Projekt 4. - Institut for Matematik og Datalogi - Syddansk Universitet
Projekt 4. - Institut for Matematik og Datalogi - Syddansk Universitet
Projekt 4. - Institut for Matematik og Datalogi - Syddansk Universitet
You also want an ePaper? Increase the reach of your titles
YUMPU automatically turns print PDFs into web optimized ePapers that Google loves.
N a t u r v i d e n s k a b e l i g t P r o j e k t / F a r m a c e u t : V a l g f r i t P r o j e k t<br />
<strong>Projekt</strong> 27. Identifikation <strong>og</strong> differentiering af<br />
pat<strong>og</strong>ene bakterier med <strong>for</strong>skellige serotyper fra<br />
kliniske prøver<br />
Vejleder: Frank Kjeldsen, frankk@bmb.sdu.dk<br />
<strong>Institut</strong>: Biokemi <strong>og</strong> Molekylærbiol<strong>og</strong>i, SDU<br />
Praktisk del: Afdeling <strong>for</strong> Protein Forskning<br />
Gruppeplacering: Biblioteket<br />
Gruppestørrelse: Mindst 3 <strong>og</strong> max 5 deltagere. Én gruppe kan arbejde med projektet.<br />
Kommentarer: <strong>Projekt</strong>et udføres i samarbejde med Klinisk Mikrobiol<strong>og</strong>isk Afdeling, OUH<br />
Keywords:<br />
Massespektrometri, proteom analyse<br />
Abstract<br />
Pat<strong>og</strong>ene (sygdomsfremkaldende) bakterier er bakterier som <strong>for</strong>årsager en sygdomstilstand hos<br />
andre organismer. Et stigende problem i klinisk mikrobiol<strong>og</strong>i er at skelne serotyper af pat<strong>og</strong>ene<br />
bakterier fundet hos mennesker <strong>og</strong> dyr. Bakterielle serotyper opstår ved små mutationer hos bakteriestammen.<br />
Den relative lille ændring i en bakteries DNA kan i visse tilfælde føre til resistens<br />
imod almindelig antibiotika. At opsamle in<strong>for</strong>mation, der kan lede til differentiering af <strong>for</strong>skellige<br />
serotyper er der<strong>for</strong> af stor betydning. Klinisk set kan det understøtte det korrekte valg af antibiotika<br />
<strong>og</strong> <strong>for</strong>holdsregler i <strong>for</strong>bindelse med behandling af infektioner. In<strong>for</strong>mationen er <strong>og</strong>så afgørende<br />
i <strong>for</strong>bindelse med opklaring af smittekilde/område, idet patienter med samme serotype<br />
af en pat<strong>og</strong>en bakterie kan anvendes til ”back-tracking”.<br />
I dette projekt vil vi <strong>for</strong>søge at udvikle en massespektrometrisk (MS) metode til at differentiere<br />
imellem pat<strong>og</strong>ene bakterier som kun afviger ganske lidt fra hinanden genetisk. I samarbejde med<br />
OUH vil vi lære at bearbejde bakterier så de kan analyseres v.hj.a. massespektrometri. Data vil<br />
blive analyseret manuelt <strong>og</strong> ved brug af en database søgning. Det er opgaven, at identificere specifikke<br />
biomarkører <strong>for</strong> de enkelte bakterier <strong>og</strong> efterfølgende udføre en mere dybdegående karakterisering<br />
af disse molekyler ved massespektrometri.<br />
Minikurser<br />
Obligatorisk: <strong>Projekt</strong>arbejde (Microsoft, Nat).<br />
Anbefalede: Ingen<br />
Litteraturliste over metode artikler, som udleveres til de studerende<br />
Fagerquist, C. K.; Brandon, R. G.; Miller, W. G. et al. Anal. Chem., 2010, 7, 2717-2725.<br />
Fagerquist, C. K.; Bates, A. H.; Heath, S. et al. J. Prot. Res., 2006, 5, 2527-2538.<br />
29
Change language