GDNF geeni sekveneerimine ja mutatsioonide analüüs ...

Käesolevas töös kasutati erinevate neeruanomaaliatega indiviidide DNA proove Eestigeenivaramust, milles analüüsiti GDNF geeni, et leida mutatsioone, mis võiksid olla neerudeanomaalse arengu põhjustajateks.Üheks GDNF geeni ebanormaalse ekspressiooni põhjuseks võib olla töös leitud mutatsioon900 bp kaugusel 3'UTR algusest, mis esines heterosügootsel kujul vaid haigetel ning mitteühelgi kontrollil. Olgugi, et leitud mutatsioon on oma heterosügootse genotüübigapotentsiaalselt heaks kandidaadiks CAKUT-i tekitajana, pole siiski kindel, kas tegu onmutatsiooni või sekveneerimisveaga, kuna mutantne alleel leidus meie eksperimendis vaidühel ahelal. Leitud mutatsioon paikneb ka 7 C homopolümeeride jadas, mis võib tihtisekveneerimisel probleeme valmistada.Töö käigus leidsime ka palju teisi mutatsioone, millest sooviks välja tuua mutatsiooni 3'UTRpiirkonna mikroRNA-de seondumiskohas, mille esinemissagedus polnud küll suur, kuid misesines samuti vaid haigetel. Kuna tegu on mikroRNA seondumiskohaga, võib see leitudmutatsioon põhjustada muudatusi geeniekspressioonisAnalüüsi käigus leiti ka kahe nukleotiidi heterosügootne deletsioon 3'UTR piirkonnas. Kunavastava deletsiooni esinemissagedus oli suurem kontrollide seas, ei või kindlalt väita, et sellelon seos neeruanomaaliate tekkega ning seepärast peaks tulemuste kinnitamiseks veeltäiendavaid katseid läbi viima.Varasemalt on teada, et GDNF geeni 3’UTR piirkond on oluline neerude arengus ning sellepuudumisel tekivad erinevad neerude anomaaliad (Saarma, publitseerimata käsikiri). Kuigiantud töö tulemused näitavad, et haigetel esineb kontrollidega võrreldes kordades rohkemmutatsioone ning paljud neist potentsiaalselt olulistest mutatsioonidest paiknevad ka 3’UTRalas, tuleks neid siiski lähemalt uurida nii usaldusväärsuse kui ka funktsioonide suhtes.30