TARTU ÜLIKOOL

2.3.4.2. Sekveneerimise ja API meetodil samastamise võrdlusVarasemalt oli 42 uuritavast tüvest 25 samastatud API meetodil. Tabelis 6 on toodudsekveneerimistulemuste ja API meetodil biokeemilise samastamise tulemuste võrdlus.API meetod andis sekveneerimisega sama tulemuse 6 juhul (24%), seega on kokkulangevusüpris väike. Samuti oli tüvesid, mille samastamine API meetodil tulemust ei andnud. Kõigeparem kokkulangevus oli Corynebacterium seminale ehk C. glucuronolyticum’i puhul – APItulemused leidsid sekveneerimisel kinnitust 4 juhul 5-st. Ühel juhul oli kokkulangevusCorynebacterium amycolatum’i ja ühel juhul Dermabacter hominis’e osas.Tabel 6. Samastamistulemuste võrdlus kasutades sekveneerimist ja API meetoditTüvenumberLatter primersBroad-range bacterialprimersAPI testCM2CN3A-17CM12-1CN3B-18SP16BArthrobacter cumminsiistrain Z486Uncultured bacteriumclone ncd2819g03c1Corynebacterium freneyistrain M3Uncultured bacteriumclone ncd141a03c1Corynebacteriumminutissimum strainNCTC 10288Arthrobactercumminsii strain 1515Corynebacteriumamycolatum strainNCFB 2768Corynebacteriumfreneyi isolate 3171Corynebacteriumamycolatum strainNCFB 2768Corynebacteriumminutissimum strainNCTC 10288Cellumonas spp /Microbacterium sppCorynebacteriumjeikeium/BrevibacteriumsppCorynebacteriumstriatum/CorynebacteriumamycolatumCorynebacteriumjeikeium/Corynebacteriumstriatum/CorynebacteriumamycolatumCorynebacterium grupp G03026B Corynebacteriumglucuronolyticum isolate98-0098Corynebacteriumglucuronolyticumisolate 98-0098Corynebacteriumseminale ehk C.glucuronolyticum12034F Dermabacter hominis Dermabacter hominis Dermatobia hominis04016D Uncultured bacterium Brevibacterium sp. Corynebacterium01007QSP9Fclone ncd2467c01c1Uncultured bacteriumclone ncd2757f05c1Uncultured bacteriumclone ncd2791f06c1TUT1201Corynebacteriumminutissimum strainNCTC 10288Corynebacteriumaurimucosum ATCC700975propinquumun-ID-able *Corynebacterium grupp G20