Teraflop 73 - Novembre - cesca

neral la modelització mitjançant
mètodes computacionals de sistemes
moleculars d’interès biològic. En
particular, hem estat interessats en la modelització
molecular de sistemes enzimàtics
i receptors acoblats a proteïna G
(GPCR), l’estudi de la interacció amb els
seus lligands, així com en el disseny de
nous fàrmacs. El coneixement dels detalls
moleculars del complex lligand-receptor
és important per a conèixer la naturalesa
de la interacció i la funció biològica
del complex. El disseny de fàrmacs
és un exemple en el qual aquest coneixement
és molt valuós.
Els mètodes experimentals, com ara
la cristal·lografia de raigs X o la ressonància
magnètica nuclear s’estan emprant
per obtenir estructures tridimensionals
de proteïnes i complexos lligand-proteïna.
No obstant això, aquestes tècniques
Cap
Ferran Sanz
Integrants
N. B. Centeno, R. Guigó, B. Oliva, M.
Pastor, J. Rodrigo, J. Villà, M. Barbany, C.
Dezi, F. Fontaine i H. G. de Terán
Període
1992-2003
Nombre de publicacions 26
Hores usades (1%)
CPQ: 8.112 h
N/V: 4.914 h
IBM: 24.664 h
Altres: 647 h
• “New Serotonin 5-HT 2A, 5-HT 2B and 5-HT 2C
Receptor Antagonists: Synthesis, Pharmacology,
3D-QSAR and Molecular Modeling of
(Aminoalkyl)benzo and Heterocycloalkanones”.
J Med Chem. 2002; 45: 54-71.
• “Molecular Diversity Sample Generation on
the Basis of Quantum-mechanical Computations
and Principal Components Analysis”.
PUBLICACIONS El projecte té com a objectiu ge-
Modelització biomolecular
Anàlisi computacional de biomolècules
“L’anàlisi de la semblança i la complementarietat entre biomolècules: una
eina per entendre processos biològics i per a dissenyar nous fàrmacs”
són difícils d’aplicar a proteïnes de membrana,
i la determinació experimental de
l’estructura tridimensional del complex
lligand-proteïna resulta un procés molt
laboriós. En conseqüència, la simulació
assistida per ordinador es converteix en
una eina molt útil per obtenir models de
proteïnes, i per determinar la localització
i orientació dels lligands en el lloc actiu
de la proteïna.
D’altra banda, quan no es disposa
de l’estructura de la proteïna, poden utilitzar-se
aproximacions indirectes per determinar
un conjunt de característiques
moleculars relacionades amb el perfil
farmacològic que interessa. En aquest
cas, l’anàlisi de la similitud de distribucions
de potencials d’interacció molecular
és una eina molt potent.
Comb Chem High Throughput Screen. 2002;
5: 39-47.
• “Conformationally Constrained Butyrophenones
as new Pharmacological Tools to Study
5-HT2A and 5-HT2C Receptor Behaviours”. Eur
J Med Chem., 2003; 38(4): 433-40.
• “On the Generation of Catalytic Antibodies
by Transition State Analogues”. Chem Bio-
Simulació de l’adenosina acoblada al receptor A 1.
El Grup de Recerca en Informàtica
Mèdica de l’IMIM i la UPF treballa en el
desenvolupament d’eines informàtiques
com ara el MIPSim (Molecular Interaction
Potential SIMilarity) que és un conjunt de
programes l’objectiu dels quals és l’exploració
de semblances entre biomolècules
en base a potencials d’interacció
moleculars.
En el camp de les aplicacions biomèdiques,
el nostre Grup de Recerca
està interessat en dos sistemes biològics
que tenen en comú el fet de ser proteïnes
de membrana per a les quals no existeix
un patró d’elevada homologia, com és el
cas dels GPCRs, en particular els receptors
de serotonina i adenosina. ■
Chem., 2003; 4(4): 277-85.
• “Use of Alignment-free Molecular Descriptors
in Diversity Analysis and Optimal Sampling
of Molecular Libraries”. Mol Divers. In
press.
• “Novel Approaches for Modeling of the A1 Adenosine Receptor and its Agonist Binding
Site”. Proteins. In press.