GDNF geeni sekveneerimine ja mutatsioonide analüüs ...

Tabel 6: NGS meetodiga leitud SNP-d ja mutatsioonid, mis esinesid ainult haigetelKromosoomipositsioonSNP id Asukoht 1 alleelidSNP(A/B)Mut.alleel(B)Haiged 2 Kontrollid 3 Haiged 4 Kontrollid 5 MAF 6AA AB BB AA AB BB B% B%37847158 rs74843650 5'UTR G/A A 14 2 0 16 0 0 6% 0%37845847 5'UTR A/C C 15 1 0 16 0 0 3% 0%37844895 rs79074117 5'UTR C/T T 15 1 0 16 0 0 3% 0%37843716 5'UTR G/A A 15 1 0 16 0 0 3% 0%37843464 rs114485991 5'UTR C/T T 15 1 0 16 0 0 3% 0%37840448 rs11747340 intron C/T T 15 1 0 16 0 0 3% 0% 9%37840248 intron C/A A 14 2 0 16 0 0 6% 0%37839074 rs192552463 intron G/T T 14 2 0 16 0 0 6% 0%37838956 intron A/C A 15 1 0 16 0 0 3% 0%37838922 rs114812377 exon4 G/A A 15 1 0 16 0 0 3% 0%37835588 rs45455796 exon4 A/G G 14 2 0 16 0 0 6% 0% 3%37835017 rs149499929 intron A/G G 14 2 0 16 0 0 6% 0%37833683 rs78899997 intron C/T T 15 1 0 16 0 0 3% 0%37832798 rs17386472 intron A/G A/G 15 1 0 16 0 0 3% 0%37831533 rs56000387 intron A/G G 15 1 0 16 0 0 3% 0%37824837 rs116214935 intron A/C C 15 1 0 16 0 0 3% 0%37821058 rs33984522 intron A/T T 15 1 0 16 0 0 3% 0%37820741 rs62360373 intron C/T T 15 1 0 16 0 0 3% 0%37820603 rs116740766 intron C/T T 15 1 0 16 0 0 3% 0%37817034 rs62360371 intron A/G A 15 1 0 16 0 0 3% 0%37814765 rs79669773 3'UTR A/G G 15 1 0 16 0 0 3% 0%37814489 rs62360370 3'UTR C/T T 15 1 0 16 0 0 3% 0%37814364 rs78613670 3'UTR A/G G 14 2 0 16 0 0 6% 0% 6%1) Mutatsiooni või SNP asukoht inimese genoomi versioon 37, hg19 järgi2) Erinevate genotüüpidega haigete indiviidide arv3) Erinevate genotüüpidega kontrollindiviidide arv4) Mutantse/minoorse alleeli sagedus haigete indiviidide seas5) Mutantse/minoorse alleeli sagedus kontrollindiviidide seas6) Minoorse alleeli sagedus HapMap CEU populatsioonis (dbSNP andmebaasi järgi)Kokku identifitseeriti NGS ja Sangeri sekveneerimisega 7 ühist mutatsiooni, mis esinesidNGS tulemustes vaid haigetel. Võrreldes kahe erineva meetodiga leitud polümorfisme, olikuue mutatsiooni puhul 100% korrelatsiooni genotüüpide vahel. Ühe SNP (rs2973033) puhulandsid mitmed genotüübid erineva meetodiga erineva tulemuse ning nende andmete põhjal eiole võimalik otsustada kumb meetod annab korrektsema tulemuse. Seega tuleks andmeteõigsust kontrollida ka mõne genotüpiseerimismeetodiga.2.3.2 AruteluKirjanduses on teada, et GDNF geen on neerude arengus üheks tähtsamaks faktoriks ja etselle geeni puudumisel ilmnevad ka erinevad kaasasündinud neeru ja kuseteede anomaaliad,kuna organite areng pole täielik (Constatini, 2010). Varasemalt on uuritud ka GDNF/RETsignaalraja moodustuvates faktorites esinevate mutatsioonide mõjust erinevatele neeru ja28