GeoBio-CenterLMU Bericht 2008/2009 - Ludwig-Maximilians ...

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Analyse. Im Bereich des GeoBio-Centers werden durch den Erwerb von Li- zenzen der Software AMIRA solche 3D-Bearbeitungen seit Jahren gefördert. Im Publikationswesen unterlag die Umsetzung von 3D-Daten bisher jedoch, wegen der Zweidimensionalität der Ausgabemedien (Papier, Bildschirm), einer substanziellen Einschränkung. Ein Ausweg kündigte sich durch die Mög- lichkeit der direkten Einbindung von 3D-Modellen in das PDF-Format durch die Firma Adobe im Jahr 2005 (Acrobat Version 7) an. Ich fand heraus, dass diese Form der 3D-Darstellung (typischerweise im U3D-Format) nicht nur für technische Objekte (Architektur, Maschinenbau), sondern auch für Gitternetz- Oberflächen von unregelmäßigen natürlichen/biologischen Objekten bestens geeignet ist. Meine Erkenntnis verbreitete sich rasch, reichend bis hin zu che- misch arbeitenden Gruppen. Eine Idee war naheliegend: Bei wissenschaftlichen Zeitschriften wird Papier zunehmend durch das elektronischen PDF-Format ersetzt. Könnte man nicht 3D-Modelle direkt in Publikationen einbetten? In den Jahren 2007 und 2008 wurden international mehrere voneinander unabhängige Vorstöße in Form von Publikationen, den Vorschlag dieser Vorgangsweise beinhaltend, gestartet. Neben einer solchen für die Chemie und zwei für die Astronomie, waren un- sere (Ruthensteiner & Heß, 2008) für den „biomedical“ Forschungsbereich mit an vorderster Front. Damit konnten 3D-Modelle mit ihrem enormen Informati- onsgehalt dem „Leser“ direkt verfügbar gemacht werden. Bei der praktischen Umsetzung erwies sich ein Schritt als unerwartet schwierig: Technisch ist die Implementierung von PDF-Modellen zwar sehr leicht, im Rahmen von großen Verlagen aber enorm schwierig, da die erfor- derlichen Vorgänge über die normalen Routinen hinaus gehen. Die Verlage sträuben sich außerdem, da sie zukünftige Kompatibilitätsprobleme befürch- ten. Diese Schwierigkeiten scheinen aber überwunden; Publikation von Nach- ahmern mit 3D-Modellen werden zahlreicher und wichtige Verlage (Wileys, Elsevier, Oxford Press, etc.) haben diese Publikationsform bereits akzeptiert. Kürzlich wurde von uns in Zusammenarbeit mit einem australischen Astro- nomen (Ruthensteiner et al., 2010) eine weitere Initiative für den biologischen Bereich gestartet. Während bisher nur Oberflächenmodelle (surface rendering) verwendet wurden, haben wir eine Methode zu Generierung und Implementierung von volume rendering-Daten vorgestellt. Es handelt sich dabei um eine Visualisierungsform, die für manche Objekte ergänzend sinn- voll bzw. besser geeignet ist. Kurzbericht 32
Ruthensteiner, B. 2006. Redescription and 3d morphology of Williamia gus- sonii (Gastropoda, Siphonariidae). Journal of Molluscan studies. 72: 327– 336 Ruthensteiner, B. & M. Heß, 2008. Embedding 3D Models of Biological Speci- mens in PDF Publications. Microscopy Research and Technique. 71: 778–786 Ruthensteiner, B., Baeumler N. & D.G. Barnes 2010. Interactive 3D volume rendering in biomedical publications. Micron, doi:10.1016/j.micron.2010.03.010 Kurzbericht 33
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