TARTU ÜLIKOOL

Tabel 4. Korüneformsete bakterite liigid prostatiidiga patsientide ning kontrolluuritavatenaispartneritelLiikProstatiidiga meestenaispartneridTervete meestenaispartneridArthrobacter cumminsii 1Corynebacterium glucuronolyticum 1Corynebacterium sp. 1Corynebacterium minutissimum 1Corynebacterium amycolatum 5 *Brevibacterium mcbrellneri 1Propionibacterium sp. 1Propionibacterium avidum/acnes 2* Corynebacterium amycolatum’ i 5 tüve pärinesid neljalt naiselt.2.3.4. Erinevate meetodite võrdlus suguteede korüneformsete bakteritesamastamisel2.3.4.1. Erinevate praimerite võrdlusSuguteede korüneformsete bakterite samastamisel kasutati kahte praimeripaari. Tabel 5 näitabmõlema praimeripaariga saadud sekveneerimise tulemusi ning ka protsentuaalsetkokkulangevust NCBI (The National Center for Biotechnology Information) andmebaasiga.Enamiku tüvede puhul (19 tüve) langesid tulemused kokku. Mitmel juhul andis erinevatepraimeripaaridega teostatud sekveneerimine lähedased liigid, näiteks Zimmermannella alba jaZimmermannella faecalis.Esimene kasutatud praimeripaar ehk latter primers (Adderson et al., 2008) andis päris mitmelkorral vastuseks Uncultured bacteria. Teine praimeripaar ehk broad-range bacterial primers(Adderson et al., 2008) aga andis sama tulemuse vaid ühel korral ja kahel korralsekveneerimine tulemusi ei andnud. Ülejäänud tüvede puhul sekveneerimine õnnestus ningsaadi ka arvestatavad tulemused hea kokkulangevusprotsendiga. Seega on broad-rangebacterial primers kasutamine korünebakterite samastamisel eelistatavam.18