Projekt 4. - Institut for Matematik og Datalogi - Syddansk Universitet

N a t u r v i d e n s k a b e l i g t P r o j e k t / F a r m a c e u t : V a l g f r i t P r o j e k t
Projekt 25. Identificerer bakterier og deres funktion i
naturlige miljøer med nye molekylærøkologiske
teknikker.
Vejleder: Kirsten Habicht, khabicht@biology.sdu.dk
Institut: Biologi (BI)
Praktiske del: Biologisk Institut. Prøveindsamling (1 dag)
Gruppeplacering: Biblioteket
Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 5 deltagere. Én gruppe kan arbejde med projektet.
Kommentarer: Ingen.
Keywords:
bakterier, mikrobiologi, fluorescens mikroskop, DNA og protein koncentration.
Abstract
Bakterier findes over alt. Nogle er skadelige for os mennesker, men de fleste i naturen er livsnødvendige
for at vi overhoved kan leve på Jorden, da bakterier har stor betydning for at opretholde
det økologiske stofkredsløb. Der er derfor stor interesse at finde ud af hvilke bakterier som
lever i naturen, hvor mange der er af dem og hvad de laver. I de seneste år har det været muligt at
identificere bakterier direkte fra naturen ved at fluorescensfarve bakteriernes DNA eller RNA
hvorved bakterierne bliver synlige i et fluorescens mikroskop. Endvidere kan bakteriernes gen og
protein materiale fortælle hvilken funktion de potentielt kan udføre. I dette projekt vil vi bruge
nogle af de nye molekylærøkologiske teknikker til at kvantificere og identificere bakterie fra forskellige
naturlige miljøer. For at kvantificere bakterierne kan vi undersøge 2 forskellige metoder
(DAPI og CYBR green) og undersøge hvilke fordele og ulemper der er ved hver at disse metoder.
For at identificere bestemte bakterier grupper fra det naturlige miljø vil I lære fordele og
ulemper ved de kendte fluorescens in-situ hybridiserings teknikker (FISH, cardFISH og mar-
FISH) og anvende den metode som bedst passer til det miljø I ønsker at arbejder med. Endvidere
kan vi måle hvor meget protein eller DNA vi kan ekstrahere fra et naturligt miljø og kvantificere
hvor meget materiale vi skal bruge til en genom eller proteom analyse.
Minikurser
Obligatorisk: Projektarbejde (Microsoft, Nat).
Anbefalede: Ingen
Litteraturliste over metode artikler, som udleveres til de studerende
Bottari, B, Ercolini D., Gatti, M & Neviani E (2006). Application of FISH technology for microbial
analysis: current state and prospects. Appl. Microbiol. Biotechnol. Vol 73:485-494.
Keller, M and Hettich R. (2009); Environmental Proteomics: a Paradigm shift in characterizing
microbial activities at the molecular level. Microbiology and Molecular Biology Reviews, Vol.
73: 62-70.
27