Teraflop 73 - Novembre - cesca

More documents

Recommendations

Info

El projecte se centra en l’estudi, mitjançant tècniques de la mecànica estadística, de càlcul numèric i de simulació, de sistemes i processos químics complexos. És a dir, sistemes i processos en els quals intervenen un gran nombre de partícules (àtoms o molècules) i que tenen lloc en medis homogenis condensats (líquids) i/o en medis heterogenis (interfases) macromolècula/dissolució i elèctrode/dissolució). Els objectius i la metodologia són els següents: a. Estudi per simulació de l’estructura i propietats de líquids i dissolucions. L’objectiu principal és l’estudi del canvi en l’equilibri conformacional que experimenten les molècules no rígides en passar de fase gas a l’estat líquid. S’estudien casos significatius de líquids purs i de dissolucions que permeten establir quin paper juguen els Cap Eudald Vilaseca Integrants F. Mas, J. L. Garcés, S. Madurga i F. Ortega Període 1999-2003 Nombre de publicacions 23 Hores usades (1%) CPQ: 8.797 h N/V: 8.525 h IBM: 9.881 h PUBLICACIONS • “Free Energy Calculations of Conformational Equilibrium of Chorismate in Water. The Role of Solute Polarization”. J. Phys. Chem. A, Vol. 106, 2002, p. 11822-11830. • “Solvent Effect on Conformational Equilibrium: a Monte Carlo Study of 1,3-dichloropropane in Carbon Tetrachloride”. Chem. Phys., Vol. 255, 2000, p. 123-136. Química teòrica Estadística i simulació de sistemes complexos “Les tècniques de simulació basades en la mecànica estadística permeten la comprensió dels sistemes i processos químics complexos” diferentes tipus de forces intermoleculars en aquest procés. És d’especial interès esbrinar la importància de les forces de polarització i també els efectes de l’enllaç pont d’hidrogen en els líquids on aquest és present. S’apliquen les tècniques de simulació Montecarlo i de dinàmica molecular mitjançant programes elaborats pel propi grup que requereixen un gran temps de càlcul. També són necessaris els càlculs mecanoquàntics per a obtenir les superfícies d’energia conformacional de les molècules no rígides i per calcular l’energia de la primera esfera de solvatació per a moltes disposicions diferents de les molècules de dissolvent que la formen. b. Estudi de models de complexació d’interès ambiental i/o fisiològic. L’objectiu és l’elaboració de models que permetin explicar els processos de complexació macromolècula/ lligand tant en sistemes aquàtics naturals on l’especiació de metalls pesants hi juga un paper primordial, com en medis fisiològics on la complexació lligandproteïna és clau per poder descriure i/o modelar les principals rutes metabòliques. Per a realitzar aquest estudi s’ha desenvolupat un formalisme termodinàmic tan macroscòpic com microscòpic/ estadístic on és clau el concepte d’heterogeneïtat i on, per les tècniques experimentals emprades, cal resoldre un sistema d’equacions de reacció-difusió acoblades a problemes de convecció i adsorció sobre superfícies (elèctrodes). • “Product Dependence and Bifunctionality Compromise the Ultrasensitivity of Signal Transduction Cascades”. Proc. Nat. Acad. Sci., Vol. 99, 2002, p. 1170-1175. • “Voltammetry of Heterogeneous Labile Metal-macromolecular Systems for any Ligandto-metal-ratio. Part I. Approximate Voltammetric Expressions for the Limiting Current Seqüència d’estructures de la molècula de corismat utilitzada en el càlcul de la diferència d’energia lliure entre dues de les seves conformacions en dissolució aquosa. Per les no-linealitats del sistema d’equacions s’han implementat una sèrie de mètodes numèrics de resolució d’equacions diferencials en derivades parcials tant de transformació integral com d’elements finits. c. Estudi de processos d’agregació i creixement d’interfases. L’estudi se centra en la caracterització del procés de formació i creixement de dipòsits en superfícies electròdiques. Interessa conèixer de quina manera les propietats de l’elèctrode i de la dissolució amb què està en contacte afecten l’estructura i la dinàmica de creixement d’aquests dipòsits. S’utilitzen tècniques de simulació Montecarlo que mitjançant la descripció del comportament microscòpic de la dissolució i l’elèctrode permeten monitoritzar tot el procés d’agregació i creixement. ■ to Obtain Complexation Information”. J. Electroanal. Chem., Vol. 484, 2000, p. 107- 119. • “A Computer Simulation Model to Study the Diffusion Controlled Nucleation and Growth Processes in Electrode Surfaces. A Two-dimensional Study”. J. Electroanal. Chem., Vol. 458, 1998, p. 55-72.
enginyeria dels materials és la predicció de les propietats dels productes manufacturats amb plàstics partint de la composició i morfologia de les molècules constituents i de les condicions a les quals han estat sotmesos durant el seu processament. El mètode tradicional per descriure el comportament complex d’aquests materials fa ús únicament de la mecànica del mitjà continu i de relacions fenomenològiques extretes de l’experiència. No obstant això, aquests models no condueixen a una millor comprensió del comportament del material i, sobretot, no són apropiats per a certes aplicacions que exigeixen un alt grau d’especificitat. L’alternativa és un modelatge rigorós basat en ciència fonamental i partint d’informació molecular. Cap Carles Alemán Integrants A. D. Zazueta, D. Zanuy, J. Casanovas i D. Curcó Període 2003 Nombre de publicacions 10 Hores usades (2%) CPQ: 3 h N/V: 11.092 h IBM: 36.464 h Altres: 983 h • “On the Simulation of Dense Amorphous Polymers by Generating Representative Atomistic Models”. J. Chem. Phys., 2003, 119, 2915. • “EVEBAT: a Fast Strategy for the Examination of the Empty Space in Polymer Matrices”. J. Comput. Chem., 2003, 24, 1208. PUBLICACIONS Un dels objectius de la ciència i la Modelització biomolecular Estructura i propietats dels polímers: càlculs electrònics, simulacions atomístiques i models coarse-grained “Apliquem càlculs quàntics per obtenir camps de força que són usats en simulacions atomístiques, les quals a la vegada s’usen per elaborar models de coarse-grained, cosa que ens permet establir una connexió entre les escales atòmica i mesoscòpica” En el cas dels polímers, el rang d’escales de temps i d’espai que es veuen involucrades en el seu estudi és tan ampli que resulta impossible predir amb exactitud una propietat macroscòpica a partir de la fórmula d’una cadena macromolecular. Es fa necessari l’ús de metodologies de simulació que permetin, d’una manera jeràrquica i ordenada, estudiar les propietats que resulten rellevants a escala atòmica i molecular i poder utilitzar-les per dur a terme l’estudi de propietats a una escala superior. En aquest procés es poden eliminar, progressivament en ascendir d’un nivell a l’immediatament superior, l’efecte de variables microscòpiques que en un nivell mesoscòpic poden ser incorporades com a simple soroll. L’estratègia seguida en aquest projecte és la utilització d’una sèrie de tècniques de simulació que s'encavalquin, de manera que els paràmetres que descriuen el sistema en cada nivell (un rang d’escales de temps i longitud) estiguin basats, mitjançant principis fonamentals, en càlculs realitzats en el nivell de descripció immediatament inferior. Concretament, usen càlculs quàntics per estudiar interaccions entre àtoms i desenvolupar camps de forces que són usats posteriorment en simulacions de dinàmica molecular i Monte Carlo. Els resultats obtinguts a partir d’aquestes simulacions atomístiques s’utilitzen per elaborar models de coarse grained, la qual cosa s’aconsegueix eliminant progressivament el nivell de detall i, a la vegada, el nombre de graus de llibertat. ■ • “A Quantum Mechanical Study on the Electrostatic Interactions of Poly(Llysine)·alkyl Sulfate Complexes”. J. Phys. Chem., 2003, 107, 4151. • “Molecular Dynamics Simulations of Surfactant·poly(α,L-glutamate) Complexes in Chloroform Solution: Influence of the Chemi- Estructura supramolecular del complex autoassociat format per poli(α,L-glutamat) i molècules de dodeciltrimetilamoni en cloroform. cal Constitution of the Surfactant in the Molecular Organization”. Langmuir 2003, 19, 3987. • “Comblike poly(α-alkyl γ-glutamate)s: Computer Simulation Studies of an Intermediate Thermal Phase”. Biomacromolecules 2003, 4, 87. TERAFLOP <strong>Novembre</strong> 2003
Page 2 and 3: 3 Entrevista al conseller Mas-Colel
Page 4 and 5: deixa de ser una consideració de s
Page 6 and 7: Poc després que a mitjan de la dè
Page 8 and 9: One of the great challenges of mode
Page 10 and 11: Investigations of finite aggregates
Page 12 and 13: The discoveries of fullerenes and n
Page 14 and 15: During the last years a new interdi
Page 16 and 17: The G protein-coupled receptor gene
Page 18 and 19: Genomic technologies have been hail
Page 20 and 21: Fifty years after the discovery of
Page 22 and 23: interès creixent en la física del
Page 24 and 25: La missió GAIA és un projecte de
Page 26 and 27: electrònica de molècules i sòlid
Page 28 and 29: Magnètica Nuclear (RMN) s’està
Page 30 and 31: La química quàntica moderna ofere
Page 32 and 33: de computació i de mètodes capaç
Page 34 and 35: En aquest projecte es pretén estud
Page 36 and 37: El principal objectiu del nostre pr
Page 38 and 39: El projecte se centra en l’estudi
Page 40 and 41: química (i de la química orgànic
Page 42 and 43: químics són emesos a l’atmosfer
Page 46 and 47: mers cíclics de diverses unitats d
Page 48 and 49: un fet força habitual en disciplin
Page 50 and 51: neral la modelització mitjançant
Page 52 and 53: Telefónica, a Gigabit al CATNIX
Page 54 and 55: L’XTEC rep el Premi Nacional d’
Page 56: Els 10 projectes de més consum Des

Teraflop 73 - Novembre - cesca

Create successful ePaper yourself

Delete template?

Save as template?