Rapport Scientifique UMR 7625 - Ecologie & Evolution - Université ...

Nos travaux ont commencé à explorer le rôle potentiel des aspects évolutionnaires dans les
processus de compétition entre différentes souches d’un pathogène dans un cadre épidémique
où l’accent est mis sur les aspects transitoires et non les échelles de temps évolutives. Ce travail
a commencé par la recherche de modèles minimaux d’épidémie de type SIR pour décrire la
récurrence des épidémies de grippe humaine dans les pays des zones tempérées. Un autre
aspect important de ces travaux concerne l’utilisation d’approches stochastiques. Des
approches basées sur la théorie de van Kampen ont été développées dans ce but et devraient
permettre de pouvoir prédire l’évolution des principaux moments (moyenne, variance) des
trajectoires du modèle et ainsi facilité l’analyse des facteurs qui influencent fortement la
variabilité des dynamiques.
Cette nouvelle thématique a donné lieu à différentes collaborations avec Elisabeta VERGU
(INRA) et Antoine FLAHAULT (UPMC et INSERM U707), une participation à l’ANR
« BIOSCOPE », la thèse de Sébastien BALLESTEROS et un post-doc de 12 mois Marc
SENNERET, partagé avec Elisabeta VERGU.
C. Eco-évolution : analyses rétrospectives de données moléculaires
(Frantz DEPAULIS, Amaury LAMBERT)
La distribution actuelle de la variabilité génétique d’une population est le reflet de son histoire.
De véritables “signatures moléculaires” peuvent être associées aux différentes perturbations
dans l’histoire des populations. L’analyse de données de polymorphisme moléculaire est à la
base des travaux de l’équipe EEM visant à l’inférence statistique sur l’histoire des populations,
tant démographique, génétique qu’adaptative. Le cadre théorique est celui de la théorie de la
coalescence -- théorie d’échantillonnage qui représente l’histoire d’un échantillon génétique par
des généalogies suivant des modèles probabilistes. Nos travaux d’application de la théorie
portent sur l’analyse de données hétérochroniques et la détection de la sélection pour des
données de type SNPs.
Excès de gènes homologues sélectionnés à la fois chez les mammifères et les poissons.
Résultats de tests de permutation (n = 5479), avec le score de recouvrement en ordonnée (échelle log) en fonction
du seuil de signification choisi en abscisse (mesuré en rapport de vraisemblance, échelle log).
Vert : P > 0.05. Orange: 0.01 < P ≤ 0.05. Rouge : P ≤ 0.01.
Bleu: score moyen et intervalle de confiance à 95% en l’absence de recouvrement.
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