Teraflop 73 - Novembre - cesca

ques basades en la descripció
molecular clàssica, on l’energia
es calcula mitjançant la mecànica molecular.
Aquesta aproximació permet la simulació
de sistemes moleculars grans com
són les biomolècules. Els nostres estudis
estan centrats en la caracterització estructural
de pèptids i de la seva interacció
amb els seus receptors.
Un dels objectius d’aquest tipus
d’estudi és el disseny de peptidomimètics,
és a dir, molècules orgàniques que
mimetitzen les característiques moleculars
dels pèptids necessàries pel seu reconeixement
per part del receptor.
Gran part de l’esforç computacional
es dedica a la caracterització de l’espai
conformacional de pèptids, per tal de
conèixer les característiques bàsiques
del plegament de proteïnes mitjançant la
Cap
Juan Jesús Pérez
Integrants
D. Badia, J. Cantó, F. Corcho,
A. Cordomí, M. Delgado,
J. Gómez-Catalán, D. Jiménez,
O. Llorens, M. Pinto i L. Roset
Període
1994-2003
Nombre de publicacions
40
Hores usades (1%)
IBM: 19.156 h
Altres: 2.175 h
• “Docking of Peptide T Onto the CD4 Receptor”.
J. Biomol. Struct. Dyn., Vol. 17,
2000, p. 725-733.
• “Influence of Side Chain Restriction and
NH... π Interaction on the β-turn Folding Modes
of Dipeptides Incorporating Phenylalanine
Cyclohexane Derivatives”. J. Am. Chem.
Soc., Vol. 122, 2000, p. 5811-5821.
PUBLICACIONS En aquest projecte s’utilitzen tècni-
Modelització biomolecular
Disseny de molècules bioactives
“Utilització de les eines de modelització molecular per a l’estudi de les propietats
químiques i conformacionals de molècules bioactives o dels seus receptors,
per trobar noves molècules que donin la mateixa resposta biològica”
seva anàlisi. En aquest sentit, hem desenvolupat
estratègies per a l’exploració de
l’espai conformacional i hem proposat un
procediment que permet estimar l’extensió
de l’exploració d’aquest espai basat
en l’estudi de la densitat d’estats de
molècules flexibles. Un altre aspecte fonamental
que estem treballant és el desenvolupament
d’una metodologia fiable
que permeti l’establiment de les característiques
de la conformació bioactiva de
pèptids mitjançant el coneixement de les
seves tendències estructurals i de l’activitat
de diversos anàlegs peptídics.
En l’estudi dels receptors hem desenvolupat
un programa de càlcul que
• “Modelling Cyclooxygenase Inhibition. Implication
of Active Site Hydration on the Selectivity
of Ketoprofen Analogues”. J. Med.
Chem., Vol. 43, 2000, p. 2280-2284.
• "Differential Binding Mode of Diverse Cyclooxygenase
Inhibitors". J. Mol Graphics
Model., Vol 20, 2002, p. 359-371.
• "Molecular Modeling Techniques Applied to
Estructura més abundant del fragment antigènic
peptídic [Glu 144 ]VP3(110-121).
permet modelitzar qualsevol receptor
acoblat a proteïnes G, que corresponen a
un 70% dels receptors de les molècules
d’interès farmacèutic. El coneixement de
la forma amb la qual el lligand interacciona
amb el seu receptor permet dissenyar
noves molècules per aquests receptors.
Recentment, els estudis sobre el pèptid T
(ASTTTNYT) ens han permès trobar nous
compostos, un d’aquests és el producte
natural amigdalina amb el qual hem pogut
constatar experimentalment la nostra
hipòtesi plantejada. ■
the Design of Peptidomimetics and Peptide
Surrogates". Curr. Med. Chem., Vol 9, 2002,
2209-2229
• "Analysis of the Differential Conformational
Behavior of Two Antigens of the Hepatitis a
Virus Through Molecular Dynamics and Surface
Activity Measuraments ". J. Phys. Chem ,
Vol. B107, 2003, 6603-6608.
TERAFLOP
Novembre 2003