TARTU ÜLIKOOL

More documents

Recommendations

Info

Tabel 4. Korüneformsete bakterite liigid prostatiidiga patsientide ning kontrolluuritavatenaispartneritelLiikProstatiidiga meestenaispartneridTervete meestenaispartneridArthrobacter cumminsii 1Corynebacterium glucuronolyticum 1Corynebacterium sp. 1Corynebacterium minutissimum 1Corynebacterium amycolatum 5 *Brevibacterium mcbrellneri 1Propionibacterium sp. 1Propionibacterium avidum/acnes 2* Corynebacterium amycolatum’ i 5 tüve pärinesid neljalt naiselt.2.3.4. Erinevate meetodite võrdlus suguteede korüneformsete bakteritesamastamisel2.3.4.1. Erinevate praimerite võrdlusSuguteede korüneformsete bakterite samastamisel kasutati kahte praimeripaari. Tabel 5 näitabmõlema praimeripaariga saadud sekveneerimise tulemusi ning ka protsentuaalsetkokkulangevust NCBI (The National Center for Biotechnology Information) andmebaasiga.Enamiku tüvede puhul (19 tüve) langesid tulemused kokku. Mitmel juhul andis erinevatepraimeripaaridega teostatud sekveneerimine lähedased liigid, näiteks Zimmermannella alba jaZimmermannella faecalis.Esimene kasutatud praimeripaar ehk latter primers (Adderson et al., 2008) andis päris mitmelkorral vastuseks Uncultured bacteria. Teine praimeripaar ehk broad-range bacterial primers(Adderson et al., 2008) aga andis sama tulemuse vaid ühel korral ja kahel korralsekveneerimine tulemusi ei andnud. Ülejäänud tüvede puhul sekveneerimine õnnestus ningsaadi ka arvestatavad tulemused hea kokkulangevusprotsendiga. Seega on broad-rangebacterial primers kasutamine korünebakterite samastamisel eelistatavam.18
Tabel 5. Sekveneerimistulemuste võrdlus kahe erineva praimeripaari kasutamiselTüvedeLatter primers %* Broad-range bacterial %*arvprimers2 Arthrobacter cumminsii 99 Arthrobacter cumminsii 99..1001 Actinomyces neuii subsp. neuii 100 A. neuii subsp. anitratus 1006 C. glucuronolyticum (C. 99..100 C. glucuronolyticum (C. 99..100seminale)seminale)1 Uncultured bacterium clone 100 C. ureicelerivorans
Page 2 and 3: SISUKORDSisukord ..................
Page 4: SISSEJUHATUSInimese normaalne mikro
Page 10: 1.2.1. Meessuguteede normaalne mikr
Page 13 and 14: aastat. Kõik uuringus osalevad isi
Page 15 and 16: 2.3. Tulemused ja arutelu2.3.1. Kor
Page 17: Corynebacterium freneyi 1Dermabacte
Page 21 and 22: 03019C03019AMicrococcus luteus stra
Page 23 and 24: SUMMARYSpecies composition of coryn
Page 25 and 26: TÄNUAVALDUSEDAvaldan tänu oma juh
Page 27 and 28: [10] Funke G, Pünter V, von Graeve
Page 29 and 30: [33] Vallor AC, Antonio MA, Hawes S

TARTU ÜLIKOOL

Create successful ePaper yourself

Delete template?

Save as template?