Projekt 4. - Institut for Matematik og Datalogi - Syddansk Universitet

More documents

Recommendations

Info

N a t u r v i d e n s k a b e l i g t P r o j e k t / F a r m a c e u t : V a l g f r i t P r o j e k t Projekt 61. Smågnavere i Svanninge Bjerge Vejleder: Thomas Bjørne Berg, tbb@naturma.dk Institut: Biologisk Institut SDU, Naturama Svendborg Praktisk del: Svanninge Bjerge Gruppeplacering: Biologisk Institut/Naturama Svendborg Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 5 deltagere. To grupper kan arbejde med projektet Kommentarer: Ingen mulighed for vejledning i uge 15 og 16 Keywords: Smågnavere, artskendskab, fangst-genfangst Abstract Smågnavere kan inddeles i studsmus og ægte mus. Til studsmusene hører bl.a. markmus, rødmus og mosegris mens fx halsbåndmus og skovmus hører til de ægtemus. De to grupper har vidt forskellige levevis og tilpasninger til føde. Smågnavere spiller en helt central rolle i økosystemet, og betegnes i visse sammenhænge som nøglearter. Deres antal og bestandsfluktuationer har dermed stor indflydelse på andre trofiske niveauer i økosystemet. Kendskab til populationsstørrelser og trofiske interaktioner omkring en given art, samt klimaets indvirkning herpå, er grundlaget for udarbejdelse af matematiske modeller der kan anskueliggøre hvilke parametre der bedst forklare de variationer man registrere i naturen. Projektet vil give artskendskab til danske smågnavere, samt indblik i fangst-genfangst metoder og den dertil hørende databehandling til at beregne et mindre områdes bestandsstørrelse. Projektet vil med baggrund i litteraturen give eksempler på, hvorledes kendskab til et økosystems bestandsstørrelser samt disses variation over tid kan bruges til at udvikle modeller. Minikurser Obligatorisk: Projektarbejde (Microsoft, Nat). Anbefalede: Ingen Litteraturliste over metode artikler, som udleveres til de studerende Sinclair Anthony. R.E., John M. Fryxell., and Graeme Caughley 2006. Chapter 13. Counting animals In: Wildlife Ecology, Conservation, and Management (Second edition), Blackwell Publishing. Pp. 217-244 Jensen, T. S., 1982 Seed Production and Outbreaks of Non-Cyclic Rodent Populations in Deciduous Forests. Oecologia (Berl) 54: 184-192. Schmidt, N.M., Thomas B. Berg, Mads C. Forchhammer, Ditte K. Hendriksen, Line A. Kyhn, Hans Meltofte and Toke T. Høye 2008. Vertebrate Predator-Prey interactions in a seasonal environment. In: High-Arctic ecosystem dynamics in a changing climate. Advances in Ecological Research Vol. 40: 345-370. 63
N a t u r v i d e n s k a b e l i g t P r o j e k t / F a r m a c e u t : V a l g f r i t P r o j e k t Projekt 62. Struktur af G-quadrupleksen i de humane telomerer Vejleder: Michael Petersen, mip@ifk.sdu.dk Institut: Institut for Fysik og Kemi Praktisk del: Udføres på Institut for Fysik og Kemi Gruppeplacering: Institut for Fysik og Kemi Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 5 deltagere. Én gruppe kan arbejde med projektet. Kommentarer: Projektet er et teoretisk projekt Keywords: telomer, G-quadrupleks, beregningskemi, molekyldynamik, struktur Abstract Den genetiske kode findes som en DNA dobbelthelix i chromosomerne. I enderne af chromosomerne sidder der nogle DNA sekvenser, der ikke koder for proteiner. Disse DNA sekvenser kaldes for telomerer. Hver gang en celle deles, og chromosomerne kopieres, bliver telomererne afkortet en lille smule. Dette skyldes, at chromosomerne ikke kan kopieres fuldstændigt af DNA polymerasen. Udover at beskytte kopieringen af genomet spiller telomererne også en vigtig rolle i at kontrollere cellernes levetid: For hver celledeling forkortes telomererne en smule, og når telomerene bliver for korte, vil cellen dø. Telomererne består dels af et stykke dobbeltstrenget DNA og et enkeltstrenget stykke. Det er det enkeltstrengede stykke, der er basis for dette projekt. DNA sekvensen af denne er bygget op af hundredevis af gentagelser af sekvensen TTAGGG. Sådan en DNA sekvens, der indeholder mange guaniner, G-baser, kan danne en struktur, der kaldes en G-quadrupleks (Figur 1), hvor fire DNA strenge binder til hinanden via en G-tetrade (Figur 1). Det er stadigvæk et åbent spørgsmål, hvordan den præcise struktur af den humane telomer er i celler, da forskellige eksperimentelle teknikker giver forskellige strukturer af modelsystemer. I dette projekt vil vi undersøge de forskellige strukturer ved brug af beregningskemi. Mere specifikt vil projektet starte med en introduktion til forskellige beregningskemiske teknikker bl.a. molekyldynamik. Disse teknikker er I også til en hvis grad stødt på i den teoretiske øvelse i KE501. Dernæst skal forskellige mulige G-quadrupleks strukturer, opbygget af korte DNA strenge, studeres med molekyldynamik, og deres indbyrdes stabilitet kan vurderes. Afsluttende kan man tænke sig, at der bygges modeller af, hvordan strukturen af et længere stykke telomer kunne se ud. Figur 1. En G-tetrade opbygget af fire guaninbaser og et eksempel på en foldet G-quadrupleks. Minikurser Obligatorisk: Projektarbejde (Microsoft, Nat) Anbefalede: Matematiske metoder for fysikere og kemikere Litteraturliste over metode artikler, som udleveres til de studerende Relevant litteratur udleveres og diskuteres med de studerende 64
Page 1 and 2:
Det Naturvidenskabelige Fakultet P
Page 3 and 4:
N a t u r v i d e n s k a b e l i g
Page 5 and 6:
Page 8 and 9:
Page 10 and 11:
Page 12 and 13:
Page 14 and 15: N a t u r v i d e n s k a b e l i g
Page 70: N a t u r v i d e n s k a b e l i g
show all

Projekt 4. - Institut for Matematik og Datalogi - Syddansk Universitet

Create successful ePaper yourself

Delete template?

Save as template?