GDNF geeni sekveneerimine ja mutatsioonide analüüs ...

CAKUT-i lai fenotüübiline varieeruvus genotüüp-fenotüüp korrelatsioonis vihjab sellekeerulisele tekkemehhanismile, mis sõltub mitme faktori koostoimest (Song ja Yosypiv,2011). Kuigi paljud CAKUT-i vormid on põhjustatud üksikute geenidefektide poolt, polemitmeid haigust põhjustavaid mutatsioone tänaseni tuvastatud (Saisawat jt., 2012).1.3 GDNF geen ja valkGDNF geen asub inimesel 5. kromosoomi lühikeses õlas (5p12-p13.1) (Schindelhauer jt., 1995).GDNF on glükosüleeritud disulfiidsildadega seotud homodimeer, mis on kauges sugulusesTGF-β superperekonnaga (Lin jt., 1993). Varasemad uuringud on näidanud, et inimese GDNF(hGDNF) geen sisaldab kolme eksonit, mis kodeerivad ekson 2 splaissingu tulemusena kahtemRNA-d. Viimaste katsete põhjal on leitud GDNF geenis kuus eksonit ja vähemalt viisalternatiivselt splaissitud transkripti. Lisaks on kirjeldatud vastasahelalt transkribeeritavGDNFOS geen, millel on neli isovormideks splaissitud eksonit, kusjuures esimene ekson onmõlemal geenil ühine (joonis 3) (Airavaara jt., 2011).Joonis 3 A. Inimese GDNF/GDNFOS genoomne lookus, geeni struktuurid ja splaissingu mustrid.Kastid tähistavad eksoneid, lineaarsed jooned introneid ja kolmnurgad tähistavad splaissingu mustreid.B. GDNF ja GDNFOS transkriptide isovormid ja TaqMani indikaatori disain. Kastid märgivadsplaissitud eksoneid, TaqMani indikaatorid on ära märgitud eksonite liitekohtade vahel(Airavaara jt., 2011)GDNF geeni 3'UTR sisaldab polümorfset AGG kordust, mis võib olla üheks skisofreeniatekke põhjuseks. Katsed on näidanud, et 3'UTR piirkonnas olev AGG suurem korduste arv(n ≥15) kaitseb haiguse tekkimise eest (Michelato jt., 2004). Lisaks sellele on 3'UTRpiirkonnas ka polüA-d siduvate valkude ning mikroRNA-de seondumiskohad, misreguleerivad post-transkriptsiooniliselt kodeerivat mRNA-d ning 3'UTR piirkonna aktiivsust.Sellegipoolest pole kindlaks tehtud kõiki faktoreid, mis osalevad GDNF geeni ekspressiooni8