
Spector T. D. (2002). Genetic contribution to renal function and electrolyte balance: a
twin study. Clin Sci (Lond). 103:259-65.
Ioannidis, J. P. A., Patsopoulos, N. A. ja Evangelou, E. (2007). Heterogeneity in metaanalyses
of genome-wide association investigations. PLoS One. 2: e841.
Jacobs, R. M., Lumsden, J. H., Taylor, J. A. ja Grift, E. (1991). Effects of interferents on the
kinetic Jaffé reaction and an enzymatic colorimetric test for serum creatinine
concentration determination in cats, cows, dogs and horses. Can J Vet Res. 55: 150.
Jacobsen, F. K., Christensen, C. K., Mogensen, C. E. ja Heilskov, N. S. (1980). Evaluation of
kidney function after meals. Lancet, 1: 319.
Jaffe, M. (1886). Über den niederschlag, welchen pikrinsäure in normalem harn erzeugt und
über eine neue reaction des kreatinins. Zeitschrift Für Physiologische Chemie. 10: 391-
400.
Jones, C. A., McQuillan, G. M., Kusek, J. W., Eberhardt, M. S., Herman, W. H., Coresh, J.,
Salive, M., Jones, C. P., Agodoa, L. Y. (1998). Serum creatinine levels in the US
population: third National Health and Nutrition Examination Survey. Am J Kidney Dis.
32: 992-999
Jones, J. D. ja Burnett, P. C. (1974). Creatinine metabolism in humans with decreased renal
function: Creatinine deficit. Clin Chem. 20: 1204.
30

Jones, J. D. ja Brunett, P. C. (1975). Creatinine metabolism and toxicity. Kidney Int Suppl.
3: 294-298.
Johanneson, B., McDonnell, S. K., Karyadi, D. M., Quignon, P., McIntosh, L., Riska, S. M.,
FitzGerald, L. M., Johnson, G., Deutsch, K., Williams, G., Tillmans, L. S., Stanford, J. L.,
Schaid, D. J., Thibodeau, S. N., Ostrander, E. A. (2010). Family-based association
analysis of 42 hereditary prostate cancer families identifies the Apolipoprotein L3 region
on chromosome 22q12 as a risk locus. Hum.Mol.Genet. 19: 3852-3862.
Junge, W., Wilke, B., Halabi, A. ja Klein G. (2004). Determination of reference intervals for
serum creatinine, creatinine excretion and creatinine clearance with an enzymatic and a
modified Jaffe method. Clinica chimica acta. 344: 137-148.
Kallner, A., Ayling, P. A. ja Khatami, Z. (2008). Does eGFR improve the diagnostic
capability of S-creatinine concentration results? A retrospective population based study.
Int J Med Sci. 5: 9.
Kitsios G. D., Tangri N., Castaldi P. J., Ioannidis J. P. (2010). Laboratory mouse models for
the human genome-wide associations. PLoS One. 5: e13782.
Bishop, M. L., Fody, E. P., Schoeff, L. E. 2010. Creatinine/Creatine, p 273-280. In Clinical
chemistry: Techniques, Principles, Correlations, 6th ed. Wolters Kluwer
Health/Lippincott Williams and Wilkins, Philadelphia
Klag, M. J., Whelton, P. K., Randall, B. L., Neaton, J. D., Brancati, F. L., Ford, C. E., jt.
(1996). Blood pressure and end-stage renal disease in men. N Engl J Med. 334: 13-18.
Koch, M., Schulze, J., Hansen, U., Ashwodt, T., Keene, D. R., Brunken, W. J., jt. (2004). A
novel marker of tissue junctions, collagen XXII. J Biol Chem. 279: 22514-22521.
Kopp, J. B., Smith, M. W., Nelson, G. W., Johnson, R. C., Freedman, B. I., Bowden, D. W.,
jt. (2008). MYH9 is a major-effect risk gene for focal segmental glomerulosclerosis. Nat
Genet. 40: 1175-1184.
Köttgen, A., Glazer, N. L., Dehghan, A., Hwang, S. J., Katz, R., Li, M., jt. (2009). Multiple
novel loci are associated with indices of renal function and chronic kidney disease. Nat
Genet. 41: 712-717.
Köttgen, A., Kao, W. H. L., Hwang, S. J., Boerwinkle, E., Yang, Q., Levy, D., jt. (2008).
Genome-wide association study for renal traits in the framingham heart and
atherosclerosis risk in communities studies. BMC Med Geneti. 9: 49.
Knize, M. G., Felton, J. S. (2005). Formation and human risk of carcinogenic heterocyclic
amines formed from natural precursors in meat. Nutr.Rev. 63:158-165.
Kubasik, N. P., Lisuzzo, C. W., Same, D. G., Sine, H. E. ja D'Souza, J. P. (1984). Multilayered
film analysis: Evaluation of ammonia and creatinine slides. Clin Biochem.
17: 15-18.
Lad, U., Khokhar, S. ja Kale, G. M. (2008). Electrochemical creatinine biosensors. Anal
Chem. 80: 7910-7917.
Leino, K., Hynynen, M., Jalonen, J., Salmenpera, M., Scheinin, H. ja Aantaa, R. (2011).
Renal effects of dexmedetomidine during coronary artery bypass surgery: A randomized
placebo-controlled study. BMC Anesthesiol. 11: 9.
Lempert, C. (1959). The chemistry of the glycocyamidines. Chem Rev, 59: 667-736.
Levey, A. S., Bosch, J. P., Lewis, J. B., Greene, T., Rogers, N. ja Roth, D. (1999). A more
accurate method to estimate glomerular filtration rate from serum creatinine: A new
prediction equation. Ann Intern Med. 130: 461.
31

Levey, A. S., Coresh, J., Greene, T., Stevens, L. A., Zhang, Y. L., Hendriksen, S., jt. (2006).
Using standardized serum creatinine values in the modification of diet in renal disease
study equation for estimating glomerular filtration rate. Ann Intern Med, 145: 247-254.
Levey, A. S., Stevens, L. A., Schmid, C. H., Zhang, Y. L., Castro III, A. F., Feldman, H. I., jt.
(2009). A new equation to estimate glomerular filtration rate. Ann Intern Med. 150:
604-612.
Lewis, C. M. (2002). Genetic association studies: Design, analysis and interpretation. Brief
Bioinform. 3: 146-153.
Macy, R. L., Naumann, H. D. ja Bailey, M. E. (1970). Water-soluble flavor and odor
precursors of meat. 3. changes in nucleotides, total nusleosides and bases of beef, pork
and lamb during heating. J Food Sci. 35: 78-80.
M d ras, M. B. ja Buck, R. P. (1996). Miniaturized biosensors employing electropolymerized
permselective films and their use for creatinine assays in human serum. Anal Chem. 68:
3832-3839.
Mägi, R., Lindgren, C. M. ja Morris, A. P. (2010). Meta analysis of sex specific genome wide
association studies. Genet Epidemiol. 34: 846-853.
Mägi, R. ja Morris, A. P. (2010). GWAMA: Software for genome-wide association metaanalysis.
BMC Bioinformatics. 11: 288.
Marchini, J., Howie, B., Myers, S., McVean, G. ja Donnelly, P. (2007). A new multipoint
method for genome-wide association studies by imputation of genotypes. Nat Genet. 39:
906-913.
Marcos, I., Ruiz, A., Blaschak, C., Borrego, S., Cutting, G. ja Antinolo, G. (2000). Mutation
analysis of GABRR1 and GABRR2 in autosomal recessive retinitis pigmentosa (RP25). J
Med Genet. 37: e5-e5.
Mikoshiba, K., Fukuda, M., Ibata, K., Kabayama, H. ja Mizutani, A. (1999). Role of
synaptotagmin, a Ca 2+ and inositol polyphosphate binding protein, in neurotransmitter
release and neurite outgrowth. Chem Phys Lipids. 98: 59-67.
Murray, R. K., Bender D. A, Botham K. M., Kennelly P. J., Rodwell V. W. ja Weil P. A.
2009. Metabolism of Proteins and Amino Acids. In Harper's illustrated biochemistry,
28th ed. McGraw-Hill Medical, New York.
Naiche, L., Harrelson, Z., Kelly, R. G. ja Papaioannou, V. E. (2005). T-box genes in
vertebrate development. Annu.Rev.Genet. 39: 219-239.
Narayanan, S. ja Appleton, H. D. (1980). Creatinine: A review. Clin Chem 26: 1119-1126.
Nica A. C., Montgomery S. B., Dimas A. S., Stranger B. E., Beazley C., Barroso I.,
Dermitzakis E. T. (2010). Candidate causal regulatory effects by integration of
expression QTLs with complex trait genetic associations. PLoS Genet. 6: e1000895.
Nordborg, M. ja Tavaré, S. (2002). Linkage disequilibrium: What history has to tell us.
Trends Genet. 18: 83-90.
Okabe, T., Ohmori, Y., Tanigami, A., Hishigaki, H., Suzuki, Y., Sugano, S., Kawaguchi, A.,
Nakaya, H., Wakitani, S. (2007). Detection of gene expression in synovium of patients
with osteoarthritis using a random sequencing method. Acta Orthop. 78: 687-692.
O'Seaghdha, C. M., Parekh, R. S., Hwang, S. J., Li, M., Köttgen, A., Coresh, J., Yang, Q.,
Fox, C. S., Kao, W. H. L. (2011). The MYH9/APOL1 region and chronic kidney disease
in European-Americans. Hum.Mol.Genet. 20: 2450-2456.
32

Pattaro, C., Aulchenko, Y. S., Isaacs, A.,Vitart, V., Hayward, C., Franklin, C.S., Polasek, O.,
Kolcic, I., Biloglav, Z., Campbell, S. (2009). Genome-wide linkage analysis of serum
creatinine in three isolated European populations. Kidney Int. 76: 297-306.
Pattaro, C., De Grandi, A., Vitart, V., Hayward, C., Franke, A., Aulchenko, Y. S., jt. (2010).
A meta-analysis of genome-wide data from five European isolates reveals an association
of COL22A1, SYT1, and GABRR2 with serum creatinine level. BMC Medical Genetics.
11: 41.
Peake, M. ja Whiting, M. (2006). Measurement of serum creatinine–current status and future
goals. Clin Biochem Rev. 27: 173.
Pe'er, I., Yelensky, R., Altshuler, D. ja Daly, M. J. (2008). Estimation of the multiple testing
burden for genome wide association studies of nearly all common variants. Genet
Epidemiol. 32: 381-385.
Perrone, R. D., Madias, N. E. ja Levey, A. S. (1992). Serum creatinine as an index of renal
function: New insights into old concepts. Clin Chem. 38: 1933-1953.
Price, A. L., Zaitlen, N. A., Reich, D. ja Patterson, N. (2010). New approaches to population
stratification in genome-wide association studies. Nat Rev Genet. 11: 459-463.
Price, C.P., Finney, H. (2000). Developments in the assessment of glomerular filtration rate.
Clin Chem Acta. 297: 55-66.
Price, G. J. ja Diagram Group. 2006. Excretion: kidney structure, p 171-173. In Biology: An
illustrated guide to science. Chelsea House Publishers, New York.
Purcell, S., Neale, B., Todd-Brown, K., Thomas, L., Ferreira, M. A. R., Bender, D., jt. (2007).
PLINK: A tool set for whole-genome association and population-based linkage analyses.
Am J Hum Genet. 81: 559-575.
Rastaldi, M. P., Armelloni, S., Berra, S., Calvaresi, N., Corbelli, A., Giardino, L. A., jt.
(2006). Glomerular podocytes contain neuron-like functional synaptic vesicles. The
FASEB Journal. 20: 976-978.
Rehberg, P. B. (1926). Studies on kidney function: The rate of filtration and reabsorption in
the human kidney. Biochem J. 20: 447-460.
Rosdahl, C. B. ja Kowalski, M. T. 2008. The Urinay System, p. 279- 283. Textbook of basic
nursing. 9th ed. Lippincott Williams and Wilkins, Philadelphia.
Schenk, P. W., Cransberg, K, Wolff E.D. ja de Rijke Y. D. (2007). Point-of-care creatinine
testing in children at risk for sudden deterioration of renal function. Clin Chem. 45:
1536-1541.
Salive M. E, Jones C. A, Guralnik J. M, Agodoa L. Y, Pahor M, Wallace R. B. (1995) Serum
creatinine levels in older adults: relationship with health status and medications. Age
Ageing. 24: 142-150.
Sharma, A. C., Jana, T., Kesavamoorthy, R., Shi, L., Virji, M. A., Finegold, D. N., jt. (2004).
A general photonic crystal sensing motif: Creatinine in bodily fluids. J Am Chem Soc.
126: 2971-2977.
Smith-Palmer, T. (2002). Separation methods applicable to urinary creatine and creatinine. J
Chromatogr B Analyt Technol Biomed Life Sc. 781: 93-106.
Spanaus, K. S., Kollerits, B., Ritz, E., Hersberger, M., Kronenberg, F. ja Von Eckardstein, A.
(2010). Serum creatinine, cystatin C, and β-trace protein in diagnostic staging and
predicting progression of primary nondiabetic chronic kidney disease. Clin Chem. 56:
740-749.
33

Spingarn, N. E., Slocum, L. A. ja Weisburger, J. H. (1980). Formation of mutagens in cooked
foods. II. foods with high starch content. Cancer Letters. 9: 7-12.
Stead, L. M., Brosnan, J. T., Brosnan, M. E., Vance, D. E. ja Jacobs, R. L. (2006). Is it time to
reevaluate methyl balance in humans? Am J Clin Nutr. 83: 5-10.
Steffl, J. L., Bennett, W. ja Olyaei, A. J. (2012). The old and new methods of assessing
kidney function. J Clin Pharmacol. 52: 63S-71S.
Stevens, L. A., Coresh, J., Feldman, H. I., Greene, T., Lash, J. P., Nelson, R. G., jt. (2007).
Evaluation of the modification of diet in renal disease study equation in a large diverse
population. Am J Clin Nutr. 18: 2749-2757.
Stevens, L.A., Levey, A.S. (2009). Measured GFR as a confirmatory test for estimated GFR.
J Am Soc Nephrol. 20: 2305-2313.
Tanagho, E. A. ja McAninch, J. W. 2007. Urologic Laboratory Examination. In Smith's
general urology, 17 th ed. Appleton and Lange, Norwalk, Connecticut.
Edmund L., David J. 2006. Kidney function tests, p 797-808. In A. B. Carl., R Edward.,
E. David (ed). Tietz Textbook of clinical chemistry and molecular diagnostics. 4 th ed.
Elsevier Inc, New Delhi.
Vikse, B., Vollset, S., Tell, G., Refsum, H. ja Iversen, B. (2004). Distribution and
determinants of serum creatinine in the general population: The hordaland health study.
Scand J Clin Lab Invest. 64: 709-722.
Vikse, R. ja Joner, P. E. (1993). Mutagenicity, creatine and nutrient contents of pan fried meat
from various animal species. Acta Vet Scand. 34: 363-370.
Weber, J. ja Van Zanten, A. (1991). Interferences in current methods for measurements of
creatinine. Clin Chem. 37: 695-700.
Weinstein, S. J., Mackrain, K., Stolzenberg-Solomon, R. Z., Selhub, J., Virtamo, J. ja
Albanes, D. (2009). Serum creatinine and prostate cancer risk in a prospective study.
Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 18: 2643-2649.
Wyss, M. ja Kaddurah-Daouk, R. (2000). Creatine and creatinine metabolism. Physiolog Rev.
80: 1107-1213.
Yamato, H., Ohwa, M. ja Wernet, W. (1995). A polypyrrole/three-enzyme electrode for
creatinine detection. Anal Chem. 67: 2776-2780.
Zierath, J., Krook, A. ja Wallberg-Henriksson, H. (2000). Insulin action and insulin resistance
in human skeletal muscle. Diabetologia. 43: 821-835.
Kasutatud veebiaadressid:
http://www.uptodate.com
http://www.unc.edu/~rowlett/units/scales/clinical_data.html
34